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凤尾蕨科植物rbcL基因的适应性进化分析
被引量：
15
1
作者
森林
苏应娟
+1 位作者
张冰
王艇
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第1期1-8,共8页
为深入理解蕨类植物辐射式物种分化的分子适应机制,在时间框架下,采用位点模型和分支-位点模型对凤尾蕨科植物rbcL基因的进化式样进行了分析。通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上共鉴定出6个正选择位点:149I、251M、255V、282F...
为深入理解蕨类植物辐射式物种分化的分子适应机制,在时间框架下,采用位点模型和分支-位点模型对凤尾蕨科植物rbcL基因的进化式样进行了分析。通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上共鉴定出6个正选择位点:149I、251M、255V、282F、359S和375F,其中位点282F对维持Rubisco功能有重要作用。分别检验凤尾蕨科的附生分支和水蕨类分支发现,前者不具适应性进化位点,而后者有两个位点(230A和247C)经历正选择。相对于荫蔽的光条件,水生生境可能对RbcL亚基的选择作用更强。另外,基于UCLD分子钟模型估算出的凤尾蕨科各分支分化时间表明,该科物种丰富度的辐射式增长发生在新生代渐新世,推测古、始新世最热事件可能对物种分化的形成也产生一定作用。这对认识薄囊蕨类如何应对被子植物兴起导致的陆地生态系统改变具重要意义。
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关键词
凤尾蕨科
RBCL基因
核酮糖-1
5-二磷酸羧化酶/加氧酶
放松
分子
钟
模型
正选择位点
下载PDF
职称材料
裸子植物psbA基因分子进化式样的研究
被引量：
4
2
作者
森林
余坤
+4 位作者
胡志刚
汪文杰
徐雷
刘合刚
潘宏林
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第2期151-159,共9页
为阐明裸子植物对陆生生境生态响应的分子机制,以新近的裸子植物分类系统为指导,基于psb A基因编码全序列对4亚纲53种代表植物进行分子进化分析。首先,依据"放松分子钟"模型重建裸子植物在时间尺度下系统发育关系;其次,采用6...
为阐明裸子植物对陆生生境生态响应的分子机制,以新近的裸子植物分类系统为指导,基于psb A基因编码全序列对4亚纲53种代表植物进行分子进化分析。首先,依据"放松分子钟"模型重建裸子植物在时间尺度下系统发育关系;其次,采用6个模型(MEC/JTT、MEC/cp REV、M5、M7、M8、M8a)估测氨基酸位点ω值,并对各模型结果进行统计检测;随后,利用Bootstrap方法检PSBA蛋白内部氨基酸位点的共进化动态。结果表明,系统树提示的物种分化历程支持前期分类结果;光合系统反应中心核心PSBA蛋白有3个氨基酸位点(13、19和243)曾经受正选择压力;PSBA蛋白内部有多对氨基酸位点间构成了共进化网络。因此,psb A基因编码序列具有作为描绘裸子植物系统发育关系标记的潜力,PSBA蛋白部分位点经历了适应性进化,通过位点间共进化网络协同作用方式辅助裸子植物响应陆生生境。
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关键词
裸子植物
响应
机制
放松
分子
钟
模型
适应性进化
共进化
下载PDF
职称材料
题名
凤尾蕨科植物rbcL基因的适应性进化分析
被引量：
15
1
作者
森林
苏应娟
张冰
王艇
机构
中国科学院武汉植物园
中国科学院研究生院
中山大学生命科学学院
出处
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第1期1-8,共8页
基金
中国科学院“百人计划”引进国外杰出人才项目(0729281F02)
湖北省自然科学基金青年杰出人才项目(0631061H01)
国家自然科学基金项目(30011597)资助
文摘
为深入理解蕨类植物辐射式物种分化的分子适应机制,在时间框架下,采用位点模型和分支-位点模型对凤尾蕨科植物rbcL基因的进化式样进行了分析。通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上共鉴定出6个正选择位点:149I、251M、255V、282F、359S和375F,其中位点282F对维持Rubisco功能有重要作用。分别检验凤尾蕨科的附生分支和水蕨类分支发现,前者不具适应性进化位点,而后者有两个位点(230A和247C)经历正选择。相对于荫蔽的光条件,水生生境可能对RbcL亚基的选择作用更强。另外,基于UCLD分子钟模型估算出的凤尾蕨科各分支分化时间表明,该科物种丰富度的辐射式增长发生在新生代渐新世,推测古、始新世最热事件可能对物种分化的形成也产生一定作用。这对认识薄囊蕨类如何应对被子植物兴起导致的陆地生态系统改变具重要意义。
关键词
凤尾蕨科
RBCL基因
核酮糖-1
5-二磷酸羧化酶/加氧酶
放松
分子
钟
模型
正选择位点
Keywords
Pteridaceae rbcL gene Ribulose-1 5-biposphate carboxylase/oxygenase Relaxed molecular clock model Positive selection
分类号
Q948 [生物学—植物学]
下载PDF
职称材料
题名
裸子植物psbA基因分子进化式样的研究
被引量：
4
2
作者
森林
余坤
胡志刚
汪文杰
徐雷
刘合刚
潘宏林
机构
湖北中医药大学中药资源与中药复方教育部重点实验室
湖北中医药大学、药学院
出处
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第2期151-159,共9页
基金
国家自然科学基金青年项目(31500260)
湖北中医药大学教育部重点实验室科研启动经费(5114000914)资助~~
文摘
为阐明裸子植物对陆生生境生态响应的分子机制,以新近的裸子植物分类系统为指导,基于psb A基因编码全序列对4亚纲53种代表植物进行分子进化分析。首先,依据"放松分子钟"模型重建裸子植物在时间尺度下系统发育关系;其次,采用6个模型(MEC/JTT、MEC/cp REV、M5、M7、M8、M8a)估测氨基酸位点ω值,并对各模型结果进行统计检测;随后,利用Bootstrap方法检PSBA蛋白内部氨基酸位点的共进化动态。结果表明,系统树提示的物种分化历程支持前期分类结果;光合系统反应中心核心PSBA蛋白有3个氨基酸位点(13、19和243)曾经受正选择压力;PSBA蛋白内部有多对氨基酸位点间构成了共进化网络。因此,psb A基因编码序列具有作为描绘裸子植物系统发育关系标记的潜力,PSBA蛋白部分位点经历了适应性进化,通过位点间共进化网络协同作用方式辅助裸子植物响应陆生生境。
关键词
裸子植物
响应
机制
放松
分子
钟
模型
适应性进化
共进化
Keywords
Gymnosperms
Response
Mechanism
Relaxed molecular clock model
Adaptive evolution
Co-evolution
分类号
Q943 [生物学—植物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
凤尾蕨科植物rbcL基因的适应性进化分析
森林
苏应娟
张冰
王艇
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
15
下载PDF
职称材料
2
裸子植物psbA基因分子进化式样的研究
森林
余坤
胡志刚
汪文杰
徐雷
刘合刚
潘宏林
《热带亚热带植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
4
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职称材料
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