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HIV-1逆转录酶抑制剂的3D-QSAR研究及分子设计 被引量：4
1
作者 仝建波 占培 吴英纪 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1397-1402,共6页
采用Topomer Co MFA方法对24个二芳基苯胺衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3DQSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.928,0.654和0.940,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能... 采用Topomer Co MFA方法对24个二芳基苯胺衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3DQSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.928,0.654和0.940,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力。采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与HIV-1逆转录酶的LYS172,GLU138,LYS101等位点作用明显。运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了一些具有较高活性的新的二芳基苯胺类抗艾滋病药物,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考。 展开更多
关键词 三维定量构效关系 易位体比较分子场 分子对接 分子设计 二芳基苯胺衍生物
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HIV-1整合酶抑制剂的3D-QSAR研究 被引量：2
2
作者 仝建波 曹旭 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第6期889-893,共5页
采用Topomer CoMFA方法对26个香豆素衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3 D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.973,0.666和0.960,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.... 采用Topomer CoMFA方法对26个香豆素衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3 D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.973,0.666和0.960,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.运用这些信息进行分子对接,在理论上验证所构建的模型具有较高的可信性.此外,QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考. 展开更多
关键词 三维定量构效关系 易位体比较分子场 分子对接
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吡喃酮类化合物的3D-QSAR及分子对接研究
3
作者 吴鲁阳 王天浩 +2 位作者 冯怡 张星 仝建波 《陕西科技大学学报》 CAS 2020年第6期75-80,86,共7页
采用易位体比较分子场(Topomer CoMFA)方法对18个吡喃酮类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,主要参数分别为N=3,F=23.879,r 2=0.888,q 2=0.554,r 2 stderr=0.20,q 2 stderr=0.40,SEE=0.199,结果表明所建模型具有良好... 采用易位体比较分子场(Topomer CoMFA)方法对18个吡喃酮类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,主要参数分别为N=3,F=23.879,r 2=0.888,q 2=0.554,r 2 stderr=0.20,q 2 stderr=0.40,SEE=0.199,结果表明所建模型具有良好的预测能力.利用Topomer search技术在ZINC分子数据库中进行虚拟筛选,设计出活性优于模板分子的7个化合物.采用分子对接技术研究了新化合物与大分子蛋白1EE0的作用模式,结果表明,配体分子与1EE0的B/ARG274、B/ARG312、B/LYS67等位点作用显著. 展开更多
关键词 吡喃酮类化合物 三维定量构效关系 易位体比较分子场 分子设计 分子对接
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吲哚衍生物的3D-QSAR研究和分子设计
4
作者 仝建波 占培 +2 位作者 李凌霄 吴英纪 李康南 《陕西科技大学学报（自然科学版）》 2016年第5期137-141,共5页
采用Topomer CoMFA方法对52个吲哚衍生物进行了三维定量构效关系研究,建立3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉验证相关系数、交叉验证相关系数以及外部验证的复相关系数分别为0.996、0.651和0.764,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测... 采用Topomer CoMFA方法对52个吲哚衍生物进行了三维定量构效关系研究,建立3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉验证相关系数、交叉验证相关系数以及外部验证的复相关系数分别为0.996、0.651和0.764,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面图提供的立体场和静电场可视化图像,直观地揭示了这一系列化合物中不同的取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了一些具有较高活性新的吲哚衍生物抗艾滋病药物,该QSAR的研究结果可为实验工作者合成新药提供理论参考. 展开更多
关键词 三维定量构效关系 易位体比较分子场 分子设计 吲哚衍生物
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基于TopomerCoMFA方法的姜黄素类化合物的三维定量构效关系研究 被引量：9
5
作者 刘永香 施海枫 《化工技术与开发》 CAS 2014年第2期36-38,44,共4页
易位体比较分子场(TopomerCoMFA)是一种快速、基于片段分析、可以用于预测官能团、优化生物活性或结构的3D-QSAR方法。采用TopomerCoMFA对20个姜黄素及其类似物进行三维定量构效关系研究,建立有效的TopomerCoMFA模型,其交叉验证相关系数... 易位体比较分子场(TopomerCoMFA)是一种快速、基于片段分析、可以用于预测官能团、优化生物活性或结构的3D-QSAR方法。采用TopomerCoMFA对20个姜黄素及其类似物进行三维定量构效关系研究,建立有效的TopomerCoMFA模型,其交叉验证相关系数q2=0.593,非交叉相关系数r2=0.995,表明该模型合理、可信,并具有良好的预测能力。 展开更多
关键词 易位体比较分子场(TopomerCoMFA) 姜黄素类似物 抗肿瘤活性 定量构效关系
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抗HIV融合抑制剂的定量构效关系 被引量：2
6
作者 谭建军 王遥 王存新 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期309-313,共5页
利用三维定量构效关系研究抗HIV融合抑制剂和受体(跨膜蛋白gp41)的结构-活性关系.基于具有活性的抑制剂,用易位体比较分子场分析方法(topomer comparative molecular field analysis,Topomer CoMFA)方法建立抑制剂结构与活性之间关系的... 利用三维定量构效关系研究抗HIV融合抑制剂和受体(跨膜蛋白gp41)的结构-活性关系.基于具有活性的抑制剂,用易位体比较分子场分析方法(topomer comparative molecular field analysis,Topomer CoMFA)方法建立抑制剂结构与活性之间关系的数学模型,并利用统计分析,评价与分析模型的预测能力,结果表明该模型具有较好的预测能力.研究结果可为未知化合物的活性预测、苗头化合物的结构改造、新化合物实体的设计提供理论指导. 展开更多
关键词 融合抑制剂 跨膜蛋白gp41 艾滋病病毒 三维定量构效关系 易位体比较分子场分析方法
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基于Topomer CoMFA方法对芳基硫代吲哚衍生物的分子建模与设计 被引量：1
7
作者 仝建波 吴鲁阳 +2 位作者 曹旭 雷珊 马养民 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第4期541-545,共5页
采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行三维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q2,非交叉验证相关系数r2,外部验证的复相关系数Qext2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和... 采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行三维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q2,非交叉验证相关系数r2,外部验证的复相关系数Qext2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面提供的立体场与静电场可视化图像,直观的揭示了这一系列化合物中不同取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了5个具有较高活性的新化合物,该QSAR的实验结果可为合成新药提供理论参考. 展开更多
关键词 易位体比较分子场分析 芳基硫代吲哚衍生物 三维定量构效关系 分子设计
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基于Tomoper CoMFA方法对香豆素类苯扎酰胺类组蛋白去乙酰化酶抑制剂的3D-QSAR研究及分子设计
8
作者 仝建波 边帅 +2 位作者 罗钉 张星 冯怡 《物理化学进展》 2020年第4期38-50,共13页
组蛋白去乙酰化酶(HDACs)是一类蛋白酶,其对染色体的结构修饰和基因表达调控发挥着重要的作用,可以作为治疗癌症和其他疾病的治疗靶点。组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACIs)可增加细胞内组蛋白的乙酰化程度,抑制肿瘤细胞的增殖。本文采用易... 组蛋白去乙酰化酶(HDACs)是一类蛋白酶,其对染色体的结构修饰和基因表达调控发挥着重要的作用,可以作为治疗癌症和其他疾病的治疗靶点。组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACIs)可增加细胞内组蛋白的乙酰化程度,抑制肿瘤细胞的增殖。本文采用易位体比较分子力场(Tomoper CoMFA)方法对一系列以香豆素为基础的苯扎酰胺类化合物作为HDACs抑制剂的HCT116细胞系和A2780细胞系进行三维定量构效关系研究(3D-QSAR),对生成的模型进行交叉验证和非交叉验证。HCT116细胞系交叉验证系数q2= 0.517,非交叉验证系数r2 = 0.880,A2780细胞系交叉验证系数q2 = 0.572,非交叉验证系数r2= 0.869。最后采用Topomer search技术在ZINC数据库中进行虚拟筛选,最终设计出16个具有更高活性的新型HDACIs化合物。 展开更多
关键词 组蛋白去乙酰化酶 易位体比较分子力场 组蛋白去乙酰化酶抑制剂 三维定量构效关系
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