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数据非依赖采集张量质谱数据计算平台的开发
1
作者
周海洋
刘朋欢
金尚忠
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期412-421,I0005,共11页
数据非依赖采集张量(data independent acquisition tensor,DIAT)是一种质谱数据格式,用于处理和分析数据非依赖采集方法获得的蛋白质组学数据。与传统方法相比,DIAT技术具有便捷的数据可视化处理和高效的深度学习模型训练等优势。但由...
数据非依赖采集张量(data independent acquisition tensor,DIAT)是一种质谱数据格式,用于处理和分析数据非依赖采集方法获得的蛋白质组学数据。与传统方法相比,DIAT技术具有便捷的数据可视化处理和高效的深度学习模型训练等优势。但由于目前缺乏支持DIAT格式数据的软件平台,限制了其应用。为解决这一问题,本文基于PyQt框架设计了一款用于处理和分析DIAT数据的软件,涵盖了与DIAT技术相关的所有功能,使用户能够轻松地利用DIAT数据进行复杂分析,降低了使用门槛,为数据非依赖采集(DIA)质谱数据分析注入了活力。
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关键词
质谱
数据
非
依赖
采集
(
dia
)
图形化用户交互界面(GUI)
深度学习
视觉变换网络
下载PDF
职称材料
质谱定量蛋白质组学技术筛选结直肠癌外周血单个核细胞差异表达蛋白
被引量：
1
2
作者
逄雪超
徐燕
纪丽云
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期216-223,共8页
结直肠癌(CRC)是一种常见的、发生及发展过程复杂的消化系统癌症,其复杂、多级的发生发展过程会影响机体免疫功能,引起免疫变化。外周血单个核细胞(PBMC)是机体免疫系统的重要组成部分,且便于获取,是研究机体免疫功能的理想材料。本研...
结直肠癌(CRC)是一种常见的、发生及发展过程复杂的消化系统癌症,其复杂、多级的发生发展过程会影响机体免疫功能,引起免疫变化。外周血单个核细胞(PBMC)是机体免疫系统的重要组成部分,且便于获取,是研究机体免疫功能的理想材料。本研究采用最新的数据非依赖采集(data independent acquision,DIA)质谱新方法结合Skyline软件对结直肠癌患者与良性肠病患者的PBMC蛋白进行定量比较,寻找差异表达蛋白,并对差异蛋白进行Reactome通路及GO分析。结果表明,共找到113个差异表达蛋白,其中,上调蛋白23个,下调蛋白90个,它们参与巨噬细胞、T细胞、树突细胞等多种外周免疫细胞的免疫活动。在这些差异蛋白中,上调蛋白Galectin-1及下调蛋白Dok-2和AHNAK1等蛋白与机体的免疫功能息息相关,有望成为外周血单个核细胞中的结直肠癌免疫标志物。
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关键词
结直肠癌(CRC)
数据
非
依赖
采集
(
dia
)
质谱
蛋白质组学
外周血单个核细胞(PBMC)
下载PDF
职称材料
题名
数据非依赖采集张量质谱数据计算平台的开发
1
作者
周海洋
刘朋欢
金尚忠
机构
中国计量大学光学与电子科技学院
出处
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期412-421,I0005,共11页
基金
国家重点研发计划(2022YFF0608404)。
文摘
数据非依赖采集张量(data independent acquisition tensor,DIAT)是一种质谱数据格式,用于处理和分析数据非依赖采集方法获得的蛋白质组学数据。与传统方法相比,DIAT技术具有便捷的数据可视化处理和高效的深度学习模型训练等优势。但由于目前缺乏支持DIAT格式数据的软件平台,限制了其应用。为解决这一问题,本文基于PyQt框架设计了一款用于处理和分析DIAT数据的软件,涵盖了与DIAT技术相关的所有功能,使用户能够轻松地利用DIAT数据进行复杂分析,降低了使用门槛,为数据非依赖采集(DIA)质谱数据分析注入了活力。
关键词
质谱
数据
非
依赖
采集
(
dia
)
图形化用户交互界面(GUI)
深度学习
视觉变换网络
Keywords
mass spectrometry
data independent acquisition(
dia
)
graphical user interface(GUI)
deep learning
visual transformer
分类号
O657.63 [理学—分析化学]
TP311.5 [理学—化学]
下载PDF
职称材料
题名
质谱定量蛋白质组学技术筛选结直肠癌外周血单个核细胞差异表达蛋白
被引量：
1
2
作者
逄雪超
徐燕
纪丽云
机构
上海交通大学系统生物医学研究院
出处
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期216-223,共8页
基金
系统生物医学研究院科技创新专项--新进教师科研起步--细胞表面蛋白的质谱鉴定和定量检测的方法学研究(AF4150018)资助
文摘
结直肠癌(CRC)是一种常见的、发生及发展过程复杂的消化系统癌症,其复杂、多级的发生发展过程会影响机体免疫功能,引起免疫变化。外周血单个核细胞(PBMC)是机体免疫系统的重要组成部分,且便于获取,是研究机体免疫功能的理想材料。本研究采用最新的数据非依赖采集(data independent acquision,DIA)质谱新方法结合Skyline软件对结直肠癌患者与良性肠病患者的PBMC蛋白进行定量比较,寻找差异表达蛋白,并对差异蛋白进行Reactome通路及GO分析。结果表明,共找到113个差异表达蛋白,其中,上调蛋白23个,下调蛋白90个,它们参与巨噬细胞、T细胞、树突细胞等多种外周免疫细胞的免疫活动。在这些差异蛋白中,上调蛋白Galectin-1及下调蛋白Dok-2和AHNAK1等蛋白与机体的免疫功能息息相关,有望成为外周血单个核细胞中的结直肠癌免疫标志物。
关键词
结直肠癌(CRC)
数据
非
依赖
采集
(
dia
)
质谱
蛋白质组学
外周血单个核细胞(PBMC)
Keywords
colorectal cancer
data independent acquisition
mass spectrometry
proteomics
peripheral blood mononuclear cell(PBMC)
分类号
O657.63 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
数据非依赖采集张量质谱数据计算平台的开发
周海洋
刘朋欢
金尚忠
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
质谱定量蛋白质组学技术筛选结直肠癌外周血单个核细胞差异表达蛋白
逄雪超
徐燕
纪丽云
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
下载PDF
职称材料
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参考文献
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统计分析
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