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代谢网络流分析进展及应用 被引量：11
1
作者 陈琦 王卓 魏冬青 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第14期1302-1309,共8页
代谢网络的研究已经成为系统生物学研究的一个热门话题,基于代谢网络流分析的方法在寻求生物体代谢网络特征中具有很重要的作用.回顾了几种主要的代谢网络静态分析方法如:流平衡分析(FBA)、代谢调节最小化分析(MOMA)、调节的开关最小化(... 代谢网络的研究已经成为系统生物学研究的一个热门话题,基于代谢网络流分析的方法在寻求生物体代谢网络特征中具有很重要的作用.回顾了几种主要的代谢网络静态分析方法如:流平衡分析(FBA)、代谢调节最小化分析(MOMA)、调节的开关最小化(ROOM)、含有二次线性规划的动态流平衡分析方法(DFBA-LQR)等.另外,介绍了几种常用的代谢网络流分析软件,如FluxAnalyzer,COBRA Toolbox,PathwayAnalyser,并对这些软件的性能进行了比较.代谢网络的研究不仅能使人们更好地了解代谢网络性质,也在很多方面得到了应用,将代谢网络流分析和其他生化数据分析方法整合起来的理念逐渐形成并已有所进展,如代谢流与基因表达调控的结合、代谢流对蛋白质进化的影响、代谢流与拓扑特征的关联分析、代谢工程优化改造等.今后的研究方向可以将代谢流分析与网络拓扑特征分析以及动态建模等结合起来以获得更全面更准确的代谢网络性质. 展开更多
关键词 代谢网络 流平衡分析 代谢调节最小化分析 基因调控 拓扑特征
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基于冠心病血瘀证心肌细胞能量代谢网络模型的流平衡分析 被引量：9
2
作者 袁肇凯 简维雄 +3 位作者 黄献平 张月娟 孙安会 夏世靖 《湖南中医药大学学报》 CAS 2016年第2期20-24,共5页
目的探讨冠心病(coronary artery heart disease,CHD)急、慢性血瘀证心肌细胞能量代谢的变化特点。方法 (1)运用Flux Explorer软件平台构建起的CHD血瘀证心肌细胞能量代谢网络模型;(2)应用GC-MS技术和血气自动分析仪从健康对照、CHD慢... 目的探讨冠心病(coronary artery heart disease,CHD)急、慢性血瘀证心肌细胞能量代谢的变化特点。方法 (1)运用Flux Explorer软件平台构建起的CHD血瘀证心肌细胞能量代谢网络模型;(2)应用GC-MS技术和血气自动分析仪从健康对照、CHD慢性血瘀证、CHD急性血瘀证三组大鼠模型中取冠状动脉血检测葡萄糖、脂肪酸及血氧含量;(3)检测结果代入网络模型,通过流平衡分析CHD急、慢性血瘀证状态下参数的特点。结果 (1)三组的糖酵解、脂代谢和三羧酸循环均已被激活,但网络运算后各组代谢物的数值则有明显差别,均呈现出健康对照组>CHD慢瘀证组>CHD急瘀证组的趋势。(2)三组心肌细胞能量代谢的血糖、脂肪酸和血氧含量及ATP的产量均呈递减的趋势,这与三组中糖酵解的关键酶(HK、pfk、PK)、三羧酸循环的关键酶(Cs、Icdh、Od)的浓度呈一致性变化。结论 CHD急性血瘀和慢性血瘀不同证候的形成可能与机体内心肌细胞能量代谢的水平密切相关。 展开更多
关键词 冠心病 血瘀证 能量代谢 网络 流平衡分析 心肌细胞
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FluxExplorer:一个通用的基于化学计量矩阵的代谢网络建模和分析平台 被引量：2
3
作者 罗若愚 廖莎 +2 位作者 曾绍群 李亦学 骆清铭 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第6期665-671,共7页
近年来基于化学计量矩阵的生物代谢网络分析在系统生物学研究领域备受关注.为该领域的研究者开发更加方便和友好的硅上模拟平台已成为一项重要工作.这种平台应提供图形化的操作方式,整合强大的分析模块,帮助生物学研究者更深入地理解代... 近年来基于化学计量矩阵的生物代谢网络分析在系统生物学研究领域备受关注.为该领域的研究者开发更加方便和友好的硅上模拟平台已成为一项重要工作.这种平台应提供图形化的操作方式,整合强大的分析模块,帮助生物学研究者更深入地理解代谢系统的特性和行为.基于这种需求,我们开发了一个免费共享的计算机模拟平台FluxExplorer.它整合了多种基于化学计量矩阵的分析方法,如流平衡分析(fluxbalanceanalysis,FBA)等.这些分析方法可对代谢网络的各种特性进行全面而深入的刻画.在该平台上,用户只需通过简单的图形化建模过程,就能直观构建并分析自己的目标网络.同时,该平台能自动地查找模型中不符合建模规则的结点,以便用户修改.此外,该平台支持系统生物学建模语言(systemsbiologymarkuplanguage,SBML).利用该平台成功地构建了哺乳动物线粒体的代谢网络,并得到了一些有生物学意义的模拟结果.可以说,该平台是一个分析功能强大且使用方便的代谢网络模拟工具. 展开更多
关键词 代谢网络 流平衡分析 计算机模拟 系统生物学
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微重力对拟南芥长势影响的代谢网络流平衡分析
4
作者 王芷涵 阮耀 +1 位作者 张青叶 张红雨 《空间科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期941-951,共11页
微重力作为典型的空间环境因素,对植物生长发育的影响机制是空间生命科学的研究热点。微重力环境直接或间接影响植物代谢,并引起许多生理适应。随着系统生物学的发展,代谢网络模型使微重力环境下的植物代谢建模成为可能。采用流平衡分... 微重力作为典型的空间环境因素,对植物生长发育的影响机制是空间生命科学的研究热点。微重力环境直接或间接影响植物代谢,并引起许多生理适应。随着系统生物学的发展,代谢网络模型使微重力环境下的植物代谢建模成为可能。采用流平衡分析方法对模式植物拟南芥不同组织的代谢网络进行分析,研究微重力对拟南芥生长发育的影响机制。通过比较空间与地面条件下拟南芥的生物质产量,发现空间条件下拟南芥黄化幼苗、幼苗、芽、根、下胚轴的生物量分别下降了33.00%,51.52%,6.89%,12.53%,11.70%,与空间环境下拟南芥的长势变化趋势一致。代谢通路富集分析发现,微重力使得拟南芥的碳固定等通路下调,而磷酸戊糖途径上调,初步解析了微重力对拟南芥生长发育的影响机制,也验证了流平衡方法用于微重力生物学效应研究中的可行性。 展开更多
关键词 微重力 代谢网络模型 流平衡分析
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软腐欧文氏菌代谢网络重构及其在靶标筛选中的应用 被引量：1
5
作者 王君 王成 +1 位作者 孔德信 陈玲玲 《计算生物学》 2012年第1期1-9,共9页
欧文氏杆菌(Erwinia)是一类重要的农作物致病细菌,侵染宿主范围广,在世界范围内造成了严重的经济损失,其中Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043 (Eca SCRI1043) 可导致马铃薯感染黑胫软腐病,危害极大。本文构建了Eca SCRI1... 欧文氏杆菌(Erwinia)是一类重要的农作物致病细菌,侵染宿主范围广,在世界范围内造成了严重的经济损失,其中Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043 (Eca SCRI1043) 可导致马铃薯感染黑胫软腐病,危害极大。本文构建了Eca SCRI1043基因组的代谢网络,并进行拓扑结构和流平衡分析,以此筛选出网络的中心节点。若中心节点所代表的酶收录在TTD数据库中,则此酶可作为农用杀菌剂的候选靶标。随后选取靶标十一异戊二烯焦磷酸酶(Upps),采用specs公司的商品化合物数据库作为小分子数据库,对靶标进行高通量虚拟筛选,对综合打分结果最好的前400个化合物进行目筛后得到73种先导化合物,这73种先导化合物可以进一步进行后续生测实验以确定其杀菌活性。 展开更多
关键词 胡萝卜软腐欧文氏菌 代谢网络重构 流平衡分析 同源模建 虚拟筛选
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基于最优化方法的组织特异代谢系统研究（英文）
6
作者 王玉芳 《计算机与应用化学》 CAS 2015年第1期67-70,共4页
最优化方法在代谢系统中有着广泛的应用,它为研究基因型-表型关系,优化代谢工程,以及辅助药物设计等提供了一个有力的基础。当前,新兴的组织特异代谢系统极大地推动了这一领域的研究。在本论文中,我们通过最优化方法进行组织特异代谢系... 最优化方法在代谢系统中有着广泛的应用,它为研究基因型-表型关系,优化代谢工程,以及辅助药物设计等提供了一个有力的基础。当前,新兴的组织特异代谢系统极大地推动了这一领域的研究。在本论文中,我们通过最优化方法进行组织特异代谢系统(人体肾脏)的全面研究。该模型包含276个基因,340个代谢物和443个代谢反应,在简短地讨论了该模型的拓扑特征之后,我们基于最优化方法执行了多种仿真学习,包括流平衡分析,最小化代谢调节,流量变化分析,鲁棒性分析,均匀随机抽样,等。本文的预测结果可以用于在人体肾脏代谢的研究中指导实验设计。 展开更多
关键词 流平衡分析 最小化代谢调 流量变化分析 最优化方法 系统医药学
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企业环境成本评估方法探析 被引量：3
7
作者 张秀敏 杨连星 徐一方 《华东经济管理》 CSSCI 2012年第1期145-151,共7页
企业环境管理实践需要完善的环境成本评估方法,文章首先界定环境成本内涵,区分环境成本的类型,在此基础上运用企业物料流动投入产出平衡分析过程,着重阐释物料采购价值的环境成本评估方法,并结合澳大利亚某啤酒企业进行相关案例研究,探... 企业环境管理实践需要完善的环境成本评估方法,文章首先界定环境成本内涵,区分环境成本的类型,在此基础上运用企业物料流动投入产出平衡分析过程,着重阐释物料采购价值的环境成本评估方法,并结合澳大利亚某啤酒企业进行相关案例研究,探索提高物料使用效率的途径与方法。 展开更多
关键词 环境成本 类型 评估 物料流动平衡分析
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