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题名芸薹属作物EST-SNP的发掘与分析
被引量：8
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作者
李雪姣
张耿
顾爱侠
轩淑欣
王彦华
赵建军
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机构
河北农业大学园艺学院
浙江大学农业与生物技术学院作物所
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出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第6期772-776,共5页
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基金
国家自然科学基金(30871713)
教育部重点项目(2009)
国家科技支撑子课题(2009BADB8B03-1)
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文摘
芸薹属作物是十字花科中重要的蔬菜和油用作物,经济价值和食用价值比较高。本研究通过生物信息学手段,从3个芸薹属物种EST序列中获得了大量的SNP和Indel资源,对SNP与EST的数量及拼接结果之间的关系、SNP碱基置换的偏好性、Indel碱基数量与发生频率之间的关系进行了分析。分析结果对深入研究芸薹属基因组特点具有一定的参考价值,为进一步通过试验验证预测的SNP位点、开发该作物高通量SNP分子标记奠定了基础。
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关键词
芸薹属
序列表达标签(est)
单核苷酸多态性(SNP)
分子标记
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Keywords
Brassica
Expressed sequence tags
Single nucleotide polymorphism
Molecular marker
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分类号
S33
[农业科学—作物遗传育种]
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题名烟草SSR分布特征与开发利用
被引量：6
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作者
薛金爱
赵彦宏
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机构
山西农业大学农学院
鲁东大学生命科学院
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出处
《山西农业科学》
2011年第4期295-298,306,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(30800682)
教育部科技重点项目(2002-03)
+1 种基金
教育部归国留学人员科研基金项目(2001-11)
山西农业大学科技创新基金项目(2006025)
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文摘
EST-SSR标记与gSSR标记是2种重要的分子标记,烟草EST序列数量与基因组序列数量的迅速增加为开发新的烟草分子标记提供了宝贵的数据资源。对GenBank上公布的158 098条EST序列及10 647条GSS序列进行大规模微卫星位点搜索,在EST中发现了8 088个微卫星位点(检出率为5.1%),在GSS中发现了2 020个微卫星位点(检出率为18.9%)。在EST中搜索到的重复单元共有176种,其中二核苷酸占主导地位,占到总SSR的近66%,出现次数在1～100之间的基序超过所有基序的90%;在GSS中搜索到重复单元81种,出现次数大部分在1～50之间,占88%。研究还挑选了烟草的150条EST序列,并对其进行了引物的设计。
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关键词
烟草
序列表达标签(est)
SSR
GSS
引物
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Keywords
Nicotiana tabacum
est
SSR
GSS
primer
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分类号
S572
[农业科学—烟草工业]
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