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酪氨酸蛋白磷酸酯酶1B抑制剂的分子对接和三维定量构效关系研究 被引量：7
1
作者 周梅 章威 +2 位作者 成元华 计明娟 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第23期2131-2136,共6页
用一种柔性分子对接方法(FlexX)将12个2-草酰胺苯甲酸类抑制剂和酪氨酸蛋白磷酸酯酶(PTP1B)活性口袋进行分子对接,对接程序预测的抑制剂和酶之间的相互作用能与抑制活性之间有很好的相关性(非线性相关系数R^2达0.859),这说明对接结果可... 用一种柔性分子对接方法(FlexX)将12个2-草酰胺苯甲酸类抑制剂和酪氨酸蛋白磷酸酯酶(PTP1B)活性口袋进行分子对接,对接程序预测的抑制剂和酶之间的相互作用能与抑制活性之间有很好的相关性(非线性相关系数R^2达0.859),这说明对接结果可以比较准确地预测抑制剂和PTP1B之间的结合模式.然后,将33个同类抑制剂的骨架叠合在分子对接预测的结合构象上,用比较分子力场分析方法(CoMFA)对其进行三维定量活性构效关系研究,得到的CoMFA模型具有很好的统计相关性(交互验证回归系数q^2为0.650),并可以准确地预测测试集6个化合物的活性(平均标准偏差为0.177).同时,由CoMFA模型得出的抑制剂改造信息与用FlexX预测的结合模式是一致的,进一步证明我们预测的结合模式是正确的.为研究这类抑制剂和PTP1B的结合模式及对抑制剂进行结构改造提供了信息. 展开更多
关键词 酪氨酸蛋白磷酸酯酶 分子对接 三维定量构效关系 比较分子力场分析方法
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黄酮类化合物的3D-QSAR研究 被引量：6
2
作者 陈凝木子 黄齐茂 +3 位作者 郭嘉 池汝安 吴元欣 巨修练 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期183-187,共5页
从NCI数据库中,筛选出67个与矢车菊黄素类似的天然黄酮化合物。采用CoMFA方法研究其构效关系,构建CoMFA模型,其模型相关系数为q^2=0.599,r^2=0.919,验证模型的预测能力和拟合能力较好。通过分子场等势图,可直观分子周围立体和静电特征... 从NCI数据库中,筛选出67个与矢车菊黄素类似的天然黄酮化合物。采用CoMFA方法研究其构效关系,构建CoMFA模型,其模型相关系数为q^2=0.599,r^2=0.919,验证模型的预测能力和拟合能力较好。通过分子场等势图,可直观分子周围立体和静电特征对化合物活性的影响,为设计高活性黄酮衍生物提供理论依据。 展开更多
关键词 微管蛋白 黄酮细胞毒性 三维定量构效关系 比较分子力场分析方法
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3D-QSAR和分子对接研究吲哚咔唑类细胞周期蛋白激酶抑制剂的选择性 被引量：3
3
作者 孙倪悦 陆涛 +3 位作者 陈亚东 郝兰虎 许岩 李瑞君 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第4期645-654,共10页
细胞周期蛋白激酶(cyclin-dependent kinases,CDKs)是近年来治疗肿瘤的重要靶标.由于大多数激酶ATP结合位点的保守性,CDK选择性激酶抑制剂的开发成为当前的研发难点和热点.针对吲哚咔唑类CDK抑制剂,我们采用比较分子力场分析方法(CoMFA... 细胞周期蛋白激酶(cyclin-dependent kinases,CDKs)是近年来治疗肿瘤的重要靶标.由于大多数激酶ATP结合位点的保守性,CDK选择性激酶抑制剂的开发成为当前的研发难点和热点.针对吲哚咔唑类CDK抑制剂,我们采用比较分子力场分析方法(CoMFA)建立了CDK2-QSAR(quantitative structure-activity relationship)和CDK4-QSSR(quantitative structure-selectivity relationship)模型.所建模型的交叉验证系数q2分别为0.722和0.703;非交叉验证系数r2分别为0.977和0.946,表明其具有较好的预测能力.同时,用分子对接的方法分析了这类化合物与CDK4同源模建结构的作用模式,根据这两个模型发现,吲哚咔唑类化合物的R5和R6位长链取代对CDK4的选择性具有一定的影响,而且结合其作用模式比较合理地解释了这类抑制剂的选择性原因,这对CDKs的选择性研究具有一定的指导意义. 展开更多
关键词 细胞周期蛋白激酶 吲哚咔唑衍生物 3D-QSAR 3D-QSSR 比较分子力场分析方法 分子对接
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选择性5-羟色胺再摄取抑制剂3-苯基-1-茚胺类似物的三维定量构效关系研究 被引量：2
4
作者 卢律 邓萍 李勤耕 《中国药业》 CAS 2007年第5期9-11,共3页
目的建立可以提示高活性的选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRIs)3-苯基-1-茚胺类化合物分子结构信息的三维定量构效关系模型,研究结构与活性间的关系,为进一步提高药物的选择性、指导新化合物的设计提供理论依据。方法通过确定34个茚胺类... 目的建立可以提示高活性的选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRIs)3-苯基-1-茚胺类化合物分子结构信息的三维定量构效关系模型,研究结构与活性间的关系,为进一步提高药物的选择性、指导新化合物的设计提供理论依据。方法通过确定34个茚胺类化合物分子的药效构象,与模板分子进行分子叠加,利用比较分子力场分析方法(CoMFA),建立了一个选择性SSRIs的三维定量构效模型。结果该模型的交叉验证相关系数R2CV=0.660,非交叉验证相关系数R2=0.976,标准偏差SEE=0.196,F=181.916。用此模型预测了4个SSRIs的活性,结果与试验值相符。结论该模型解释了已有的构效关系,且有较高的预测能力,系数等势图映射的受体结合部位的性质对进一步提高该类药物活性的设计具有一定的指导意义。 展开更多
关键词 药物化学 三维定量构效关系 比较分子力场分析方法 选择性5-HT再摄取抑制剂 茚胺
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部分苯酚化合物对梨型四膜虫毒性的三维定量构效关系
5
作者 刘红艳 刘树深 《桂林工学院学报》 北大核心 2006年第4期538-542,共5页
采用比较分子力场分析描述子表征了133个苯酚类化合物对梨型四膜虫的毒性,从133个化合物中随机选取113个作为训练集建立CoMFA模型,其余的20个化合物作为检验集用于评价模型的预测能力,毒性与立体场和静电场的相互关系用三维等高线图直... 采用比较分子力场分析描述子表征了133个苯酚类化合物对梨型四膜虫的毒性,从133个化合物中随机选取113个作为训练集建立CoMFA模型,其余的20个化合物作为检验集用于评价模型的预测能力,毒性与立体场和静电场的相互关系用三维等高线图直观显示,结果表明苯环上取代基给电子能力的大小和取代基团体积的大小对化合物的毒性均有直接影响.模型的交互验证相关系数(q2)为0.660,相关系数(R2)和标准偏差分别为0.924和0.215,最佳主成分数PC为8,F统计值为158.960,具有较好的预测能力. 展开更多
关键词 梨型四膜虫 毒性 比较分子力场分析方法 三维定量构效关系
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