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题名远程模板检测算法及其在蛋白质结构预测中的应用
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作者
梁方
徐旭瑶
赵凯龙
赵炫锋
张贵军
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机构
浙江工业大学信息工程学院
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2024年第S01期167-173,共7页
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基金
国家自然科学基金(62173304)
国家重点研发计划(2019YFE0126100)。
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文摘
在从传统力场驱动的蛋白质结构预测到当前数据驱动的AI结构建模的发展历程中,蛋白质结构模板检测是蛋白质结构预测中的关键环节,如何检测高精度蛋白质结构远程模板对提升结构的预测精度具有重要的研究意义。该研究提出了一种基于自适应特征向量提取的远程同源模板检测算法ASEalign。首先,采用多特征信息融合的深度学习技术预测蛋白质接触图;然后,设计了融合接触图、二级结构、序列谱谱比对和溶剂可及性等多维度特征打分函数,并通过自适应地提取接触图矩阵中的特征值和特征向量进行模板比对;最后,将检测出的高质量模板输入AlphaFold2中进行结构建模。在135个蛋白质的测试集上的结果表明,ASEalign相于主流的模板检测算法HHsearch精度提升了11.5%;同时,结构建模的精度优于AlphaFold2。
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关键词
模板检测
模板建模
接触图预测
深度学习
二级结构
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Keywords
Template detection
Template modeling
Contact map prediction
Deep learning
Secondary structure
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分类号
TP389
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名结构类似模板增强的端到端多域蛋白质组装方法
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作者
朱海涛
夏瑜豪
张贵军
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机构
浙江工业大学信息工程学院
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出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2024年第8期1825-1831,共7页
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基金
国家重点研发项目(2019YFE0126100)资助
国家自然科学基金项目(62173304)资助.
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文摘
使用同源模板能够有效的提升蛋白质结构预测的精度,然而,对于部分多域蛋白,PDB中可用的同源模板较少,这可能会影响预测精度.为了进一步提高多域蛋白质的建模精度,本文提出了基于结构类似模板结合同源模板的端到端多域组装方法MTDA.首先,搜索序列数据库生成多序列比对,以及分别搜索PDB100和MPDB生成同源模板和结构类似模板;进而提取序列特征、模板特征和单域特征;然后通过一个基于EfficientNetV2架构和注意力机制相结合的神经网络来预测多域蛋白质的域间方位从而直接将多个单域结构组装为全链结构.在125个测试蛋白和65个人类蛋白上的实验结果表明,MTDA优于仅使用同源模板的端到端组装方法E2EDA以及全链建模方法AlphaFold2.
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关键词
多域蛋白质
模板建模
深度学习
结构域组装
域间方位预测
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Keywords
multi-domain proteins
template modeling
deep learning
domain assembly
inter-domain orientation prediction
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分类号
TP389
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名桥梁结构抗震计算可视化系统研究
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作者
韦韩
王克海
李茜
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机构
交通部公路科学研究院
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出处
《工程力学》
EI
CSCD
北大核心
2008年第A01期198-202,208,共6页
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基金
西部交通建设科技项目(200231800028)
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文摘
桥梁结构抗震计算可视化系统(Bridge Antiseismic System,简称BAS)是针对桥梁结构抗震分析的专用软件,具有界面友好的前后处理功能,能够建立桥梁结构的空间有限元模型,可运用桁架单元、索单元、梁单元、边界单元和板单元等进行桥梁结构的静力、反应谱和动力时程等分析。该文首先介绍该系统的整体架构及其功能特点,再详细介绍其建模的思路和优越性,以及系统的分析和后处理显示功能,最后对一个工程实例,分别在BAS、Midas和Sap2000中建模,对自振周期、自重内力、反应谱内力和动力时程分析内力等分别进行了比较,验证了程序的可靠性。
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关键词
桥梁抗震分析
可视化
模板建模
空间有限元模型
动力分析
反应谱分析
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Keywords
bridge seismic analysis
visualization
FEM template
spatial FEM model
dynamic analysis
response spectrum analysis
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分类号
TU318
[建筑科学—结构工程]
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题名基于达索平台的BIM协同设计在水处理工程中的应用
被引量：6
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作者
朱伟南
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机构
上海市政工程设计研究总院(集团)有限公司
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出处
《土木建筑工程信息技术》
2015年第5期39-44,共6页
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文摘
BIM技术的应用未来将会成为计算机辅助设计发展的重要趋势和方向,而其中核心的技术就是协同设计。本文简述基于达索平台三维协同设计、二维图纸及可视化应用技术的成功应用,并且介绍了基于骨架和文档模板的水厂构件建模方法。以上技术的实现能够良好地契合实际的工程设计习惯,可以在水处理行业广泛应用与推广。
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关键词
达索平台三维协同设计
二维图纸、骨架和文档模板建模
交互式可视化应用
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Keywords
Dassauh System 3D Collaborative Design Platform
2D Drawings and Document Template Modeling Framework
Interactive Visualization Application
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分类号
TU17
[建筑科学—建筑理论]
TU96
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题名一种基于图像模板的图像建模及识别框架研究
被引量：1
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作者
褚红健
李佑文
丁桃胜
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机构
南京国电南自轨道交通工程有限公司
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出处
《无线互联科技》
2023年第23期143-145,共3页
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文摘
文章构建了一种灵活且易于扩展的智能图像识别算法管理及协作框架。首先设计了用于图像识别算法的统一调度管理模块,然后基于图像模板进行特征标注和识别算法策略建模,最后,基于图像模板及其建模信息和识别算法的统一调度实现对不同类型对象的图像识别。该框架不仅能够有效、灵活地利用不同算法策略对被识别对象中所包含的不同类型设备进行并发识别及异常检测,而且能根据逐步丰富的数据样本,简便快捷地完成识别算法的迭代维护。
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关键词
图像模板建模
图像识别
识别算法调度管理
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Keywords
image template modeling
image recognition
identification algorithm scheduling management
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分类号
U28
[交通运输工程—交通信息工程及控制]
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题名基于CATIA的飞机工装标准件库开发与应用
被引量：5
- 6
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作者
陆旻
卫炜
安鲁陵
黄斌达
王岩
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机构
南京航空航天大学
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出处
《航空制造技术》
2015年第S1期24-27,共4页
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基金
南京航空航天大学青年科技创新基金项目(NS2012103)资助
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文摘
在飞机工装设计过程中,标准件的设计存在着大量的重复劳动。为了提高设计效率和设计标准化程度,研究了标准件的模板建模技术,利用Oracle数据库,开发基于CATIA的飞机工装标准件库。该工装标准件库在开发的复合材料工装数字化设计系统中应用,取得了满意的效果。
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关键词
CATIA
飞机工装标准件库
模板建模技术
ORACLE
数据库
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Keywords
CATIA
Standard part library of aircraft tooling
Parametric design technology
Oracle database
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分类号
V261
[航空宇航科学与技术—航空宇航制造工程]
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题名较大悬挑结构模板支撑系统的搭设分析
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作者
单叶民
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机构
合肥工投工业科技发展有限公司
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出处
《安徽建筑》
2023年第6期71-73,共3页
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文摘
随着建筑科学技术的发展及社会对城市审美要求的提高,现阶段建筑外墙立面造型也更加丰富多彩,其中外墙立面的较大凹凸并不鲜见,施工中不时需要较大悬挑结构模板支撑系统。文章以某高层工业厂房为例,简要介绍较大悬挑结构模板支撑系统的选用、建模计算、材料选用、脚手架搭设、型钢梁安装注意事项以及混凝土浇筑注意事项。
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关键词
悬挑结构
模板支撑系统建模计算
材料选用
安装注意事项
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分类号
TU351
[建筑科学—结构工程]
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题名一种利用二次高斯模板的地形建模方法
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作者
龙吟
陈宇拓
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机构
中南林业科技大学计算机与信息工程学院
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出处
《电脑编程技巧与维护》
2016年第3期87-89,92,共4页
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基金
国家863计划资助项目(2012AA102002)
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文摘
地形建模问题是3D可视化模拟的核心问题之一,针对林分生长可视化模拟,提出一种基于二次高斯模板的林地建模方法。高斯分布在自然界分布非常广泛,我国绝大多数森林地形符合高斯分布形态,利用高斯模板的特性,结合林分样地数据,通过参变量控制模板形态,通过对模板的有效组织融合构建林分地形。实验表明,该方法高效快速、操作性和灵活性较强,构建的林地模型具有很好的视觉效果和真实感。
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关键词
高斯模板
林地模型
模板化地形建模
多适应性
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分类号
TP391.41
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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