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秋茄(Kandelia candel L.)响应重金属胁迫的数字基因表达谱
被引量：
5
1
作者
袁柳娇
傅梦妮
+4 位作者
余如凤
黎海利
袁长春
陈燕
刘锴栋
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第2期22-28,共7页
基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对重金属污水胁迫处理组和对照组秋茄材料进行转录组测序分析。结果表明,重金属污水胁迫处理样品与对照样品相比,共筛选出的3 097个差异表达基因,其中2 202个表达上调,895个表达下调。GO功能...
基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对重金属污水胁迫处理组和对照组秋茄材料进行转录组测序分析。结果表明,重金属污水胁迫处理样品与对照样品相比,共筛选出的3 097个差异表达基因,其中2 202个表达上调,895个表达下调。GO功能显著性富集分析出38个GO分类条目,大量与生长发育,代谢调控,环境刺激响应相关的基因表现为富集。进一步的KEGG代谢途径分析表明,差异表达基因主要与糖类、核酸、蛋白质和脂质等生物大分子代谢、能量代谢以及次生代谢过程有关。转录因子分析发现b HLH,MYB,NAC和WRKY在重金属胁迫中发挥重要作用。此外,重金属胁迫还促进萜类、黄酮类化合物生物合成的关键酶基因(牻牛儿基焦磷酸合酶(Unigene0029352)、黄酮醇合成酶(Unigene0010384))的表达,进而促进秋茄有效成分的积累;显著诱导细胞分裂素相关基因type-b响应调节子ARR2(Unigene0033740)的表达、抑制油菜素内酯的信号转导组分基因BSK(Unigene0008986)的表达,进而提高秋茄对重金属胁迫的适应能力。实验选取了5个与环境刺激响应密切相关的基因,通过qRT-PCR验证了它们在重金属污水胁迫处理下的表达差异,结果与数字基因表达谱分析的结果较为一致,证实了差异表达基因数据的有效性。说明在重金属胁迫处理下,秋茄通过调节基因表达提高自身对污染胁迫的耐受能力。
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关键词
秋茄
重金属
污水胁迫处理
数字
基因
表达
谱
(
deg
)
差异
表达
基因
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职称材料
重金属胁迫下白骨壤数字基因表达谱分析
被引量：
2
2
作者
袁长春
莫健新
+4 位作者
袁柳娇
余如凤
刘倩
钟军弟
刘锴栋
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2017年第2期206-213,共8页
[目的]从转录组水平研究重金属污水胁迫处理下白骨壤的基因表达变化,以揭示白骨壤响应重金属污染胁迫的机制。[方法]采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术对重金属污水胁迫处理组和对照组白骨壤材料进行转录组测序分析。[结果]...
[目的]从转录组水平研究重金属污水胁迫处理下白骨壤的基因表达变化,以揭示白骨壤响应重金属污染胁迫的机制。[方法]采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术对重金属污水胁迫处理组和对照组白骨壤材料进行转录组测序分析。[结果]与对照组相比,重金属处理下白骨壤共有10 459个差异表达基因,其中,8 685个表达量上升,1 774个表达量下降。Me V聚类表明:大部分基因在重金属处理样本中的表达量受到极大的诱导。GO功能注释发现,差异表达基因主要定位于叶绿体以及细胞内各种膜结构,参与"细胞代谢"、"细胞组分的组合和生物合成"、"对刺激的响应"等过程。KEGG代谢通路分析显示,差异表达基因分布于126条Pathways,涉及"核糖体"、"光合作用"、"乙醛酸盐代谢"、"丙酮酸代谢"等途径。重金属胁迫还促进萜类、黄酮类化合物生物合成的关键酶基因(牻牛儿基焦磷酸合酶(0009238)、黄酮醇合成酶(0001833))的表达,进而促进白骨壤有效成分的积累;显著诱导细胞分裂素水解酶编码基因CKX7(0057124)、油菜素内脂信号转导组分基因BSK(0043741)等的表达,进而提高白骨壤对重金属胁迫的适应能力。此外,转录因子分析发现,b HLH、NAC、MYB-related和WRKY在重金属胁迫中发挥重要作用。实验选取8个与环境刺激响应密切相关的基因,通过qRT-PCR验证了它们在重金属污水胁迫处理下的表达差异,结果与数字基因表达谱分析的结果较一致,证实了差异表达基因数据的有效性。[结论]重金属处理影响了白骨壤大量的新陈代谢、光合作用、小分子酸合成、激素合成与信号转导及次生代谢产物合成相关基因的表达。
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关键词
白骨壤
重金属胁迫
数字
基因
表达
谱
(
deg
)
差异
表达
基因
机制
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职称材料
题名
秋茄(Kandelia candel L.)响应重金属胁迫的数字基因表达谱
被引量：
5
1
作者
袁柳娇
傅梦妮
余如凤
黎海利
袁长春
陈燕
刘锴栋
机构
岭南师范学院
出处
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第2期22-28,共7页
基金
广东省林业科技创新项目(2013KJCX011-03
2015KJCX025)
+3 种基金
国家级大学生创新创业项目(201510579277)
岭南师范学院自然科学研究项目(LZL1507)
岭南师范学院协同创新中心项目(CIL1503)
湛江市热带特色资源植物技术开发重点实验室项目(2014A06008)
文摘
基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对重金属污水胁迫处理组和对照组秋茄材料进行转录组测序分析。结果表明,重金属污水胁迫处理样品与对照样品相比,共筛选出的3 097个差异表达基因,其中2 202个表达上调,895个表达下调。GO功能显著性富集分析出38个GO分类条目,大量与生长发育,代谢调控,环境刺激响应相关的基因表现为富集。进一步的KEGG代谢途径分析表明,差异表达基因主要与糖类、核酸、蛋白质和脂质等生物大分子代谢、能量代谢以及次生代谢过程有关。转录因子分析发现b HLH,MYB,NAC和WRKY在重金属胁迫中发挥重要作用。此外,重金属胁迫还促进萜类、黄酮类化合物生物合成的关键酶基因(牻牛儿基焦磷酸合酶(Unigene0029352)、黄酮醇合成酶(Unigene0010384))的表达,进而促进秋茄有效成分的积累;显著诱导细胞分裂素相关基因type-b响应调节子ARR2(Unigene0033740)的表达、抑制油菜素内酯的信号转导组分基因BSK(Unigene0008986)的表达,进而提高秋茄对重金属胁迫的适应能力。实验选取了5个与环境刺激响应密切相关的基因,通过qRT-PCR验证了它们在重金属污水胁迫处理下的表达差异,结果与数字基因表达谱分析的结果较为一致,证实了差异表达基因数据的有效性。说明在重金属胁迫处理下,秋茄通过调节基因表达提高自身对污染胁迫的耐受能力。
关键词
秋茄
重金属
污水胁迫处理
数字
基因
表达
谱
(
deg
)
差异
表达
基因
Keywords
Kandelia candel
Heavy metals
Sewage treatment
Digital gene expression profiling
Differential expressed gene
分类号
S718.4 [农业科学—林学]
下载PDF
职称材料
题名
重金属胁迫下白骨壤数字基因表达谱分析
被引量：
2
2
作者
袁长春
莫健新
袁柳娇
余如凤
刘倩
钟军弟
刘锴栋
机构
岭南师范学院生命科学与技术学院
广州基迪奥生物科技有限公司
出处
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2017年第2期206-213,共8页
基金
广东省林业科技创新项目(2013KJCX011-03
2015KJCX025)
+2 种基金
国家级大学生创新创业训练计划项目(201510579277)
湛江市热带特色资源植物技术开发重点实验室项目(2014A06008)
岭南师范学院自然科学研究项目(LZL1507)
文摘
[目的]从转录组水平研究重金属污水胁迫处理下白骨壤的基因表达变化,以揭示白骨壤响应重金属污染胁迫的机制。[方法]采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术对重金属污水胁迫处理组和对照组白骨壤材料进行转录组测序分析。[结果]与对照组相比,重金属处理下白骨壤共有10 459个差异表达基因,其中,8 685个表达量上升,1 774个表达量下降。Me V聚类表明:大部分基因在重金属处理样本中的表达量受到极大的诱导。GO功能注释发现,差异表达基因主要定位于叶绿体以及细胞内各种膜结构,参与"细胞代谢"、"细胞组分的组合和生物合成"、"对刺激的响应"等过程。KEGG代谢通路分析显示,差异表达基因分布于126条Pathways,涉及"核糖体"、"光合作用"、"乙醛酸盐代谢"、"丙酮酸代谢"等途径。重金属胁迫还促进萜类、黄酮类化合物生物合成的关键酶基因(牻牛儿基焦磷酸合酶(0009238)、黄酮醇合成酶(0001833))的表达,进而促进白骨壤有效成分的积累;显著诱导细胞分裂素水解酶编码基因CKX7(0057124)、油菜素内脂信号转导组分基因BSK(0043741)等的表达,进而提高白骨壤对重金属胁迫的适应能力。此外,转录因子分析发现,b HLH、NAC、MYB-related和WRKY在重金属胁迫中发挥重要作用。实验选取8个与环境刺激响应密切相关的基因,通过qRT-PCR验证了它们在重金属污水胁迫处理下的表达差异,结果与数字基因表达谱分析的结果较一致,证实了差异表达基因数据的有效性。[结论]重金属处理影响了白骨壤大量的新陈代谢、光合作用、小分子酸合成、激素合成与信号转导及次生代谢产物合成相关基因的表达。
关键词
白骨壤
重金属胁迫
数字
基因
表达
谱
(
deg
)
差异
表达
基因
机制
Keywords
Avicennia marina
heavy metal stress
digital gene expression profiling （DGE）
differentially expressedgenes （
deg
s）
mechanism
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
秋茄(Kandelia candel L.)响应重金属胁迫的数字基因表达谱
袁柳娇
傅梦妮
余如凤
黎海利
袁长春
陈燕
刘锴栋
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
5
下载PDF
职称材料
2
重金属胁迫下白骨壤数字基因表达谱分析
袁长春
莫健新
袁柳娇
余如凤
刘倩
钟军弟
刘锴栋
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2017
2
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