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HIV-1整合酶G140A/G149A及T66I/S153Y突变后的构象变化 被引量：2
1
作者 胡建平 唐典勇 +1 位作者 范晶 常珊 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第15期1499-1506,共8页
对HIV-1整合酶(IN)野生体(WT),G140A/G149A和T66I/S153Y突变体分别进行了5ns的分子动力学(MD)模拟,并用成簇和动力学交叉相关图(DCCM)分析了突变前后的构象变化.整体结构分析表明,突变后IN的活性口袋尺寸变化不大,T66I/S153Y突变体分子... 对HIV-1整合酶(IN)野生体(WT),G140A/G149A和T66I/S153Y突变体分别进行了5ns的分子动力学(MD)模拟,并用成簇和动力学交叉相关图(DCCM)分析了突变前后的构象变化.整体结构分析表明,突变后IN的活性口袋尺寸变化不大,T66I/S153Y突变体分子的整体运动性提高,而G140A/G149A突变体的功能loop区柔性明显上升.INWT的方均根涨落(RMSF)模拟值与B因子实验值的较高相关性证明了柔性分析的合理性.通过成簇分析发现,IN在突变后功能loop区构象有开合运动,构象开放的概率是:体系G140A/G149A>T66I/S153Y>WT.最后DCCM分析结果表明,功能性分区的弱化以及DDE基序残基运动相关性的降低均有可能是突变体G140A/G149A和T66I/S153Y产生抗药性的原因.模拟结果对理解IN突变体的抗药机理以及为基于HIV-1IN的药物分子设计提供了理论帮助。 展开更多
关键词 整合酶 突变体 成簇分析 动力学交叉相关 构象变化
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广州市2008-2017年注射吸毒人群HIV-1分子网络特征分析 被引量：1
2
作者 曾文婷 韩志刚 +4 位作者 吴昊 黎庆梅 梁彩云 徐理倩 赵新华 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1260-1265,共6页
目的分析2008-2017年广州市注射吸毒人群HIV-1分子网络的分布特征,为该人群艾滋病防控提供参考依据。方法选取2008-2017年广州市新确证的注射吸毒HIV-1感染者血清样本,进行pol区基因扩增及测序后,利用Cluster Picker 1.2.3软件识别系统... 目的分析2008-2017年广州市注射吸毒人群HIV-1分子网络的分布特征,为该人群艾滋病防控提供参考依据。方法选取2008-2017年广州市新确证的注射吸毒HIV-1感染者血清样本,进行pol区基因扩增及测序后,利用Cluster Picker 1.2.3软件识别系统进化树中的分子簇,使用HyPhy 2.2.4中TN93模型计算成簇序列间的基因距离,通过可视化软件Cytoscape 3.8.2构建分子网络,采用χ^(2)检验或确切概率法进行成簇分析和中心性分析。结果成功扩增获得pol区基因片段586条(73.9%,586/793),共产生80个分子簇,成簇率为46.6%(273/586)。成簇样本与未成簇样本比较,汉族(48.4%,260/537)、广东籍(52.7%,146/277)和CRF55_01B(93.3%,14/15)的成簇比例更高。分子网络度值范围为1~7,度值≥3的节点占12.8%(24/187),其与网络中另外81个节点相关联(43.3%,81/187)。中心性分析结果显示,HIV-1感染者职业为家务/待业者在高程度中心性(19.0%,19/100)、高中介中心性(22.0%,22/100)和高亲近中心性(32.0%,32/100)的比例更高。结论广州市注射吸毒人群HIV-1分子成簇风险较高,应将具有本地及广西籍、家务/待业特征的注射吸毒人群作为重点干预目标,并实施精准干预,降低该人群HIV-1感染率。 展开更多
关键词 艾滋病病毒 注射吸毒人群 分子网络 成簇分析 中心性分析
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流感病毒A型核酸内切酶与羟基嘧啶酮衍生物识别的分子动力学模拟 被引量：1
3
作者 杜文义 梁立 +3 位作者 刘嵬 左柯 胡建平 苟小军 《计算机与应用化学》 CAS 2015年第8期926-932,共7页
流感病毒A型核酸内切酶（Influenza A Endonuclease,IAE）是目前抗流感新药物研发的重要靶标。本文对IAE单体及其与羟基嘧啶酮衍生物（Hydroxy pyrimidine-ketone derivatives,HPD）抑制剂的复合物分别进行了2.1 ns的分子动力学模拟。... 流感病毒A型核酸内切酶（Influenza A Endonuclease,IAE）是目前抗流感新药物研发的重要靶标。本文对IAE单体及其与羟基嘧啶酮衍生物（Hydroxy pyrimidine-ketone derivatives,HPD）抑制剂的复合物分别进行了2.1 ns的分子动力学模拟。从能量角度详细分析了IAE与HPD识别的关键残基,并对IAE-HPD复合物和IAE单体进行了成簇和自由能曲面计算,得到了HPD结合导致IAE的构象变化,主要是H41-Y48段α螺旋的去螺旋化以及H41等氨基酸残基的空间结构变化。优化后的结合模式表明,HPD与IAE识别主要是依靠一个双金属螯合的作用力以及周围残基的范德华相互作用力。模拟结果对于更深入理解IAE的结构特点以及与HPD的分子识别机制具有指导意义,为后续基于结构的抗流感病毒药物设计具有参考作用。 展开更多
关键词 流感病毒A型核酸内切酶 分子动力学模拟 自由能曲面 成簇分析 分子识别
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Pim-1蛋白激酶与3,5-二取代吡唑并吡啶衍生物的分子识别研究
4
作者 梁立 胡建平 +3 位作者 杜文义 左柯 刘嵬 苟小军 《成都大学学报（自然科学版）》 2016年第2期107-112,共6页
具有丝/苏氨酸激酶活性的Pim-1蛋白激酶(Pim-1 protein kinase,PPK)的过度表达能导致肿瘤的发生,是一个有效的抗肿瘤药物作用靶点.对PPK与3,5-二取代吡唑并吡啶衍生物(3,5-Disubstituted pyrazolopyridine derivatives,DPD)的复合物进行... 具有丝/苏氨酸激酶活性的Pim-1蛋白激酶(Pim-1 protein kinase,PPK)的过度表达能导致肿瘤的发生,是一个有效的抗肿瘤药物作用靶点.对PPK与3,5-二取代吡唑并吡啶衍生物(3,5-Disubstituted pyrazolopyridine derivatives,DPD)的复合物进行了20 ns的分子动力学模拟,从能量角度分析了二者结合的主要驱动力以及I 185在识别过程中的重要作用,并对复合物体系在模拟过程中的构象变化进行了分析.结果表明,PPK的核心区的保守性是其发挥生理功能的重要机制,模拟结果对基于PPK抑制剂的药物设计具有一定参考作用. 展开更多
关键词 Pim-1蛋白激酶 分子动力学模拟 成簇分析 自由能曲面图 构象变化
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