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尖孢镰刀菌全基因组密码子偏好性及特征分析 被引量：1
1
作者 路景诗 赵远征 +4 位作者 王东 李晓杰 彭静文 张龙梅 张晓明 《北方农业学报》 2022年第4期11-17,共7页
【目的】探究尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)全基因组的密码子使用模式,分析影响其密码子组成和编码特性的因素。【方法】以F.oxysporum全基因组数据为试验材料,利用CodonW、R等软件分析密码子偏好性及其影响因素。【结果】共得到1812... 【目的】探究尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)全基因组的密码子使用模式,分析影响其密码子组成和编码特性的因素。【方法】以F.oxysporum全基因组数据为试验材料,利用CodonW、R等软件分析密码子偏好性及其影响因素。【结果】共得到18125条符合分析要求的序列;F.oxysporum的平均GC含量为51.46%,ENC值为24.31~61.00,且共有94.41%的ENC值大于45。亮氨酸和丙氨酸占比较高,分别为8.86%和8.29%;色氨酸和半胱氨酸占比较低,分别仅为1.61%和1.34%。F.oxysporum拥有33个高频密码子、19个最优密码子、密码子主要以G/C结尾;密码子基本参数相关性分析表明,GC1和GC2相关性极显著(P<0.01),GC3与ENC的相关性最强(P<0.01)。【结论】尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)全基因组密码子偏好性主要受自然选择作用影响,同时GC3与ENC相关性最强;33个高频密码子和19个最优密码子主要以G/C结尾。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌 密码子偏好性 最优密码子 有效密码子
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莴苣线粒体基因组密码子使用偏好性分析 被引量：4
2
作者 张扬 孙曙光 +1 位作者 李晴 魏珍 《河南农业科学》 北大核心 2022年第10期114-124,共11页
为了分析栽培莴苣Lactuca sativa‘Salinas’和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异,对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究,比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程。结果表明:栽培莴苣... 为了分析栽培莴苣Lactuca sativa‘Salinas’和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异,对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究,比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程。结果表明:栽培莴苣和野生莴苣线粒体编码基因的总GC含量分别为43.43%和42.54%,富含A/T碱基。2种莴苣的有效密码子数(ENC)都在36.61~61.00,密码子偏好性较弱。中性绘图分析表明,2种莴苣线粒体编码基因的第1、2位和第3位碱基GC含量较为保守,选择是影响2种莴苣线粒体基因密码子使用偏好性的主要因素。PR2-plot分析表明,2种莴苣线粒体基因第3位碱基更偏好使用嘧啶碱基。ENC-plot分析结果显示,2种莴苣的线粒体基因密码子偏好性主要受到选择压力影响。对2种莴苣的相对同义密码子使用度(RSCU)分析表明,栽培莴苣和野生莴苣分别有28个和29个高频密码子,除亮氨酸外,2种莴苣的高频密码子均以A/U结尾。2种莴苣线粒体编码基因的密码子使用偏好性总体上较接近,但最优密码子存在较大差异。这种差异可能是因为2种莴苣的低表达基因库差异造成的,也可能与选择压力及人工育种对栽培莴苣线粒体基因组进化的影响有关。 展开更多
关键词 莴苣 线粒体基因组 密码子偏好性 有效密码子数 最优密码子
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里氏木霉基因组密码子偏好性研究 被引量：2
3
作者 杨鑫 秦丽娜 江贤章 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第6期141-149,共9页
在不同物种中,密码子偏好性存在一定程度的差异。为了研究纤维素酶主要工业生产菌株——里氏木霉(Trichoderma reesei)基因组密码子的偏好性,对里氏木霉9352个基因的编码区进行密码子分析。结果显示,里氏木霉97%的基因GC含量为50%~68%,... 在不同物种中,密码子偏好性存在一定程度的差异。为了研究纤维素酶主要工业生产菌株——里氏木霉(Trichoderma reesei)基因组密码子的偏好性,对里氏木霉9352个基因的编码区进行密码子分析。结果显示,里氏木霉97%的基因GC含量为50%~68%,GC3的平均含量为70.4%。中性分析与ENC-plot分析表明,里氏木霉密码子的使用主要受选择压力的影响。相关性分析结果显示,基因组GC含量与GC1、GC2和GC3显著相关(P<0.05),有效密码子数与GC3显著相关(P<0.05)。此外,在里氏木霉使用频率较高的24个密码子中,有22个均是以GC结尾的。进一步确定了21个高表达优越密码子和4个高表达最优密码子(CUC、GCC、CGC和GGC)。里氏木霉与长梗木霉、粗糙脉孢霉在密码子使用频率上差异较小,与酿酒酵母的差异相对较大。本研究为里氏木霉中的密码子优化提供了理论依据,对开发高效的里氏木霉基因表达宿主以及开发里氏木霉作为合成生物学基盘细胞具有重要的意义。 展开更多
关键词 里氏木霉 密码子偏好性 有效密码子数 相对同义密码子使用度 异源表达
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圆红冬孢酵母的密码子用法分析 被引量：1
4
作者 张琦 焦翔 +3 位作者 刘香健 张月 张素芳 赵宗保 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1454-1465,共12页
运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%... 运用CodonW等软件,分析了圆红冬孢酵母Rhodosporidium toruloides基因组中191个蛋白质编码基因的密码子使用模式,包括密码子3个位置上的GC含量、有效密码子数和密码子使用频率。圆红冬孢酵母有效密码子数ENc值为38.9,密码子GC含量为63%,密码子第三位GC含量为78.3%,且偏好使用G或C结尾的密码子,确定了圆红冬孢酵母R. toruloides的21个高表达优越密码子。研究发现,圆红冬孢酵母与毕赤酵母、酿酒酵母、大肠杆菌和拟南芥在密码子使用频率上有较大差异,而与解脂耶氏酵母和果蝇差异相对较小。研究结果对提高外源基因在圆红冬孢酵母中表达效率及相关代谢工程和合成生物学研究有一定意义。 展开更多
关键词 密码子偏好性 高表达优越密码子 密码子使用频率 相对同义密码子使用度 有效密码子数
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30种半翅目昆虫线粒体COⅠ基因密码子偏好性聚类分析 被引量：4
5
作者 张玉波 周中艳 +1 位作者 王廷慧 邓娟 《江苏农业科学》 2018年第14期15-18,共4页
利用CodonW 1.4.2和SPSS 19.0软件分析30种半翅目昆虫线粒体COⅠ基因并进行聚类。结果表明,同一单系群里相对越进化的昆虫其COⅠ基因的有效密码子数量(effective number of codons,简称ENC)越小,密码子偏好性越强;在总科以下各分类阶元... 利用CodonW 1.4.2和SPSS 19.0软件分析30种半翅目昆虫线粒体COⅠ基因并进行聚类。结果表明,同一单系群里相对越进化的昆虫其COⅠ基因的有效密码子数量(effective number of codons,简称ENC)越小,密码子偏好性越强;在总科以下各分类阶元聚类分析所反映的亲缘关系与现存分类系统基本相符。说明基于昆虫线粒体COⅠ基因密码子偏好性的聚类分析在一定程度上可以反映物种之间的亲缘关系,但更适用于同一单系群中较为进化的类群。 展开更多
关键词 半翅目昆虫 线粒体 COⅠ基因 有效密码子数量(ENC) 密码子偏好性 聚类分析
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昆虫质型多角体病毒同义密码子使用模式分析 被引量：1
6
作者 石生林 姜义仁 +3 位作者 杨瑞生 刘彦群 赵金莹 秦利 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期1020-1029,共10页
昆虫质型多角体病毒(cypovirus,CPV)是害虫种群重要调节因子,可用作生物防治剂。本研究采用多元统计分析方法对7种CPV进行密码子使用模式分析,结果表明:CPV密码子使用偏好性较弱,多数基因密码子使用模式受碱基组成影响,少数基因密码子... 昆虫质型多角体病毒(cypovirus,CPV)是害虫种群重要调节因子,可用作生物防治剂。本研究采用多元统计分析方法对7种CPV进行密码子使用模式分析,结果表明:CPV密码子使用偏好性较弱,多数基因密码子使用模式受碱基组成影响,少数基因密码子使用模式除碱基组成外还有其它影响因素;中性绘图分析表明碱基组成主要受选择压力影响,受突变影响较小。同一电泳型CPV之间比同一宿主CPV之间共有的偏好性密码子多。CPV基因组内10个基因组片段之间密码子偏好性存在差异。CPV密码子偏好性与宿主昆虫密码子偏好性存在差异,所有CPV与其宿主昆虫共有的偏好性密码子均较少。对应分析进一步证明碱基组成是影响密码子使用的主要因素,不同电泳型CPV具有不同的密码子使用模式。聚类分析表明同一电泳型CPV密码子使用模式相似,同一宿主CPV密码子使用模式差异较大。 展开更多
关键词 有效密码子数 ENc—plot分析 中性绘图分析 对应分析 偏好性密码子
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