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滇重楼环阿屯醇合酶基因的克隆及序列分析 被引量：6
1
作者 袁梦求 丁春邦 +3 位作者 陶亮 陈泓翰 陈惠 吴琦 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期2250-2256,共7页
目的获取滇重楼甾体皂苷合成途径关键酶环阿屯醇合酶基因(PpCAS)的全长cDNA序列,并进行序列分析。方法利用同源克隆和RT-PCR技术获得PpCAS基因保守片段,采用RACE技术获得PpCAS基因的3’及5’末端序列,并采用生物信息学方法进行序列分析... 目的获取滇重楼甾体皂苷合成途径关键酶环阿屯醇合酶基因(PpCAS)的全长cDNA序列,并进行序列分析。方法利用同源克隆和RT-PCR技术获得PpCAS基因保守片段,采用RACE技术获得PpCAS基因的3’及5’末端序列,并采用生物信息学方法进行序列分析。结果 PpCAS基因全长cDNA为2 309 bp,其开放阅读框(ORF)为2 283 bp,可编码760个氨基酸的蛋白质;PpCAS推导的蛋白质相对分子质量为8.69×104,等电点(pI)为6.54;其氨基酸序列与GenBank中其他植物CAS的同源性在60%～83%PpCAS蛋白。结论从滇重楼中首次获得PpCAS基因cDNA全长序列,该基因具有CAS同源基因的典型特征。 展开更多
关键词 滇重楼 环阿屯醇合酶 基因克隆 序列分析 开放阅读框(orf)
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猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立
2
作者 李静怡 熊雷 +4 位作者 黄莉璎 刘晓鹏 杨盛奋 金京勋 王弋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期64-72,共9页
为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显... 为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。 展开更多
关键词 猫杯状病毒(FCV) 肽核酸(PNA) 分子信标荧光探针 实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR) 开放阅读框(orf)
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2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析 被引量：3
3
作者 熊陈勇 尹彦文 +11 位作者 施开创 李军 郑敏 韦显凯 冯淑萍 龙凤 屈素洁 陆文俊 周洪槿 黄海莲 谢守玉 黎宗强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第8期3099-3111,共13页
【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定... 【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10^(-3)和1.30×10^(-3)替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒(DTMUV) 开放阅读框(orf) E基因 NS5基因 遗传多样性
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3种蝙蝠听力相关基因EYA4(eyes absent 4)开放阅读框序列的克隆与分析 被引量：2
4
作者 王力 王锦红 +3 位作者 何贝贝 周莹莹 叶绍辉 李钢 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期62-68,共7页
EYA4基因是与果蝇(Drosophila melanogaster)的无眼基因eya同源的4个脊椎动物转录激活因子eya基因家族(EYA1-4)的一员。相关的研究表明EYA4基因与非综合征听觉障碍有关。蝙蝠特化的听觉系统在回声定位生理过程中负责回声信息的接收和处... EYA4基因是与果蝇(Drosophila melanogaster)的无眼基因eya同源的4个脊椎动物转录激活因子eya基因家族(EYA1-4)的一员。相关的研究表明EYA4基因与非综合征听觉障碍有关。蝙蝠特化的听觉系统在回声定位生理过程中负责回声信息的接收和处理,并起到重要作用。利用RT-PCR技术,通过克隆测序得到3种蝙蝠(大足鼠耳蝠Myotis ricketti,黑髯墓蝠Taphozous melanopogon,棕果蝠Rousettusles chenaulti)EYA4基因的开放阅读框序列。通过比对分析,发现这3种蝙蝠均没有第五外显子,而在第十一外显子与第十二外显子之间有一个其他哺乳动物所没有的外显子exon b。此外,实验结果还显示,在棕果蝠中没有发现其他已知哺乳动物EYA4基因的第二十外显子;在黑髯墓蝠EYA4基因中缺少第十九外显子,而且与其他哺乳动物相比,黑髯墓蝠EYA4基因具有较短的第十六外显子,即缺少了30个碱基;大足鼠耳蝠与非蝙蝠哺乳动物一样存在第十九和第二十外显子的可变剪接模式,且在第二与第三外显子中间存在外显子exon a。 展开更多
关键词 蝙蝠 EYA4 开放阅读框(orf) eyaHR eyaVR
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植物CMS不育基因的研究进展 被引量：2
5
作者 杨慧丽 杨露 +3 位作者 张怀胜 林亚楠 李冰 薛亚东 《广东农业科学》 CAS 2018年第10期9-16,共8页
植物细胞质雄性不育是指植物的生殖器官不能产生雄配子,而雌器官发育正常,可接受外来花粉正常结实的一种生物学现象。细胞质雄性不育是由核基因和线粒体基因互作共同起作用,影响了植物花药的绒毡层和正在进行减数分裂的细胞,从而导致植... 植物细胞质雄性不育是指植物的生殖器官不能产生雄配子,而雌器官发育正常,可接受外来花粉正常结实的一种生物学现象。细胞质雄性不育是由核基因和线粒体基因互作共同起作用,影响了植物花药的绒毡层和正在进行减数分裂的细胞,从而导致植物体花粉产生败育。在生产上细胞质雄性不育对于作物杂种优势的利用、杂交种的制种都有重要意义。雄性不育现象无论是在遗传方向还是分子水平上一直以来都是科学家们研究的热点,深入研究细胞质雄性不育的机制有利于更有效地在生产上加以利用。对近年来植物细胞质雄性不育中发现的细胞质雄性不育基因的来源及分类、细胞质雄性不育与杂种优的相互关系、细胞质雄性不育的机理及目前发现的细胞质雄性不育基因进行概述,并探讨了植物细胞质雄性不育研究的发展前景。 展开更多
关键词 细胞质雄性不育 杂种优势 线粒体基因 细胞核基因 开放阅读框(orf) 基因重组
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黄颡鱼生长激素cDNA序列克隆及其序列分析 被引量：5
6
作者 孙玉华 谢从新 《水利渔业》 北大核心 2006年第3期10-13,共4页
采用RT-PCR方法,首次从黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)脑垂体总RNA中克隆出生长激素(growth hormone,GH)cDNA的开放阅读框ORF(open reading frame)序列,长603nt,推导的GH前体由200个氨基酸组成。以生长激素氨基酸序列为分子标记,比较... 采用RT-PCR方法,首次从黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)脑垂体总RNA中克隆出生长激素(growth hormone,GH)cDNA的开放阅读框ORF(open reading frame)序列,长603nt,推导的GH前体由200个氨基酸组成。以生长激素氨基酸序列为分子标记,比较了包括黄颡鱼在内的鲇形目6科9种鱼类的生长激素氨基酸序列同源性,并用PHYLIP软件构建了鲇形目6科9种鱼类的系统发育树,可识别3个大的单系类群,即类群Ⅰ:鲇科Siluridae;类群Ⅱ:芒鲇科Pangasiidae+(鱼尝科Bagridae+异囊鲇科Heteropneustidae);类群Ⅲ:鱼回科Ictaluridae+胡子鲇科Clariidae。 展开更多
关键词 黄颖鱼 鲇形目 生长激素eDNA 开放阅读框orf
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2016—2018年我国华北部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析 被引量：8
7
作者 朱国坡 马凤龙 +1 位作者 王家福 刘金华 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第11期96-100,共5页
为了了解2016—2018年华北部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的遗传变异情况,试验采用RT-PCR方法对采集的临床疑似猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory... 为了了解2016—2018年华北部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的遗传变异情况,试验采用RT-PCR方法对采集的临床疑似猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)样品进行检测,然后对阳性样品进行开放阅读框5(ORF5)基因扩增和测序,并对获得毒株ORF5基因的核苷酸序列和推导氨基酸序列进行同源性分析,以及推导氨基酸序列的遗传变异分析。结果表明:所采集的198份临床疑似PRRS样品中有114份RT-PCR检测结果为阳性,阳性率为57.58%;测序共获得37条ORF5基因序列;所获毒株与基因Ⅱ型代表毒株ORF5基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为82.6%~99.5%、81.0%~99.5%;全部PRRSV毒株均为基因Ⅱ型,分属于Linage 1(代表毒株为NADC30)、Linage 5(代表毒株为VR-2332)和Linage 8(代表毒株为JXA1)3个亚群,其中Linage 1占比最高,为78.38%;各亚群毒株均具有各自特征性氨基酸,在非中和表位区域(aa27~30)的全部氨基酸均可发生突变,Linage 1亚群的HeBxtsh-1808株在胞外域存在1个氨基酸的插入。说明华北地区PRRSV流行毒株呈多样化,而且不断发生变异,类NADC30已成为该地区的优势流行毒株,提示应根据当地的流行情况及时调整该病的防控方案。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus PRRSV) 开放阅读框5(orf5) 华北 遗传变异 突变 插入
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