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人NPTX1相关H3K27ac富集的非保守性增强子鉴定
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作者 陈旭东 张琦 +5 位作者 张颖蓝 林佳 王凤 桂怡婷 刘婷 李强 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期487-493,501,共8页
目的探索和鉴定人NPTX1相关H3K27ac富集的非保守性的增强子,完善NPTX1相关调控区的注释,为NPTX1相关疾病及非编码区突变的研究提供相应的理论基础。方法从CistromeDB数据库下载和分析涉及7种组织的39个H3K27ac ChIP-seq数据,选择NPTX1两... 目的探索和鉴定人NPTX1相关H3K27ac富集的非保守性的增强子,完善NPTX1相关调控区的注释,为NPTX1相关疾病及非编码区突变的研究提供相应的理论基础。方法从CistromeDB数据库下载和分析涉及7种组织的39个H3K27ac ChIP-seq数据,选择NPTX1两侧100 kb范围内的峰。通过ECR浏览器分析各片段在人、小鼠和斑马鱼之间的序列保守性。将相应DNA片段插入双荧光素酶验证载体中,在人神经源细胞系SH-SY5Y和人肾源细胞系293T行双荧光素酶实验,以检测增强子活性。结果分析获得5个H3K27ac富集片段,各片段在人、小鼠和斑马鱼之间DNA序列不保守。NPTX1-E1-P在SH-SY5Y中双荧光素酶活性比值明显高于阴性对照组,但在293T细胞中其增强子活性下降约40%。结论NPTX1附近的H3K27ac富集片段中,NPTX1-E1-P在人神经细胞系SH-SY5Y中具有增强子活性,且在物种间序列保守性低。相对于人神经源细胞系SH-SY5Y,其在人肾源细胞系293T中增强子活性下降。 展开更多
关键词 NPTX1 增强子 染色质免疫共沉淀测序(chip-seq) H3K27ac
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基于ChIP-Seq进行肿瘤/睾丸抗原XAGE-1b的DNA结合位点鉴定 被引量:1
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作者 高学鹏 朱嗣博 +1 位作者 赵瑞华 朱乃硕 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期807-814,共8页
XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步... XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP-Seq技术筛查XAGE-1b蛋白质可能存在的DNA结合片段.结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂(cell division,P-Value=7.95e-04)、细胞周期调控(cell cycle,P-Value=5.532e-03)、及癌症相关基因(GESA/MSigDB module_11,P-Value=2.010e-06)中.同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物(NCBI/interactions 22827,P-Value=4.678e-06)能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证.这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义. 展开更多
关键词 肿瘤睾丸抗原 XAGE-1b 染色质免疫共沉淀测序(chip-seq) PUF60 C-MYC
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肝癌SMMC-7721细胞系HSF4调控的靶基因图谱分析 被引量:1
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作者 马汝海 王天骄 +2 位作者 潘忠诚 赵雨杰 何群 《生命科学研究》 CAS CSCD 2018年第3期201-207,共7页
热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育多种生理... 热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育多种生理病理过程。现通过染色质免疫共沉淀联合测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-Seq)方法对HSF4潜在的靶基因进行检测,并用GO(gene ontology)分析方法对这些靶基因进行分析,以探求HSF4发挥的生物学功能。ChIP-Seq结果显示:在肝癌SMMC-7721细胞系基因组DNA中共有1 726个HSF4结合区域,其中102个在启动子区。GO分析结果显示:这些潜在的靶基因分别参与细胞发育、增殖和对外部刺激应答的生物过程,具有与核酸和蛋白质结合及蛋白质激活的分子功能,参与药物和有害异物代谢以及化学致癌的信号传导通路。此外,MEME4.12.0软件推测出在SMMC-7721细胞系中HSF4与DNA启动子区结合的6种模式。分析HSF4在肝癌SMMC-7721细胞系中可能调控的靶基因图谱为进一步研究HSF4在肝癌发生机制中的作用提供了有效的实验数据和理论基础。 展开更多
关键词 热休克转录因子4(HSF4) 肝肿瘤 染色质免疫共沉淀联合测序(chip-seq) 靶基因 GO分析
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