沙田柚RING-H2 finger基因的生物信息学分析 被引量：1

1

作者 李惠敏 罗琼 +3 位作者 肖君 李少梅 刘华英 秦新民 《生物信息学》 2017年第3期149-155,共7页

为探讨沙田柚自交不亲和性的机理,利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到了沙田柚RING-H2 finger基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及... 为探讨沙田柚自交不亲和性的机理,利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到了沙田柚RING-H2 finger基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:该基因全长为845 bp,开放阅读框(ORF)全长为387 bp,编码128个氨基酸,编码蛋白质的分子量为13.61 KDa,理论等电点为4.26;该蛋白质含有一个植物RING-H2 finger蛋白家族的保守结构域,为疏水性不稳定蛋白。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与甜橙(Cs4g15340.1)RING-H2 finger蛋白的相似度为98%。这些分析结果可为今后深入研究该蛋白的结构特征和功能提供参考。 展开更多

关键词 沙田柚 RING-H2 finger蛋白基因 生物信息学 环指结构域

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小鼠睾丸组织特异表达基因Rnf148的鉴定及其编码E3泛素连接酶的功能分析 被引量：1

2

作者 刘运强 陶大昌 +3 位作者 廖顺尧 杨元 马用信 张思仲 《四川大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期1-5,共5页

目的研究小鼠Rnf148基因表达的时空特异性及其环指结构域的E3泛素连接酶功能。方法提取不同成年小鼠组织、不同胚胎期组织和出生后小鼠睾丸组织的总RNA,通过实时荧光RT-PCR和Northern杂交分析小鼠Rnf148基因的表达谱。构建包含整个Rnf14... 目的研究小鼠Rnf148基因表达的时空特异性及其环指结构域的E3泛素连接酶功能。方法提取不同成年小鼠组织、不同胚胎期组织和出生后小鼠睾丸组织的总RNA,通过实时荧光RT-PCR和Northern杂交分析小鼠Rnf148基因的表达谱。构建包含整个Rnf148蛋白的环指结构域与谷胱甘肽-S-转移酶(GST)的融合蛋白原核表达载体,在BL21细菌中诱导表达后,经GST琼脂糖凝胶纯化GST-Rnf148重组蛋白。体外泛素化反应试验检测GST-Rnf148重组蛋白的E3泛素连接酶功能。结果在小鼠13种不同器官组织中,Rnf148mRNA仅存在于睾丸组织中。进一步Northern杂交验证了只在小鼠睾丸组织表达一个1.2kb左右的Rnf148基因mRNA片段。小鼠Rnf148基因在胚胎期及出生后3周内不表达,出生后21d开始表达,25d后达到表达高峰并一直持续表达。实验成功诱导表达并纯化了GST-Rnf148重组蛋白,体外蛋白泛素化反应显示该重组蛋白具有E3泛素连接酶的功能。结论小鼠Rnf148基因特异地表达在出生3周后的睾丸组织中,Rnf148蛋白的环指结构域具有泛素连接酶活性。 展开更多

关键词 小鼠 Rnf148基因 睾丸特异表达 环指结构域 E3泛素连接酶

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RNF185的克隆及过表达对MC3T3-E1细胞成骨分化的影响 被引量：1

3

作者 周颖 侯树勋 衷鸿宾 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期447-450,共4页

目的克隆RNF185全长基因,构建真核表达载体,检测其蛋白表达和亚细胞定位,并探讨RNF185过表达对MC3T3-E1细胞成骨分化的影响。方法 TRIzol法提取人胚肾HEK293T细胞的总RNA,经RT-PCR反应扩增出RNF185基因,并通过酶切连接将其构建到真核表... 目的克隆RNF185全长基因,构建真核表达载体,检测其蛋白表达和亚细胞定位,并探讨RNF185过表达对MC3T3-E1细胞成骨分化的影响。方法 TRIzol法提取人胚肾HEK293T细胞的总RNA,经RT-PCR反应扩增出RNF185基因,并通过酶切连接将其构建到真核表达载体pCMV-Myc和pEGFP-N1上,阳性克隆经PCR及酶切鉴定后测序。测序正确后抽提质粒作为模板扩增N端截短体,构建其真核表达载体。转染MC3T3-E1检测其蛋白表达及亚细胞定位情况。采用碱性磷酸酶染色法分析RNF185过表达对MC3T3-E1细胞成骨分化的影响。结果①完成了RNF185的分子克隆,构建的真核表达载体pCMV-Myc-RNF185测序正确,所获得的序列与GenBank中收录的序列完全一致,N端截短体测序正确;②成功转染至MC3T3-E1细胞,蛋白相对分子质量大小与预期一致,全长形式定位于质膜;③RNF185及其N端截短体过表达均可抑制MC3T3-E1细胞的成骨分化。结论 RNF185过表达可抑制MC3T3-E1细胞的成骨分化。 展开更多

关键词 环指结构域 泛素蛋白连接酶类 成骨细胞 细胞分化

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泛素连接酶dTraf2依赖环指结构域正调控果蝇Imd固有免疫反应

4

作者 刘磊 杜倍倍 花勇智 《现代免疫学》 CAS 北大核心 2022年第1期42-49,共8页

为探究果蝇肿瘤坏死因子受体相关因子2(drosophila tumor necrosis factor receptor-associated factor 2,dTraf2)对免疫缺陷(immune deficiency,Imd)信号通路的调控作用,构建dTraf2和dTraf2^(ΔRING)表达载体以及转基因果蝇。利用双荧... 为探究果蝇肿瘤坏死因子受体相关因子2(drosophila tumor necrosis factor receptor-associated factor 2,dTraf2)对免疫缺陷(immune deficiency,Imd)信号通路的调控作用,构建dTraf2和dTraf2^(ΔRING)表达载体以及转基因果蝇。利用双荧光素酶报告基因系统、RT-PCR及黏质沙雷菌(Serratia marcescens,SM)感染果蝇的方法,检测dTraf2对Imd信号通路下游抗菌肽表达、果蝇感染病原菌后存活率以及体内病原菌增殖情况的影响。结果显示,过表达dTraf2可显著促进Imd信号下游抗菌肽的表达;dTraf2正调控Imd信号依赖于其泛素连接酶活性;过表达缺失环指(RING finger,RING)结构域的dTraf2对果蝇Imd信号通路下游抗菌肽的表达无明显影响。过表达dTraf2果蝇感染革兰阴性病原菌后抗菌肽表达水平升高,且其存活率亦升高,并抑制了体内病原菌的增殖;在免疫组织里敲低dTraf2可明显抑制Imd信号依赖的果蝇固有免疫反应。该研究提示,dTraf2依赖其RING结构域正向调控果蝇Imd固有免疫反应。 展开更多

关键词 果蝇肿瘤坏死因子受体相关因子2 环指结构域 免疫缺陷信号通路 固有免疫 果蝇

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针灸对子宫内膜异位症大鼠异位内膜组织UHRF1和DNMT1的影响

5

作者 李铭旸 王延文 +6 位作者 邵燕婷 孙祎纯 胡佳玮 高源 李语然 吴楚婷 张春雁 《Journal of Acupuncture and Tuina Science》 CAS CSCD 2024年第3期204-213,共10页

目的:观察针灸对子宫内膜异位症(EMS)泛素样PHD和含环指结构域蛋白1(UHRF1)和DNA甲基转移酶1(DNMT1)的影响。方法:将40只Sprague-Dawley大鼠按体质量随机分为假手术组10只和造模组30只。造模组大鼠复制EMS模型后随机分为模型组、针灸组... 目的:观察针灸对子宫内膜异位症(EMS)泛素样PHD和含环指结构域蛋白1(UHRF1)和DNA甲基转移酶1(DNMT1)的影响。方法:将40只Sprague-Dawley大鼠按体质量随机分为假手术组10只和造模组30只。造模组大鼠复制EMS模型后随机分为模型组、针灸组和孕酮组,每组10只。固定器固定各组大鼠。假手术组和模型组予以生理盐水灌胃;针灸组予以针刺血海和三阴交,艾灸关元和生理盐水灌胃;孕酮组给予地屈孕酮生理盐水混悬液灌胃。治疗28 d后,测量大鼠异位囊肿三径(长、宽及厚度)并计算体积,减掉干预前异位囊肿体积,取差值评估异位囊肿生长情况;实时荧光定量聚合酶链反应和免疫组织化学法检测正常子宫内膜、在位及异位内膜组织UHRF1、DNMT1 mRNA和蛋白水平。结果:针灸组和孕酮组异位囊肿体积差值无统计学差异(P>0.05),但均小于模型组异位囊肿体积差值(P<0.05)。模型组异位内膜组织UHRF1、DNMT1 mRNA和蛋白水平低于正常子宫内膜组织(P<0.05);模型组在位内膜组织DNMT1 mRNA以及UHRF1蛋白水平低于正常子宫内膜组织(P<0.05);针灸组异位内膜组织UHRF1 mRNA及蛋白水平、DNMT1蛋白水平高于模型组异位内膜组织(P<0.05),其中UHRF1 mRNA水平高于孕酮组(P<0.05);针灸组在位内膜组织DNMT1 mRNA水平高于模型组在位内膜组织(P<0.05);针灸组异位内膜组织UHRF1、DNMT1 mRNA和蛋白水平与正常子宫内膜比较无统计学差异(P>0.05)。结论:针灸可能通过上调异位内膜组织中UHRF1 mRNA和UHRF1、DNMT1蛋白水平,使其趋于正常子宫内膜水平,从而达到缩小异位囊肿体积,治疗大鼠子宫内膜异位症的效应。 展开更多

关键词 针刺疗法 灸法 针灸疗法 子宫内膜异位症 泛素样PHD和含环指结构域蛋白1 DNA甲基转移酶1 大鼠

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食管鳞癌组织中BARD1的表达及与淋巴结转移的关系

6

作者 潘艺 庞雅青 吴献忠 《临床肿瘤学杂志》 CAS 2024年第4期259-262,共4页

目的分析食管鳞癌(ESCC)中乳腺癌易感基因1相关环指结构域蛋白1(BARD1)的表达及与淋巴结转移的关系。方法纳入2018年1月至2021年12月本院收治且经组织病理学检查确诊的114例ESCC患者,免疫组化EnVision两步法检测癌组织与癌旁组织中BARD... 目的分析食管鳞癌(ESCC)中乳腺癌易感基因1相关环指结构域蛋白1(BARD1)的表达及与淋巴结转移的关系。方法纳入2018年1月至2021年12月本院收治且经组织病理学检查确诊的114例ESCC患者,免疫组化EnVision两步法检测癌组织与癌旁组织中BARD1的表达情况并比较BARD1阳性率,分析BARD1表达与ESCC临床病理特征的关系,建立Logistic回归模型分析BARD1表达对ESCC淋巴结转移的影响,绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析BARD1表达对ES⁃CC淋巴结转移的预测价值。结果114例ESCC组织中BARD1阳性78例、阴性36例,对应癌旁组织中BARD1阳性23例、阴性91例,ESCC组织的BARD1阳性率为68.42%,高于癌旁组织的20.18%(χ^(2)=53.769,P<0.001)。BARD1表达与ESCC患者的T分期、分化程度和淋巴结转移有关(P<0.05),其中淋巴结转移组织的BARD1阳性率为80.36%(45/56),高于未转移组织的56.90%(33/58)。经Phi系数分析发现,BARD1表达与ESCC淋巴结转移呈正相关(r=0.276,P=0.003)。BARD1阳性是ESCC患者淋巴结转移的独立危险因素(OR=3.099,95%CI:1.339~7.175,P=0.008),且BARD1表达对ESCC患者淋巴结转移具有一定预测价值(AUC=0.636,P=0.020)。结论BARD1在ESCC中高表达,其与ESCC淋巴结转移密切相关,BARD1阳性会增加淋巴结转移风险,在评估ESCC淋巴结转移上有一定价值。 展开更多

关键词 食管鳞癌 乳腺癌易感基因1相关环指结构域蛋白1 淋巴结转移 临床意义

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卡瑞利珠单抗结合DSOX方案对晚期胃癌患者血清BARD1、TAP表达的影响

7

作者 杨为彬 史经汉 +1 位作者 朱硕 胡楠 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2024年第1期31-34,共4页

目的探讨卡瑞利珠单抗结合多西他赛+奥沙利铂+替吉奥(DSOX)方案对晚期胃癌患者血清乳腺癌肿瘤易感基因(BRCA)1相关环指结构域蛋白(BARD)1、肿瘤异常蛋白(TAP)表达的影响。方法选取116例晚期胃癌患者116例按照随机数字表分为对照组及观... 目的探讨卡瑞利珠单抗结合多西他赛+奥沙利铂+替吉奥(DSOX)方案对晚期胃癌患者血清乳腺癌肿瘤易感基因(BRCA)1相关环指结构域蛋白(BARD)1、肿瘤异常蛋白(TAP)表达的影响。方法选取116例晚期胃癌患者116例按照随机数字表分为对照组及观察组各58例,对照组给予DSOX化疗,观察组在对照组基础上静脉注射卡瑞利珠单抗,观察两组临床预期生存时间、临床有效率、化疗后不同血清TAP水平变化及治疗前后血清癌胚抗原(CEA)、糖类抗原(CA)199、CA125表达水平变化、血清CD3^(+)、CD4^(+)、CD8^(+)、CD4^(+)/CD8^(+)表达水平、患者临床症状、BARD1及TAP表达比较。结果治疗后观察组治疗临床有效率明显优于对照组(P<0.05)。治疗后,相比于观察组,对照组患者生存时间显著缩短(P<0.05)。观察组与对照组CEA、CA199、CA125及CD3^(+)、CD4^(+)、CD8^(+)、CD4^(+)/CD8^(+)比较差异具有统计学意义(均P<0.05)。治疗前,两组BARD1及TAP表达水平无明显差异(P>0.05),治疗后,两组上述而指标表达差异存在统计学意义(P<0.05)。结论卡瑞利珠单抗结合DSOX方案治疗晚期胃癌患者,对患者生存率有提高作用,有较好的治疗疗效,对血清CA125、CA19-9、CEA水平有降低作用,降低胃癌患者血清肿瘤标志物水平,同时研究发现血清和胃癌患者组织中BARD1表达升高,其血清水平与胃癌的恶性程度和预后存在相关性,提示BARD1可能与胃癌的发生发展有关,同时患者血清TAP水平与其疗效及预后有关。 展开更多

关键词 卡瑞利珠单抗 多西他赛+奥沙利铂+替吉奥(DSOX) 晚期胃癌 血清乳腺癌肿瘤易感基因(BRCA)1相关环指结构域蛋白(BARD)1 肿瘤异常蛋白(TAP)

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下调含植物同源结构域和环指结构域泛素样蛋白1(UHRF1)的水平可抑制肾癌769-P细胞增殖并促进其凋亡 被引量：2

8

作者 焦点 郑甲 +6 位作者 魏铭 郑国旭 席文锦 秦卫军 杨安钢 王禾 温伟红 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期75-78,共4页

目的利用针对含植物同源结构域和环指结构域泛素样蛋白1(UHRF1)的小干扰RNA(siRNA)在肾癌769-P细胞中下调UHRF1的表达,探讨其对769-P细胞增殖和凋亡的影响。方法根据人UHRF1的mRNA序列设计并合成2对针对UHRF1的siRNA,用脂质体将其瞬时... 目的利用针对含植物同源结构域和环指结构域泛素样蛋白1(UHRF1)的小干扰RNA(siRNA)在肾癌769-P细胞中下调UHRF1的表达,探讨其对769-P细胞增殖和凋亡的影响。方法根据人UHRF1的mRNA序列设计并合成2对针对UHRF1的siRNA,用脂质体将其瞬时转染入769-P细胞。利用实时定量PCR检测UHRF1 mRNA的水平,Western blot法检测UHRF1的蛋白水平;利用MTT法检测细胞增殖,异硫氰酸荧光素标记的膜联素Ⅴ/碘化丙啶(annexinⅤ-FITC/PI)染色结合流式细胞术检测细胞凋亡。结果 UHRF1 siRNA可显著抑制UHRF1的mRNA和蛋白水平,下调769-P细胞UHRF1水平后,细胞增殖显著减弱,细胞凋亡显著增加。结论下调UHRF1的表达可抑制肾癌细胞的增殖并促进其凋亡。 展开更多

关键词 含植物同源结构域和环指结构域泛素样蛋白1(UHRF1) 小干扰RNA(siRNA) 肾细胞癌 细胞增殖 细胞凋亡

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胃癌患者血清BARD1水平及临床意义 被引量：2

9

作者 杨静 景小松 王英伟 《临床肿瘤学杂志》 CAS 北大核心 2019年第11期1023-1026,共4页

目的探讨胃癌患者血清的BRCA1相关环指结构域-1(BARD1)水平及其临床意义。方法 GEPIA数据库在线分析胃癌组织和正常组织的BARD1水平;实时定量PCR(QPCR)检测2014年1月至2017年12月本院收治的177例胃癌患者及173例健康体检者的血清BARD1水... 目的探讨胃癌患者血清的BRCA1相关环指结构域-1(BARD1)水平及其临床意义。方法 GEPIA数据库在线分析胃癌组织和正常组织的BARD1水平;实时定量PCR(QPCR)检测2014年1月至2017年12月本院收治的177例胃癌患者及173例健康体检者的血清BARD1水平,分析血清BARD1水平与胃癌临床病理特征的关系。根据随访资料分析血清BARD1水平与胃癌预后的关系。结果 GEPIA数据库在线分析显示408例胃癌组织BARD1水平的中位数为3.87,高于36例正常组织的1.36(P<0.05);QPCR检测结果显示,177例胃癌患者的血清BARD1水平为4.034±1.941,高于健康体检者的1.427±0.799(t=16.367,P<0.001)。血清BARD1水平与性别、年龄、肿瘤位置和浸润深度无关(P>0.05),而与肿瘤直径、分化程度、Bormann分型、淋巴结转移、远处转移和TNM分期有关(P<0.05)。BARD1低水平者的中位总生存期为39.0个月,长于高水平者的36.0个月(P<0.05),多因素分析显示血清BARD1水平是影响胃癌预后的独立因素(OR=3.145,95%CI:2.897~4.268,P=0.017)。结论胃癌患者组织和血清中BARD1表达上调,该指标的血清水平与胃癌的恶性程度和预后有关,提示BARD1可能与胃癌的发生发展有关。 展开更多

关键词 胃癌 BRCA1相关环指结构域-1 临床意义 预后

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DNA甲基化在肝脏再生中的研究现状与展望 被引量：1

10

作者 何宇涛 冉江华 《中国普外基础与临床杂志》 CAS 2020年第4期494-498,共5页

目的总结目前DNA甲基化与肝脏再生关系的研究现状。方法检索国内外相关文献,对肝细胞甲基化水平、基因表达调控、甲基化相关蛋白与肝脏再生关系的研究进行综述。结果 DNA甲基化作为生物体内一种重要的表观遗传调控方式,近年来在肝脏再... 目的总结目前DNA甲基化与肝脏再生关系的研究现状。方法检索国内外相关文献,对肝细胞甲基化水平、基因表达调控、甲基化相关蛋白与肝脏再生关系的研究进行综述。结果 DNA甲基化作为生物体内一种重要的表观遗传调控方式,近年来在肝脏再生中的作用越来越被重视。现有的研究已经发现,在肝脏再生过程中存在基因组低甲基化、相关增殖基因甲基化改变以及DNA甲基化转移酶、含植物同源结构域和环指结构域泛素样蛋白1调控肝脏再生等表观遗传现象。结论 DNA甲基化与肝脏再生之间存在着诸多的联系,从DNA甲基化水平调节肝脏再生有望在不久的将来成为现实。 展开更多

关键词 DNA甲基化 肝脏再生 表观遗传学 DNA甲基化转移酶 含植物同源结构域和环指结构域泛素样蛋白1

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过表达microRNA-144通过靶向调节泛素样PHD和环指结构域1基因诱导非小细胞肺癌凋亡 被引量：1

11

作者 张冉冉 张月怡 +1 位作者 宫铮 李波 《实用药物与临床》 CAS 2020年第4期294-298,共5页

目的探讨microRNA-144 (miR-144)对非小细胞肺癌(Non-small-cell lung cancer,NSCLC)细胞增殖以及预后的影响。方法通过癌症基因组图谱(The cancer genome atlas,TCGA)检测NSCLC患者组织中miR-144以及泛素样PHD和环指结构域包含1(Ubiqui... 目的探讨microRNA-144 (miR-144)对非小细胞肺癌(Non-small-cell lung cancer,NSCLC)细胞增殖以及预后的影响。方法通过癌症基因组图谱(The cancer genome atlas,TCGA)检测NSCLC患者组织中miR-144以及泛素样PHD和环指结构域包含1(Ubiquitin like PHD and ring finger domain 1,UHRF1)的表达预后以及两者表达的相关性。采用CCK-8、AO/EB以及γH2A检测不同表达miR-144对NSCLC细胞活性、细胞凋亡、增殖以及DNA损伤的影响,Western blot检测PCNA、Bax、Bcl-2及UHRF1的表达。荧光素酶报告证明miR-144以及UHRF1的靶向关系。结果在NSCLC患者组织中,miR-144表达水平较低,低表达miR-144 NSCLC患者生存时间明显低于高表达miR-144者。UHRF1在NSCLC患者组织中明显升高,且在不同年龄、性别、TNM分期和种族有显著差异。低表达UHRF1非小细胞肺癌患者生存率明显高于高表达UHRF1的NSCLC患者。过表达miR-144能够明显降低A549细胞活性,诱导A549细胞凋亡,增加γH2ax表达;抑制PCNA以及Bax蛋白表达,上调Bcl-2表达。荧光素酶报告证明UHRF1是miR-144的靶基因。同时,低表达miR-144能够使UHRF1表达增加,过表达miR-144能够抑制UHRF1的表达。结论过表达miR-144通过靶向UHRF1诱导A549细胞凋亡以及DNA损伤,参与NSCLC的病理生理过程,进而影响预后。 展开更多

关键词 生物标志物 泛素样PHD和环指结构域1 microRNA-144 非小细胞肺癌

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BARD1基因单核苷酸多态性和神经母细胞瘤关联性的Meta分析 被引量：1

12

作者 马敏 王成夭 《中华神经医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期940-944,共5页

目的评价乳腺癌易感基因1（BRCAJ）相关环指结构域-1（BARD1）基因的rs6435862和rs3768716单核苷酸多态性和神经母细胞瘤㈧B1易感性的关联。方法计算机检索PubMed、Embase、WebofScience、中国知网和万方数据库自建库至2018年5月10日收... 目的评价乳腺癌易感基因1（BRCAJ）相关环指结构域-1（BARD1）基因的rs6435862和rs3768716单核苷酸多态性和神经母细胞瘤㈧B1易感性的关联。方法计算机检索PubMed、Embase、WebofScience、中国知网和万方数据库自建库至2018年5月10日收录的BARD，基因单核苷酸多态性与NB易感性的相关文献。筛选后提取文献的信息。采用纽卡斯尔-渥太华量表（NOS）评价文献的质量：采用RevMan5．3软件对资料进行Meta分析，观察等位基因模型、纯合子模型、杂合子模型、显性模型及隐性模型下rs6435862和rs3768716多态性和NB易感性的关系。结果最终纳入5篇文献（共9项独立研究1，包括3597例NB患者和10827例健康对照者。NOS评价显示文献均≥6颗星，提示均为高质量研究。Meta分析结果显示在5种遗传模型下，rs6435862、rs3768716多态性和NB易感性均有关，差异均有统计学意义（P〈0．05）。结论BARD1基因的rs6435862、rs3768716单核苷酸多态性和NB易感性有显著关联。这2个位点的G．等位基因和GG．基冈型携带者患NB的风险较高。 展开更多

关键词 乳腺癌易感基因1相关环指结构域-1基因 单核苷酸多态性 神经母细胞瘤 META分析

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