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构建SLE患者novel microRNA差异性表达谱及其靶基因的功能分析
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作者 陈文标 戴勇 +5 位作者 钟馨 叶素惠 何桂芳 缪蕙 丘衍博 李朝辉 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期225-230,共6页
目的构建系统性红斑狼疮(SLE)患者与健康对照者(NC)新小核糖核酸(novel microRNA)的差异性表达谱;对显著性差异表达的novel microRNA进行靶基因预测,对靶基因的GO(gene ontology)及KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)的功... 目的构建系统性红斑狼疮(SLE)患者与健康对照者(NC)新小核糖核酸(novel microRNA)的差异性表达谱;对显著性差异表达的novel microRNA进行靶基因预测,对靶基因的GO(gene ontology)及KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)的功能进行分析,探讨SLE的发病机制。方法运用高通量测序技术(high-throughput sequencing)获得SLE与NC总的RNA,对总RNA进行长度分布、基因比对、RNA分类注释、RNA特有及公共序列统计后,运用Mireap软件预测novel microRNA。得到novel microRNA进行差异性表达分析,寻找两组之间具有显著性表达的novel microRNA。采用Targetscan软件对差异性表达的novel microRNA进行靶基因预测,并选取靶基因借用DAVID功能注释软件对其参与的生物学过程进行GO富集及KEGG通路分析。结果 61个novel microRNAs在SLE与NC组之间具有显著差异性表达,其中43个上调表达,18个下调表达。差异性表达novel microRNA的靶基因主要富集在细胞与小分子结合、细胞器官与细胞膜、细胞代谢中。靶基因KEGG通路主要体现在粘附复合体通路中。结论 SLE与NC的novel microRNA存在差异性表达。差异性表达novel microRNA的靶基因可能在SLE的发病机制与临床症状中起着重要作用,可能作为特异性靶点深入研究。 展开更多
关键词 系统性红斑狼疮 新小核糖核酸 靶基因 差异性表达 GO富集 KEGG通路
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