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铁皮石斛叶色突变体初步研究 被引量：15
1
作者 曹桦 李涵 +9 位作者 苗振 付国宝 杨春梅 吴丽芳 赵培飞 单芹丽 阮继伟 汪国鲜 王继华 李绅崇 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期461-471,共11页
为了探究铁皮石斛叶色突变机理,以铁皮石斛叶色突变体(doyo1)和正常植株(TP35)为试验材料,对其表型、叶绿素含量进行测定,并进行无参转录组测序分析。结果表明,doyo1与TP35相比,株高、茎粗均较低,生长速度较慢;叶绿素含量下降,仅为TP35... 为了探究铁皮石斛叶色突变机理,以铁皮石斛叶色突变体(doyo1)和正常植株(TP35)为试验材料,对其表型、叶绿素含量进行测定,并进行无参转录组测序分析。结果表明,doyo1与TP35相比,株高、茎粗均较低,生长速度较慢;叶绿素含量下降,仅为TP35的15%左右,叶绿素a/b比值(Chl a/b)显著升高。利用转录组测序技术分别从doyo1和TP35叶片中获得4.58Gb和4.90Gb有效数据(clean data),de novo组装后得到60 363条通用基因(Unigenes),其中长度大于1kb的有12 390条,N50为1 295bp。对Unigenes进行表达分析,共获得1 560条差异表达基因(DEGs)。对得到的DEGs进行生物学功能注释,获得总注释信息为1 325条。通过对注释信息进行GO和KEGG富集分析,结合定量PCR验证,结果表明,铁皮石斛叶色突变体形成的原因可能是do GLK1低水平表达和do Ftsz不表达导致叶绿体合成和分裂受阻,叶片细胞内叶绿体数量大大降低,进而叶绿素(Chl)和类胡萝卜素(Car)含量整体下降。本试验结果为研究铁皮石斛叶色突变体形成的机理提供了依据,同时,为观叶型铁皮石斛定向育种提供了参考。 展开更多
关键词 铁皮石斛 叶色突变体 无参转录组测序 差异基因
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菊花黄化突变体初步研究 被引量：6
2
作者 卢珍红 莫锡君 +5 位作者 蒋亚莲 余蓉培 周旭红 田敏 杨晓 桂敏 《西南林业大学学报（自然科学）》 CAS 北大核心 2017年第2期60-68,共9页
以菊花‘霞光飞跃’叶色突变体和正常植株为试验材料,对其叶绿素含量进行测定,并进行无参转录组测序分析。结果表明:突变体与正常植株相比,叶绿素含量有较大幅度的下降,仅为正常植株的18%左右,叶绿素a/b比值(Chl a/b)显著升高。利用转... 以菊花‘霞光飞跃’叶色突变体和正常植株为试验材料,对其叶绿素含量进行测定,并进行无参转录组测序分析。结果表明:突变体与正常植株相比,叶绿素含量有较大幅度的下降,仅为正常植株的18%左右,叶绿素a/b比值(Chl a/b)显著升高。利用转录组测序技术分别从突变体与正常植株叶片中获得4.75 Gb和4.96 Gb有效数据(Clean Data),de novo组装后得到105 456条通用基因(Unigenes),其中长度大于1 kb的有15 493条,N50为1 556 bp。对Unigenes表达分析,共获得3 762条差异表达基因(DEGs)。对得到的DEGs进行生物学功能性注释,获得总注释信息为2 741。通过对注释信息进行GO和KEGG富集分析,结合定量PCR验证表明,菊花‘霞光飞跃’叶色突变体形成的原因可能是dm GLK2低水平表达和dm GLK1不表达导致叶绿体合成和分裂受阻,叶片细胞内叶绿体数量大大降低,进而叶绿素含量下降。 展开更多
关键词 菊花 突变体 无参转录组测序 差异基因
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基于转录组学的丁香及甘草醇提取物对尖孢镰刀菌的影响 被引量：1
3
作者 马红军 胡春艳 +1 位作者 陈云坤 曹挥 《山西农业科学》 2023年第6期682-689,共8页
枯萎病是多种作物的重要土传病害之一,孢子或者病残体可在土壤中长期存活,导致该病防治困难,对农业生产造成极大的危害。为了对丁香、甘草2种醇提取物抑制枯萎病机制的进一步解析提供思路以及数据支撑,试验采用转录组高通量测序分析研究... 枯萎病是多种作物的重要土传病害之一,孢子或者病残体可在土壤中长期存活,导致该病防治困难,对农业生产造成极大的危害。为了对丁香、甘草2种醇提取物抑制枯萎病机制的进一步解析提供思路以及数据支撑,试验采用转录组高通量测序分析研究2种植物提取物处理后对尖孢镰刀菌基因表达水平的影响。结果表明,测序错误率均小于0.025%,且样本组内与组间相关系数差距较大,故测序数据准确度高、生物学重复性较好。甘草提取物处理后差异基因在GO数据库中主要富集到膜的组成成分和膜的固有成分,其中53.27%上调,在KEGG通路中苯丙氨酸代谢途径富集最为显著;丁香提取物处理后,在GO数据库中显著富集的途径与甘草相同,有33.98%上调,KEGG通路中差异基因在嘌呤代谢途径的富集最为显著。研究结果说明,甘草提取物对尖孢镰刀菌的主要抑菌机制可能是在翻译水平上促进真菌细胞膜的多种成分的生成与代谢,与此同时减弱尖孢镰刀菌DNA的损伤修复功能和营养物质如氨基酸的生成与代谢水平;而丁香提取物可能使得参与菌丝细胞生长或者菌丝抵御机制的基因过表达、RNA代谢旺盛,促进细胞膜的生长代谢,导致菌丝不能正常生长。综上,抑菌效果显著的2种植物提取物对同种尖孢镰刀菌可能具有不同的抑菌机制。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌 无参转录组测序 丁香提取物 甘草提取物 差异基因分析
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经羧甲基壳聚糖诱导的葡萄柚果实转录组WRKY基因分析及抗性相关基因挖掘 被引量：1
4
作者 杨清 刘胜红 +3 位作者 黄二宾 杜嵘宇 王芳 邓佳 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期598-614,共17页
本实验以采后葡萄柚果实为材料,使用1.5%的羧甲基壳聚糖(CMCS)溶液和无菌水浸泡诱导24 h后,研究其对指状青霉(Penicillium digitatum)和扩展青霉(Penicillium expansum)引起的绿霉病的抗病效果,结果表明,CMCS处理组可显著降低P.digitatu... 本实验以采后葡萄柚果实为材料,使用1.5%的羧甲基壳聚糖(CMCS)溶液和无菌水浸泡诱导24 h后,研究其对指状青霉(Penicillium digitatum)和扩展青霉(Penicillium expansum)引起的绿霉病的抗病效果,结果表明,CMCS处理组可显著降低P.digitatum和P.expansum引起的绿霉病发病率且病斑直径增长速度受到抑制。以此为基础,对上述CMCS和无菌水处理的葡萄柚果皮进行无参转录组测序,筛选CMCS诱导下的差异表达基因(DEGs)。结果表明,从经CMCS处理的葡萄柚果皮共获得85个差异表达基因,其中上调基因67个,下调基因18个,对差异表达的基因进行GO及KEGG分析。这些差异表达基因的功能归类于生物过程、细胞组分及分子功能3大类37个GO条目,并显著富集在20条KEGG代谢通路中。同时,对参与其中的WRKY基因进行了挖掘,筛选出最有可能参与植物抗病过程的5个WRKY基因均为上调表达,与拟南芥的进化树分析表明,筛选出的5个WRKY基因与拟南芥基因功能类似。涉及的DEGs功能主要与次生代谢、植物激素信号转导、过氧化物酶体、内质网中的蛋白质加工、谷胱甘肽代谢、苯丙烷生物合成等途径有关,8个关键差异表达基因qRT-PCR验证结果表明,调控趋势与转录组学趋势一致。本研究结果可为CMCS诱导葡萄柚抗性相关基因的挖掘和葡萄柚采后分子抗性机制的研究提供理论依据。 展开更多
关键词 羧甲基壳聚糖 无参转录组测序 生物信息分析 诱导抗性
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