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四川盆地结核分枝杆菌群体遗传学特征研究 被引量：3
1
作者 李颖 付育红 +4 位作者 原梅 董玲玲 黄海荣 李卫民 高基民 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期374-378,共5页
目的探讨四川盆地（重庆、四川地区）流行的结核分枝杆菌（MTB）群体遗传学特征。方法对413株源自四川盆地的MTB进行长序列多态性（LSP）谱系鉴定，采用3（2检验分析不同谱系MTB在人群中的分布差异。对菌株进行15位点数目可变串联重复... 目的探讨四川盆地（重庆、四川地区）流行的结核分枝杆菌（MTB）群体遗传学特征。方法对413株源自四川盆地的MTB进行长序列多态性（LSP）谱系鉴定，采用3（2检验分析不同谱系MTB在人群中的分布差异。对菌株进行15位点数目可变串联重复序列基因分型，评价各位点的分辨力。构建N—J树分析其系统进化；构建最小跨度树以模拟群体菌株的遗传结构；采用分子方差分析不同谱系MTB的群体问遗传分化；采用贝叶斯模型计算菌株最近共祖年代。结果通过LSP可将413株MTB分为两大谱系，其中北京谱系占56．2％（232／413），欧美谱系占43．8％（181／413）。两谱系MTB在人群中的分布（性别、年龄、民族以及菌株耐药性）差异无统计学意义（P〉0．05）。北京谱系MTB的N—J树呈放射状分布，最小跨度树中有72．4％（168／232）的菌株被划分到同一“克隆复合群”；欧美谱系MTB的N—J树呈枝状分布，最小跨度树中呈现出多个“克隆复合群”。北京谱系MTB在该地区有显著的群体间遗传分化（F ST=0．01891，P〈0．05），而欧美谱系MTB群体间遗传分化不显著（F ST=0．00519，P〉0．05）。欧美谱系MTB中最大菌株复合群的最近共祖年代为723（95％CI：517-946）年。结论北京谱系和欧美谱系MTB在四川盆地以“互相对抗”形式流行；两谱系MTB的群体间遗传分化存在差异；欧美谱系MTB的侵入可能与一次历史事件（约720年前的战争）有关。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 长序列多态性 欧美谱系 群体遗传学
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四川盆地结核分枝杆菌群体遗传学特征研究 被引量：1
2
作者 李颖 付育红 +4 位作者 原梅 董玲玲 黄海荣 李卫民 高基民 《结核病与胸部肿瘤》 2015年第3期198-202,共5页
目的探讨四川盆地（重庆、四川地区）流行的结核分枝杆菌（MTB）群体遗传学特征。方法对413株源自四川盆地的MTB进行长序列多态性（LSP）谱系鉴定，采用x^2检验分析不同谱系MTB在人群中的分布差异。对菌株进行15位点数目可变串联重复序... 目的探讨四川盆地（重庆、四川地区）流行的结核分枝杆菌（MTB）群体遗传学特征。方法对413株源自四川盆地的MTB进行长序列多态性（LSP）谱系鉴定，采用x^2检验分析不同谱系MTB在人群中的分布差异。对菌株进行15位点数目可变串联重复序列基因分型，评价各位点的分辨力。构建N—J树分析其系统进化；构建最小跨度树以模拟群体菌株的遗传结构；采用分子方差分析不同谱系MTB的群体间遗传分化；采用贝叶斯模型计算菌株最近共祖年代。结果通过LSP可将413株MTB分为两大谱系，其中北京谱系占56．2％（232／413），欧美谱系占43．8％（181／413）。两谱系MTB在人群中的分布（性别、年龄、民族以及菌株耐药性）差异无统计学意义（P〉0．05）。北京谱系MTB的N-J树呈放射状分布，最小跨度树中有72．4％（168／232）的菌株被划分到同-“克隆复合群”；欧美谱系MTB的N—J树呈枝状分布，最小跨度树中呈现出多个“克隆复合群”。北京谱系MTB在该地区有显著的群体间遗传分化（Fst=0．01891，P〈0．05），而欧美谱系MTB群体间遗传分化不显著（Fst=0．00519，P〉0．05）。欧美谱系MTB中最大菌株复合群的最近共祖年代为723（95％CI：517～946）年。结论北京谱系和欧美谱系MTB在四川盆地以“互相对抗”形式流行；两谱系MTB的群体间遗传分化存在差异；欧美谱系MTB的侵入可能与一次历史事件（约720年前的战争）有关。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 长序列多态性 欧美谱系 群体遗传学
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