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氧化苦参碱调控肝细胞癌进展枢纽基因的筛选及其作用机制 被引量：3
1
作者 钟国强 林岩 +3 位作者 黄桂柳 潘丽英 韦丽军 黄赞松 《山东医药》 CAS 2023年第11期31-36,共6页
目的基于生物信息学方法筛选氧化苦参碱调控肝细胞癌(HCC)进展的枢纽基因,并分析其circ_0031450相关的内源竞争RNA(ceRNA)机制。方法通过circBANK、miRMAP及miRWALK等多个数据库预测并下载整理circ_0031450的miRNA靶点,利用Cytoscape软... 目的基于生物信息学方法筛选氧化苦参碱调控肝细胞癌(HCC)进展的枢纽基因,并分析其circ_0031450相关的内源竞争RNA(ceRNA)机制。方法通过circBANK、miRMAP及miRWALK等多个数据库预测并下载整理circ_0031450的miRNA靶点,利用Cytoscape软件构建ceRNA网络。通过STRING网站构建蛋白—蛋白互作(PPI)网络文件,并导入Cytoscape软件进行可视化,利用MCODE插件筛选关键基因并创建其子网络。利用R软件基于CIBERSORT算法,筛选免疫浸润相关性最显著的基因LCK作为枢纽基因。对LCK进行免疫检查点相关性分析及基因集富集分析(GSEA分析);通过GEPIA2数据库预测与LCK相关的前150个基因,通过R软件对其进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;比较LCK高、低表达组的总生存期(OS),对氧化苦参碱及LCK进行分子对接。结果共得到3个miRNA(miR-548c-5p、miR-548d-5p及miR-648)作为circ_0031450的靶点,得到28个mRNA作为miRNA及氧化苦参碱的靶点,并成功构建ceRNA网络、PPI网络及关键基因子网络。LCK表达与HCC免疫微环境中多个免疫细胞及免疫检查点的表达具有相关性(P均<0.05)。GSEA分析及GO、KEGG富集分析结果显示,LCK主要参与T、B淋巴细胞的激活、分化及其受体信号、免疫应答、细胞因子相互作用及趋化因子信号等生物学过程或通路。LCK高表达组OS高于LCK低表达组(P<0.05),氧化苦参碱与LCK具有良好的结合活性。结论氧化苦参碱可能通过作用于LCK并间接调控circ_0031450相关ceRNA机制,参与改变HCC的免疫微环境,从而影响HCC的发生与进展。 展开更多
关键词 氧化苦参碱 内源竞争rna LcK 环状rna_0031450 微小rna-548c-5p 免疫微环境 肝细胞癌
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微小RNA-548d-5p靶向调控过氧化物酶体增殖物激活受体γ对乙醇诱导大鼠骨髓间充质干细胞分化的影响
2
作者 吴留源 徐琰 +5 位作者 李月白 袁相伟 关红亚 郝蓝羽 范惠智 王义生 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期3113-3115,共3页
目的观察微小RNA（miRNA，miR）-548d-5p靶向调控过氧化物酶体增殖物激活受体吖（PPARl）基因表达对乙醇诱导大鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs）分化的影响。方法2个月龄雄性大鼠制备BMSCs。将细胞实验分4组：（1）正常对照组：细胞不做特... 目的观察微小RNA（miRNA，miR）-548d-5p靶向调控过氧化物酶体增殖物激活受体吖（PPARl）基因表达对乙醇诱导大鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs）分化的影响。方法2个月龄雄性大鼠制备BMSCs。将细胞实验分4组：（1）正常对照组：细胞不做特殊处理；（2）模型组：给予细胞0．09mol／L乙醇；（3）无关序列组：将无关序列电转入细胞，给予细胞0．09mol／L乙醇；（4）基因组：将miR-548d-5p电转入细胞，给予0．09mol／L乙醇。在细胞被乙醇诱导第3天和第7天，采用TaqMan反转录-聚合酶链反应（1iT—PCR）方法检测各组细胞PPARγmRNA。结果乙醇诱导第3天，正常对照组、模型组、无关序列组、基因组中PPARγmRNA表达量分别为1．000、1．720±0．176、1．757±0．188、1．017±0．096。第7天，4组中PPAR-γmRNA表达量分别为1．000、1．806±0．209、1．829±0．223、1．118±0．108，基因组中PPARγ mRNA表达低于模型组和无关序列组（P〈0．05），接近于正常组且与其差异无统计学意义（P〉0．05）。模型组和无关序列组中PPARγ mRNA表达高于正常对照组（P〈0．05）。结论miR-548d-5p能够抑制乙醇诱导BMSCs内PPARγ mRNA的表达。 展开更多
关键词 微小rna-548d-5p 过氧化物酶体增殖物激活受体Γ 乙醇 骨髓间充质干细胞
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miR-548f-5p在急性StanfordA型主动脉夹层患者中的表达及临床意义
3
作者 杨立斌 杨旭 +3 位作者 谢林泽 王霁阳 周晓娟 杨鹏 《云南医药》 CAS 2023年第4期2-9,共8页
目的探索circRNA/miR548f-5p/α-SMA轴调节在急性Stanford A型主动脉夹层患者中的表达特点及临床意义。方法将研究对象分为对照组(n=10)和TAAD组(n=10),收集术中主动脉壁组织和临床资料。运用qRT-PCR检测各组主动脉壁组织中miR-548f-5p... 目的探索circRNA/miR548f-5p/α-SMA轴调节在急性Stanford A型主动脉夹层患者中的表达特点及临床意义。方法将研究对象分为对照组(n=10)和TAAD组(n=10),收集术中主动脉壁组织和临床资料。运用qRT-PCR检测各组主动脉壁组织中miR-548f-5p及miR-548f-5p可能结合的circRNA的表达水平。免疫组化检测各组主动脉壁组织样本中α-SMA表达。结果TAAD组主动脉壁组织中miR-548f-5p表达水平较对照组显著下调(P<0.01),生物信息推测的miR-548f-5p可能结合的hsa_circRNA_042488表达水平较对照组无显著差异(P=0.85457),TAAD组主动脉组织中α-SMA表达水平降低。结论miR-548f-5p表达在TAAD中显著下调,与主动脉夹层的病变密切相关,有可能成为新的TAAD诊断分子标志物,可行生物信息学分析进一步预测下游的靶基因,亦可对上游可能成环的其他circRNA进一步验证,建立circRNA/miRNA/mRNA相互关系图。 展开更多
关键词 微小rna-548f-5p 环状rna 急性StanfordA型主动脉夹层 Α-平滑肌肌动蛋白
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