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题名一种基于混沌游走表示法的种系发生树构建
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作者
陈勃
季平
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机构
福州大学数学与计算机科学学院
香港理工大学工业与系统工程学系
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出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2012年第8期2956-2960,共5页
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基金
国家自然科学基金资助项目(41076059)
福建省自然科学基金计划项目(2012J05114)
福建省科技创新平台计划项目(2009J1007)
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文摘
针对生物信息学领域中种系发生树构建这一重要课题的需要,利用DNA碱基序列的频度混沌游走表示法,提出一种碱基序列自重复性的度量和一种序列间相关性的度量,并由此出发,提出了一种新的以此种相关性为依据的聚类方法。利用这样的方法,通过GenBank中获取的线粒体DNA数据构建了一棵包含20个物种的种系发生树。实验结果验证了新提出的度量方法以及聚类方法在种系发生树构建问题上的有效性。此外,由于这种方法使用碱基序列的图形表示法,而非传统的串形表示法,避免了建树过程中序列间联配的步骤。
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关键词
种系发生树
混沌游走表示法
聚类
序列分析
生物信息学
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Keywords
phylogenetic tree
chaos game representation （CGR）
clustering
sequence analysis
bioinformatics
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分类号
TP391
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名基于蛋白质CGR的线粒体蛋白质序列比对
被引量：3
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作者
张立婷
管维红
徐振源
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机构
江南大学信息工程学院
江南大学理学院
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出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2008年第13期50-53,共4页
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文摘
利用蛋白质混沌游走表示法(PCGR)提出一种新的蛋白质序列比对方法。通过计算两序列之间的PCGR点距离,就可以找到所有的局部相似片断。根据氨基酸的化学物理性质把氨基酸分成4和7类,针对分类与无分类的各种情况进行蛋白质序列比对。为了更直观地描述比对结果,采用点阵图来表示比对数据,不仅能显示两序列间所有相同片断,还可以体现出序列的相似性。
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关键词
蛋白质混沌游走表示法
蛋白质序列比对
氨基酸分类
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Keywords
chaos game representation of protein
sequence alignment of protein
classification of amino acid
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分类号
TP31
[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
Q811.4
[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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题名蛋白质序列的多重分形性质及其Rényi熵率
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作者
张立婷
徐振源
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机构
江南大学信息工程学院
江南大学理学院
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出处
《江南大学学报（自然科学版）》
CAS
2008年第4期500-504,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(10372054
60575038)
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文摘
一系列DNA和蛋白质序列的可视化研究通过几何图像形式展现了序列结构,从CGR到k串理论,只是通过迭代法把相应的碱基或氨基酸转化成数值,进而绘制成图形,没有对应的严格数学理论支持.文中将分形理论与信息论方法相结合,把蛋白质混沌游走表示法的多重分形维数和符号序列的Rényi熵率之间通过概率测度μ建立对应关系,从而使蛋白质序列的研究转为符号序列的可视化分析,在生物信息学上具有一定的应用前景.
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关键词
蛋白质混沌游走表示法
多重分形维数
Renyi熵率
迭代函数系统
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Keywords
chaos game representation of protein
multifractal dimensions
Renyi entropy rate
iterative function system
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分类号
O415
[理学—理论物理]
Q811.4
[理学—物理]
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