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基于B^(*)-树的连续微流控生物芯片流层物理设计方法
1
作者 陈振 《计算机应用文摘》 2024年第16期190-193,196,共5页
作为连续微流控生物芯片设计中的关键步骤,流层物理设计是一个复杂的多目标优化问题,传统方法通常将其分为布局和布线2个阶段。为弥补这2个阶段之间的交互不足,提出了一种基于B^(*)-树的流层物理设计方法,以提高解的质量和求解效率。在... 作为连续微流控生物芯片设计中的关键步骤,流层物理设计是一个复杂的多目标优化问题,传统方法通常将其分为布局和布线2个阶段。为弥补这2个阶段之间的交互不足,提出了一种基于B^(*)-树的流层物理设计方法,以提高解的质量和求解效率。在布局阶段,采用Memetic算法更高效地搜索解空间。在布线阶段,使用考虑通道顺序的基于协商的算法,同时将布线信息反馈给布局阶段,以调整布局并减少拥挤区域和通道交叉。实验结果表明,与现有算法相比,所提算法在芯片面积、通道总长度以及通道交叉数量等方面取得了更优的效果。 展开更多
关键词 连续微流控生物芯片 流层物理设计 B^(*)-树 MEMETIC算法 布局调整
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考虑流端口数量约束下的连续微流控生物芯片流路径规划算法
2
作者 陈志盛 朱予涵 +2 位作者 刘耿耿 黄兴 徐宁 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2023年第9期3321-3330,共10页
连续微流控生物芯片通常需要构建复杂交错的流路径来支持样本/试剂的运输,也需要大量的流端口来推动液体的有序流动,这阻碍了生物芯片的进一步发展。因此,该文考虑了有限流端口驱动下的流路径规划问题,并提出一个流路径驱动下的连续微... 连续微流控生物芯片通常需要构建复杂交错的流路径来支持样本/试剂的运输,也需要大量的流端口来推动液体的有序流动,这阻碍了生物芯片的进一步发展。因此,该文考虑了有限流端口驱动下的流路径规划问题,并提出一个流路径驱动下的连续微流控生物芯片的架构综合设计流程。首先采用基于列表调度算法实现操作的绑定与调度,通过时间窗对调度进行调整,从而满足给定的流端口数量约束;然后采用基于序列对表示的遗传算法求得芯片的布局设计,通过考虑并行任务之间的冲突以及组件之间的连接关系,进一步优化了布局解的质量;最后采用基于A^(*)寻路的优化布线算法规划所需的流路径,以有效减少流通道总长度和交叉点数量,生成具有高执行效率的芯片架构。实验结果表明,该方法在严格满足给定的流端口数量约束条件下,极大地避免了各种液体运输任务的冲突,同时也优化了流通道的总长度以及交叉点的数量,降低了芯片的构造成本。 展开更多
关键词 连续微流控生物芯片 高层次综合 流层物理设计
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连续微流控生物芯片下一种多阶段启发式的流层物理协同设计算法
3
作者 刘耿耿 叶正阳 +3 位作者 朱予涵 陈志盛 黄兴 徐宁 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2023年第9期3401-3409,共9页
为了提高连续微流控生物芯片(CFMBs)中的流层物理协同设计质量和效率,该文分3阶段实现布局布线协同设计。(1)布局预处理阶段:通过提出的逻辑布局和组件方向布局调整方法,得到组件优异的逻辑位置和逻辑方向。(2)组件映射和包围盒间隙布... 为了提高连续微流控生物芯片(CFMBs)中的流层物理协同设计质量和效率,该文分3阶段实现布局布线协同设计。(1)布局预处理阶段:通过提出的逻辑布局和组件方向布局调整方法,得到组件优异的逻辑位置和逻辑方向。(2)组件映射和包围盒间隙布局调整阶段:基于包围盒策略,把布局预处理结果映射到实际物理设计空间中,并通过包围盒间隙布局调整,获得最佳包围盒间隙。(3)收缩布局调整阶段:基于组件间的连通图关系,提出了沿流通道收缩和多图收缩两种新的布局调整方法。实验结果表明,与现有最佳的启发式算法对比,该文算法在芯片流层整体面积、流通道交叉点数和流通道总长度上分别优化20.22%,54.66%和71.62%,加速比为177.12,显著提升了设计质量和效率。 展开更多
关键词 连续微流控生物芯片 流层物理设计 逻辑布局 包围盒策略 收缩布局调整
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连续微流控生物芯片下基于序列对的流层物理设计算法 被引量：1
4
作者 朱予涵 黄鸿斌 +4 位作者 林泓星 陈伟斌 刘耿耿 徐宁 黄兴 《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2022年第4期535-544,共10页
针对流层物理设计的2个阶段,即组件布局与布线通常被分开考虑,忽略了它们之间的交互作用,从而导致设计质量以及生物芯片执行效率下降的问题,提出一种有效的连续微流控生物芯片下基于序列对的流层物理设计算法.首先基于可以快速对布局方... 针对流层物理设计的2个阶段,即组件布局与布线通常被分开考虑,忽略了它们之间的交互作用,从而导致设计质量以及生物芯片执行效率下降的问题,提出一种有效的连续微流控生物芯片下基于序列对的流层物理设计算法.首先基于可以快速对布局方案进行枚举和计算的序列对表示方法,通过具有更高求解效率的离散粒子群优化算法得到组件布局解,进一步提高布局解的质量;然后在布线阶段将组件对之间的曼哈顿距离作为布线顺序的考虑依据,并通过基于协商布线算法进行布线,有效地减少流通道交叉点数量;最后考虑布局和布线的交互作用,根据布线的反馈信息进行针对流通道交叉点区域的布局调整,从而衔接组件布局与流通道布线阶段.采用实际生化应用反应与合成的基准测试集,复现基于模拟退火布局和协商布线的流层物理设计算法作为对比算法进行实验,结果表明,所提算法的流通道交叉点数量优化了74.94%,芯片面积优化了5.04%,流通道总长度优化了16.88%,得到高质量流层物理设计方案. 展开更多
关键词 连续微流控生物芯片 流层物理设计 布局调整 离散粒子群优化 基于序列对表示
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