暴马丁香的叶绿体基因组特征分析 被引量：5

1

作者 王久利 郑旭 邓因子 《阜阳师范大学学报（自然科学版）》 2022年第1期55-64,共10页

为了解暴马丁香的叶绿体基因组的特征,本研究分析该叶绿体基因组结构和基因构成特征,并进行系统演化基因组分析。结果表明:(1)暴马丁香叶绿体基因组的功能基因有132个,其中包括8个rRNA基因,36个tRNA基因和88个蛋白编码基因。(2)在暴马... 为了解暴马丁香的叶绿体基因组的特征,本研究分析该叶绿体基因组结构和基因构成特征,并进行系统演化基因组分析。结果表明:(1)暴马丁香叶绿体基因组的功能基因有132个,其中包括8个rRNA基因,36个tRNA基因和88个蛋白编码基因。(2)在暴马丁香叶绿体基因组的密码子组成中,RSCU值>1的密码子有30个,其中以A/U碱基结尾的有27个;RSCU值<1的密码子有32个,其中以G/C碱基结尾的的密码子偏多,为29个。(3)在暴马丁香的叶绿体基因组中,检测出106个散在重复序列,包括61个正向重复序列和45个回文重复序列;检测到218个SSR位点,为其中211个位点成功设计出PCR引物。(4)通过邻接法(NJ)对暴马丁香及暴马丁香之外的42种木犀科植物的叶绿体基因组构建系统发育树,结果显示:暴马丁香与丁香属植物北京丁香的亲缘关系最近。本研究为系统演化和种质资源的鉴定等研究奠定理论基础,同时为暴马丁香的保护遗传学和资源开发利用等研究提供科学依据。 展开更多

关键词 暴马丁香 叶绿体基因组 散在重复序列 密码子偏好性 系统发育分析

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山蒟完整叶绿体基因组特征与胡椒属植物叶绿体基因组序列比较分析

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作者 何玉莹 衡志昂 王久利 《阜阳师范大学学报（自然科学版）》 2023年第1期34-41,共8页

山蒟是一种攀援藤本植物,入药,有行气止痛,祛风消肿之功效。本研究基于高通量测序技术运用生物信息学方法获得山蒟叶绿体基因组的序列、结构等特征,并利用叶绿体基因组完整序列分析山蒟的系统发育关系。山蒟的叶绿体基因组总长为161476... 山蒟是一种攀援藤本植物,入药,有行气止痛,祛风消肿之功效。本研究基于高通量测序技术运用生物信息学方法获得山蒟叶绿体基因组的序列、结构等特征,并利用叶绿体基因组完整序列分析山蒟的系统发育关系。山蒟的叶绿体基因组总长为161476 bp的双链环状结构,有典型的四区段结构;该基因组共注释得131个功能基因,包括36个t RNA、8个r RNA和87个蛋白质编码基因;仅有5个SSR位点;散在重复序列有两种类型,共计21个,包括20个正向重复和1个回文重复;总体上看该基因组的最优密码子使用频率偏低;胡椒属叶绿体基因组序列比较分析表明其序列总体比较保守,但基因间隔区的变异较多,在编码基因区域也存在易观察到的变异;最大似然法显示山蒟、风藤二者亲缘关系较近。本研究为山蒟乃至胡椒属植物的物种鉴定、遗传多样性、系统发育等研究提供重要数据基础。 展开更多

关键词 山蒟 叶绿体基因组 SSR 散在重复序列

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江苏省阜宁县活动性肺结核病患者分子成簇与空间聚集研究 被引量：3

3

作者 刘媛 王学高 +3 位作者 刘美伶 杨尚波 蒋伟利 王伟炳 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期449-453,共5页

目的描述江苏省阜宁县活动性肺结核病患者的分布及空间聚集性，并结合结核分枝杆菌基因分型结果，探讨结核患者在人群和地理上近期传播的规律，为制订结核病控制策略提供参考。方法以江苏省阜宁县20个乡镇2009年6月1日至2010年11月30日... 目的描述江苏省阜宁县活动性肺结核病患者的分布及空间聚集性，并结合结核分枝杆菌基因分型结果，探讨结核患者在人群和地理上近期传播的规律，为制订结核病控制策略提供参考。方法以江苏省阜宁县20个乡镇2009年6月1日至2010年11月30日报告的所有新诊断和复治病例为研究对象，通过地理信息系统分析病例在空间上的聚集性，并应用散在分布重复单位（MIRU）基因分型对分离株进行成簇分析。结果共连续纳入活动性肺结核患者681例，全局MoranI值提示阜宁县结核病患者不存在全局空间聚集性，结核病患者呈随机散发的态势。空间扫描统计量法在郭墅镇识别到唯一的局部空间聚集簇（RR=1．85，P=0．036）。169株结核分枝杆菌中，有27株成簇，分别分布在12个簇，提示簇内患者之间存在近期传播。结论在结核病高发的农村地区，结核病发病存在近期传播且以散发为主，发生大规模结核病暴发的可能性较小，偶然接触传播可能为结核病传播的主要方式。 展开更多

关键词 结核 肺 地理信息系统 聚类分析 基因型 散在重复序列

原文传递

重复序列在牛亚科中的研究进展 被引量：3

4

作者 张瑞 张天留 +5 位作者 宋美华 徐凌洋 高会江 李俊雅 陈燕 高雪 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2021年第4期33-38,共6页

重复序列是在整个基因组中以多个拷贝出现的核酸序列,是真核生物基因组中的重要组成部分,对染色体重排、基因组及生物进化具有重要意义。它在模式动物、人类、植物等物种中都有报道,但在牛亚科中的研究进展较少,因此本文对重复序列的分... 重复序列是在整个基因组中以多个拷贝出现的核酸序列,是真核生物基因组中的重要组成部分,对染色体重排、基因组及生物进化具有重要意义。它在模式动物、人类、植物等物种中都有报道,但在牛亚科中的研究进展较少,因此本文对重复序列的分类和特点进行综述,重点关注串联重复序列和散在重复序列在牛亚科中的研究进展,并分析了这两大类重复序列在牛亚科物种进化中的作用。 展开更多

关键词 牛亚科 串联重复序列 散在重复序列

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应用单核苷酸多态芯片技术检测标记染色体 被引量：2

5

作者 闻小慧 戚红 +5 位作者 任捷 杨锴 祝建疆 陈佳靓 蔡莉蓉 曾雯 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期198-202,共5页

目的 应用单核苷酸多态性芯片技术进行新生儿标记染色体检测.方法 选取2013年1月至2014年1月在北京市海淀区妇幼保健院出生的、其母亲在孕期检查时提示胎儿超声异常的新生儿,经家属知情同意,留取其脐血,行G显带染色体核型分析;其中2例... 目的 应用单核苷酸多态性芯片技术进行新生儿标记染色体检测.方法 选取2013年1月至2014年1月在北京市海淀区妇幼保健院出生的、其母亲在孕期检查时提示胎儿超声异常的新生儿,经家属知情同意,留取其脐血,行G显带染色体核型分析;其中2例新生儿存在微小额外标记染色体（例1核型为嵌合体mos 47,XY,＋mar[45]/46,XY[5],例2核型为mos 47,XY,＋mar[30]/46,XY[20],常规显带技术无法明确其区带和来源,因而用同期采集的脐带血提取DNA,行单核苷酸多态性芯片分析.结果 例1的微小额外标记染色体来源于8号染色体,大小约为78.6 Mb,文献报道该区域可导致8p22重复综合征;例2的微小额外标记染色体来源于13号染色体,约32.7 Mb的重复,未见相关致病性拷贝数变异（CNVs）报道.例1出生后随访胼胝体发育不全,右眼睑明显下垂,上下肢肌张力低,智力发育落后同龄儿,例2出生后随访智力体格发育未见异常.结论 单核苷酸多态性芯片技术能够在DNA水平上甄别新生儿新发微小额外标记染色体的来源,但其致病性有待进一步的随访验证,不失为传统染色体核型分析的重要补充. 展开更多

关键词 染色体 多态性 单核苷酸 散在重复序列

原文传递

IgA肾病患者核心1β3-半乳糖基转移酶基因编码区序列分析 被引量：1

6

作者 邱强 白雪源 陈香美 《军医进修学院学报》 CAS 北大核心 2005年第4期288-289,共2页

目的:测定核心1β3-半乳糖基转移酶基因的DNA序列,试图在IgA肾病(IgAN)患者中发现该基因编码区DNA序列的异常。方法:应用双脱氧末端终止DNA测序技术,对核心1β3-半乳糖基转移酶基因外显子的PCR扩增产物进行直接测序,通过病例-对照研究方... 目的:测定核心1β3-半乳糖基转移酶基因的DNA序列,试图在IgA肾病(IgAN)患者中发现该基因编码区DNA序列的异常。方法:应用双脱氧末端终止DNA测序技术,对核心1β3-半乳糖基转移酶基因外显子的PCR扩增产物进行直接测序,通过病例-对照研究方法,比较IgA肾病患者(50例)和正常对照(50例)之间核心1β3-半乳糖基转移酶基因组序列之间的差异。结果:两者的核心1β3-半乳糖基转移酶基因编码区序列无差异。结论:未发现IgA肾病患者有核心1β3-半乳糖基转移酶基因序列的异常,提示该基因编码区与IgA肾病患者IgA1的O-糖基化异常可能无关。 展开更多

关键词 转移酶类 肾小球肾炎 IGA 散在重复序列

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离子束重组酵母菌Han0458基因组重复序列的分布特征 被引量：1

7

作者 张寒玉 唐朝 +4 位作者 王婷 冯光文 钱卫东 毛培宏 蔡长龙 《微生物前沿》 2018年第3期115-123,共9页

重复序列是基因组的重要组成部分,对生物的进化、遗传和基因的表达调控有重要作用。为了进一步认识低能离子注入对酵母菌基因组结构的生物学效应,本研究利用生物信息学方法,在离子束重组酵母菌株Han0458全基因组de novo测序的基础上,对... 重复序列是基因组的重要组成部分,对生物的进化、遗传和基因的表达调控有重要作用。为了进一步认识低能离子注入对酵母菌基因组结构的生物学效应,本研究利用生物信息学方法,在离子束重组酵母菌株Han0458全基因组de novo测序的基础上,对其基因组重复序列的分布特征进行了研究。结果表明,重组菌株Han0458基因组串联重复序列227,825 bp,散在重复序列107,439 bp,共占基因组长度的2.46%,重复序列在基因组中出现的频率为0.25个/Kb。微卫星DNA中重复单元拷贝数大多低于15次,其优势碱基类型为三碱基重复,重复单元基序为AAC的微卫星序列数目最多;小卫星DNA重复单元拷贝数小于微卫星DNA,主要分布1~3次,重复单元大于15 bp的小卫星序列数目随着重复单位长度的增加呈下降趋势。散在重复序列中长末端重复序列(LTR)数目最多,滚环(RC)平均长度最长。本研究结果为低能离子注入介导的酵母菌基因组突变与进化提供了分子证据。 展开更多

关键词 离子束重组酵母菌 基因组 微卫星DNA 小卫星DNA 散在重复序列

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基于全基因组De novo测序的异常汉逊酵母菌株792基因组重复序列的分布特征研究

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作者 王婷 张寒玉 +4 位作者 蔡长龙 唐朝 毛培宏 钱卫东 李永东 《陕西科技大学学报》 CAS 2018年第4期57-62,共6页

重复序列是基因组的重要组成部分,对生物的进化、遗传和基因的表达调控有重要作用.本研究利用生物信息学方法,在异常汉逊酵母菌株792全基因组de novo测序的基础上,对基因组重复序列的分布特征进行了研究.结果表明,其全基因组中重复序列... 重复序列是基因组的重要组成部分,对生物的进化、遗传和基因的表达调控有重要作用.本研究利用生物信息学方法,在异常汉逊酵母菌株792全基因组de novo测序的基础上,对基因组重复序列的分布特征进行了研究.结果表明,其全基因组中重复序列总长346 417bp,其中,串联重复序列238 164bp,散在重复序列108 253bp,占基因组长度的2.52%,平均每4.05Kb就有一个重复序列.微卫星DNA序列中重复单元拷贝数大多低于15次,其优势碱基类型为三核苷酸重复,重复单元基序为AAC的微卫星序列数目最多;小卫星DNA序列重复单元拷贝数小于微卫星DNA,主要分布1~3次,重复单元大于15bp的小卫星序列数目随着重复单位长度的增加呈下降趋势.散在重复序列中长末端重复序列(LTR)数目最多,滚环(RC)平均长度最长.本研究结果为汉逊酵母菌的分子定向育种和SSR分子标记的开发提供理论基础. 展开更多

关键词 异常汉逊酵母菌 基因组 小卫星DNA 微卫星DNA 散在重复序列

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低能离子注入介导的异常汉逊酵母菌基因组重复序列的突变研究

9

作者 张寒玉 王婷 +4 位作者 唐朝 冯光文 钱卫东 蔡长龙 毛培宏 《新疆大学学报（自然科学版）》 CAS 2018年第4期479-486,共8页

重复序列是真核生物基因组的重要组成部分,对生物的系统发育与进化、基因表达与调控有重要作用.为了进一步认识低能离子注入对酵母菌基因组结构的辐射效应,在全基因组de novo测序的基础上,本研究利用生物信息学方法,对低能离子注入前后... 重复序列是真核生物基因组的重要组成部分,对生物的系统发育与进化、基因表达与调控有重要作用.为了进一步认识低能离子注入对酵母菌基因组结构的辐射效应,在全基因组de novo测序的基础上,本研究利用生物信息学方法,对低能离子注入前后异常汉逊酵母菌基因组中重复序列的突变特征进行了研究.在串联重复序列方面,离子注入导致异常汉逊酵母菌基因组中微卫星DNA序列和小卫星DNA序列的总长度分别缺失了147bp和5 487bp;多种类型的SSR的重复基序不仅发生了单碱基和多碱基突变,其数量和拷贝数也发生了不同程度的变化,其中优势三碱基重复基序AAC增加了2条,GAG和ATC分别突变为AGG和ATG,四碱基重复基序的GAAT和GTTG分别突变为GTTA和TTCA,五碱基和六碱基重复基序中分别有9种和28种发生了碱基突变;离子注入使高拷贝区的SSR数目增加了1倍,并导致重复单元为47bp和56bp的小卫星DNA序列缺失,同时新增了重复单元为35bp、58bp和59bp的三种小卫星DNA序列.在散在重复序列方面,离子注入导致LTR缺失5条、DNA转座子缺失19个、RC缺失1个,而LINE新增加12条,新增LINE总长度达1 568bp.研究结果为低能离子注入介导的酵母菌基因组突变与进化提供了分子证据,为异常汉逊酵母菌的分子育种和SSR分子标记的开发提供理论基础. 展开更多

关键词 离子注入 异常汉逊酵母菌 基因组 串联重复序列 散在重复序列

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LINE-1ORF-1p对ERα阳性乳腺癌细胞的体外影响研究 被引量：3

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作者 王博 冯帆 +10 位作者 张帆 陆荫英 高旭东 崔家俊 谢文秀 李自健 游俊浩 王春平 朱运峰 杨永平 杨俊兰 《军医进修学院学报》 CAS 2012年第7期763-766,共4页

目的探讨人反转座子长散在重复序列编码蛋白1(LINE-1 ORF-1p)对ERα阳性乳腺癌细胞ZR75-1生长的影响及可能机理。方法利用Lipofectin 2000将LINE-1 ORF-1的表达载体及其空载体,siRNA及其空载体转染进入ERα阳性乳腺癌细胞ZR75-1细胞。使... 目的探讨人反转座子长散在重复序列编码蛋白1(LINE-1 ORF-1p)对ERα阳性乳腺癌细胞ZR75-1生长的影响及可能机理。方法利用Lipofectin 2000将LINE-1 ORF-1的表达载体及其空载体,siRNA及其空载体转染进入ERα阳性乳腺癌细胞ZR75-1细胞。使用MTT法测定LINE-1 ORF-1p对ERα阳性乳腺癌细胞ZR75-1生长的影响;利用Luciferase检测LINE-1 ORF-1p对ERα转录活性的影响。结果 MTT法观察结果发现,LINE-1 Flag-ORF-1p能够显著促进ZR75-1细胞的生长(P=0.018)。LINE-1 ORF-1p siRNA表达载体能够抑制ZR75-1细胞的生长(P=0.022),其体外抑制率为E2-:25.51%,P=0.025,E2+:64.29%,P=0.021。LINE-1 Flag-ORF-1p能够升高ERα的转录活性(P=0.008)。LINE-1 ORF-1psiRNA表达载体能够降低ERα的转录活性(P=0.015),结论 LINE-1 ORF-1p能够通过升高ERα的转录活性,促进乳腺肿瘤细胞ZR75-1生长。 展开更多

关键词 人反转座子长散在重复序列 编码蛋白1 乳腺肿瘤 雌激素受体 生长抑制 转录活性

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猪LncRNA基因内L1转座子插入多态与生产和繁殖性状的关联分析

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作者 顾浩 杜站宇 +4 位作者 王宵燕 王伟 陈才 高波 宋成义 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》 CAS 北大核心 2021年第3期55-60,共6页

LncRNA是长链非编码RNA,在表观遗传学中发挥着重要作用,对蛋白质编码基因的表达起着调节作用,LncRNA基因中存在长散在重复序列(LINE)的插入。通过生物信息学分析、PCR检测和生产性能关联分析等方法鉴定猪LncRNA基因(NONSUSG015048.1和NO... LncRNA是长链非编码RNA,在表观遗传学中发挥着重要作用,对蛋白质编码基因的表达起着调节作用,LncRNA基因中存在长散在重复序列(LINE)的插入。通过生物信息学分析、PCR检测和生产性能关联分析等方法鉴定猪LncRNA基因(NONSUSG015048.1和NONSUSG015549.1)中L1插入位点的多态性,探究L1插入LncRNA基因对猪生产和繁殖性能的影响。结果表明:大白猪NONSUSG015048.1基因中无L1插入个体的校正背膘厚度显著大于有插入个体;NONSUSG015549.1基因中无L1插入个体的产活仔数显著多于有插入个体。将L1参考序列与LncRNA转录本序列进行了比对,未发现插入的L1和LncRNA基因形成融合转录本。这说明LncRNA基因中L1插入多态可能与猪校正背膘厚和产活仔数有关联,为这2个分子标记在猪分子育种中的应用提供了参考。 展开更多

关键词 大白猪 长散在重复序列(LINE) LncRNA 多态性 融合转录本 关联分析

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