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题名莴苣线粒体基因组密码子使用偏好性分析
被引量：6
- 1
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作者
张扬
孙曙光
李晴
魏珍
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机构
河南省农业科学院
河南省作物分子育种研究院
郑州大学生命科学学院
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出处
《河南农业科学》
北大核心
2022年第10期114-124,共11页
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基金
国家自然科学基金项目(31700175)
河南省重点研发专项(221111110800)
郑州大学青年教师基础研究培育基金项目(JC21343014)。
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文摘
为了分析栽培莴苣Lactuca sativa‘Salinas’和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异,对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究,比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程。结果表明:栽培莴苣和野生莴苣线粒体编码基因的总GC含量分别为43.43%和42.54%,富含A/T碱基。2种莴苣的有效密码子数(ENC)都在36.61~61.00,密码子偏好性较弱。中性绘图分析表明,2种莴苣线粒体编码基因的第1、2位和第3位碱基GC含量较为保守,选择是影响2种莴苣线粒体基因密码子使用偏好性的主要因素。PR2-plot分析表明,2种莴苣线粒体基因第3位碱基更偏好使用嘧啶碱基。ENC-plot分析结果显示,2种莴苣的线粒体基因密码子偏好性主要受到选择压力影响。对2种莴苣的相对同义密码子使用度(RSCU)分析表明,栽培莴苣和野生莴苣分别有28个和29个高频密码子,除亮氨酸外,2种莴苣的高频密码子均以A/U结尾。2种莴苣线粒体编码基因的密码子使用偏好性总体上较接近,但最优密码子存在较大差异。这种差异可能是因为2种莴苣的低表达基因库差异造成的,也可能与选择压力及人工育种对栽培莴苣线粒体基因组进化的影响有关。
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关键词
莴苣
线粒体基因组
密码子偏好性
有效密码子数
最优密码子
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Keywords
Lettuce
Mitochondrial genome
Codon usage bias
ENC
Optimal codon
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分类号
S636.2
[农业科学—蔬菜学]
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题名圆红冬孢酵母的密码子用法分析
被引量：2
- 2
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作者
张琦
焦翔
刘香健
张月
张素芳
赵宗保
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机构
中国科学院大连化学物理研究所
中国科学院大学
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出处
《菌物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第11期1454-1465,共12页
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基金
国家自然科学基金(31370128
51761115014)~~
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文摘
运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%,密码子第三位GC含量为78.3%,且偏好使用G或C结尾的密码子,确定了圆红冬孢酵母R. toruloides的21个高表达优越密码子。研究发现,圆红冬孢酵母与毕赤酵母、酿酒酵母、大肠杆菌和拟南芥在密码子使用频率上有较大差异,而与解脂耶氏酵母和果蝇差异相对较小。研究结果对提高外源基因在圆红冬孢酵母中表达效率及相关代谢工程和合成生物学研究有一定意义。
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关键词
密码子偏好性
高表达优越密码子
密码子使用频率
相对同义密码子使用度
有效密码子数
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Keywords
codon usage bias
optimal codon
frequency of codon usage
relative synonymous codon usage
effective number of codon
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分类号
Q755
[生物学—分子生物学]
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题名里氏木霉基因组密码子偏好性研究
被引量：2
- 3
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作者
杨鑫
秦丽娜
江贤章
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机构
福建师范大学生命科学学院
工业微生物发酵技术国家地方联合工程研究中心
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出处
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2022年第6期141-149,共9页
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基金
国家自然科学基金(31800060)
福建省自然科学基金(2019I0009,2020J01177)。
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文摘
在不同物种中,密码子偏好性存在一定程度的差异。为了研究纤维素酶主要工业生产菌株——里氏木霉(Trichoderma reesei)基因组密码子的偏好性,对里氏木霉9352个基因的编码区进行密码子分析。结果显示,里氏木霉97%的基因GC含量为50%~68%,GC3的平均含量为70.4%。中性分析与ENC-plot分析表明,里氏木霉密码子的使用主要受选择压力的影响。相关性分析结果显示,基因组GC含量与GC1、GC2和GC3显著相关(P<0.05),有效密码子数与GC3显著相关(P<0.05)。此外,在里氏木霉使用频率较高的24个密码子中,有22个均是以GC结尾的。进一步确定了21个高表达优越密码子和4个高表达最优密码子(CUC、GCC、CGC和GGC)。里氏木霉与长梗木霉、粗糙脉孢霉在密码子使用频率上差异较小,与酿酒酵母的差异相对较大。本研究为里氏木霉中的密码子优化提供了理论依据,对开发高效的里氏木霉基因表达宿主以及开发里氏木霉作为合成生物学基盘细胞具有重要的意义。
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关键词
里氏木霉
密码子偏好性
有效密码子数
相对同义密码子使用度
异源表达
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Keywords
Trichoderma reesei
codon usage bias
effective number of codon
relative synonymous codon usage
heterologous expression
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分类号
Q939.9
[生物学—微生物学]
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题名昆虫质型多角体病毒同义密码子使用模式分析
被引量：1
- 4
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作者
石生林
姜义仁
杨瑞生
刘彦群
赵金莹
秦利
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机构
沈阳农业大学植物保护博士后流动站
沈阳农业大学生物科学技术学院
辽宁省昆虫资源工程技术研究中心
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出处
《应用昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第4期1020-1029,共10页
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基金
现代农业产业技术体系专项(CARS-22)
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文摘
昆虫质型多角体病毒(cypovirus,CPV)是害虫种群重要调节因子,可用作生物防治剂。本研究采用多元统计分析方法对7种CPV进行密码子使用模式分析,结果表明:CPV密码子使用偏好性较弱,多数基因密码子使用模式受碱基组成影响,少数基因密码子使用模式除碱基组成外还有其它影响因素;中性绘图分析表明碱基组成主要受选择压力影响,受突变影响较小。同一电泳型CPV之间比同一宿主CPV之间共有的偏好性密码子多。CPV基因组内10个基因组片段之间密码子偏好性存在差异。CPV密码子偏好性与宿主昆虫密码子偏好性存在差异,所有CPV与其宿主昆虫共有的偏好性密码子均较少。对应分析进一步证明碱基组成是影响密码子使用的主要因素,不同电泳型CPV具有不同的密码子使用模式。聚类分析表明同一电泳型CPV密码子使用模式相似,同一宿主CPV密码子使用模式差异较大。
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关键词
有效密码子数
ENc—plot分析
中性绘图分析
对应分析
偏好性密码子
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Keywords
effective number of codons, ENc-plot analysis, neutrality plot analysis, correspondence analysis, preferred codons
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分类号
S476.13
[农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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