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侵染甘薯的DNA病毒研究进展
被引量：
8
1
作者
刘起丽
张建新
+2 位作者
李学成
石明旺
欧行奇
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期36-42,共7页
甘薯是重要的粮食作物和食品加工及工业原料。我国是世界上最大的甘薯生产国。病毒病是甘薯上的重要病害,目前世界上已报道的侵染甘薯的DNA病毒主要归属于双生病毒科Geminiviridae和花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae。近年来,双生病毒等...
甘薯是重要的粮食作物和食品加工及工业原料。我国是世界上最大的甘薯生产国。病毒病是甘薯上的重要病害,目前世界上已报道的侵染甘薯的DNA病毒主要归属于双生病毒科Geminiviridae和花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae。近年来,双生病毒等DNA病毒严重影响我国甘薯的产量、品质以及食品加工产业。本文简介了甘薯在我国的重要地位和种植情况;具体介绍了侵染甘薯的菜豆金色花叶病毒属Begomovirus、玉米线条病毒属Mastrevirus及杆状DNA病毒属Badnavirus的病毒特征、分子变异、分类现状和检测方法。结合甘薯生产的实际情况,提出了目前甘薯DNA病毒研究中存在的问题及思考。本文旨在为我国甘薯DNA病毒病的综合防控提供理论依据。
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关键词
甘薯
dna
病毒
菜豆金色花叶
病毒
属
玉米线条
病毒
属
杆状
dna
病毒
属
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职称材料
菠萝杆状DNA病毒的全基因组序列测定及分析
被引量：
2
2
作者
吴丽婷
阮小蕾
+3 位作者
沈文锦
谭小勇
翟国会
李华平
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第9期1969-1976,共8页
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆...
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97%,其ORF3编码的氨基酸序列与已报道的Badnavirus病毒ORF3氨基酸序列间一致率小于50.8%。Southern blot分析显示该病毒基因组能整合到植物基因组中。【结论】在中国湛江地区菠萝上存在PBCoV,该病毒属于Badnavirus属病毒,与香蕉线条病毒(Banana streak virus)Mys分离物(BSV-Mys)亲缘关系最近。这是PBCoV基因组全序列的首次报道。
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关键词
菠萝
菠萝
杆状
dna
病毒
杆状
dna
病毒
属
全序列
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职称材料
利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒
被引量：
1
3
作者
廖震
赵德刚
赵懿琛
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期2417-2422,共6页
对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。...
对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。检测发现有3条拼接序列与DNA杆状病毒属（Badnavirus）中的薯蓣杆状病毒（Dioscorea bacillifrom virus,DBV）相似,氨基酸相似度均高于80%。并在小黄姜样品中扩增得到1 883 bp病毒序列。RT和RNase H基序核苷酸序列与来自古巴的Banana streak virus（Gen Bank登录号：KF386733）相似性最高,为74%。根据目前的国际病毒分类委员会（the international committee on taxonomy of viruses,ICTV）病毒分类方案,Badnavirus病毒中RT和RNase H核苷酸基序相似度低于80%的可划为不同病毒种,该病毒可能是Badnavirus中的一种新病毒,暂命名为小黄姜杆状病毒（Zingiber bacilliform virus）。小黄姜杆状病毒在30个田间小黄姜样品中存在且存在多态性,该病毒可能是一个古老的病毒,在小黄姜进化过程中将病毒基因组整合到小黄姜基因组中来防御杆状病毒属病毒的侵染。
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关键词
小RNA
小黄姜
杆状
dna
病毒
属
小黄姜
杆状
病毒
原文传递
题名
侵染甘薯的DNA病毒研究进展
被引量：
8
1
作者
刘起丽
张建新
李学成
石明旺
欧行奇
机构
河南科技学院资源与环境学院
河南师范大学水产学院
河南天方药业有限公司
出处
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第3期36-42,共7页
基金
国家自然科学基金(31372105)
国家十三五重点研发计划(2016YFD0201000)
河南科技学院高层次人才科研启动项目(2015028)
文摘
甘薯是重要的粮食作物和食品加工及工业原料。我国是世界上最大的甘薯生产国。病毒病是甘薯上的重要病害,目前世界上已报道的侵染甘薯的DNA病毒主要归属于双生病毒科Geminiviridae和花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae。近年来,双生病毒等DNA病毒严重影响我国甘薯的产量、品质以及食品加工产业。本文简介了甘薯在我国的重要地位和种植情况;具体介绍了侵染甘薯的菜豆金色花叶病毒属Begomovirus、玉米线条病毒属Mastrevirus及杆状DNA病毒属Badnavirus的病毒特征、分子变异、分类现状和检测方法。结合甘薯生产的实际情况,提出了目前甘薯DNA病毒研究中存在的问题及思考。本文旨在为我国甘薯DNA病毒病的综合防控提供理论依据。
关键词
甘薯
dna
病毒
菜豆金色花叶
病毒
属
玉米线条
病毒
属
杆状
dna
病毒
属
Keywords
sweet potato
dna
virus
Begomovirus
Mastrevirus
Ba
dna
virus
分类号
S435.31 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
下载PDF
职称材料
题名
菠萝杆状DNA病毒的全基因组序列测定及分析
被引量：
2
2
作者
吴丽婷
阮小蕾
沈文锦
谭小勇
翟国会
李华平
机构
华南农业大学植物病毒研究室
出处
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第9期1969-1976,共8页
基金
国家公益性行业(农业)科研专项(nyhyzx07-30)
文摘
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97%,其ORF3编码的氨基酸序列与已报道的Badnavirus病毒ORF3氨基酸序列间一致率小于50.8%。Southern blot分析显示该病毒基因组能整合到植物基因组中。【结论】在中国湛江地区菠萝上存在PBCoV,该病毒属于Badnavirus属病毒,与香蕉线条病毒(Banana streak virus)Mys分离物(BSV-Mys)亲缘关系最近。这是PBCoV基因组全序列的首次报道。
关键词
菠萝
菠萝
杆状
dna
病毒
杆状
dna
病毒
属
全序列
Keywords
pineapple
Pineapple bacilliform comosus virus
Ba
dna
virus
complete sequence
分类号
S436.68 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
下载PDF
职称材料
题名
利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒
被引量：
1
3
作者
廖震
赵德刚
赵懿琛
机构
贵州大学农业生物工程研究院/生命科学学院、山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室
贵州大学药学院
贵州省农业科学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期2417-2422,共6页
基金
贵州省科技计划项目:小黄姜脱菌脱毒种苗快速繁殖技术研究(黔科合LH字(2014)7678)资助
文摘
对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。检测发现有3条拼接序列与DNA杆状病毒属（Badnavirus）中的薯蓣杆状病毒（Dioscorea bacillifrom virus,DBV）相似,氨基酸相似度均高于80%。并在小黄姜样品中扩增得到1 883 bp病毒序列。RT和RNase H基序核苷酸序列与来自古巴的Banana streak virus（Gen Bank登录号：KF386733）相似性最高,为74%。根据目前的国际病毒分类委员会（the international committee on taxonomy of viruses,ICTV）病毒分类方案,Badnavirus病毒中RT和RNase H核苷酸基序相似度低于80%的可划为不同病毒种,该病毒可能是Badnavirus中的一种新病毒,暂命名为小黄姜杆状病毒（Zingiber bacilliform virus）。小黄姜杆状病毒在30个田间小黄姜样品中存在且存在多态性,该病毒可能是一个古老的病毒,在小黄姜进化过程中将病毒基因组整合到小黄姜基因组中来防御杆状病毒属病毒的侵染。
关键词
小RNA
小黄姜
杆状
dna
病毒
属
小黄姜
杆状
病毒
Keywords
sRNA
Zingiber officinale Rosc.
Ba
dna
virus
Zingiber bacilliform virus
分类号
S436.32 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
侵染甘薯的DNA病毒研究进展
刘起丽
张建新
李学成
石明旺
欧行奇
《植物保护》
CAS
CSCD
北大核心
2017
8
下载PDF
职称材料
2
菠萝杆状DNA病毒的全基因组序列测定及分析
吴丽婷
阮小蕾
沈文锦
谭小勇
翟国会
李华平
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2010
2
下载PDF
职称材料
3
利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒
廖震
赵德刚
赵懿琛
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
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