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采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族
被引量:
1
1
作者
李红春
张光亚
方柏山
《华侨大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2010年第3期317-321,共5页
利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的...
利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的平均预测精度为72.3%,而伪氨基酸组成特征提取的识别效果可达82.7%.在参数影响考察方面,自相关性函数个数的选取对识别效果影响较大,而权重因子w对识别效果影响则很小.
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关键词
水解酶
亚
家族
特征值
伪氨基酸
K-近邻
下载PDF
职称材料
题名
采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族
被引量:
1
1
作者
李红春
张光亚
方柏山
机构
华侨大学工业生物技术研究所
出处
《华侨大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2010年第3期317-321,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(30770059)
教育部博士点科研基金资助项目(20070685001)
文摘
利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的平均预测精度为72.3%,而伪氨基酸组成特征提取的识别效果可达82.7%.在参数影响考察方面,自相关性函数个数的选取对识别效果影响较大,而权重因子w对识别效果影响则很小.
关键词
水解酶
亚
家族
特征值
伪氨基酸
K-近邻
Keywords
hydrolase subfamily
feature extraction
pseudo amino acid composition
k-nearest neighbor
分类号
Q556.03 [生物学—生物化学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族
李红春
张光亚
方柏山
《华侨大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2010
1
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