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深绿木霉中碳代谢抑制因子CRE1功能特性研究 被引量：2
1
作者 李佩忆 周于聪 +1 位作者 李雅乾 陈捷 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期17-25,共9页
木霉菌（Trichoderma spp.）是一种广泛存在于土壤及植物根系生境中的丝状真菌,具有拮抗植物病原真菌和促进植物生长的双重功效。碳代谢抑制子CRE1全局性调控细胞生长代谢过程,保障木霉在不同生境中的存活及拮抗病原菌特性。比较深绿木... 木霉菌（Trichoderma spp.）是一种广泛存在于土壤及植物根系生境中的丝状真菌,具有拮抗植物病原真菌和促进植物生长的双重功效。碳代谢抑制子CRE1全局性调控细胞生长代谢过程,保障木霉在不同生境中的存活及拮抗病原菌特性。比较深绿木霉（T.atroviride）T23及其Cre1突变株（T23Δcre1）在不同培养基中的生长和代谢特性,结果表明：cre1基因沉默后,T23Δcre1较T23菌丝生长变慢,产孢滞后且降低一个数量级,cre1对菌丝生长和产孢的调控依赖于培养基组分。此外,cre1基因抑制几丁质酶、β-1,3-葡聚糖酶基因转录,区别性调控部分次级代谢合成的非核糖体肽合成酶NRPS和聚酮合成酶PKS基因的表达。综上,碳代谢因子CRE1作为一个多效性的转录调控因子,抑制细胞壁降解酶和代谢产物合成相关的基因表达,赋予木霉菌在环境中的适应性和竞争性,是深绿木霉T23生长的必要因子。 展开更多
关键词 深绿木霉T23 碳代谢抑制因子CRE1 生长 酶活特性 次级代谢合成基因
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紫黑链霉菌进化枝菌株Streptomyces solisilvae HNM0141^(T)的全基因组分析 被引量：2
2
作者 周奕帆 李陈贵 +5 位作者 许云 吴文嫱 夏薇 黄小龙 黄东益 周双清 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期455-462,共8页
链霉菌属放线菌是最重要的抗生素产生菌,也是包含放线菌种类最多的放线菌属。链霉菌属的有效发表种的模式菌株在16S rRNA基因序列系统发育树上分散归簇于不同的进化分枝。紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝(Streptomyces violaceusniger 16S... 链霉菌属放线菌是最重要的抗生素产生菌,也是包含放线菌种类最多的放线菌属。链霉菌属的有效发表种的模式菌株在16S rRNA基因序列系统发育树上分散归簇于不同的进化分枝。紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝(Streptomyces violaceusniger 16S rRNA gene clade)是其中的一个分枝。该分枝菌株在燕麦培养基上基内菌丝淡黄色,气生菌丝发育成灰色,表面皱纹的螺旋状孢子丝,培养后期呈黑色。该分枝中的菌株普遍具有丰富的生物活性,能产生抗菌、抗寄生虫、抗肿瘤、免疫抑制等多种活性物质,是新型抗生素开发与利用的重要菌源。Streptomyces solisilvae HNM0141^(T)是紫黑链霉菌16S rRNA基因进化枝放线菌的模式菌株。采用第三代全基因组测序技术,首次获得了菌株S.solisilvae HNM0141^(T)的基因组完成图,其线状基因组长度11639536 bp,GC含量为71.03%,包含9363个蛋白编码基因(CDS),18个rRNA基因和67个tRNA基因。其中有6376、5886、3246个CDS分别在COG、GO和KEGG数据库中得到功能注释。除了一般功能预测之外,有大部分基因参与转录、氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢以及次级代谢生物合成和代谢,基因数占比分别为12.91%、10.25%、8.89%、7.59%。利用antiSMASH软件,预测到48个次级代谢产物合成基因簇,其类型包括8个聚酮(PKS)型、7个非核糖体肽(NRPS)型、14个杂合型、6个terpene、3个siderophore、2个butyrolactone,其余NAPAA、ectoine、lanthipeptide-class-i、ladderane、indole、RiPP-like、hserlactone、redox-cofactor各1个。其中聚酮类(PKS)和非核糖体肽(NRPS)类(包括杂合类型)的基因簇含量丰富,占总基因簇的50%以上。7个基因簇与已知代谢物(pristinol、ectoine、geosmin、desferrioxamin B、echoside A/B/C/D/E、nigericin、coelichelin)基因簇的相似性为100%,34个基因簇的相似性在2%~96%之间,剩余的7个基因簇无法匹配到已知基因簇。全基因组分析表明菌� 展开更多
关键词 紫黑链霉菌 16S rRNA基因进化枝 基因组测序 次级代谢合成基因簇
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小串链霉菌XG40全基因组测序及序列分析
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作者 赖宝春 戴瑞卿 +2 位作者 曾天宝 陈淑妹 姚锦爱 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第9期1754-1765,共12页
小串链霉菌(Streptomyces catenulae)XG40是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌。本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台,对小串链霉菌XG40进行全基因组测序和分析,共获得3个contigs,包含1个染色体DNA和2个质粒D... 小串链霉菌(Streptomyces catenulae)XG40是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌。本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台,对小串链霉菌XG40进行全基因组测序和分析,共获得3个contigs,包含1个染色体DNA和2个质粒DNA,其基因组全长为9772324 bp,GC含量为70.58%,蛋白编码基因8074个,占整个基因组的96.41%。利用antiSMASH软件,预测到46个次级代谢产物合成基因簇,其中包含聚酮合成酶(PKS)和非核糖体肽合成酶(NRPS)的基因簇共有24个,占总基因簇数量的52.17%。有7个基因簇与已知基因簇(desferrioxamin B、pristinol、Neoantimyci、2-methylisoborneol、nigericin、ectoine、geosmin)的相似性为100%,4个基因簇与已知基因簇(miharamycin A/B、SW-163C/E/F/G/UK-63598、gilvocarcin V、coelibactin)的相似性在80%以上,比较分析发现该菌株具备一定的合成尼日菌素和褐黄癌菌素V等抗菌物质的能力。共线性分析表明XG40与根霉链霉菌(S.rhizosphaericus)DSM41760、马来西亚链霉菌(S.malaysiensis)DSM14702、黑孢链霉菌(S.melanosporofaciens)DSM 40318和(S.himastatinicus)ATCC 53653四株链霉基因组之间存在插入和缺失、倒位、易位等基因组重排事件。该研究结果为深入挖掘XG40生防潜力,开发可用于农业生物防治的次级代谢产物提供理论基础。 展开更多
关键词 小串链霉菌 全因组测序 次级代谢合成基因簇 比较基因组分析
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刺五加内生放线菌对马铃薯疮痂病菌拮抗作用初探 被引量：6
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作者 徐红艳 王卫 +1 位作者 王彬 袁丽杰 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1742-1748,共7页
初步探究刺五加内生放线菌对马铃薯疮痂病菌的拮抗作用,采用平板纸片法检测265株刺五加内生放线菌发酵产物对马铃薯疮痂病菌的拮抗活性;运用PCR技术检测活性菌株次级代谢产物合成相关基因PKSⅠ、PKSⅡ、NRPS、Halo、CYP;利用BOX-PCR检... 初步探究刺五加内生放线菌对马铃薯疮痂病菌的拮抗作用,采用平板纸片法检测265株刺五加内生放线菌发酵产物对马铃薯疮痂病菌的拮抗活性;运用PCR技术检测活性菌株次级代谢产物合成相关基因PKSⅠ、PKSⅡ、NRPS、Halo、CYP;利用BOX-PCR检测活性菌株,选取谱带差异较大菌株进行16SrRNA基因序列同源性分析。结果表明,56株(21.13%)内生放线菌具有不同程度的抗性,抑菌活性较好的菌株大部分都能检测到至少一种功能基因,活性菌株分布于3个亚目、4个科、4个属。可见,刺五加内生来源放线菌是筛选马铃薯疮痂病拮抗菌的重要来源,筛选所获得活性菌株为马铃薯疮痂病生防菌剂研究奠定良好基础。 展开更多
关键词 马铃薯疮痂病 刺五加 内生放线菌 拮抗活性 次级代谢产物合成相关基因 多样性
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药用植物刺五加内生放线菌的活性及其功能基因筛选 被引量：2
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作者 徐红艳 刘爱华 +3 位作者 姬钰滢 喻继坪 邢朝斌 袁丽杰 《中国新药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第14期1636-1640,共5页
目的:筛选获得抗菌活性较好的刺五加内生放线菌菌株,揭示菌株次级代谢产物合成潜能,为创制新药奠定基础。方法:将265株刺五加内生放线菌发酵后,采用平板纸片法分别检测其发酵产物的抗菌活性;分别提取这265株菌株的基因组DNA,运用PCR技... 目的:筛选获得抗菌活性较好的刺五加内生放线菌菌株,揭示菌株次级代谢产物合成潜能,为创制新药奠定基础。方法:将265株刺五加内生放线菌发酵后,采用平板纸片法分别检测其发酵产物的抗菌活性;分别提取这265株菌株的基因组DNA,运用PCR技术检测菌株次级代谢产物合成相关基因PKSⅠ,PKSⅡ,NRPS,Helo和CYP的表达情况。结果:菌株中有78株(29.43%)具有抗菌活性,主要对革兰氏阳性菌表现出较强抗菌活性,对革兰氏阴性菌和白色念珠菌活性弱。菌株PKSⅠ,PKSⅡ,NRPS,Helo和CYP基因的阳性检出菌分别为48株(18.11%)、123株(46.42%)、52株(19.62%)、18株(6.79%)和29株(10.94%)。次级代谢产物合成相关基因阳性的菌株为172株(64.91%)。结论:刺五加内生放线菌培养物具有较好的抗菌活性,具有多种次级代谢产物合成潜能,可为寻找新型天然活性物质提供新菌源,具有重要研究和应用开发价值。 展开更多
关键词 刺五加 内生放线菌 抗菌活性 次级代谢产物合成相关基因
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链霉菌隐性次级代谢产物生物合成基因簇的激活 被引量：2
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作者 钟晶晶 赫卫清 《生命的化学》 CAS CSCD 2016年第2期231-236,共6页
链霉菌基因组中存在许多隐性次级代谢产物生物合成基因簇(cryptic secondary metabolite biosynthetic gene cluster,CSMG),在实验室条件下,它们多数处于沉默状态或者很低的表达水平。但在一定条件下这些CSMG可以被激活合成次级代谢产物... 链霉菌基因组中存在许多隐性次级代谢产物生物合成基因簇(cryptic secondary metabolite biosynthetic gene cluster,CSMG),在实验室条件下,它们多数处于沉默状态或者很低的表达水平。但在一定条件下这些CSMG可以被激活合成次级代谢产物,这为寻找新的活性天然产物提供新来源。本文总结了目前激活链霉菌CSMG所使用的方法,包括改变发酵条件、核糖体工程、共培养、异源表达、CSR(cluster-situated regulator)基因的遗传改造等。 展开更多
关键词 链霉菌 隐性次级代谢产物生物合成基因簇 激活 遗传改造
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