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题名植物SSR引物开发策略简述
被引量：42
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作者
陈怀琼
隋春
魏建和
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机构
中国医学科学院和北京协和医学院药用植物研究所
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出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
2009年第4期845-851,共7页
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基金
国家科技支撑计划重点项目(2006BAI09B01)
中央级公益性科研院所基本科研业务专项(YZ-1-10)
中国博士后科学基金面上资助(20070410615)共同资助
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文摘
SSR是一种优秀的分子遗传标记,已经广泛应用到遗传多样性检测、遗传种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与标记辅助育种等多个领域。但SSR标记应用的前提是根据物种已知DNA序列设计特异引物,才能进行PCR扩增。对于大多数物种而言,目前获得的基因组DNA及表达的cDNA序列还非常有限或者根本没有。由此人们不断的设计出各种方法以开发出尽可能多的SSR引物,本文简要地介绍了基于序列数据设计和发展SSR引物的方法,这对于全基因组序列已经测序的或者已经拥有丰富DNA数据的物种是非常快捷的策略。对于那些遗传背景复杂或知之甚少或基因组数据有限的物种,本文也系统的介绍了传统的文库法、富集法等开发SSR引物的策略。进一步的本文结合本实验室的研究经验,对FIASCO磁珠富集法和ISSR-抑制PCR法进行了比较。
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关键词
SSR
引物开发策略
文库法
富集法
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Keywords
SSR, Primer development strategy, Library method, Enrichment method
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分类号
S336
[农业科学—作物遗传育种]
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题名甜菜TRAP-PCR反应体系的建立及引物开发策略
被引量：1
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作者
吴则东
刘乃新
秦浩东
倪洪涛
马龙彪
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机构
黑龙江省普通高校甜菜遗传育种重点实验室/黑龙江大学
黑龙江大学农作物研究院
农业部糖料产品质量安全风险评估实验室/中国农业科学院甜菜研究所
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出处
《中国农学通报》
2016年第6期96-101,共6页
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基金
甜菜现代产业技术体系建设项目"甜菜丰产抗病种质创新及新品种选育"(CARS-210104-01)
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文摘
以糖用甜菜为材料,利用单因素实验探讨甜菜TRAP-PCR反应体系中d NTPs、引物、模板以及DNA聚合酶等4个因素的浓度变化对扩增结果的影响,最终建立糖用甜菜的最佳TRAP-PCR反应体系。结果表明,在20μL反应体系中,甜菜TRAP-PCR最优反应体系包含2.0μL的10×PCR buffer(含Mg2+)、10 ng的模板DNA、0.75 U的Taqase、10μmol/L固定引物及随机引物各0.8μL以及0.5μL的d NTPs(2.5 mmol/L each)。并建立了一种快速开发甜菜TRAP-PCR引物的方法,利用优化后的程序对15份糖甜菜品种进行扩增。结果表明,该体系扩增结果稳定、条带清晰,部分引物多态性丰富,可用于糖用甜菜品种指纹图谱的构建以及其他分子生物学领域的研究。
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关键词
糖用甜菜
TRAP-PCR
体系优化
引物开发策略
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Keywords
sugar beet
TRAP-PCR
optimization
primer development strategy
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分类号
S566.3
[农业科学—作物学]
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