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源代码分析注释的质量评价框架 被引量：5
1
作者 高晓伟 杜晶 王青 《计算机系统应用》 2015年第10期1-8,共8页
在如今的软件开发中,开源软件的使用越来越普遍,但是对大型开源软件的理解和维护仍然是一项复杂的工作.开源软件通常缺乏完善的文档和注释,想要完整的理解开源系统难度较大,研究界产生了一种通过分析大型开源软件的源代码,进而深入理解... 在如今的软件开发中,开源软件的使用越来越普遍,但是对大型开源软件的理解和维护仍然是一项复杂的工作.开源软件通常缺乏完善的文档和注释,想要完整的理解开源系统难度较大,研究界产生了一种通过分析大型开源软件的源代码,进而深入理解系统,发现和修复系统漏洞的软件分析型任务.源代码分析注释是软件分析型任务的一项重要产出,它是一种以注释形式存在的细粒度代码分析报告,数量庞大,难以快速做出质量评价.在传统的软件质量评价中,对注释的评价通常局限于覆盖度和文本长度,不能满足源代码分析注释质量评价的要求.为了更好的评价源代码分析注释的质量,本文结合现有的对代码注释质量评价的研究以及信息质量领域的评价方法,提出了一种综合考虑客观质量属性和主观质量属性的质量评价框架.结合实际的项目数据分析,本文的方法可以更有效的检测出注释中的冗余以及无关内容,发现相关质量问题,从而对源代码分析注释进行更全面的质量评价. 展开更多
关键词 代码分析注释 质量度量 质量分析 注释分析
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国外文献对中国教学论构建的影响实证研究——以我国代表性教学论教材注释为中心
2
作者 周仕德 《现代教育论丛》 2015年第2期83-90,共8页
从国外文献视角,以1985年至2011年间出版的4种代表性教学论教材为文本,通过对教材注释中的国外文献引用情况的实证研究发现:苏联文献的引次呈现下降趋势;当代教学论关注美国文献非常突出;原始英文文献引次不断增大;国外文献主要集中在... 从国外文献视角,以1985年至2011年间出版的4种代表性教学论教材为文本,通过对教材注释中的国外文献引用情况的实证研究发现:苏联文献的引次呈现下降趋势;当代教学论关注美国文献非常突出;原始英文文献引次不断增大;国外文献主要集中在苏联、捷克、德国、美国四个国家。研究结果揭示了国外文献对我国当代教学论教材的影响呈不断增长趋势,说明国外文献在我国当代教学论的构建中具有重要的影响。 展开更多
关键词 教学论教材 国外文献 注释分析
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过敏性鼻炎伴哮喘综合征患者细胞分裂周期相关蛋白5基因表达和临床意义 被引量：10
3
作者 王麒淇 张旭 +1 位作者 王向东 张罗 《中国耳鼻咽喉头颈外科》 CSCD 2019年第8期441-444,共4页
目的研究过敏性鼻炎伴哮喘综合征(combined allergic rhinitis and asthma syndrome,CARAS)患者淋巴细胞差异表达基因及相关功能,寻找参与调控CARAS的重要基因,并探讨其表达水平与疾病进展的关系。方法通过过敏性哮喘mRNA表达芯片数据... 目的研究过敏性鼻炎伴哮喘综合征(combined allergic rhinitis and asthma syndrome,CARAS)患者淋巴细胞差异表达基因及相关功能,寻找参与调控CARAS的重要基因,并探讨其表达水平与疾病进展的关系。方法通过过敏性哮喘mRNA表达芯片数据集筛选正常人和过敏性哮喘患者差异表达基因,并对基因进行功能注释,根据基因注释结果筛选参与过敏性哮喘调控的重要基因。对筛选出的细胞分裂周期相关蛋白5(cell division cycle associated 5,CDCA5)基因在过敏性鼻炎、CARAS患者外周血淋巴细胞中验证其表达水平,并分析其表达水平与过敏性鼻炎和哮喘之间的关系。结果 GSE104472数据库分析过敏性哮喘患者与正常人外周血淋巴细胞共有2971个差异表达的基因。KEGG通路富集分析发现有16个差异基因参与胰岛素信号通路调节。GO基因功能注释分析发现有191个基因参与无膜细胞器的构成。CDCA5基因参与无膜细胞器构成和细胞分裂的调控,并在过敏性鼻炎和CARAS患者升高。CDCA5高表达组患CARAS的概率明显高于CDCA5低表达组。结论 CDCA5在CARAS患者外周血淋巴细胞表达水平显著增高,并可能与哮喘疾病进展相关。 展开更多
关键词 鼻炎 变应性 常年性 哮喘 基因 cdc 过敏性鼻炎伴哮喘综合征 细胞分裂周期相关蛋白5 基因功能注释分析
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miR-455-5p在上皮性卵巢癌中表达研究及其靶基因功能分析 被引量：8
4
作者 吕博文 钱钧 +5 位作者 王杰 钱景荣 卢莹莹 苏丽菊 杨桐树 李文辉 《实用肿瘤学杂志》 CAS 2019年第2期115-121,共7页
目的研究miR-455-5p在上皮性卵巢癌中的表达情况,分析其表达对上皮性卵巢癌发生发展的影响。方法从GEO数据库中下载正常卵巢上皮组织与上皮性卵巢癌组织miRNA表达数据GSE83693,通过差异表达分析获得上皮性卵巢癌中miRNA差异表达数据,分... 目的研究miR-455-5p在上皮性卵巢癌中的表达情况,分析其表达对上皮性卵巢癌发生发展的影响。方法从GEO数据库中下载正常卵巢上皮组织与上皮性卵巢癌组织miRNA表达数据GSE83693,通过差异表达分析获得上皮性卵巢癌中miRNA差异表达数据,分析miR-455-5p在正常卵巢上皮与上皮性卵巢癌组织中的表达是否存在差异,应用qRT-PCR验证差异表达预测结果;应用生物信息学软件对miR-455-5p靶基因进行KEGG通路富集分析及GO基因功能注释,探究miR-455-5p表达失调在上皮性卵巢癌发生发展过程中的作用。结果筛选出明显差异表达miRNA 101例,34例表达上调,67例表达下调;其中miR-455-5p呈明显下调(P<0.01),差异倍数为-2.9019;qRT-PCR验证结果显示,上皮性卵巢癌细胞(SKOV-3,OVCAR-3,A2780)中miR-455-5p表达量明显低于正常卵巢上皮细胞(IOSE-80),差异均有统计学意义(P<0.05);KEGG通路富集分析结果显示,miR-455-5p调控的靶基因主要参与的通路共5个,包括有TGF-β信号通路,Hippo信号通路,ECM-受体相互作用,癌症中的转录失调通路,慢性粒细胞白血病,这些通路均与肿瘤相关。GO功能注释分析结果显示上述通路中miR-455-5p调控的靶基因主要参与蛋白质磷酸化,促进细胞增殖、迁移,抑制细胞凋亡,促进上皮-间充质转化,转录调节及调控细胞周期等与肿瘤发生相关的功能。结论 miR-455-5p在上皮性卵巢癌中表达下调,miR-455-5p靶基因参与上皮性卵巢癌肿瘤相关通路与功能,与上皮性卵巢癌发生发展相关。 展开更多
关键词 上皮性卵巢癌 miR-455-5p miRNA表达谱 KEGG通路富集分析 GO功能注释分析
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1株鸡滑液囊支原体的分离鉴定与全基因组分析 被引量：6
5
作者 许李锋 贾晨宇 +4 位作者 陈福再 方梦园 刘孝丹 陈吉龙 李训良 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期2663-2676,共14页
鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)能引起家禽呼吸道疾病、传染性滑膜炎、蛋壳顶端异常及生长迟缓等,给全球养禽业带来巨大的经济损失。然而不同国家和地区MS的耐药性和致病性存在差异,因此本研究旨在挖掘福建MS菌株的特征。作者... 鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)能引起家禽呼吸道疾病、传染性滑膜炎、蛋壳顶端异常及生长迟缓等,给全球养禽业带来巨大的经济损失。然而不同国家和地区MS的耐药性和致病性存在差异,因此本研究旨在挖掘福建MS菌株的特征。作者采集福建省疑似患MS的病鸡关节腔内容物,对菌株进行分离鉴定,并利用三代联合二代测序技术对其进行全基因组测序。结果显示,该分离株病原特性稳定,已保藏至中国典型培养物保藏中心,保藏编号为CCTCC No.:M 2021210,并将其命名为MS-FJ01。MS-FJ01基因组全长为795381bp,GC含量为28.39%;预测编码基因数为704个,占整个基因组的90.48%;并在COG、GO和KEGG数据库分别注释到476、382、425个基因。通过各数据库的分析,注释了40个耐药相关基因,4个碳水化合物相关酶基因,136个病原与宿主互作相关基因,47个毒力因子相关基因,106个膜转运蛋白相关基因,25个限制修饰相关基因。通过与MS HN01和MS 5-9基因组进一步比较发现,MS-FJ01与这两个中国菌株均存在良好的共线性关系,且与MS 5-9的亲缘关系更近。本研究阐明了福建MS菌株的基因组结构、通过相关数据库的分析,预测和注释了其基因的功能,为深入研究MS提供参考依据。 展开更多
关键词 鸡滑液囊支原体 分离鉴定 全基因组测序 基因功能注释分析
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“垂天之云”是怎样的云
6
作者 马永德 《中学语文教学参考（教师版）》 2003年第3期25-25,共1页
关键词 中国 语文教学 文言文 庄子 《逍遥游》 注释分析
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生物信息学分析及预测miR-17-92的分子调控网络 被引量：2
7
作者 申健 张越 +1 位作者 潘秋辉 孙奋勇 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期69-75,共7页
miR-17-92是一个高度保守的基因家簇,参与哺乳动物多个器官发育并与多种实体瘤的发生密切相关。运用多个在线数据库,发现了miR-17-92的上游转录因子及下游靶基因间的多个前馈和反馈环路。并对参与miR-17-92调控环路的基因进行功能聚类分... miR-17-92是一个高度保守的基因家簇,参与哺乳动物多个器官发育并与多种实体瘤的发生密切相关。运用多个在线数据库,发现了miR-17-92的上游转录因子及下游靶基因间的多个前馈和反馈环路。并对参与miR-17-92调控环路的基因进行功能聚类分析,进而绘制出miR-17-92的核心调控网络图。结果提示miR-17-92与其上游转录因子共调控的靶基因可能参与了生物体的细胞周期调控,迁移、凋亡、激素应答、免疫系统发育等多种生物学过程,KEGG pathway分析提示其还与多种肿瘤信号通路密切相关。因此,对miR-17-92分子调控网络生物信息学的分析可以有助于理解其在细胞发育和肿瘤发生过程中的作用机制并为后续实验验证提供良好的指导。 展开更多
关键词 生物信息学分析 microRNA前馈环路 microRNA反馈环路 基因注释富集分析
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基于Web的水稻芯片数据注释和分析平台 被引量：1
8
作者 陈迪俊 张帆 +2 位作者 吴超 李霞 陈铭 《中国科学（C辑）》 CSCD 北大核心 2009年第3期323-332,共10页
国际水稻基因组测序计划(IEGSP)顺利完成,水稻基因的研究也进入了后基因组研究阶段.水稻基因芯片数据注释分析是一项重要的功能基因组学研究内容,它为理解水稻基因的生物学意义提供了帮助.本研究开发了一个基于Web的水稻基因芯片数据注... 国际水稻基因组测序计划(IEGSP)顺利完成,水稻基因的研究也进入了后基因组研究阶段.水稻基因芯片数据注释分析是一项重要的功能基因组学研究内容,它为理解水稻基因的生物学意义提供了帮助.本研究开发了一个基于Web的水稻基因芯片数据注释和分析平台(Rice Chip),它比同类的注释数据库更加全面快捷.本平台共由5个功能模块组成:Bio Chip模块为水稻基因表达数据提供快速检索和高级检索,可依次按照Probe Set ID,Locus ID,Analysis Name等字段进行检索;Bio Anno模块整合多个生物学数据库,为水稻基因提供基因功能、蛋白质结构、生物代谢途径以及转录调控等方面的注释信息;BioSeq模块则收集水稻基因组的序列信息,支持对水稻基因与芯片探针的序列查询;BioView模块是系统图形可视化的核心模块,提供友好的访问界面与结果输出,方便研究人员使用;BioAnaly模块结合R/Bioconductor统计分析工具提供高通量芯片数据的在线分析.本系统从不同的方面依次提供了数据检索、基因注释、序列分析、数据可视化和数据分析等功能,其数据收集的全面性与功能分析的强大性在同类水稻基因芯片数据注释和分析平台中都较突出. 展开更多
关键词 水稻 基因芯片 注释和分析平台 功能基因组
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