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一种基于仿真的预测癌细胞致死基因的方法 被引量：1
1
作者 许扬 郑浩然 《北京生物医学工程》 2017年第6期591-596,共6页
目的癌细胞致死基因的研究是治疗癌症的重要尝试,其发现依赖于生物学上的基因敲除实验。鉴于此类实验的高代价、长周期等不足,本文给出一种基于计算机仿真的预测癌细胞致死基因的方法,旨在运用计算机仿真技术预测对癌细胞研究有价值的信... 目的癌细胞致死基因的研究是治疗癌症的重要尝试,其发现依赖于生物学上的基因敲除实验。鉴于此类实验的高代价、长周期等不足,本文给出一种基于计算机仿真的预测癌细胞致死基因的方法,旨在运用计算机仿真技术预测对癌细胞研究有价值的信息,为基因敲除的生物实验提供线索,帮助降低实验成本。方法计算机仿真实验基于人类全基因组代谢网络,融合癌细胞的基因表达数据,用一种基于约束建模的方法,以预测癌细胞代谢网络中有活性的反应,并将这些反应命名为"core reactions",将"core reactions"作为输入,重构出一致的癌症工作网络。在该网络上,使用基于约束的流量平衡基因敲除算法,获取使得工作网络biomass产量为0的基因,即致死基因。结果以肾透明细胞癌为例,根据上述算法,计算结果给出了肾透明细胞癌潜在的7个致死基因。结论本文给出一种高通量数据结合代谢网络,构造癌症特异网络,并通过计算机仿真基因敲除以获取癌细胞致死基因的方法。此方法通用、高效,有助于更好地开展生物学实验。 展开更多
关键词 约束建模 基因敲除 特异网络 致死基因 肾透明细胞癌
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基于疾病特异调控网络,谈阐释针灸治疗心肌纤维化的效应机制的新方法
2
作者 柳金英 辛思源 +1 位作者 王玉满 张银娟 《中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生》 2022年第12期190-192,共3页
针灸起效作用机制是针灸研究的关键科学问题。目前,基于还原论进行的针灸描述性、验证性研究取得了大量的成果,但这些研究多为线性研究,研究两点之间的因果关系,而对针灸的网络调节作用尚未有清晰的认识和深入的研究。文章从制约针灸临... 针灸起效作用机制是针灸研究的关键科学问题。目前,基于还原论进行的针灸描述性、验证性研究取得了大量的成果,但这些研究多为线性研究,研究两点之间的因果关系,而对针灸的网络调节作用尚未有清晰的认识和深入的研究。文章从制约针灸临床和基础研究的瓶颈入手,客观分析了导致现有问题的原因,总结了针灸基本特点与网络生物学研究模式的共同之处,提炼总结出针灸网络生物学的概念及基本研究内容,并阐述了从外泌体入手进行针灸网络生物学研究的科学性,希望可以为解决针灸研究中的关键科学问题和提高针灸临床疗效提供创新思路与方法依据。 展开更多
关键词 疾病特异网络 针刺 效应机制
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阿尔茨海默症潜在风险基因的预测 被引量：1
3
作者 樊婷 王举 《航天医学与医学工程》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期497-502,共6页
目的运用生物信息学方法揭示阿尔茨海默症(AD)的生物学过程和通路,预测疾病潜在风险基因。方法首先对收集的AD易感基因进行基因本体论分析和通路富集分析发掘易感基因涉及的生物学过程和通路,并且提取关键的通路串话聚类模块;应用施泰... 目的运用生物信息学方法揭示阿尔茨海默症(AD)的生物学过程和通路,预测疾病潜在风险基因。方法首先对收集的AD易感基因进行基因本体论分析和通路富集分析发掘易感基因涉及的生物学过程和通路,并且提取关键的通路串话聚类模块;应用施泰纳最小树算法构建AD特异性蛋白质子网络,预测潜在风险基因。结果研究得到587个AD易感基因。进行GO和通路富集分析得到参与AD的显著性生物学过程和48条关键通路。通过分析特异性子网络,预测出5个潜在风险基因:HSP90AB1、PRKACA、GRB2、PPP1CA和PRKN。结论AD的发生可能是不同系统的通路共同异常所导致,免疫系统在其中发挥较为重要的作用;预测得到5个AD潜在易感基因。 展开更多
关键词 阿尔茨海默症 通路富集分析 通路串话网络 GO分析 特异性子网络
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构建个体特异性异常指标探测复杂疾病网络临界点
4
作者 黄煜林 王全迪 《计算生物学》 2018年第4期59-69,共11页
探测复杂疾病临界点对疾病早期诊断至关重要,通过对高通量的生物分子数据的挖掘,本文提出一种结合个体特异性网络与隐马尔科夫模型的方法,构建个体特异性异常指标,以探测从相对健康期到疾病临界期的临界点。为验证该方法的有效性,将该... 探测复杂疾病临界点对疾病早期诊断至关重要,通过对高通量的生物分子数据的挖掘,本文提出一种结合个体特异性网络与隐马尔科夫模型的方法,构建个体特异性异常指标,以探测从相对健康期到疾病临界期的临界点。为验证该方法的有效性,将该方法分别应用在模拟数据集、肺部急性损伤数据、前列腺癌数据中,均成功在疾病恶性突变前找到其各自的临界点。信号基因的有效性和敏感性都通过生物功能分析得到了验证。 展开更多
关键词 复杂疾病网络 临界点 隐马尔科夫模型 个体特异性网络
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基于细胞类型特异性网络的雷公藤治疗类风湿性关节炎作用机制解析
5
作者 任兴德 纪徐维晟 +1 位作者 刘淑明 王耘 《中国现代中药》 CAS 2022年第6期1059-1066,共8页
目的:基于细胞类型特异性网络研究雷公藤治疗类风湿性关节炎(RA)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集雷公藤的化学成分;通过Similarity Ensemble Approach数据库检索雷公藤有效成分的靶点;通过TTD数据库检... 目的:基于细胞类型特异性网络研究雷公藤治疗类风湿性关节炎(RA)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集雷公藤的化学成分;通过Similarity Ensemble Approach数据库检索雷公藤有效成分的靶点;通过TTD数据库检索RA相关靶点;融合生化反应数据和细胞的基因表达数据,构建B淋巴细胞类型特异性网络;并基于实体语法系统对此网络进行定性推理,解析雷公藤治疗RA的作用机制。结果:发现雷公藤的9个有效成分通过18个靶点作用于21个RA相关靶点,通过调节B淋巴细胞转录因子活性、胞外信号传递、细胞活化发挥治疗RA作用;提取其中1个子网络进行分析发现,雷公藤的有效成分白桦脂酸通过抑制酪氨酸蛋白磷酸酶非受体1型(PTPN1)而抑制了RA疾病相关靶点酪氨酸蛋白激酶(SYK)的活化,从而调节RA的疾病状态。结论:雷公藤通过多种机制起到系统治疗RA的作用。 展开更多
关键词 雷公藤 类风湿性关节炎 细胞类型特异性网络 机制解析
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