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鳗弧菌(Vibrio anguillarum)核酸适配体的筛选及其结合蛋白的分离鉴定 被引量：5
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作者 郑江 刘慧敏 +5 位作者 黄力行 林筱钧 彭雪云 江兴龙 周建传 汤学敏 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第1期250-261,共12页
目的鳗弧菌(Vibrio anguillarum)是水产养殖中的重要条件致病菌,每年给水产养殖业造成巨大的经济损失,研究其致病机制、对其进行快速的检测鉴定是其病害防治的前提和基础。核酸适配体因其高亲和力、高特异性等多种优点,在微生物的靶标... 目的鳗弧菌(Vibrio anguillarum)是水产养殖中的重要条件致病菌,每年给水产养殖业造成巨大的经济损失,研究其致病机制、对其进行快速的检测鉴定是其病害防治的前提和基础。核酸适配体因其高亲和力、高特异性等多种优点,在微生物的靶标分析、检测鉴定以及致病机制等多个领域都呈现出较好的应用潜力。因此,筛选鳗弧菌的核酸适配体,利用核酸适配体对鳗弧菌相关位点进行分析鉴定,不仅能为鳗弧菌的检测鉴定提供一个新的手段,对于探索鳗弧菌相关位点在其病害防治中的作用也具有重要意义。方法以鳗弧菌为靶目标,采用每轮测序的SELEX筛选方法,从高频序列中筛选鳗弧菌的核酸适配体;采用单链DNA浓度法测定核酸适配体的亲和力,研究核酸适配体对鳗弧菌的亲和特异性;采用Origin软件、选择反比例函数(Hyperbola函数)进行非线性拟合,获得核酸适配体的亲和常数(K_(d))和最大亲和力(A_(m));采用磁分离技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离纯化出核酸适配体H5的结合蛋白,通过质谱对该蛋白质进行分析鉴定,并利用Prabi、Phyre2、Psortb 3.0等在线网站分析该结合蛋白的空间结构及其亚细胞位置。结果建立了以高频序列为基础的快速筛选核酸适配体的方法,采用该方法筛选出了一系列对鳗弧菌有较好亲和特异性的核酸适配体(H1、H5、H6、H12、H25、H26、H28、H33、H38和H42),测定了其中6个核酸适配体(H1、H5、H25、H26、H33、H38)的K_(d)和A_(m),相应的K_(d)值分别为(78.77±10.99)、(180.65±23.01)、(121.14±21.43)、(276.42±51.23)、(89.24±10.84)、(167.12±23.73)nmol/L,A_(m)值分别为(229.42±8.35)、(891.04±50.14)、(647.20±41.51)、(720.85±75.35)、(510.65±33.89)、(576.06±38.73)nmol/L。核酸适配体H5的结合蛋白为鳗弧菌中的丙酮酸脱氢酶E1组分,该蛋白质主要位于细胞质中,α螺旋和β折叠结构构成了其主要骨架,环状的无规� 展开更多
关键词 核酸适配体 鳗弧菌 高频序列 亲和常数 最大亲和力 结合蛋白 SELEX 丙酮酸脱氢酶
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变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)核酸适配体的SELEX筛选
2
作者 林筱钧 许净 +4 位作者 郑江 鄢庆枇 高得骥 范云庭 黄将远 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期583-590,共8页
变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)是大黄鱼内脏白点病的主要致病菌。核酸适配体,因其亲和力高、特异性好等多个优点,在微生物检测等多个领域都有较好的应用前景。以变形假单胞菌为靶目标,采用SELEX筛选方法,从高频序列中筛选... 变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)是大黄鱼内脏白点病的主要致病菌。核酸适配体,因其亲和力高、特异性好等多个优点,在微生物检测等多个领域都有较好的应用前景。以变形假单胞菌为靶目标,采用SELEX筛选方法,从高频序列中筛选获得了变形假单胞菌的5个核酸适配体,测定了这些核酸适配体对变形假单胞菌的亲和特异性及其亲和常数(K_(d))和最大亲和力(A_(m)),并对其二级结构进行了分析研究。结果表明,这5个核酸适配体对变形假单胞菌的亲和力是其他非目标菌(嗜水气单胞菌、溶藻弧菌、哈维氏弧菌、大肠杆菌、迟钝爱德华氏菌、铜绿假单胞菌)的10倍以上,体现出了较好的亲和特异性。测定了5个核酸适配体(#1、#2、#3、#4、#5)的K_(d)和A_(m),相应的K_(d)值分别为(25.77±6.11)、(7.14±1.86)、(19.59±3.01)、(83.22±22.45)、(34.31±8.76) nmol/L,A_(m)值分别为(789.23±38.46)、(1392.27±58.03)、(3012.50±106.19)、(1457.99±171.32)、(1070.91±70.16) nmol/L。二级结构模拟发现核酸适配体对靶标的结合能力可能主要与其二级结构中的大中型环有关。相关研究对于变形假单胞菌的快速检测及其病害防控都具有重要意义。 展开更多
关键词 变形假单胞菌 核酸适配体 亲和常数 最大亲和力 二级结构
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