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题名生物信息学用于代谢网络研究的进展与展望
被引量：14
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作者
何锋
马红武
赵学明
元英进
曾安平
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机构
天津大学化工学院
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出处
《化工学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第10期1593-1601,共9页
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基金
国家自然科学基金海外青年合作基金项目(No 2 0 0 2 860 7) .~~
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文摘
如何分析基因测序和高通量分析方法所获得的海量数据和信息 ,及由此而得到的复杂生物网络 ,是生物信息学研究者所面临的重要任务 .本文综述了基于基因组的大规模代谢网络重建和分析的进展 ,论述了利用生物信息学方法分析代谢网络结构的主要方法和结果 ;比较了现阶段两种最常用的代谢途径分析方法 ,即基元模式和极端途径的差异 ;列举了这两种方法在代谢网络结构和功能分析、工程菌设计等多方面的重要应用 ;指出了现阶段在途径分析领域存在的问题和应对的策略 .
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关键词
生物信息学
基因组学
代谢网络
代谢途径
基元模式
极端途径
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Keywords
bioinformatics, genomics, metabolic network, metabolic pathway analysis, elementary flux modes (EFMs), extreme pathways (EPs)
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分类号
TQ920.1
[轻工技术与工程—发酵工程]
Q811.4
[生物学—生物工程]
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题名代谢途径分析研究进展及其应用
被引量：1
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作者
丁德武
陆克中
须文波
方康年
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机构
池州学院数学与计算机科学系
江南大学信息工程学院
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出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2009年第33期193-196,共4页
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基金
国家自然科学基金No.60474030
安徽省自然科学基金No.KJ2009B233Z
池州学院引进硕士研究生项目(No.XYK200809)~~
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文摘
由于缺乏详尽的热力学参数,基于网络拓扑的代谢途径分析是现阶段最重要的途径分析方法。首先简单地介绍了基于网络的途径分析方法发展简史,随后着重说明了基于凸分析的两种代谢途径分析方法:基元模式和极端途径及它们之间的异同,并详细阐述了这两种方法的具体应用。最后,使用极端途径分析了苏云金杆菌的PHB代谢。结果表明,除了传统的途径,还存在一些新颖的途径可用于PHB合成。
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关键词
代谢网络
代谢途径
基元模式
极端途径
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Keywords
metabolic network
metabolic pathway
elementary modes
extreme pathways
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分类号
TP339
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名基于极端途径的生化网络模块化分析
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作者
丁德武
黄海生
吴璞
王汝传
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机构
池州学院数学与计算机科学系
南京邮电大学计算机学院
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出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2011年第33期120-122,125,共4页
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基金
国家自然科学基金(No.60573141
No.60773041)
安徽省教育厅自然科学项目(No.KJ2010B133)~~
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文摘
近年来,对于复杂生化网络系统进行模块化分析引起了科研人员的极大关注。一般认为,模块化分析有助于理解这些网络的结构与功能关系。但是,当前的模块化分析方法大多将生化网络考虑为普通的复杂网络,所得模块的生物学意义较低。介绍了化学计量矩阵及极端途径分析等基本概念,对苏云金杆菌的丁醇代谢系统进行建模分析,研究结果表明:极端途径分析可用于识别网络中的功能模块,具备较好的生物学意义。
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关键词
生化网络
复杂网络
极端途径
模块化
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Keywords
biochemical network
complex network
extreme pathway
modularization
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分类号
TP339
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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