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阳离子扩散促进子(CDF)家族蛋白的研究进展 被引量：4
1
作者 姜巨全 洪闪 +2 位作者 徐桐 张爽 张诚 《黑龙江大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2014年第4期517-528,561,共12页
阳离子扩散促进子家族(Cation diffusion facilitator family,CDF)是一类负责转运重金属离子的新型蛋白质家族。该家族蛋白主要定位在包括细菌的细胞膜、植物和酵母的液泡膜以及哺乳动物的高尔基体在内的各类膜或膜系统上。CDF家族蛋白... 阳离子扩散促进子家族(Cation diffusion facilitator family,CDF)是一类负责转运重金属离子的新型蛋白质家族。该家族蛋白主要定位在包括细菌的细胞膜、植物和酵母的液泡膜以及哺乳动物的高尔基体在内的各类膜或膜系统上。CDF家族蛋白由于在维持生物体内金属离子的体内平衡、解除金属过度积累对生物造成的毒性以及生物修复等方面的重要作用而受到了人们的广泛关注,其结构特征、拓扑学分析、保守的特征序列、底物专一性、转运机制以及系统发育学等已被深入研究。本文从以上几个方面对CDF家族蛋白的有关研究进展进行了综述,并对其未来的研究方向予以展望。 展开更多
关键词 CDF家族蛋白 结构特征 拓扑学分析 特征序列 转运机制 系统发育
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HIO_3分子的密度泛函理论研究(英文)
2
作者 刘颖 刘文清 +1 位作者 李海洋 程爽 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期335-346,共12页
利用密度泛函理论对于HIO3分子的异构化及其消去反应势能面进行了细致的研究.B3LYP结合混合基组,对于O和H原子使用6-311++G(3df,3pd)基组,对于I原子使用3-21G基组,进行结构优化,振动频率计算以及电子拓扑学分析.在势能面上八个稳定的异... 利用密度泛函理论对于HIO3分子的异构化及其消去反应势能面进行了细致的研究.B3LYP结合混合基组,对于O和H原子使用6-311++G(3df,3pd)基组,对于I原子使用3-21G基组,进行结构优化,振动频率计算以及电子拓扑学分析.在势能面上八个稳定的异构体结构被找到,经过计算稳定性如下:HOIO2-1>HOOOI-2>HOOOI-1>HOIOO-1>HOIOO-2>HOIO2-2>HIO3-1>HIO3-2,此外,势能面上存在三种稳定的松散复合物.对于势能面上IO+HO2,OIO+OH和IOO+OH的反应机理进行了详细的讨论.利用振动模式分析的方法对于反应物,中间体,过渡态以及产物之间的关系进行明确的分析.此外,还应用电子密度拓扑学对于异构化及其消去过程进行分析. 展开更多
关键词 振动模式分析 异构化 拓扑学分析
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采用TEV酶法进行整合膜蛋白拓扑学分析
3
作者 雷凯健 饭田秀利 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期1053-1057,共5页
为了研究膜蛋白的跨膜结构,进行拓扑学分析是十分重要的.有许多分析膜蛋白拓扑结构的方法,本文采用烟草蚀斑病毒(TEV)酶特异性切割测试蛋白中跨膜片段的前段或后端所插入的tev识别序列EXXYXQ(S/G),如果TEV酶能够切割,表明该序列位于目... 为了研究膜蛋白的跨膜结构,进行拓扑学分析是十分重要的.有许多分析膜蛋白拓扑结构的方法,本文采用烟草蚀斑病毒(TEV)酶特异性切割测试蛋白中跨膜片段的前段或后端所插入的tev识别序列EXXYXQ(S/G),如果TEV酶能够切割,表明该序列位于目标蛋白的细胞质外.将Tev识别序列ENLYFQG分别插入到拟南芥整合膜蛋白的的跨膜区域,然后转化进入酿酒酵母中.消解酶(zymolyase)酶破除酵母的细胞壁后,TEV酶消化球状体,最后通过Western免疫印迹法来分析结果.有关该方法的注意事项在结果中进行了讨论. 展开更多
关键词 烟草蚀斑病毒(TEV)蛋白酶 拓扑学分析 Mca2蛋白 定点突变
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偶联钠离子转运草酰乙酸脱羧酶研究进展
4
作者 姜巨全 黄海鹏 +1 位作者 孟婧 胡宝忠 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期133-140,共8页
偶联钠离子转运草酰乙酸脱羧酶是第一个被发现具有初级钠离子泵活性脱羧酶家族成员,由α,β,γ三个亚基以及生物素组成。由于其脱羧反应对柠檬酸发酵途径具有关键作用,并且在脱羧过程中偶联钠离子输出,该酶已受到学术界广泛关注。目前,... 偶联钠离子转运草酰乙酸脱羧酶是第一个被发现具有初级钠离子泵活性脱羧酶家族成员,由α,β,γ三个亚基以及生物素组成。由于其脱羧反应对柠檬酸发酵途径具有关键作用,并且在脱羧过程中偶联钠离子输出,该酶已受到学术界广泛关注。目前,该酶已在包括克雷伯菌属(Klebsiella)、沙门氏菌属(Salmonella)和弧菌属(Vibrio)等多个属细菌中被发现,并且其生理学基本特征已被鉴定。在肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)中,该酶中参与偶联脱羧反应钠离子输出重要氨基酸活性位点通过拓扑学分析、定点突变等方法被深入地进行鉴定,在此基础上能量偶联模型被提出以解释该酶偶联钠离子输出脱羧反应机制。本文对以上研究进展进行综述并对该酶未来研究方向加以展望。 展开更多
关键词 草酰乙酸脱羧酶 初级钠离子泵 拓扑学分析 定点突变 能量偶联模型
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基于数据挖掘和网络拓扑学对藏药红景天调控脑微循环作用靶点和信号通路的筛选 被引量：1
5
作者 马四清 陈强 +2 位作者 徐颖 闫秀娟 刘娟丽 《中华重症医学电子杂志》 CSCD 2022年第4期353-359,共7页
目的基于化学相似性靶点预测与网络拓扑学分析方法,对藏药红景天改善脑微循环潜在作用靶点进行虚拟筛选。方法通过化学成分数据库及相关文献信息提取收集红景天化学成分,利用药代动力学参数(如吸收、分布、代谢、排泄,即ADME)筛选出活... 目的基于化学相似性靶点预测与网络拓扑学分析方法,对藏药红景天改善脑微循环潜在作用靶点进行虚拟筛选。方法通过化学成分数据库及相关文献信息提取收集红景天化学成分,利用药代动力学参数(如吸收、分布、代谢、排泄,即ADME)筛选出活性成分;利用swiss在线靶点预测平台采用化学相似性方法预测红景天活性成分的潜在靶点;通过GeneCards数据库获取脑微循环相关靶点,并获取红景天活性成分与脑微循环共有靶点;利用STRING数据库获取共有靶点蛋白间相互作用关系;利用Cytoscape软件构建蛋白质间相互作用(PPI)网络模型,基于网络拓扑学算法获取核心靶点(core target);最后,对共有靶点进行KEGG分析,明确藏药红景天改善脑微循环的主要信号通路。结果从藏药红景天中筛选出76个活性成分和660个靶点,获取脑微循环相关靶点526个,交集靶点141个,核心靶点AKT1、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、表皮生长因子受体(EGFR)、非受体酪氨酸激酶(SRC)、胱天蛋白酶(Casp 3),反向查找核心靶点相关成分,获取25个关键活性成分。《京都议定书》的基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析得到150条通路(P<0.01),其中最主要的信号通路包括:缺氧诱导因子(HIF)-1信号通路、Rap1信号通路、黏着斑、松弛素信号通路、Ras信号通路、磷酸肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、TNF信号通路、ErbB信号通路。结论藏药红景天可通过多成分、多靶点、多通路协同发挥改善脑微循环作用,该研究初步筛选出了藏药红景天调控脑微循环潜在作用靶点及作用的信号通路,为进一步拓展应用藏药红景天的脑保护(药理作用)提供了较为丰富的理论依据。 展开更多
关键词 脑微循环 红景天 化学相似性预测 网络拓扑学分析 信号通路
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HNO二聚体蓝移氢键的理论研究(英文) 被引量：2
6
作者 刘颖 刘文清 +2 位作者 李海洋 杨禺页 程爽 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期981-989,共9页
利用分子轨道从头算理论和密度泛函理论结合不同理论基组对于N-H…O蓝移氢键进行了详细的研究.利用标准方法和均衡校正方法对二聚体进行了几何优化,振动频率和相互作用能的计算.拓扑学和自然键轨道理论对于蓝移氢键的本质进行分析.自然... 利用分子轨道从头算理论和密度泛函理论结合不同理论基组对于N-H…O蓝移氢键进行了详细的研究.利用标准方法和均衡校正方法对二聚体进行了几何优化,振动频率和相互作用能的计算.拓扑学和自然键轨道理论对于蓝移氢键的本质进行分析.自然键轨道(NBO)分析表明,σ*(N-H)轨道上电子密度降低是电子密度重排效应的结果.分子内电子重排、轨道再杂化和电子受体内部结构重组共同作用结果导致了N-H的振动频率大幅蓝移现象的出现. 展开更多
关键词 蓝移氢键 原子在分子中拓扑学分析 自然键轨道分析 电子密度重排效应 结构重组
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