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线粒体核糖体蛋白基因内含子间最佳匹配片段的相对位置分布
1
作者 宋鑫伟 李瑞芳 +1 位作者 高姗 彭诗雅 《内蒙古师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2024年第3期306-312,共7页
对内含子间相互作用的研究是揭示基因表达调控作用的重要手段。为研究第一内含子与其他内含子间相互作用特征,并考虑内含子间的环状匹配特征包含了这种相互作用的重要信息,以人类、小鼠、红鳍东方鲀、黑腹果蝇和秀丽隐杆线虫五个物种的... 对内含子间相互作用的研究是揭示基因表达调控作用的重要手段。为研究第一内含子与其他内含子间相互作用特征,并考虑内含子间的环状匹配特征包含了这种相互作用的重要信息,以人类、小鼠、红鳍东方鲀、黑腹果蝇和秀丽隐杆线虫五个物种的线粒体核糖体蛋白基因序列为样本,研究第一内含子与其他内含子间的环状匹配特征。采用Smith-Waterman方法,通过局部比对得到每个基因的第一内含子与其他内含子反向互补序列的最佳匹配片段,同时,将这些片段按8-mer CG模体的分类方式分为不同类型的片段。将基因组中所有第一内含子序列的长度标准化处理后,计算最佳匹配片段和各类片段CG对在第一内含子上的相对位置,并分析其物种差异性。结果显示,最佳匹配片段的相对位置分布没有显示出物种差异性,而其CG对的相对位置分布显示了物种差异性,且1CG类片段的CG对最可几位置随物种进化呈定向进化趋势。研究结果表明,这些最佳匹配片段可能是具有某些组织和功能的生物学元件,而CG模体体现了这些功能元件的重要特征。 展开更多
关键词 内含子 最佳匹配片段 CG模体 相对位置分布
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果蝇成熟mRNA序列与其相应内含子序列的匹配特征分析 被引量：5
2
作者 薄素玲 李宏 +4 位作者 张强 杨振华 包通嘎拉 应智强 赵小庆 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2018年第6期612-619,共8页
研究成熟mRNA序列与其相应内含子序列的相互作用规律对于揭示基因表达调控具有重要意义.本文以黑腹果蝇第一号染色体蛋白质编码基因序列为研究对象,采用SmithWaterman局域比对的方法,在mRNA序列和内含子序列之间进行匹配性比对分析.研... 研究成熟mRNA序列与其相应内含子序列的相互作用规律对于揭示基因表达调控具有重要意义.本文以黑腹果蝇第一号染色体蛋白质编码基因序列为研究对象,采用SmithWaterman局域比对的方法,在mRNA序列和内含子序列之间进行匹配性比对分析.研究发现剪切后的内含子序列与基因的5′UTR序列和3′UTR序列的相对匹配频数高于编码(CDS)序列.最佳匹配片段集合的G+C含量分布范围很广,其分布中心与3′UTR序列最为接近,5′UTR序列次之,距离CDS序列最远,这是导致两端UTR序列与内含子序列有较高匹配强度的原因.最佳匹配片段的配对率主要分布在68%～75%之间,最可几长度为20bp左右,最佳匹配片段的序列特征与miRNA相似.结果显示内含子与mRNA之间的这种匹配模式是参与基因调控的一种可能方式. 展开更多
关键词 果蝇mRNA 内含子 最佳匹配片段 匹配频数分布 配对率
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mRNA序列与相应UTR中内含子序列的相互作用 被引量：1
3
作者 张强 赵小庆 +2 位作者 薄素玲 曹艳娟 苏文霞 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2020年第4期384-391,共8页
UTR区中的内含子对基因的表达调控过程发挥着重要的作用,它通过与相应mRNA的序列匹配方式发生相互作用并实现对基因的表达调控。采用Smith-Waterman算法进行局域比对,获得UTR区中的内含子与相应mRNA序列之间的最佳匹配片段。分析6个物种... UTR区中的内含子对基因的表达调控过程发挥着重要的作用,它通过与相应mRNA的序列匹配方式发生相互作用并实现对基因的表达调控。采用Smith-Waterman算法进行局域比对,获得UTR区中的内含子与相应mRNA序列之间的最佳匹配片段。分析6个物种mRNA序列上最佳匹配片段的序列特征及匹配频率的分布规律,并分析这种相互作用分布的普适性。结果发现:最佳匹配片段的配对率和平均长度分布与siRNA和miRNA的结合特征一致;UTR区中的内含子与相应mRNA序列上的UTR序列存在较强的相互作用,低GC片段倾向与3′UTR区作用,而高GC片段倾向结合到5′UTR区。结论表明最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用的一般规律,内含子序列应该是一类调控基因表达的功能片段。UTR区中的内含子与mRNA序列是协同进化的,通过相互作用完成应有的功能。 展开更多
关键词 MRNA 内含子 局域比对 最佳匹配片段 G+C含量
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线粒体上核糖核蛋白基因内含子与相应编码序列的相互作用分析 被引量：1
4
作者 李宏 赵雯 +2 位作者 陈旭 王荣 赵小庆 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期515-524,共10页
剪切后的内含子对基因的表达调控过程仍发挥着重要的作用,发现内含子通过与相应mRNA的相互作用来实现这些功能的.用改进后的Smith-Waterman算法进行局域比对,对线虫、果蝇、小鼠和人类的线粒体上核糖核蛋白基因的内含子与相应编码序列... 剪切后的内含子对基因的表达调控过程仍发挥着重要的作用,发现内含子通过与相应mRNA的相互作用来实现这些功能的.用改进后的Smith-Waterman算法进行局域比对,对线虫、果蝇、小鼠和人类的线粒体上核糖核蛋白基因的内含子与相应编码序列做匹配性比对分析,发现内含子的中部序列与编码序列存在较强的相互作用,三类内含子上的匹配频率分布显示了各自的特征.在编码序列上有多个最佳匹配区域和禁配区域,推测这些禁配区域可能是蛋白质复合体的结合区域.最佳匹配片段的GC含量分布范围较广,覆盖了其它三类序列分布范围.高等真核生物最佳匹配片段的平均长度比低等真核生物要长一些.结论表明最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用的一般规律,内含子应该是一类调控基因表达的功能片段. 展开更多
关键词 线粒体 核糖核蛋白基因 内含子 编码序列 局域比对 最佳匹配片段 GC含量
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植物基因组内含子与mRNA相互作用的保守性特征 被引量：1
5
作者 张强 赵小庆 +2 位作者 薄素玲 曹艳娟 苏文霞 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2021年第1期41-48,共8页
以拟南芥、葡萄和水稻3种植物的基因序列为研究样本,采用Smith-Waterman算法进行局域比对后,获得mRNA序列和相应内含子序列之间的最佳匹配片段。然后分析了mRNA序列上最佳匹配片段序列特征及匹配频率的分布规律,同时分析了这种相互作用... 以拟南芥、葡萄和水稻3种植物的基因序列为研究样本,采用Smith-Waterman算法进行局域比对后,获得mRNA序列和相应内含子序列之间的最佳匹配片段。然后分析了mRNA序列上最佳匹配片段序列特征及匹配频率的分布规律,同时分析了这种相互作用分布的保守性。研究发现,UTR区与内含子存在较强的相互作用,低GC片段倾向与3′UTR区作用,而高GC片段倾向结合到5′UTR区;在外显子上游EJC结合区域的匹配频率出现极小值分布;翻译起始位点和翻译终止位点可以通过它们的最佳匹配频率分布被识别。研究表明,内含子序列与成熟mRNA序列是协同进化的,并通过相互作用完成应有的功能。 展开更多
关键词 MRNA序列 内含子 局域比对 最佳匹配片段 GC含量
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线粒体核糖体蛋白基因中内含子序列间匹配特性分析
6
作者 冯雪 李瑞芳 +2 位作者 杨萨如拉 程永霞 赵瑞峰 《内蒙古师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2021年第3期219-225,共7页
选取线粒体核糖体蛋白基因序列为样本,采用Smith-Waterman方法,通过局部比对得到了每个物种基因的第一内含子与其它内含子序列之间的最佳匹配片段。以此为基础,分析了第一内含子序列特征及其与同基因中其它内含子的相互匹配特性。结果显... 选取线粒体核糖体蛋白基因序列为样本,采用Smith-Waterman方法,通过局部比对得到了每个物种基因的第一内含子与其它内含子序列之间的最佳匹配片段。以此为基础,分析了第一内含子序列特征及其与同基因中其它内含子的相互匹配特性。结果显示:大多数线粒体核糖体蛋白基因的第一内含子长度小于200 bp,且在40 bp处出现峰值。其GC含量分布接近于正态分布且在0.40处出现最高频率。最佳匹配片段的GC含量大多数集中在0.2到0.5之间。最佳匹配片段的配对率在60%处出现峰值,也有部分达到100%。把最佳匹配片段按照GC含量的高低分组后,发现不同GC含量组的最佳匹配片段在第一内含子中的相对位置的分布具有明显差异,说明片段的GC含量很可能在内含子之间相互作用中起着关键性的作用。研究结果表明,这些最佳匹配片段可能与某些生物学功能元件密切相关。 展开更多
关键词 线粒体核糖体蛋白 最佳匹配片段 局域比对 内含子
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mRNA序列与相应内含子序列匹配的普适性分析
7
作者 张强 赵小庆 +2 位作者 薄素玲 曹艳娟 苏文霞 《生物信息学》 2020年第3期149-156,共8页
剪切后的内含子在基因表达和调控过程中发挥重要作用,由此在成熟mRNA与相应的内含子之间也存在相互作用,并且二者协同进化。为了验证这一理论,以13个物种的基因组作为研究样本,凭借Smith-Waterman的局域比对方法,最终得到在成熟mRNA与... 剪切后的内含子在基因表达和调控过程中发挥重要作用,由此在成熟mRNA与相应的内含子之间也存在相互作用,并且二者协同进化。为了验证这一理论,以13个物种的基因组作为研究样本,凭借Smith-Waterman的局域比对方法,最终得到在成熟mRNA与其内含子序列之间的最佳匹配片段,同时在mRNA序列上显示出最佳匹配强度的分布区。然后对最佳匹配片段的长度、配对率的分布这两项参数进行分析之后,发现最佳匹配片段的这两个参数的特征,与siRNA和miRNA的结合特征是相近的;在mRNA序列上,得出UTR区与内含子相互作用强,GC含量低的片段偏好结合到3’UTR区,相反GC含量高的片段更倾向与5’UTR区发生相互作用。因此,最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用规律,可以把内含子看成是一种具有基因表达调控功能的序列。以上研究对于进一步探讨内含子的功能和进化具有重大意义。 展开更多
关键词 MRNA序列 内含子 局域比对 最佳匹配片段 GC含量
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拟南芥外显子连接序列上最佳匹配片段的偏好
8
作者 张强 赵小庆 +2 位作者 薄素玲 曹艳娟 苏文霞 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2020年第2期148-153,共6页
内含子序列通过与相应mRNA序列的匹配参与基因表达调控。采用Smith-Waterman局部比对方法,以拟南芥全基因组基因序列为基础,获得了内含子序列与其对应的外显子连接序列的最佳匹配片段。为了揭示两者之间的序列匹配特征,给出匹配频率在... 内含子序列通过与相应mRNA序列的匹配参与基因表达调控。采用Smith-Waterman局部比对方法,以拟南芥全基因组基因序列为基础,获得了内含子序列与其对应的外显子连接序列的最佳匹配片段。为了揭示两者之间的序列匹配特征,给出匹配频率在外显子序列上的分布。研究发现,匹配频率分布在外显子的边界存在显著差异,长内含子序列和第一个内含子序列对外显子连接序列的分布偏好明显区别于其他内含子序列。对于长片段、低GC含量以及高配对率的最佳匹配片段在外显子连接序列上游EJC(exon-exon junction complex)结合区域分布有明显的最小值。结果显示内含子序列和编码序列存在共同进化关系。 展开更多
关键词 内含子序列 外显子连接序列 序列比对 外显子连接复合物(EJC) 最佳匹配片段
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