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内质网应激通路相关蛋白IRE1、PERK、ATF6在舌鳞癌中的表达及其功能的生物信息学分析
1
作者 张勇涛 李霞 +3 位作者 李晓齐 买丽亚木古丽·阿布都克尤木 张贵程 齐鲁 《生物化工》 CAS 2023年第5期1-6,18,共7页
目的:本研究旨在通过生物信息学方法系统分析肌醇需求酶1(Inositol-Requiring Enzyme 1,IRE1)、蛋白激酶R样内质网激酶(Protein Kinase R-like Endoplasmic Reticulum Kinase,PERK)、激活转录因子6(Activating Transcription Factor 6,A... 目的:本研究旨在通过生物信息学方法系统分析肌醇需求酶1(Inositol-Requiring Enzyme 1,IRE1)、蛋白激酶R样内质网激酶(Protein Kinase R-like Endoplasmic Reticulum Kinase,PERK)、激活转录因子6(Activating Transcription Factor 6,ATF6)在舌鳞癌中的表达及意义。方法:使用GEO、Kaplan-Meier Plotter、GeneMANIA、DAVID等多个数据库对IRE1、PERK、ATF6在舌鳞癌中的表达与预后价值、相互蛋白作用网络及功能富集进行综合分析。结果:ATF6在舌鳞癌组织中表达高于癌旁正常组织,差异具有统计学意义(P <0.05)。IRE1及PERK高表达组患者总生存率(OS)高于低表达组,ATF6高表达组患者OS低于低表达组,差异均具有统计学意义(P <0.05)。本研究筛选出与IRE1、PERK、ATF6相互作用的蛋白质各20个并进行GO富集分析。IRE1及相关蛋白富集于内质网、线粒体等细胞组分中,具有蛋白质结合、蛋白磷酸酶结合等分子功能,参与内质网应激反应、泛素依赖性ERAD途径等生物学过程。PERK及相关蛋白富集于胞液、细胞膜等细胞组分中,具有翻译起始因子活性、RNA结合等分子功能,参与内质网未折叠蛋白反应、细胞对葡萄糖饥饿的反应等生物学过程。ATF6及其相关蛋白富集于内质网、细胞核等细胞组分中,具有转录调控区序列特异性DNA结合、蛋白质异二聚化活性等分子功能,参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、内质网未折叠蛋白反应等生物学过程。结论:ATF6在舌鳞癌组织中呈现高表达,同IRE1、PERK与舌鳞癌患者不良预后相关。在未来抗肿瘤治疗中,IRE1、PERK、ATF6可能成为舌鳞癌的诊断和治疗的新选择。 展开更多
关键词 舌鳞癌 肌醇需求酶1(IRE1) 蛋白激酶R样内质网激酶(PERK) 激活转录因子6(atf6) 生物信息学
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山羊ATF6基因重组慢病毒干扰载体的构建及鉴定
2
作者 付饶 李会玲 +3 位作者 王磊 杨迪琦 温鑫 靳亚平 《动物医学进展》 北大核心 2019年第5期22-27,共6页
为了研究ATF6通路介导的山羊胎盘滋养层细胞(goat trophoblast cell,GTC)凋亡的作用机制,需要构建激活转录因子6(ATF6)基因慢病毒干扰载体用于试验。采用RNA干扰技术,设计合成以山羊ATF6基因CDS区为靶点的shRNA,构建重组慢病毒载体、慢... 为了研究ATF6通路介导的山羊胎盘滋养层细胞(goat trophoblast cell,GTC)凋亡的作用机制,需要构建激活转录因子6(ATF6)基因慢病毒干扰载体用于试验。采用RNA干扰技术,设计合成以山羊ATF6基因CDS区为靶点的shRNA,构建重组慢病毒载体、慢病毒包装、慢病毒转染、RT-qPCR和Western blot等方法,筛选出干扰效率达60%的shRNA干扰片段,构建出可用于今后ATF6通路相关研究的重组慢病病毒干扰载体,为山羊妊娠相关研究提供材料。 展开更多
关键词 激活转录因子6(atf6) 内质网应激 短发夹RNA(shRNA) 慢病毒
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水牛ATF3基因的克隆、组织差异表达和功能初步分析
3
作者 仝迎欣 刘婧予 +2 位作者 张辉杨 张盈盈 周芳廷 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2023年第9期60-66,132,共8页
为了揭示水牛激活转录因子3(ATF3)基因的结构与功能,试验克隆了水牛ATF3基因的完整编码区(CDS)序列,采用生物信息学方法初步分析其编码产物的理化特性、结构及功能,再通过实时荧光定量PCR方法检测该基因的组织差异表达情况。结果表明:水... 为了揭示水牛激活转录因子3(ATF3)基因的结构与功能,试验克隆了水牛ATF3基因的完整编码区(CDS)序列,采用生物信息学方法初步分析其编码产物的理化特性、结构及功能,再通过实时荧光定量PCR方法检测该基因的组织差异表达情况。结果表明:水牛ATF3基因的完整CDS序列长为546 bp,编码181个氨基酸。水牛ATF3基因的氨基酸序列与普通牛、瘤牛、牦牛、山羊和绵羊的同源性在98.3%以上。在基于核苷酸和氨基酸序列构建的系统发育树中,水牛与牛科的其他物种普通牛、瘤牛、牦牛聚集在一起。水牛ATF3蛋白属于亲水性蛋白质,没有信号肽和跨膜结构,含有亮氨基拉链(bZIP)保守结构域,定位于细胞核中。ATF3蛋白的二级结构中α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲占比分别为51.93%、8.84%、6.08%和33.15%,三级结构与人的ATF3蛋白(5vpe.2.A)有45%的相似度。ATF3蛋白具有转录调控因子活性,通过选择性和非共价结合到顺式调控区域内特定的双链基因组DNA序列中来调节基因组的转录。水牛ATF3基因在肌肉、乳腺、心脏和肾脏中的相对表达量较高,在其余组织中低表达或几乎不表达,且该基因在泌乳期水牛乳腺中的相对表达量显著高于非泌乳期水牛(P<0.05)。说明ATF3基因可能与水牛泌乳性状有关。 展开更多
关键词 水牛 激活转录因子3(atf3) 生物信息学分析 组织差异表达 功能
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转录因子ATF3对大鼠Gadd45β/γ基因启动活性的影响及其可能的结合部位 被引量：2
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作者 周梦雅 何风霞 +7 位作者 张婧 刘玉 虞天一 卢燕来 王璐璐 赵聃 邱文 王迎伟 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期26-32,共7页
目的 :构建大鼠生长阻滞及DNA损伤诱导基因45(growth arrest and DNA-damage-inducible gene 45,Gadd45)β/γ启动子(全长和截短)荧光素酶报告质粒,并观察在大鼠肾小球系膜细胞(glomerular messangial cells,GMCs)中过表达激活转录因子3... 目的 :构建大鼠生长阻滞及DNA损伤诱导基因45(growth arrest and DNA-damage-inducible gene 45,Gadd45)β/γ启动子(全长和截短)荧光素酶报告质粒,并观察在大鼠肾小球系膜细胞(glomerular messangial cells,GMCs)中过表达激活转录因子3(activating transcription factor 3,ATF3)后分别对大鼠Gadd45β/γ基因启动活性的影响。同时筛选其可能的ATF3结合位点。方法:采用PCR技术,将扩增出的大鼠Gadd45β基因启动子全长(-1 105^+236 nt)和Gadd45γ基因启动子全长(-913^+72nt)分别插入到荧光素酶报告基因载体p GL3-basic中,获得Gadd45β/γ基因启动子全长荧光素酶报告质粒(p GL3-Gadd45β/γ-FL),再将p GL3-Gadd45β/γ-FL分别与课题组前期构建的大鼠野生型ATF3过表达质粒(p IRES2/ATF3)共转染GMCs,检测其荧光素酶活性,以确定ATF3对Gadd45β/γ基因的启动作用。另用生物信息学软件预测Gadd45β/γ基因启动子上ATF3潜在的结合位点,并据此构建4个Gadd45β和3个Gadd45γ基因启动子截短片段的荧光素酶报告质粒。将Gadd45β/γ基因启动子全长和各截短片段的荧光素酶报告质粒与p IRES2/ATF3共转染GMCs,再行荧光素酶活性测定,以筛选ATF3的结合位点。结果:菌液PCR及核酸测序证实,大鼠Gadd45β/γ基因启动子(全长和截短)的荧光素酶报告质粒均构建成功。将p GL3-Gadd45β/γ-FL分别和p IRES2/ATF3共转染GMCs发现,Gadd45β/γ基因启动子活性均显著增加。而将Gadd45β启动子全长及4个截短质粒分别与p IRES2/ATF3共转染GMCs后显示,p GL3-Gadd45β-4的启动活性显著低于p GL3-Gadd45β-FL、p GL3-Gadd45β-1、p GL3-Gadd45β-2和p GL3-Gadd45β-3。提示ATF3可能结合在Gadd45β基因启动子的(-146^+23 nt)区域。同样,将Gadd45γ启动子全长及3个截短质粒分别与p IRES2/ATF3共转染GMCs后显示,p GL3-Gadd45γ-2、p GL3-Gadd45γ-3的启动活性显著低于p GL3-Gadd45γ-FL和p GL3-Gadd45γ-1。提示ATF3可能结合在Gadd45γ基因启动子的(-456^-61 nt)区� 展开更多
关键词 生长阻滞和DNA损伤基因45(Gadd45) 激活转录因子3(atf3) 荧光素酶报告质粒 启动子活性
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miR-335-5p和ATF2在宫颈癌中表达及临床意义 被引量：1
5
作者 彭丽娟 任俊奇 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2021年第22期4921-4924,共4页
目的观察宫颈癌组织中miR-335-5p和激活转录因子ATF2的表达变化,并探讨其临床意义及与患者预后的关系。方法收集手术切除后存档的宫颈癌组织石蜡包埋标本75例,另取同期因子宫肌瘤行全子宫切除存档的健康宫颈组织标本75例作为对照组。回... 目的观察宫颈癌组织中miR-335-5p和激活转录因子ATF2的表达变化,并探讨其临床意义及与患者预后的关系。方法收集手术切除后存档的宫颈癌组织石蜡包埋标本75例,另取同期因子宫肌瘤行全子宫切除存档的健康宫颈组织标本75例作为对照组。回顾性分析宫颈癌患者临床资料,采用实时荧光PCR(qRT-PCR)法检测宫颈癌组织和健康宫颈组织miR-335-5p表达水平;采用Western印迹法和免疫组化SP法检测各组宫颈组织中ATF2蛋白表达,分析其与宫颈癌临床病理特征的关系;对全部患者进行随访,分析miR-335-5p、ATF2表达与预后的关系。结果宫颈癌组织中miR-335-5p表达显著低于健康宫颈组织(P<0.05),ATF2蛋白表达水平及阳性表达率显著高于健康宫颈组织(P<0.05);宫颈癌患者miR-335-5p表达水平与肿瘤分化程度、淋巴结转移和HPV感染有关(P<0.05),ATF2表达水平与宫颈癌患者FIGO分期、病理分型、肿瘤分化程度及淋巴结转移相关(P<0.05);宫颈癌组织中miR-335-5p高表达患者术后3年复发率及死亡率均显著高于miR-335-5p低表达组(P<0.05);宫颈癌患者中ATF2高表达者术后3年肿瘤复发率及死亡率均高于ATF2低表达者(P<0.05)。结论宫颈癌组织中miR-335-5p表达显著下调,ATF2表达明显上调,二者与宫颈癌淋巴结转移、肿瘤分化程度等临床病理特征及术后复发生存情况有关,可能作为患者不良预后的预测指标。 展开更多
关键词 宫颈癌 miR-335-5p 激活转录因子(atf)2 免疫组织化学 预后
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凡纳滨对虾ATF-2分子克隆及表达特征分析 被引量：1
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作者 姚德福 阮灵伟 施泓 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2016年第2期190-197,共8页
激活转录因子-2(ATF-2)作为细胞内应激活化蛋白激酶下游效应分子,参与调控了生物体诸如细胞增殖、凋亡以及免疫炎症反应等许多细胞生物学过程.本研究首次从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)中克隆得到了ATF-2基因全长编码序列,命名为Lv... 激活转录因子-2(ATF-2)作为细胞内应激活化蛋白激酶下游效应分子,参与调控了生物体诸如细胞增殖、凋亡以及免疫炎症反应等许多细胞生物学过程.本研究首次从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)中克隆得到了ATF-2基因全长编码序列,命名为Lv ATF-2.序列分析表明,Lv ATF-2基因开放阅读框长1 719 bp,可编码572个氨基酸.其编码的蛋白具有特征性的锌指结构和碱性亮氨酸拉链结构域,并且在N端具有两个保守的苏氨酸磷酸化位点(Thr71和Thr73).进一步的系统进化树分析显示,Lv ATF-2蛋白与脊椎动物及软体动物ATF-2蛋白聚为一簇,且与软体动物ATF-2蛋白亲缘关系更近.半定量RT-PCR结果显示,Lv ATF-2基因在所检测的各个组织中均有转录,但在鳃和肠道中转录量较高.此外Lv ATF-2基因在白斑综合症病毒(WSSV)感染早期转录水平显著下降,提示该基因与WSSV感染密切相关,可能参与了对虾应答病毒的免疫反应过程.本文通对Lv ATF-2基因的克隆与表达特征分析,为将来研究该基因在对虾免疫应答过程中的功能提供了依据. 展开更多
关键词 海洋生物学 凡纳滨对虾 激活转录因子-2(atf-2) 白斑综合症病毒(WSSV) 分子克隆
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