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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量：58
1
作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页
核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多
关键词 外生菌根菌 RDNA 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 内转录间隔区 结构特点 基因组 核糖体 靶序列
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福建省大豆疫病病原鉴定及其核糖体DNA-ITS序列分析 被引量：50
2
作者 陈庆河 翁启勇 +1 位作者 王源超 郑小波 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期112-116,共5页
从福建省龙海大豆根腐病株上分离的疫霉菌株中,选取6个代表菌株,对病原菌进行了形态特征、致病性、寄主范围鉴定及核糖体DNA-ITS序列分析,结果表明,该菌为疫霉属真菌,在黑麦琼脂培养基上生长缓慢,菌丝致密、无隔,形成菌丝膨大体,近直角... 从福建省龙海大豆根腐病株上分离的疫霉菌株中,选取6个代表菌株,对病原菌进行了形态特征、致病性、寄主范围鉴定及核糖体DNA-ITS序列分析,结果表明,该菌为疫霉属真菌,在黑麦琼脂培养基上生长缓慢,菌丝致密、无隔,形成菌丝膨大体,近直角分支,分支处稍缢缩。水培后产生大量椭圆形孢子囊,不形成乳突,通过内层出方式产生新孢子囊,游动孢子在孢子囊内形成,同宗配合,藏卵器球形,雄器侧生;接种后可出现典型的大豆疫病症状;人工接种只侵染大豆、豇豆和菜豆等少数豆科植物。其核糖体DNA-ITS序列分析表明,分离菌株与GenBank中大豆疫霉的ITS序列的同源性均为99.8％,仅有2个碱基的差异,结合形态特征和致病性测定,将这些病原菌鉴定为Phytophthora sojac.这是首次报道大豆疫霉菌在福建省存在。 展开更多
关键词 福建 大豆疫病 病原鉴定 核糖体 DNA-ITS序列分析
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肺炎支原体对大环内酯类抗生素耐药性及耐药机制研究 被引量：60
3
作者 辛德莉 韩旭 +7 位作者 糜祖煌 李靖 秦玲 魏田力 陈小庚 刘禧杰 侯安存 李贵 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期543-546,共4页
目的了解肺炎支原体（mycoplasma pneumoniae，MP）对大环内酯类抗生素的耐药情况及耐药机制。方法对370份咽拭子标本进行MP分离培养，应用套式PCR扩增MP种特异16S核蛋白体RNA（16SrRNA）基因对临床分离株进行分子鉴定；通过药物敏感实... 目的了解肺炎支原体（mycoplasma pneumoniae，MP）对大环内酯类抗生素的耐药情况及耐药机制。方法对370份咽拭子标本进行MP分离培养，应用套式PCR扩增MP种特异16S核蛋白体RNA（16SrRNA）基因对临床分离株进行分子鉴定；通过药物敏感实验测定MP分离株对大环内酯类药物的MIC并筛选出耐药株；设计套式PCR扩增红霉素作用靶位23S核蛋白体RNA（23SrRNA）基因，扩增产物进行全自动DNA测序，测得序列与NCBI已登录的MP标准株M129（登录号）（68422）23SrRNA基因作比对。结果370份临床标本中分离MP50株，分离阳性率为13．5％。50株中敏感株4株，耐药株46株（占92％）。耐药菌株的红霉素、阿奇霉素、交沙霉素MIC值均升高。4株敏感株和肺炎支原体国际标准株FH的23SrRNA基因序列与基因库的MP基因序列相同，46株耐药株的23SrRNA基因发生点突变，41株突变位点在23SrRNAV区中心环的2063位，其中40株发生了A—G的点突变，1株发生了A—c的点突变；另5株突变位点在2064位，A→G。结论MP对大环内酯类抗生素耐药率高，耐药性的分子基础是23SrRNA基因的点突变，其中2063位点突变占主导地位。23SrRNA基因发生点突变的肺炎支原体对红霉素、阿奇霉素及交沙霉素的MIC值均升高。 展开更多
关键词 支原体 肺炎 大环内酯类 抗药性 细菌 微生物敏感性试验 RNA 核糖体 23S 点突变
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核苷酸序列分析在真菌系统学研究中的应用 被引量：31
4
作者 孙广宇 彭友良 +1 位作者 李振歧 张天宇 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2003年第6期187-192,共6页
　讨论了将核苷酸序列分析应用于真菌系统学研究的优越性,分析了分子系统学在解决一些传统分类学难题中的作用,并对分子系统学与传统形态分类学之间的关系提出了作者的观点。
关键词 核苷酸序列 系统发育 真菌 核糖体 分子系统学 形态分类学
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细菌对四环素类抗生素的耐药机制研究进展 被引量：36
5
作者 冯新 韩文瑜 雷连成 《中国兽药杂志》 2004年第2期38-42,共5页
　四环素类药物为广谱抗生素,广泛用于临床治疗,并常被用做动物促生长剂,但耐药性的出现限制了该类药物的使用。四环素类药物产生耐药性的机制主要有核糖体保护作用、外输泵作用及产生钝化酶等。本文详细综述了其耐药机制的研究进展及... 　四环素类药物为广谱抗生素,广泛用于临床治疗,并常被用做动物促生长剂,但耐药性的出现限制了该类药物的使用。四环素类药物产生耐药性的机制主要有核糖体保护作用、外输泵作用及产生钝化酶等。本文详细综述了其耐药机制的研究进展及耐药基因的发生率。 展开更多
关键词 细菌 四环素类抗生素 耐药机制 动物促生长剂 核糖体 保护作用 外输泵作用 钝化酶
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大豆疫霉的ITS分子检测 被引量：34
6
作者 王立安 张文利 +2 位作者 王源超 王良华 郑小波 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期38-41,共4页
根据大豆疫霉及其近缘卵菌ITS序列差异设计了一对寡聚核苷酸引物 ,用于对包括大豆疫霉在内的 2 0种真菌的PCR检测。结果表明 :在优化的反应体系及扩增条件下 ,该对引物只在大豆疫霉为模板的扩增体系中具有一 330bp的扩增产物 ,表现出强... 根据大豆疫霉及其近缘卵菌ITS序列差异设计了一对寡聚核苷酸引物 ,用于对包括大豆疫霉在内的 2 0种真菌的PCR检测。结果表明 :在优化的反应体系及扩增条件下 ,该对引物只在大豆疫霉为模板的扩增体系中具有一 330bp的扩增产物 ,表现出强特异性。利用该特异引物可稳定地从含有大豆疫霉游动孢子或卵孢子的土壤及其发病组织中检测出病原菌。该检测方法对大豆疫霉游动孢子和卵孢子的检测理论精度可达 0 展开更多
关键词 大豆疫霉 病菌 核糖体 基因区段 寡聚核苷酸 特异引物 分子检测
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卫生部微生物室间质评1012菌的鉴定与放线菌属的系统发生分析 被引量：35
7
作者 屈平华 赵红波 +3 位作者 黄彬 张伟铮 张颖 陈茶 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期814-819,共6页
目的对卫生部临床检验中心2010年微生物室间质评1012菌进行鉴定，研究1012菌的分类学位置及放线菌属的系统分类现状。方法采用传统的细菌学形态检查、商品化的API、以及16SrRNA基因测序等多种手段对1012菌进行系统的鉴定。结合远程计算... 目的对卫生部临床检验中心2010年微生物室间质评1012菌进行鉴定，研究1012菌的分类学位置及放线菌属的系统分类现状。方法采用传统的细菌学形态检查、商品化的API、以及16SrRNA基因测序等多种手段对1012菌进行系统的鉴定。结合远程计算机系统提供的原核生物信息，构建放线菌属及相关细菌的16SrRNA基因的系统发生树，研究放线菌属的系统进化及1012菌与相关菌种之间的亲缘关系。结果1012菌为兼性厌氧、不形成芽胞的革兰氏阳性棒状菌，60多项生化实验，除L-阿拉伯糖发酵实验阴性，其余与图列茨放线菌一致。16SrRNA基因序列分析结果显示：1012菌与图列茨放线菌的同源性高达99．8％，但与放线菌属的模式菌种——牛放线菌的同源性仅为90．6％。进一步的系统发生树亦表明，放线菌科的五个菌属清晰地聚类成9个“基因属”，小弯杆菌、动弯杆菌、放线杆菌、隐秘杆菌4个菌属分别包含单一的基因群，而放线菌属则包含了5个独立的基因群。结论1012菌可鉴定为图列放线菌，但从基因的角度上分析，当前的放线菌属的组成结构过于松散，可能会重新分类。 展开更多
关键词 放线菌科 RNA 核糖体 16S 序列分析 RNA 评价研究
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水稻45S rDNA和5S rDNA的染色体定位研究 被引量：24
8
作者 龚志云 吴信淦 +1 位作者 程祝宽 顾铭洪 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第3期241-244,T001,共5页
4 5SrDNA和 5SrDNA是水稻中与核糖体RNA合成有关的 2个功能片段。有关这 2个序列在水稻染色体上的位置 ,不同研究者的研究结果不尽相同。在获得水稻染色体清晰制片的基础上 ,通过FISH确定了 4 5SrDNA序列位于水稻的第 9号和第 10号染色... 4 5SrDNA和 5SrDNA是水稻中与核糖体RNA合成有关的 2个功能片段。有关这 2个序列在水稻染色体上的位置 ,不同研究者的研究结果不尽相同。在获得水稻染色体清晰制片的基础上 ,通过FISH确定了 4 5SrDNA序列位于水稻的第 9号和第 10号染色体的短臂末端 ,并且第 9号染色体上的拷贝数多于第 10号染色体。 5SrDNA序列位于第 11号染色体短臂靠近着丝点处。 展开更多
关键词 水稻 荧光原位杂交 RDNA 染色体定位 核糖体
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枯草芽孢杆菌菌剂对烟草根际土壤细菌群落的影响 被引量：31
9
作者 游偲 张立猛 +3 位作者 计思贵 高加明 张成省 孔凡玉 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期3323-3330,共8页
通过构建16S rRNA克隆文库及采用核糖体DNA扩增片段酶切分析(ARDRA)的方法,研究施用生物防治剂枯草芽孢杆菌菌剂对烟草根际土壤细菌群落结构以及多样性的影响.采用文库库容值(C)、Shannon多样性指数(H)、Pielou均匀度指数(E)和Margalef... 通过构建16S rRNA克隆文库及采用核糖体DNA扩增片段酶切分析(ARDRA)的方法,研究施用生物防治剂枯草芽孢杆菌菌剂对烟草根际土壤细菌群落结构以及多样性的影响.采用文库库容值(C)、Shannon多样性指数(H)、Pielou均匀度指数(E)和Margalef丰富度指数(R)对细菌多样性进行评价.系统发育分析表明:对照及处理样品均检测到12个细菌类群:酸杆菌门(Acidobacteria)、变形菌门(α-、β-、δ-、γ-Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和拟杆菌门(Bacteroidetes);但各细菌类群的结构组成及所占比例在不同样品间有较大差别.对照土壤中优势菌群为Acidobacteria(27.1%)和Proteobacteria(26.5%);处理土壤中则为Proteobacteria(38.0%)和Acidobacteria(29.6%);菌剂处理后土壤中,γ-Proteobacteria和α-Proteobacteria所占比例明显提高,而β-Proteobacteria、Planctomycetes和Firmicutes等菌群的数量则相对降低.多样性分析表明,土壤样品均具有丰富的细菌多样性,经枯草芽孢杆菌菌剂处理后,土壤细菌多样性指数和丰富度指数均提高. 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 群落结构 16S rRNA 基因 核糖体 DNA 扩增片段酶切分析(ARDRA)
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中华按蚊和嗜人按蚊rDNA内转录间隔2区序列差异 被引量：29
10
作者 马雅军 瞿逢伊 +1 位作者 徐建农 郑哲民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第3期234-236,共3页
目的：比较中华按蚊和嗜人按蚊核糖体ＤＮＡ（ｒＤＮＡ）内转录间隔２区（ＩＴＳ２）序列差异。方法：通过对ＰＣＲ扩增的ｒＤＮＡＩＴＳ２片段进行克隆测序，每种蚊测定３个克隆片段序列，比较其差异。结果：中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤ... 目的：比较中华按蚊和嗜人按蚊核糖体ＤＮＡ（ｒＤＮＡ）内转录间隔２区（ＩＴＳ２）序列差异。方法：通过对ＰＣＲ扩增的ｒＤＮＡＩＴＳ２片段进行克隆测序，每种蚊测定３个克隆片段序列，比较其差异。结果：中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤＮＡＩＴＳ２序列长度分别为４６８和４５２ｂｐ，ＧＣ含量分别为４４．８７％和４９．１２％，两者序列差异为２８．８％。 展开更多
关键词 中华按蚊 嗜人按蚊 DNA 核糖体 ITS2
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应用16SrDNA检测致病菌的研究进展 被引量：18
11
作者 黄正根 刘昕 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期663-665,共3页
关键词 致病菌 DNA检测 聚合酶链反应(PCR) 结核分枝杆菌 传统培养方法 基因诊断技术 嗜肺军团菌 生长缓慢 麻风杆菌 炭疽杆菌 检测时间 常见细菌 检测方法 分类鉴定 致病力 工作者 16S 核糖体 临床
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基于细菌16SrRNA基因的PCR扩增与测序分析在临床不常见菌鉴定中的应用 被引量：28
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作者 陈茶 屈平华 +13 位作者 顾全 黄彬 张伟铮 穆小萍 张磊 陈默蕊 王露霞 鄂顺梅 叶金艳 唐小龙 蓝锴 罗强 戴小波 袁慧 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期612-619,共8页
目的探讨细菌16SrRNA基因的广谱PCR扩增与测序分析在临床分离的少见病原菌的鉴定及分类中的价值。方法收集2010年12月至2011年9月来自7家不同医院和机构，常规方法难以鉴定或具有特殊表型的少见菌48株，以及仪器法连续监测报警阳性、但... 目的探讨细菌16SrRNA基因的广谱PCR扩增与测序分析在临床分离的少见病原菌的鉴定及分类中的价值。方法收集2010年12月至2011年9月来自7家不同医院和机构，常规方法难以鉴定或具有特殊表型的少见菌48株，以及仪器法连续监测报警阳性、但二次传代无细菌生长的液体增菌培养瓶7个，采用细菌16S核糖体核糖核酸（rRNA）基因MicroSeq500试剂盒、通用引物27f-1492r、27f-1525r进行广谱PCR扩增及目的片段的基因测序。运用美国国立生物信息中心“基于局部比对算法的搜索工具（Blast）”，结合“具有法定分类学地位的原核生物名称目录（http：／／W^Ufir．bacterio．cict．fr／）”提供的分类学信息，比较待鉴定细菌与近缘种模式菌株基因序列的相似程度；参考美国临床与实验室标准化协会（CLSI）MM18-A的解释标准，以确定待鉴定细菌的种属及分类学位置。结果采用广谱PCR测定，7份假阳性血培养瓶中，2份扩增到细菌的16SrRNA基因，经序列分析鉴定均为肺炎链球菌。48株不同来源、不同种属的少见菌，均扩增到16SrRNA基因目的片段并成功测序，参考CLSIMM18-A的解释标准，35株（72．9％）直接鉴定到“种”，11株（22．9％）鉴定到“属”，另2株鉴定为可能的新属新种。进一步结合细菌的生化反应特征及其他管家基因序列分析结果，则可鉴定到“种”的细菌可增加到42株（87．5％），其中包括链杆菌、嗜二氧化碳噬纤维菌、玫瑰单胞菌、奴卡菌、弯曲菌、分枝杆菌等具有明确临床意义的少见菌，以及多株近十年内命名的新细菌，如小不动杆菌、富西亚分枝杆菌、黏液玫瑰单胞菌、Halomonasjohnsoniae等。此外，还发现了1个新亚型的胎儿弯曲菌。结论16SrRNA基因测序鉴定能明确提供细菌的遗传学信息，且无种属选择性，对临床少见菌、苛养菌、以及固体培养基不生长的� 展开更多
关键词 RNA 核糖体 16S 聚合酶链反应 序列分析 细菌学技术
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太平洋牡蛎核糖体DNA转录间隔子和线粒体基因片段序列测定(英文) 被引量：21
13
作者 孔晓瑜 张留所 +2 位作者 喻子牛 刘亚军 王清印 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期304-308,共5页
以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段... 以相应引物经PCR扩增了太平洋牡蛎 (Crassostreagigas)的核糖体转录间区域 (ITS 1和ITS 2 )及线粒体 16SrDNA和COI基因片段。PCR产物经T 载体连接后进行克隆和测序 ,分别得到长度为 5 4 3、791、5 30和 70 0bp的核苷酸序列。 4个DNA片段的A、T、G和C碱基含量分别为 2 3.5 7%、2 0 .0 7%、2 9.4 7%和 2 6 .89% (ITS 1) ,2 7.4 3%、19.2 2 %、2 7.0 5 %和2 6 .30 % (ITS 2 ) ,2 9.2 5 %、2 9.2 5 %、2 3.0 2 %和 18.4 9% (16SrDNA) ,2 2 .71%、39.4 3%、2 0 .4 3%和 17.4 3% (COI)。实验证明ITS 1和ITS 2引物在贝类中通用性良好。文中同时讨论了 展开更多
关键词 太平洋牡蛎 核糖体 DNA转录 间隔子 线粒体 基因片段 序列测定
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2型糖尿病和糖尿病肾病状态下肠道菌群失衡模式研究 被引量：23
14
作者 暴旭广 王忠伟 +4 位作者 何彦 王珊 李泽文 李攀 周宏伟 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期469-478,共10页
目的分析2型糖尿病(T2DM)和糖尿病肾病(DKD)患者相对于健康对照肠道菌群失衡模式及功能变化,寻找两种疾病患者肠道菌群关键变化特征。方法收集2018年11月至2019年2月在南方医科大学珠江医院住院患者,纳入T2DM人群30例、DKD人群25例作为... 目的分析2型糖尿病(T2DM)和糖尿病肾病(DKD)患者相对于健康对照肠道菌群失衡模式及功能变化,寻找两种疾病患者肠道菌群关键变化特征。方法收集2018年11月至2019年2月在南方医科大学珠江医院住院患者,纳入T2DM人群30例、DKD人群25例作为研究组,同时选取年龄、性别相匹配的健康体检者30名作为对照组,收集研究组和对照组粪便及血清标本,采用高通量测序技术对粪便标本16SrDNA-v4区测序,采用电化学发光法和免疫比浊法分别检测静脉血白细胞介素-6(IL-6)和C反应蛋白(CRP)。使用微生物组分析软件QIIME(v1.9.1)分析肠道菌群组成和多样性指标,使用微生物多样性分析方法LEfSe比较研究组与健康对照组差异有统计学意义的肠菌标志物。随机森林法建立诊断模型。PICRUSt预测肠道菌群功能变化特征。结果T2DM和DKD患者肠道菌群多样性与健康对照组明显不同(P<0.05)。T2DM和DKD患者肠道有较多一致的变化信号,如具有产短链脂肪酸能力的毛螺旋菌属、柔嫩梭菌属、罗斯菌属和粪球菌属显著下降(P<0.05),但两者间也存在疾病特异性的菌群失衡模式,T2DM患者拟杆菌属显著增多,DKD患者乳杆菌属、史雷克菌属、厌氧棒状菌属、嗜血杆菌和肠球菌属显著增多。功能预测也证实,T2DM和DKD患者肠道有较多一致功能变化。T2DM和DKD血清炎症指标与菌的关联性分析提示T2DM和DKD患者肠道有益菌的减少可能是导致血清炎症指标上升的原因。结论T2DM和DKD患者肠道菌群存在一致的变化,均为产丁酸菌减少,但两者之间也有疾病特异性的变化,为进一步研究通过肠道菌群评估T2DM患者肾病发生风险提供了数据基础。 展开更多
关键词 糖尿病 2型 糖尿病肾病 胃肠道微生物组 DNA 核糖体
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应用巢式聚合酶链反应和测序检测肺炎支原体23S rRNA中点突变 被引量：22
15
作者 辛德莉 糜祖煌 +6 位作者 韩旭 秦玲 李靖 刘禧杰 马少杰 侯安存 李贵 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期522-525,共4页
目的建立快速检测肺炎支原体（Mycoplasrna pneumoniae，MP）耐药性的实验方法并应用于临床以了解MP耐药现状。方法应用巢式PCR直接检测咽拭子标本MP-23S rRNA基因并对扩增产物进行电泳检测或DNA测序分析；通过MP培养及体外药物敏感性... 目的建立快速检测肺炎支原体（Mycoplasrna pneumoniae，MP）耐药性的实验方法并应用于临床以了解MP耐药现状。方法应用巢式PCR直接检测咽拭子标本MP-23S rRNA基因并对扩增产物进行电泳检测或DNA测序分析；通过MP培养及体外药物敏感性试验测定临床分离株的红霉素最小抑菌浓度，以验证23S rRNA基因检测结果的可靠性。结果200例临床标本经MP-IgM抗体、咽拭子MP种特异性16S rRNA基因巢式PCR扩增和MP分离培养测定证实为MP64例。应用巢式PCR技术扩增MP-23S rRNA基因，并对扩增产物进行测序，将基因序列与基因库中MP标准株基因序列进行比较，与标准株序列相同的共计26例，其余38例存在23S rRNA点突变：35例在2063位点发生了A到G的点突变，1例在2063位点有A到C的点突变，2例在2064位点有A到G的点突变；耐药率为59．4％。MP耐药基因检测方法灵敏度达10^2ccu／ml，MP培养及药物敏感性试验证实23S rRNA基因检测结果可靠。结论建立的MP耐药基因检测方法能直接检测临床标本中的MP耐药基因。59％的受检标本23S rRNA基因发生点突变。 展开更多
关键词 支原体 肺炎 抗药性 RNA 核糖体 23S 聚合酶链反应
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16S rRNA甲基化酶基因在鲍曼不动杆菌中的分布 被引量：20
16
作者 潘韵峰 周华 +3 位作者 周志慧 俞云松 陈亚岗 李兰娟 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期593-596,共4页
目的调查国内6个省市25家医院临床分离鲍曼不动杆菌中介导高水平氨基糖苷类抗生素耐药的16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB的分布情况。方法收集2004年12月—2005年12月国内6省市8家省级医院、浙江省11个地区17家市级医院临床分离的... 目的调查国内6个省市25家医院临床分离鲍曼不动杆菌中介导高水平氨基糖苷类抗生素耐药的16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB的分布情况。方法收集2004年12月—2005年12月国内6省市8家省级医院、浙江省11个地区17家市级医院临床分离的700株鲍曼不动杆菌。琼脂稀释法测定其对妥布霉素、阿米卡星、庆大霉素、异帕米星、奈替米星5种氨基糖苷类抗生素的最低抑菌浓度(MIC)值;PCR筛选三种甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB,克隆测序明确基因型;脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析菌株的同源性;质粒抽提、接合试验及Southern杂交确定armA基因定位。结果对妥布霉素、阿米卡星、庆大霉素、异帕米星、奈替米星的耐药率分别为67.7%、70.9%、75.7%、63.5%和71.5%。对5种氨基糖苷类抗生素全部耐药的菌株有377株,其中334株检出armA基因;未发现rmtA、rmtB阳性菌株。armA基因阳性菌株PFGE分型以A、B、C为主。碱裂解法反复抽提未得到质粒,多次接合试验未成功;Southern杂交显示,armA基因分别位于克隆A、B、C菌株染色体ApaⅠ酶切PFGE约220、300、220kb大小的PFGE片段上。结论16S rRNA甲基化酶基因armA在鲍曼不动杆菌中广泛存在,armA基因位于鲍曼不动杆菌的染色体上。 展开更多
关键词 抗菌药 RNA 核糖体 16S tRNA甲基转移酶类 鲍氏不动杆菌 电泳 凝胶 脉冲场
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细菌16SrRNA基因荧光定量PCR诊断新生儿败血症 被引量：20
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作者 吴亦栋 尚世强 +4 位作者 李建平 杨祖钦 郑之北 杜立中 赵正言 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期446-449,共4页
目的探讨新生儿败血症的快速可靠诊断方法,以提高临床检测细菌的速度及准确性。方法以细菌16S rRNA 基因为靶序列,设计通用引物及 TaqMan 探针,建立细菌16S rRNA 基因实时荧光定量 PCR 反应体系;选择临床引起新生儿败血症的常见菌如金... 目的探讨新生儿败血症的快速可靠诊断方法,以提高临床检测细菌的速度及准确性。方法以细菌16S rRNA 基因为靶序列,设计通用引物及 TaqMan 探针,建立细菌16S rRNA 基因实时荧光定量 PCR 反应体系;选择临床引起新生儿败血症的常见菌如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌和大肠埃希菌等进行浓度梯度实验;对临床疑为新生儿败血症的830例感染性疾病的新生儿抽取静脉血分别做细菌16S rRNA 基因荧光定量 PCR 和血培养检测。结果临床常见分离株金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌荧光定量 PCR 检测结果均为阳性;巨细胞病毒、EB 病毒、乙肝病毒,新型隐球菌及白色念珠菌,人基因组 DNA 及空白对照均为阴性。细菌荧光定量 PCR 最低能检测到3个细菌,其荧光定量 CT 值为37.90;对临床疑为感染性疾病的830例患儿标本中,荧光定量 PCR 检测血标本阳性率5.18%(43/830),血培养阳性率2.41%(20/830),前者明显高于后者,差异具有统计学意义,P<0.01,30例非感染性疾病患儿血标本荧光定量 PCR 检测及细菌培养均为阴性。若以血培养作为对照,荧光定量 PCR 方法的诊断敏感性为100%,特异性为97.16%,正确诊断指数为0.972。结论建立了细菌16S rRNA 基因荧光定量 PCR 诊断新生儿败血症方法。其检测快速、简便,为新生儿败血症提供早期、敏感的病原学诊断依据。 展开更多
关键词 婴儿 新生 疾病 败血病 RNA 核糖体 16S 聚合酶链反应
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用核糖体DNA鉴别PCR区分中华按蚊和嗜人按蚊 被引量：19
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作者 马雅军 瞿逢伊 +1 位作者 徐建农 郑哲民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第3期237-239,共3页
目的：建立鉴别中华按蚊和嗜人按蚊的ＰＣＲ检测技术，并对现场标本进行检测。方法：根据中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤＮＡＩＴＳ２序列差异，设计种特异引物，用ＰＣＲ技术扩增种特异ＤＮＡ片段（中华按蚊４２５ｂｐ，嗜人按蚊２５３ｂｐ... 目的：建立鉴别中华按蚊和嗜人按蚊的ＰＣＲ检测技术，并对现场标本进行检测。方法：根据中华按蚊和嗜人按蚊的ｒＤＮＡＩＴＳ２序列差异，设计种特异引物，用ＰＣＲ技术扩增种特异ＤＮＡ片段（中华按蚊４２５ｂｐ，嗜人按蚊２５３ｂｐ），根据扩增片段的长度对两种按蚊进行鉴别。结果：应用该法检测中华按蚊和嗜人按蚊的３个实验室品系共７０例，经卵鉴定的嗜人按蚊野外标本２０例，均显示单一的种特异扩增带。凉山按蚊、贵阳按蚊和帕氏按蚊对照共９例全部无扩增。检测采自我国１０省１２个不同地点，根据成蚊形态初步鉴定为中华按蚊的标本共４４０例，具中华按蚊种特异扩增带的标本占６６．１％，具嗜人按蚊种特异扩增带的标本占１２．７％，其余２１．１％的标本无扩增带，表明检测样本中混有其他蚊种，仅根据成蚊形态难以鉴别。结论：本研究提供了一种简便、准确和灵敏的中华按蚊和嗜人按蚊的分子鉴别方法。 展开更多
关键词 中华按蚊 嗜人按蚊 DNA 核糖体 PCR
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红霉素抗菌作用及细菌产生红霉素抗性的机制 被引量：14
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作者 李凌凌 张部昌 马清钧 《国外医药（抗生素分册）》 CAS 2004年第1期12-16,33,共6页
红霉素是一类广谱的大环内酯类抗生素 ,随着红霉素在临床上的大量使用 ,红霉素也和其他抗生素一样出现了病原菌耐药性问题。从分子水平上将红霉素的抗菌机制与细菌产生耐药性机制联系起来对研制新一代的红霉素抗生素起指导性作用。红霉... 红霉素是一类广谱的大环内酯类抗生素 ,随着红霉素在临床上的大量使用 ,红霉素也和其他抗生素一样出现了病原菌耐药性问题。从分子水平上将红霉素的抗菌机制与细菌产生耐药性机制联系起来对研制新一代的红霉素抗生素起指导性作用。红霉素通过从空间上阻滞新生肽链的延伸和促进pt -tRNA的脱落而起抗菌作用 ,而细菌则通过影响红霉素在胞内的积累、破坏红霉素的结构。 展开更多
关键词 红霉素 抗菌作用 细菌产生红霉素抗性 耐药机制 核糖体
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硫糖铝对幽门螺杆菌感染小鼠胃黏膜损伤的保护作用及其对胃肠菌群的影响 被引量：19
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作者 刘芸 滕贵根 +2 位作者 王蔚虹 吴婷 胡伏莲 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第20期1546-1552,共7页
目的探讨硫糖铝混悬凝胶(SC)对幽门螺杆菌(H.pylori)感染所致小鼠胃黏膜损伤和胃肠菌群的影响。方法C57BL/6J小鼠分为正常对照组(NC组)、H.pylori组(HP组)和硫糖铝组(HP+SC组)。HP组和HP+SC组以H.pylori悉尼菌株(SS1)灌胃,HP+SC组同时... 目的探讨硫糖铝混悬凝胶(SC)对幽门螺杆菌(H.pylori)感染所致小鼠胃黏膜损伤和胃肠菌群的影响。方法C57BL/6J小鼠分为正常对照组(NC组)、H.pylori组(HP组)和硫糖铝组(HP+SC组)。HP组和HP+SC组以H.pylori悉尼菌株(SS1)灌胃,HP+SC组同时予SC灌胃14 d。小鼠处死后取胃黏膜行苏木精-伊红(HE)染色并行胃黏膜损伤评分(EDS),免疫组织化学法(IHC)或改良吉姆萨染色阳性认为H.pylori阳性。IHC检测紧密连接蛋白及炎症因子并行免疫组化评分,实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)检测炎症因子,透射电镜观察胃黏膜超微结构。取胃黏膜和肠内容物行16S核糖体RNA(16S rRNA)测序。结果HP组小鼠H.pylori定植率为91.67%,HP+SC组定植率为50.00%。HP组小鼠胃黏膜EDS高于NC组[(3.42±0.19)比(1.17±0.17),P<0.05],HP+SC组EDS(2.42±0.29)低于HP组(P<0.05)。HP组白细胞介素(IL)-8、IL-10、肿瘤坏死因子(TNF)-α mRNA表达水平及IHC评分高于NC组(均P<0.05)。HP+SC组IL-8 mRNA表达水平[(0.90±0.21)比(1.72±0.23)]及IHC评分[(4.50±0.22)分比(5.83±0.31)分]均低于HP组(均P<0.05),而IL-10、TNF-α mRNA表达水平及IHC评分差异均无统计学意义(均P>0.05)。HP组闭锁小带蛋白(ZO-1)及咬合蛋白IHC评分低于NC组(均P<0.05),HP+SC组咬合蛋白IHC评分高于HP组[(3.50±0.43)分比(2.33±0.21)分,P<0.05],两组ZO-1的IHC评分差异无统计学意义(P>0.05)。HP组较NC组胃菌群多样性降低,肠道菌群多样性差异无统计学意义,HP+SC组较HP组胃菌群及肠道菌群差异无统计学意义。结论SC降低H.pylori定植率,改善H.pylori所致胃黏膜损伤,降低H.pylori所致IL-8表达,增强咬合蛋白,但对H.pylori所致胃肠菌群改变无明显影响。 展开更多
关键词 螺杆菌感染 胃炎 炎症 紧密连接部 核糖体
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