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rDNA-ITS序列分析在真菌鉴定中的应用 被引量:136
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作者 燕勇 李卫平 +3 位作者 高雯洁 沈志英 王恒辉 陈黎霞 《中国卫生检验杂志》 CAS 2008年第10期1958-1961,共4页
目的:通过对3株真菌的rDNA-ITS序列进行分析,以探讨、说明基于核糖体RNA基因(即rDNA)内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)的多态性的序列分析(rDNA-ITS序列分析)在真菌鉴定中的应用。方法:通过PCR扩增与测序的方法测得待检... 目的:通过对3株真菌的rDNA-ITS序列进行分析,以探讨、说明基于核糖体RNA基因(即rDNA)内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)的多态性的序列分析(rDNA-ITS序列分析)在真菌鉴定中的应用。方法:通过PCR扩增与测序的方法测得待检真菌菌株的rDNA-ITS序列,从GENBANK获取相似序列,使用BLAST和DNAMAN工具对rDNA-ITS序列进行比对分析。结果:1号真菌菌株与Xylariales sp.LM40(属炭角菌目)同源性高,但尚不能鉴定到具体的属、种;2号真菌菌株可鉴定到种,为草酸青霉Penicillium oxalicum;3号真菌菌株可鉴定到种内组水平,为近平滑假丝酵母III组(最新命名为Candida metapsilosis)。结论:相对于传统的真菌形态学鉴定方法,rDNA-ITS序列分析用于真菌鉴定更客观、省时、简便、快速,但目前也存在一定的应用限制(受基因库的完善程度、高度同源性序列的多少以及具体物种ITS区的可变程度等影响)并不能鉴定出所有真菌,宜与传统的形态学鉴定方法相结合用于真菌鉴定。 展开更多
关键词 RDNA 内转录间隔区(ITS) PCR 测序 真菌 鉴定
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松材线虫rDNA的测序和 PCR-SSCP分析 被引量:63
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作者 张立海 廖金铃 冯志新 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期84-89,共6页
本文为克服形态鉴定的不足 ,用分子生物学的方法鉴别松材线虫。线虫核糖体 DNA(r DNA)的内部转录间隔区 (ITS1)区 (约 30 8bp)的测序结果显示 :松材线虫种内区别很小 ,不超过 1bp;拟松材线虫种内区别较大 ,最大达 7bp;这 2种线虫的种间... 本文为克服形态鉴定的不足 ,用分子生物学的方法鉴别松材线虫。线虫核糖体 DNA(r DNA)的内部转录间隔区 (ITS1)区 (约 30 8bp)的测序结果显示 :松材线虫种内区别很小 ,不超过 1bp;拟松材线虫种内区别较大 ,最大达 7bp;这 2种线虫的种间区别为 32~ 39bp。根据以上测序结果 ,本文结合单条线虫 DNA的提取技术 ,对 14个松材线虫和拟松材线虫样本进行了单链构象多态性 (PCR-SSCP)分析 ,结果表明 PCR- SSCP分析技术可明确区分这 2种线虫 ,该技术可为单条松材线虫的鉴定提供一套灵敏而可靠的方法。 展开更多
关键词 松材线虫 测序 核糖体DNA ITS PCR-SSCP分析 鉴定方法 森林病害
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TTV在非甲-庚型肝炎患者中的检测、克隆及测序 被引量:57
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作者 周伯平 马为民 +5 位作者 孙彤 王火生 徐六妹 袁静 蒋小玲 付涌水 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 1998年第3期131-133,共3页
目的分析TTV(Transfusiontransmitedvirus)深圳分离株ORF1部分基因序列。方法在TTVORF1设计引物,建立巢式聚合酶链反应(Nested-PCR),检测40例广东地区非甲-庚型肝炎患者血... 目的分析TTV(Transfusiontransmitedvirus)深圳分离株ORF1部分基因序列。方法在TTVORF1设计引物,建立巢式聚合酶链反应(Nested-PCR),检测40例广东地区非甲-庚型肝炎患者血清中TTVDNA。对PCR产物进行分子克隆,以荧光法(AppliedBiosystems,373A)测序。结果40例非甲-庚型肝炎中21例TTVDNA阳性(52.5%)。对其中一株TTV(SZ1)ORF1部分基因克隆、测序,并与Okamoto等报道的2株(N22、G1a)相比较,其核苷酸序列的同源性分别为96.7%与97.4%。结论本研究证实我国华南地区存在TTV感染。 展开更多
关键词 病毒性肝炎 非甲-庚型肝炎 TTV测定 克隆 测序
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脂联素受体在胰岛细胞表达,脂联素促进胰岛素的分泌 被引量:34
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作者 顾卫琼 陈名道 +7 位作者 顾元骏 唐金凤 孙首悦 刘长勤 洪洁 张翼飞 李小英 宁光 《中华内分泌代谢杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期68-70,共3页
目的检测脂联素受体(AR)在大鼠胰岛细胞的表达和脂联素对体外胰岛细胞分泌胰岛素的影响.方法 RT-PCR和免疫细胞化学方法检测AR1、AR2的mRNA和蛋白表达;并在体外用脂联素(100 μg/L)和不同浓度葡萄糖(3.3,5.6,16.7 mmol/L)处理胰岛细胞,... 目的检测脂联素受体(AR)在大鼠胰岛细胞的表达和脂联素对体外胰岛细胞分泌胰岛素的影响.方法 RT-PCR和免疫细胞化学方法检测AR1、AR2的mRNA和蛋白表达;并在体外用脂联素(100 μg/L)和不同浓度葡萄糖(3.3,5.6,16.7 mmol/L)处理胰岛细胞,放免法测定上清液的胰岛素浓度.结果 RT-PCR扩增出胰岛AR1和AR2基因,并经直接和亚克隆测序证实;胰岛免疫细胞化学荧光染色AR1和AR2呈阳性;经脂联素处理后的胰岛细胞,在高糖(16.7 mmol/)培养6~24 h,其胰岛素分泌持续增加(均P<0.05).结论胰岛细胞上存在AR1和AR2,以前者为主.在高糖情况下,一定浓度的脂联素可在体外促进胰岛细胞的胰岛素分泌和释放. 展开更多
关键词 胰岛细胞 AR 体外 脂联素受体 胰岛素 表达 分泌 亚克隆 RNA 测序
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石油降解菌的分离鉴定及石油污染土壤的细菌多样性 被引量:44
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作者 任随周 郭俊 +3 位作者 邓穗儿 岑英华 孙永革 孙国萍 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第12期3314-3322,共9页
从石油污染的土壤中分离筛选到28株石油降解菌,经鉴定分别为短杆菌属、假单胞菌属、邻单胞菌属和微球菌属;对4个石油不同程度污染的土壤样品中嗜油微生物分布状况进行分析,发现污染严重的土壤样品中嗜油菌的数量相对较多;用聚合酶链式反... 从石油污染的土壤中分离筛选到28株石油降解菌,经鉴定分别为短杆菌属、假单胞菌属、邻单胞菌属和微球菌属;对4个石油不同程度污染的土壤样品中嗜油微生物分布状况进行分析,发现污染严重的土壤样品中嗜油菌的数量相对较多;用聚合酶链式反应(PCR)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)和切胶测序相结合的方法对4个土壤样品中的细菌多样性进行分析,结果显示在受污染的土壤中,My cobacterium和B acillus在污染程度较低的样品中分布的较为集中,F lavobacterium和A zosp ira在污染程度较高的样品中丰度较高。属于B eta p roteobacterium类群的细菌在受污染的土壤中占有优势,同时还有一些不可培养的菌群存在。气质联用(GC-M S)分析结果表明石油污染程度及污染物中芳香烃类的含量对细菌多样性有着显著影响。在石油污染程度高,芳香烃类含量高的样品中细菌的多样性相对较低。 展开更多
关键词 石油降解菌 分离鉴定 菌群多样性DGGE 测序
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人类基因组MHC测序及其免疫学意义 被引量:30
6
作者 范丽安 周光炎 《上海免疫学杂志》 CSCD 北大核心 1999年第6期321-322,333,共3页
关键词 人类基因组 MHC 测序 免疫学
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特定序列脱氧核糖核酸电化学生物传感器进展 被引量:22
7
作者 杨丽菊 彭图治 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2001年第3期355-360,共6页
对当今电分析化学中的研究热点之一———脱氧核糖核酸 (DNA)的电化学生物传感技术的最新进展进行了综述 ,评述了其发展前景。
关键词 脱氧核糖核酸 电化学生物传感器 DNA 电分析化学 测序
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猕猴桃ACC氧化酶cDNA克隆及全序列测定 被引量:20
8
作者 任小林 金志 +2 位作者 彭世清 李嘉瑞 郑学勤 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第4期333-337,共5页
从‘秦美’猕猴桃(ActinidiadeliciosaC.F.LiangetA.R.Ferguson.cv.Qinmei)呼吸高峰跃变初期的果实中提取总RNA,然后纯化得mRNA,用Oligo(dT)作为引物反转录... 从‘秦美’猕猴桃(ActinidiadeliciosaC.F.LiangetA.R.Ferguson.cv.Qinmei)呼吸高峰跃变初期的果实中提取总RNA,然后纯化得mRNA,用Oligo(dT)作为引物反转录合成cDNA第一链,以此为模板,用人工合成的寡聚核苷酸作为引物进行扩增,得到大小约0.95Kb基因片段,并将其克隆到pGEM-5zf(+)载体上。经限制性内切酶图谱分析,组建亚克隆并进行了全序列测定,在其开放读码框架内,由957个bp编码319个氨基酸组成,该cDNA与海沃德ACC氧化酶cDNA的核苷酸和氨基酸残基同源率分别达95.01%和95.61%,证明己克隆到完整的秦美猕猴桃ACC氧化酶基因编码区。 展开更多
关键词 猕猴桃 ACC氧化酶 基因克隆 测序
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猪生殖和呼吸综合征病毒B_(13)株ORF7基因的克隆及在杆状病毒系统中的表达 被引量:21
9
作者 赵耘 罗长宝 +4 位作者 陈茹 林志雄 李树根 陈博文 刘尚高 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期75-80,共6页
利用单管RT PCR方法扩增猪生殖和呼吸综合征病毒 (PRRSV)分离株B13 株包括ORF7基因的片段 ,并对其序列进行了测定 ,结果PRRSV分离株B13 ORF7基因长度为 384bp ,编码 12 8个氨基酸组成的 15kD蛋白。与已发表的PRRSVLV株、VR 2 332株进行... 利用单管RT PCR方法扩增猪生殖和呼吸综合征病毒 (PRRSV)分离株B13 株包括ORF7基因的片段 ,并对其序列进行了测定 ,结果PRRSV分离株B13 ORF7基因长度为 384bp ,编码 12 8个氨基酸组成的 15kD蛋白。与已发表的PRRSVLV株、VR 2 332株进行同源性比较 ,发现核苷酸同源性分别为 99 2 %、5 9 4% ;氨基酸同源性分别为98 4%、5 4 7%。表明PRRSV分离株B13 在基因结构上可能与LV株同属于欧洲亚群。同时构建了重组转移载体质粒 pAcGHLT B ORF7,用该重组转移载体质粒与线性化苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒 (AcMNPV SVI-G)基因组DNA(baculogoldlinearizedbaculovirusDNA)共转染草地夜蛾 (Spodoptcrafrugiperda ,Sf9)细胞 ,得到重组病毒AcMNPV OCC- GST 6xHis ORF7。在感染了重组病毒的Sf9细胞中检测到分子量为 46kD的ORF7基因的GST融合蛋白表达产物 ,能被猪抗PRRSVB13 株多克隆血清所特异识别。 展开更多
关键词 猪生殖和呼吸综合征病毒 PRRSV ORF7基因 测序 杆状病毒表达载体 表达
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基因芯片及其在医学研究中的意义 被引量:26
10
作者 张天宝 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第1期91-94,98,共5页
关键词 基因芯片 基因表达 DNA 测序
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文冠果雄蕊发育的解剖学及雄性不育蛋白的研究 被引量:33
11
作者 马凯 高述民 +3 位作者 胡青 程朋军 吴江黛 李凤兰 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期40-42,i001,共4页
研究文冠果雄性不育机理 ,该文观察了文冠果雄蕊发育的形态及解剖结构 ,并通过双向电泳方法对花药蛋白进行差异分析 .结果表明 :①两性花花药和雄花长、短花丝花药中均含有具萌发能力的花粉粒 ,但两性花的饱满花粉粒比雄花的饱满花粉粒... 研究文冠果雄性不育机理 ,该文观察了文冠果雄蕊发育的形态及解剖结构 ,并通过双向电泳方法对花药蛋白进行差异分析 .结果表明 :①两性花花药和雄花长、短花丝花药中均含有具萌发能力的花粉粒 ,但两性花的饱满花粉粒比雄花的饱满花粉粒少 ,两性花花粉败育可能发生在双核花粉粒时期 ;②雄花的短花丝后期能伸长 ,花药能正常开裂散粉 ,而两性花的花丝始终不伸长 ,花药不能开裂 ,这表明文冠果雄性不育的症结主要在于花药不能正常开裂 ,其次在于部分花粉败育 ;③在蕾期 ,两性花花药蛋白与雄花花药蛋白无差异 ;至开花期 ,至少有 2个多肽(B1 ,B2 )的表达存在差异 .对B1 进行了纯化和测序 ,序列为AGSDDVKVPIHPGSG .经蛋白质数据库检索 ,尚无与之同源的序列 . 展开更多
关键词 文冠果 雄蕊 显微结构 雄性不育 特异蛋白 分离与纯化 测序
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利用DNA池和测序技术快速筛查SNPs及估算基因频率 被引量:32
12
作者 崔建勋 杜红丽 张细权 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第4期372-377,共6页
选取产蛋性能具有明显差异的 4个鸡品种(莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡 )构建品种DNA池,采用测序的方法研究鸡催乳素基因 5′侧翼调控区远端序列 (1 028bp)的多态性,快速筛查到 8个可能与产蛋性能相关的SNPs(C 2402T、T 21... 选取产蛋性能具有明显差异的 4个鸡品种(莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡 )构建品种DNA池,采用测序的方法研究鸡催乳素基因 5′侧翼调控区远端序列 (1 028bp)的多态性,快速筛查到 8个可能与产蛋性能相关的SNPs(C 2402T、T 2192C、C 2161G、C 2134G、C 2062G、G 2040A、A 1944G和C 1884A)。进一步利用测序图中SNP等位基因峰高的比值估算各鸡品种等位基因的频率,其中C 2402T、C 2161G、C 1884A和C 2062G、G 2040A位点等位基因频率的估算结果分别被PCR RFLP、PCR SSCP所验证,说明测序峰高比值估算等位基因频率的方法具有一定的可行性。 展开更多
关键词 DNA池 测序 单核苷酸多态性(SNPs) 基因频率
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中国人群中Del表型分子背景研究 被引量:31
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作者 李勤 叶璐夷 +2 位作者 郭忠慧 钱旻 朱自严 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期486-491,共6页
目的研究Del表型的分子基础,并探寻新的Del等位基因。方法 515名经血清学方法确定的RhD阴性血样用吸收放散试验筛选并确认Del表型。Del的基因组DNA通过多重PCR(multiplex poly-merase chain reaction,MPX PCR)检测RHD基因;用序列特异性... 目的研究Del表型的分子基础,并探寻新的Del等位基因。方法 515名经血清学方法确定的RhD阴性血样用吸收放散试验筛选并确认Del表型。Del的基因组DNA通过多重PCR(multiplex poly-merase chain reaction,MPX PCR)检测RHD基因;用序列特异性引物PCR(sequence-specific primer-polymerase chainreaction,PCR-SSP)检测Del等位基因:RHD(K409K)和RHD(M295I)。经PCR-SSP筛选,结果为阴性的样品通过基因组DNA测序及cDNA测序分析其分子背景。结果吸收放散试验共检出Del 79名。经多重PCR检测,79份样品均带有RHD第3、4、5、6、7、9特异性外显子。PCR-SSP结果显示,75名Del具有RHD(K409K)等位基因,无Del样品带有RHD(M295I)等位基因。经测序发现4名新RHD等位基因:RHD3G→A(GenBank DQ310735) ,RHD28C→T,RHD53T→C(GenBank DQ451877、DQ451878) ,RHD251T→C(GenBank DQ310734)。结论 Rh血型系统非常复杂,新的D变异表型和新的RHD等位基因可能被不断发现。 展开更多
关键词 RHD基因 DEL表型 遗传多态性 等位基因 测序
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巢式PCR分析电离辐射诱导人外周血线粒体DNA4977bp缺失 被引量:25
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作者 封江彬 陆雪 +2 位作者 陈德清 陈晓穗 刘青杰 《中华放射医学与防护杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期533-536,共4页
目的 探索对不同剂量电离辐射诱导的人外周血线粒体DNA 4 977bp缺失进行分析的方法。方法 采用 3对引物对γ射线诱导的人外周血线粒体DNA缺失进行PCR扩增 ,建立对人线粒体DNA 4 977bp缺失进行分析的巢式PCR方法 ,扩增线粒体DNA缺失区... 目的 探索对不同剂量电离辐射诱导的人外周血线粒体DNA 4 977bp缺失进行分析的方法。方法 采用 3对引物对γ射线诱导的人外周血线粒体DNA缺失进行PCR扩增 ,建立对人线粒体DNA 4 977bp缺失进行分析的巢式PCR方法 ,扩增线粒体DNA缺失区片段 ,纯化PCR产物进行测序。采集 5例正常人外周血进行 0~ 5Gy6 0 Coγ射线的外照射 ,利用巢式PCR技术 ,分析6 0 Coγ射线照射后外周血有核细胞中线粒体DNA 4 977bp缺失的发生情况。结果 用建立的巢式PCR方法可在受到照射的外周血样品中检测到mtDNA 4 977bp缺失。所有外周血样本在照射前均无线粒体DNA 4 977bp缺失 ,1~ 5Gy6 0 Coγ线照射后均诱导出此缺失。结论 本研究所建立的巢式PCR方法可用来分析电离辐射诱导的人外周血淋巴细胞线粒体DNA 4 977bp缺失。 展开更多
关键词 人外周血 巢式PCR 线粒体DNA 照射 缺失 ^60Coγ射线 电离辐射诱导 PCR产物 测序 纯化
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EST技术及其应用综述 被引量:15
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作者 于凤池 《中国农学通报》 CSCD 2005年第2期54-58,共5页
EST(Expressed Sequence Tag,EST)指的是一组cDNA的部分序列,一般长度为150~500bp,是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签.一个EST代表生物某一时期的某种组织或细胞的一个表达基因.主要综述了EST技... EST(Expressed Sequence Tag,EST)指的是一组cDNA的部分序列,一般长度为150~500bp,是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签.一个EST代表生物某一时期的某种组织或细胞的一个表达基因.主要综述了EST技术的原理方法以及EST技术在构建遗传学图谱、分离与鉴定新基因、基因表达谱的研究、比较基因组学的研究和制备DNA芯片等方面的应用. 展开更多
关键词 EST技术 基因表达谱 细胞基因 遗传学 新基因 DNA芯片 测序 比较基因组学 表达基因 表达序列标签
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中国家蚕基因组与21世纪丝绸之路 被引量:23
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作者 向仲怀 《蚕业科学》 CAS CSCD 2003年第4期321-322,共2页
由于西南农业大学和中国科学院北京基因组研究所暨华大基因研究中心的科学家的出色工作 ,中国家蚕基因组工作框架图于 2 0 0 3年 10月胜利完成。这是蚕业科学发展史上里程碑式的重大成果。家蚕全基因组有效长度为 4 5 0Mb ,这次绘制的... 由于西南农业大学和中国科学院北京基因组研究所暨华大基因研究中心的科学家的出色工作 ,中国家蚕基因组工作框架图于 2 0 0 3年 10月胜利完成。这是蚕业科学发展史上里程碑式的重大成果。家蚕全基因组有效长度为 4 5 0Mb ,这次绘制的框架图覆盖了家蚕全基因组的 95 .5 4 % ,达到了高质量工作框架图的要求。随着家蚕基因组框架图的完成 ,蚕业科学将进入以分子设计和生物信息为基础的新的发展阶段。紧密合作 ,共同奋斗 ,为 2 1世纪丝绸之路更加绚丽辉煌作出新的贡献 。 展开更多
关键词 中国 家蚕 基因组 21世纪 丝绸 工作框架图 2003年10月 霰弹法 测序
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紫背天葵高通量转录组测序分析 被引量:30
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作者 张少平 洪建基 +6 位作者 邱珊莲 郑云云 张帅 吴松海 何炎森 郑开斌 郑加协 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期935-946,共12页
为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21 387 624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中... 为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21 387 624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中超过1 kb的7 792个Unigene中共检测到2 387个SSR位点。对所得Unigene进行不同数据库注释,22 048和14 417个Unigene分别在Nr和Swiss Prot数据库有同源比对信息,并发现有29个Unigene与花青素合成相关;Pfam功能注释到13 909个Unigene分为5 198类相关蛋白功能区域,有12个Unigene涉及到花青素合成;GO注释到11 613个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类51个功能组,有24个Unigene与花青素合成有关;COG注释到的6 589个Unigene功能系统分为24类,而KOG注释到的13 498个Unigene功能系统分为25类;以KEGG数据库为参考,将4 466个Unigene定位到108个代谢途径分支,其中有47个Unigene与类黄酮生物合成相关。 展开更多
关键词 紫背天葵 转录组 测序 基因分析 功能注释
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我国HIV-1主要流行株外膜蛋白(env)基因V3~V4区变异及其与生物学特性的关系 被引量:25
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作者 邢辉 梁浩 +7 位作者 洪坤学 魏民 赵全壁 冯毅 陈建平 全宇 滕涛 邵一鸣 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期185-189,共5页
目的 研究我国HIV 1主要流行毒株亚型的envV3~V4区变异与生物学特性的关系。方法 应用nested PCR对 1 57份获自我国 1 2个省份的HIV 1毒株env区序列进行扩增 ,并使用ABI 377型测序仪测序 ,然后应用BLAST、GCG和MEGA等生物学软件或程... 目的 研究我国HIV 1主要流行毒株亚型的envV3~V4区变异与生物学特性的关系。方法 应用nested PCR对 1 57份获自我国 1 2个省份的HIV 1毒株env区序列进行扩增 ,并使用ABI 377型测序仪测序 ,然后应用BLAST、GCG和MEGA等生物学软件或程序对env基因V3~V4区序列进行分析。结果 B′亚型毒株V3顶端四肽存在着 4种类型 :GPGR ( 54% )、GPGQ ( 2 8% )、GPGK( 1 6 % )和GPGA( 2 % ) ,B′/C重组毒株全部为GPGQ( 1 0 0 % ) ,CRF0 1 AE重组毒株呈现GPGQ( 95% )和GPGR( 5% )两种类型 ;B′/C和CRF0 1 AE重组毒株V3~V4区及其临近区域N 糖基化位点比B′亚型毒株N 糖基化位点保守。而B′亚型毒株V3环的净电荷分别显著高于B′/C和CRF0 1 AE毒株 (P <0 .0 1 ) ;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况的结果显示 :B′亚型毒株有 9.2 6 %可能使用CCR5,7.4 1 %可能使用CXCR4 ,其余 83.33%不能对辅助受体的使用作出预测。所有B′/C重组毒株被预测可能使用CCR5。CRF0 1 AE重组毒株有 90 .4 8%被预测可能使用CCR5,没有被预测为使用CXCR4的序列 ,9.52 %不能作出预测。结论 B′亚型毒株大部分可能为NSI型 ,少部分可能为SI型 ,而B′/C和CRF0 1 AE重组毒株绝大部分为NSI型。我国主要流行株的V3~V4区尤其是V3环的氨基酸? 展开更多
关键词 生物学特性 流行株 外膜蛋白 基因 NESTED-PCR N-糖基化位点 HIV-1毒株 亚型毒株 CXCR4 可能使用 CCR5 辅助受体 氨基酸变异 ENU V3环 流行毒株 方法应用 功能限制 重组 预测 序列 GCG I型 测序 NS
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黄姑鱼转录组SSR的开发与验证 被引量:30
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作者 龚诗琦 王志勇 +2 位作者 肖世俊 林爱强 谢仰杰 《集美大学学报(自然科学版)》 CAS 2016年第4期241-246,共6页
利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到微卫星(simple sequence repeats,SSR)位点12 254个,其中单碱基、二碱基、三碱基重复分别约占42.70%、32.11%、23.44%,四碱基、五碱基、六碱基重复仅分别约占1.60%、0.09%、0.06%... 利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到微卫星(simple sequence repeats,SSR)位点12 254个,其中单碱基、二碱基、三碱基重复分别约占42.70%、32.11%、23.44%,四碱基、五碱基、六碱基重复仅分别约占1.60%、0.09%、0.06%。随机选出80个二至六碱基重复来设计PCR引物,有38对引物通过扩增可获得目的条带。利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的18个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价,结果显示:18个SSR的平均等位基因数为7.67,平均有效等位基因数为4.571,平均观测杂合度为0.3984,平均期望杂合度为0.7518,平均多态信息含量为0.6799,其中有15个位点表现出高多态性(多态信息含量>0.5)。与传统方法相比较,利用转录组测序数据开发微卫星标记更加省时、高效。 展开更多
关键词 黄姑鱼 微卫星 标记 转录组 测序
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中国人类基因组研究的现在与未来 被引量:25
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作者 强伯勤 方福德 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第5期455-460,共6页
关键词 中国 人类基因组研究 测序 功能基因组 发展战略
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