为了筛选出潜在的肝癌检测标志物,从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中选择GSE14520、GSE36376、GSE25097数据集,筛选出公共差异表达基因,利用DAVID平台进行富集分析,应用Cytoscape软件筛选出枢纽基因,并通过GEP...为了筛选出潜在的肝癌检测标志物,从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中选择GSE14520、GSE36376、GSE25097数据集,筛选出公共差异表达基因,利用DAVID平台进行富集分析,应用Cytoscape软件筛选出枢纽基因,并通过GEPIA2平台对枢纽基因的表达和预后进行验证,最后分析蛋白表达水平.共197个基因被定义为3个基因芯片的公共差异表达基因,其中,CDC20、RACGAP1、ASPM、RFC4、FEN1、AURKA、NUSAP1、TOP2A为枢纽基因,均在肝癌中高表达并影响不良预后.枢纽基因的KEGG重分析显示,RFC4和FEN1显著富集在DNA复制通路;蛋白表达分析显示,肝癌患者的RFC4和FEN1基因的转录与翻译均表现为高表达.筛选出的8个基因可以作为肝癌诊断潜在的生物标志物,其中RFC4和FEN1可能是调控肝癌发生、发展与转移的关键基因.展开更多
文摘为了筛选出潜在的肝癌检测标志物,从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中选择GSE14520、GSE36376、GSE25097数据集,筛选出公共差异表达基因,利用DAVID平台进行富集分析,应用Cytoscape软件筛选出枢纽基因,并通过GEPIA2平台对枢纽基因的表达和预后进行验证,最后分析蛋白表达水平.共197个基因被定义为3个基因芯片的公共差异表达基因,其中,CDC20、RACGAP1、ASPM、RFC4、FEN1、AURKA、NUSAP1、TOP2A为枢纽基因,均在肝癌中高表达并影响不良预后.枢纽基因的KEGG重分析显示,RFC4和FEN1显著富集在DNA复制通路;蛋白表达分析显示,肝癌患者的RFC4和FEN1基因的转录与翻译均表现为高表达.筛选出的8个基因可以作为肝癌诊断潜在的生物标志物,其中RFC4和FEN1可能是调控肝癌发生、发展与转移的关键基因.
