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厚壁菌门细菌及其祖先蛋白的氨基酸偏好性研究 被引量：9
1
作者 韩岗 马婧 +2 位作者 陶士珩 张羽 杨健 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第30期18408-18410,共3页
从KEGG数据库中获得厚壁菌门下的18种细菌的蛋白质和氨基酸序列,运用生物信息学方法重建了这18个物种的发育树以及祖先的氨基酸序列,得到了18个现存物种及其祖先物种的氨基酸组成偏好情况。结果表明,现存物种的蛋白质的氨基酸组成有偏好... 从KEGG数据库中获得厚壁菌门下的18种细菌的蛋白质和氨基酸序列,运用生物信息学方法重建了这18个物种的发育树以及祖先的氨基酸序列,得到了18个现存物种及其祖先物种的氨基酸组成偏好情况。结果表明,现存物种的蛋白质的氨基酸组成有偏好,而在祖先蛋白质中也存在着氨基酸偏好的现象。对于每一种氨基酸,各物种的使用偏好不完全相同。研究结果为今后透彻地研究厚壁菌门细菌打下了基础。 展开更多
关键词 厚壁菌门 祖先序列 氨基酸偏好
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甜菜nii基因编码氨基酸偏好及与菠菜nii编码蛋白序列的比较
2
作者 石晓艳 《中国糖料》 2015年第4期1-3,7,共4页
采用RT-PCR方法从二倍体甜菜Ty7中获得与亚硝酸还原反应相关的cDNA基因片段,运用RACE技术获得了基因全长序列,并命名为nii基因。该基因全长2014 bp,ORF长度1800 bp,编码599个氨基酸。该基因编码氨基酸残基具有亮氨酸和缬氨酸偏好,编码... 采用RT-PCR方法从二倍体甜菜Ty7中获得与亚硝酸还原反应相关的cDNA基因片段,运用RACE技术获得了基因全长序列,并命名为nii基因。该基因全长2014 bp,ORF长度1800 bp,编码599个氨基酸。该基因编码氨基酸残基具有亮氨酸和缬氨酸偏好,编码蛋白结构域与菠菜的高度同源。该基因的获得可为下一步基因的表达与调控研究奠定基础。 展开更多
关键词 甜菜 nii基因 氨基酸偏好 序列比较
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甜菜硝酸还原酶基因编码氨基酸偏好及功能预测分析
3
作者 丁广洲 侯静 马凤鸣 《中国糖料》 2011年第4期3-6,共4页
利用同源序列克隆方法从标准偏高糖型甜菜二倍体纯系Ty7中获得氮素诱导甜菜硝酸还原酶基因片段,通过RACE技术克隆基因全长序列;该基因ORF长度2718 bp,编码905个氨基酸,分子量大小为102kD(ExPaSy的分子量分析),等电点为6.12,含有147bp的5... 利用同源序列克隆方法从标准偏高糖型甜菜二倍体纯系Ty7中获得氮素诱导甜菜硝酸还原酶基因片段,通过RACE技术克隆基因全长序列;该基因ORF长度2718 bp,编码905个氨基酸,分子量大小为102kD(ExPaSy的分子量分析),等电点为6.12,含有147bp的5'UTR和382 bp的3'UTR,Genbank上的注册号为EU163265,甜菜硝酸还原酶基因编码多肽含有3个氧化还原功能区:钼辅因子功能区(eukary NR Moco;93-478),Fe-血红素结合区(Cyt-b5;535-608),FAD结合区(FAD binding 6;653-760)。利用网上的公共数据库和相关软件对该基因氨基酸偏好和编码蛋白的理化性质进行了分析,并对其功能进行了预测。上述研究结果为下一步基因的表达与调控研究奠定了基础。 展开更多
关键词 甜菜 硝酸还原酶基因 氨基酸偏好 功能预测
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龙眼HD-Zip家族固有无序蛋白的预测与分析
4
作者 张春渝 许小琼 +3 位作者 张梓浩 陈裕坤 林玉玲 赖钟雄 《园艺与种苗》 CAS 2020年第5期3-7,共5页
[目的]探究龙眼HD-Zip中是否存在固有无序蛋白(intrinsically disordered protein,IDPs)。[方法]以龙眼基因组数据库提取的19个龙眼HD-Zip家族成员为对象进行固有无序蛋白的预测、无序区特征以及无序区与有序区的氨基酸偏好性分析。[结... [目的]探究龙眼HD-Zip中是否存在固有无序蛋白(intrinsically disordered protein,IDPs)。[方法]以龙眼基因组数据库提取的19个龙眼HD-Zip家族成员为对象进行固有无序蛋白的预测、无序区特征以及无序区与有序区的氨基酸偏好性分析。[结果]龙眼HD-Zip的19个成员中共有15个成员为部分无序的固有无序蛋白;龙眼HD-Zip固有无序蛋白的无序区中含有蛋白质的结合位点;20种氨基酸对无序区域以及有序区域的形成各有所偏向。[结论]龙眼HD-Zip固有无序蛋白可能通过分子调控网络参与应激反应;龙眼HD-Zip固有无序蛋白具有氨基酸偏好性。最后,还对人工智能(AI,Artificial Intelligence)在无序蛋白发展的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 固有无序蛋白 龙眼HD-Zip 氨基酸偏好性 应激胁迫 分子调控
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二代噬菌体展示淘选PD-1结合肽及其模拟位点分析
5
作者 贺碧芳 陈雪 +3 位作者 张浅阅 杨珊珊 龙金金 叶邵兵 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第6期837-842,共6页
阻断PD-1/PD-L1相互作用可以激活肿瘤浸润性T细胞并恢复其抗肿瘤活性,对于恶性肿瘤具有较好的治疗作用。尽管靶向PD-1/PD-L1通路的抗体药物对癌症有一定的疗效,但现有抗体药物存在生产成本高、个体差异大、引发不恰当的免疫反应等问题,... 阻断PD-1/PD-L1相互作用可以激活肿瘤浸润性T细胞并恢复其抗肿瘤活性,对于恶性肿瘤具有较好的治疗作用。尽管靶向PD-1/PD-L1通路的抗体药物对癌症有一定的疗效,但现有抗体药物存在生产成本高、个体差异大、引发不恰当的免疫反应等问题,而且还伴随着不可避免的缺陷,如器官或肿瘤渗透性差、口服生物利用度差等,因此迫切需要寻求多肽抑制剂等来弥补当前PD-1/PD-L1相互作用抗体阻断剂的缺点。该文以重组人PD-1蛋白为靶标,首次采用二代噬菌体展示技术淘选Ph.D.-7和Ph.D.-12噬菌体展示文库,获得了400条潜在的PD-1结合肽同时基于BLOSUM62打分矩阵对PD-1结合肽数据集进行了聚类分析。最后,对PD-1结合肽数据集进行了氨基酸组成、基于位置的氨基酸偏好性分析以及模拟位点分析。该文获得的PD-1结合肽有望开发成阻断PD-1/PD-L1相互作用的候选多肽药物,研究结果对于PD-1结合肽的计算设计有一定的指导意义。 展开更多
关键词 氨基酸组成与偏好 模拟位点分析 二代噬菌体展示 PD-1结合肽 PD-1/PD-L1相互作用
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