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基于碱基偏好分析和SVM的植物启动子识别
被引量：
2
1
作者
李文举
寇秋波
+1 位作者
韦丽华
刘锦
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2012年第2期183-187,共5页
植物启动子识别是真核启动子识别中的重要研究领域.针对目前植物启动子识别算法的特异性较低的问题,提出了一种基于GC碱基偏好分析和支持向量机(SVM)的植物启动子识别算法.首先通过对GC含量的分析将DNA序列分类为GC偏好序列和非GC偏好序...
植物启动子识别是真核启动子识别中的重要研究领域.针对目前植物启动子识别算法的特异性较低的问题,提出了一种基于GC碱基偏好分析和支持向量机(SVM)的植物启动子识别算法.首先通过对GC含量的分析将DNA序列分类为GC偏好序列和非GC偏好序列,然后进行结构特征和信号特征的提取,最后通过SVM分类器进行启动子识别.SVM分类器由四个SVM子分类器组成,即启动子-3’UTR子分类器,启动子-5’UTR子分类器,启动子-Intergenics子分类器和启动子-CDS子分类器.实验结果表明,该算法比其他算法具有更高的特异性,对植物启动子识别具有积极意义.
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关键词
植物
启动子
识别
碱基偏好
结构特征
信号特征
支持向量机
分类器
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职称材料
题名
基于碱基偏好分析和SVM的植物启动子识别
被引量：
2
1
作者
李文举
寇秋波
韦丽华
刘锦
机构
辽宁师范大学计算机与信息技术学院
辽宁师范大学数学学院
出处
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2012年第2期183-187,共5页
基金
辽宁省教育厅高等学校科研基金项目(L2010232)
文摘
植物启动子识别是真核启动子识别中的重要研究领域.针对目前植物启动子识别算法的特异性较低的问题,提出了一种基于GC碱基偏好分析和支持向量机(SVM)的植物启动子识别算法.首先通过对GC含量的分析将DNA序列分类为GC偏好序列和非GC偏好序列,然后进行结构特征和信号特征的提取,最后通过SVM分类器进行启动子识别.SVM分类器由四个SVM子分类器组成,即启动子-3’UTR子分类器,启动子-5’UTR子分类器,启动子-Intergenics子分类器和启动子-CDS子分类器.实验结果表明,该算法比其他算法具有更高的特异性,对植物启动子识别具有积极意义.
关键词
植物
启动子
识别
碱基偏好
结构特征
信号特征
支持向量机
分类器
Keywords
plant promoter recognition
base bias
structure feature
signal feature
SVM
classifier
分类号
TP183 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于碱基偏好分析和SVM的植物启动子识别
李文举
寇秋波
韦丽华
刘锦
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2012
2
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职称材料
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