解淀粉芽孢杆菌DGL1促燕麦生长分子机制及代谢通路探究 被引量：6

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作者 杨雪 王添 +4 位作者 谢永丽 乔有明 陈海龙 陈兰 武玲玲 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期2899-2909,共11页

分离自青海大格勒干旱沙地的解淀粉芽孢杆菌DGL1(Bacillus.amyloliquefaciens)被证实能够促进青海本地燕麦(Avena sativa)品种‘青燕1号’的生长。为了揭示DGL1促进燕麦生长的分子机制,本研究通过Illumina高通量转录组测序技术分析燕麦... 分离自青海大格勒干旱沙地的解淀粉芽孢杆菌DGL1(Bacillus.amyloliquefaciens)被证实能够促进青海本地燕麦(Avena sativa)品种‘青燕1号’的生长。为了揭示DGL1促进燕麦生长的分子机制,本研究通过Illumina高通量转录组测序技术分析燕麦根部与菌株DGL1菌悬液分别互作2 h,4 h,8 h,12 h的处理组与对照组(CK)间的转录组差异表达基因,并通过GO富集、KEGG Pathway富集分析燕麦地上部分差异表达基因的相关代谢通路及关键基因。结果表明:燕麦根部与DGL1菌悬液互作2 h,4 h,8 h和12 h,燕麦叶部分别有1894,6130,8033和12215个差异表达基因,显著富集在氨基酸代谢、植物光合作用、次级产物代谢通路和与燕麦生长发育调控等相关代谢途径;通过KEGG富集分析发现IAA合成的色氨酸代谢途径中生长素早期响应蛋白编码基因AUXI、茉莉酸信号途径中核心受体编码基因COI1,铵转运蛋白编码基因AMT等基因显著上调,推测菌株DGL1对燕麦的促生机制是通过促进燕麦光合作用、激素代谢、次生代谢物合成、氨基酸代谢等多个途径相互协调的结果。 展开更多

关键词 解淀粉芽孢杆菌 微生物-植物互作 燕麦促生 转录组测序 差异表达基因分析

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两品种当归转录组分析及抗旱关键基因挖掘

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作者 康舒淇 朱田田 +5 位作者 晋玲 刘天乐 张菁 张明惠 徐丽 张帅 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1100-1109,共10页

目的对当归[Angelica sinensis(Oliv.)Diels]主栽品种“岷归1号”和“岷归2号”进行转录组测序差异比较分析,挖掘当归响应干旱胁迫关键基因。方法以两品种当归的新鲜叶片和根组织为研究材料构建cDNA文库,利用二代高通量测序平台Illumina... 目的对当归[Angelica sinensis(Oliv.)Diels]主栽品种“岷归1号”和“岷归2号”进行转录组测序差异比较分析,挖掘当归响应干旱胁迫关键基因。方法以两品种当归的新鲜叶片和根组织为研究材料构建cDNA文库,利用二代高通量测序平台Illumina HiSeq^(TM)4000进行测序分析,从差异表达基因中筛选响应干旱胁迫的关键基因。结果转录组测序共获得584423236条高质量序列,Q20(碱基量≥20%)与Q30(碱基量≥30%)占比分别在97.47%、92.64%以上,鸟嘌呤和胞嘧啶所占比例(GC)含量是42.78%~43.15%。两品种当归叶片和根中共筛选得到1894个差异表达基因(DEGs),数目分别为674和1220个,共有差异表达基因为338个。基因本体(GO)富集结果表明,两品种当归在同一组织部位中的DEGs注释分类主要包括细胞过程、代谢过程和催化活性等功能。京都数据库与基因组百科全书(KEGG)分析发现差异表达基因均在植物-病原互作、植物-MAPK信号通路、苯丙烷生物合成和植物激素信号转导等通路中显著富集,精细分类注释结果与GO及KEGG分析结果趋势相符合。基于功能注释结果,挖掘到抗旱相关基因60个,选取HVA22C、KRP1、PUB23、DREB1B、Bp10通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证其表达量,结果表明,其基因表达水平与转录组测序基因表达趋势一致。结论两品种当归在脱落酸调节、渗透调节、活性氧清除和其他功能蛋白质调节等抗旱途径方面存在一定差异性,筛选出的抗旱基因可为进一步研究当归响应干旱胁迫的分子机制提供数据参考。 展开更多

关键词 当归 品种 差异表达基因分析 抗旱基因 实时荧光定量聚合酶链反应

原文传递

不同花期‘西伯利亚’百合花瓣单萜合成途径转录组分析（英文） 被引量：6

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作者 唐彪 胡增辉 冷平生 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期252-263,共12页

以‘西伯利亚’百合(Lilium‘Siberia’)花蕾期、半开期、盛开期、衰败期的花瓣为材料,利用RNA-seq技术对其转录组进行高通量测序,分析单萜合成途径中差异表达的基因并阐明其分子机制。结果显示,‘西伯利亚’百合通过转录组测序分析共得... 以‘西伯利亚’百合(Lilium‘Siberia’)花蕾期、半开期、盛开期、衰败期的花瓣为材料,利用RNA-seq技术对其转录组进行高通量测序,分析单萜合成途径中差异表达的基因并阐明其分子机制。结果显示,‘西伯利亚’百合通过转录组测序分析共得到56.28 Gb clean base,223.40 Mb clean reads和124 233个unigene,其中35 749个基因得到注释。萜骨架合成途径中的基因表达水平在不同花期表现出显著差异。其中,甲基赤藓糖醇磷酸(MEP)中的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(DXS)、1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)、4-羟基-3-甲丁-2-烯基二磷酸合成酶(HDS)、4-羟基-3-甲丁-2烯基二磷酸还原酶(HDR)、牻牛儿基二磷酸合成酶(GPS)基因的表达水平随花期变化呈先升高后降低的趋势。罗勒烯合成酶(OCS)基因表现出相似变化规律,在盛开期表达量最高。甲羟戊酸(MVA)途径中的3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)的基因表达同样出现先升高后降低的趋势。单萜合成下游的分支途径中,茄尼基二磷酸合成酶(SDS)、牻牛儿基牻牛儿基二磷酸合成酶(GGDR)基因的表达则出现相反的趋势,在盛开期的表达量最低。研究结果表明MEP途径中的关键基因可随花期变化规律性的表达,以调控单萜的生物合成,在盛开期有较高释放量,且盛开期MVA途径的活化以及泛醌和萜醌代谢支路基因的低表达也促进了单萜的生物合成。 展开更多

关键词 '西伯利亚’百合 花香 单萜 转录组测序 差异表达基因分析

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不同产蛋水平五龙鹅的血清生化指标、抗氧化能力、激素水平与卵巢差异表达基因分析

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作者 赵思宇 王宝维 +3 位作者 凡文磊 张名爱 孔敏 王秉翰 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期240-246,共7页

本实验通过研究不同产蛋水平的五龙鹅在血清生化指标、抗氧化能力、激素水平及卵巢转录组学方面的差异,旨在为五龙鹅产蛋性能的精准鉴定和高产性状的辅助选育提供理论依据。选择300只具有系谱记录的、同一群体、同批次孵化的34周龄五龙... 本实验通过研究不同产蛋水平的五龙鹅在血清生化指标、抗氧化能力、激素水平及卵巢转录组学方面的差异,旨在为五龙鹅产蛋性能的精准鉴定和高产性状的辅助选育提供理论依据。选择300只具有系谱记录的、同一群体、同批次孵化的34周龄五龙鹅种鹅,采用单笼饲养连续记录产蛋高峰期(34~51周龄)70 d产蛋量,根据产蛋水平不同选取高、中、低产蛋量五龙鹅各10只,其中以产蛋量大于30枚定为高产组,10~30枚为中产组,低于10枚为低产组。结果表明:在机体抗氧化和代谢方面,高产组五龙鹅超氧化物歧化酶活性(P<0.01)、谷丙转氨酶活性(P<0.05)高于低产组,高密度脂蛋白含量低于低产组(P<0.05);在血清生殖激素方面,高产组的促卵泡素、孕酮活性高于低产组(P<0.01),催乳素活性低于低产组(P<0.05);在卵巢转录组测序方面,共检测出833个差异表达基因(DEGs),其中203个上调基因,630个下调基因,通过对比发现PRL、PRLHR、MAPK1 3个差异基因可能参与了调节鹅产蛋性能;不同产蛋水平五龙鹅卵巢中“神经活动配体-受体相互作用”通路(Neuroactive Ligand-Receptor Interaction)表达存在显著差异。由此可见,高产五龙鹅体内超氧化物歧化酶、谷丙转氨酶、促卵泡素及孕酮活性高于低产五龙鹅,高密度脂蛋白及催乳素活性低于低产五龙鹅;卵巢转录组学方面高产组相较于低产组在涉及催乳素分泌基因PRL、PRLHR等显著下调。 展开更多

关键词 五龙鹅 抗氧化和代谢 激素分泌 差异表达基因分析

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低氧胁迫下唇䱻及杂交F1代肝脏转录组学分析

5

作者 陶丽竹 陈健 +4 位作者 陈霞 杨淞 罗小波 李思言 杨壮志 《四川动物》 北大核心 2023年第2期161-171,共11页

为探讨低氧胁迫对唇䱻Hemibarbus labeo和杂交䱻基因表达水平的影响,基于Illumina HiSeq高通量测序平台,对低氧条件下唇䱻和杂交䱻肝脏组织进行转录组测序并开展生物信息学分析。结果显示,唇䱻和杂交䱻分别产生了126646494个和130613321个clea... 为探讨低氧胁迫对唇䱻Hemibarbus labeo和杂交䱻基因表达水平的影响,基于Illumina HiSeq高通量测序平台,对低氧条件下唇䱻和杂交䱻肝脏组织进行转录组测序并开展生物信息学分析。结果显示,唇䱻和杂交䱻分别产生了126646494个和130613321个clean reads,组装后共获得了48027个unigenes,分别在NR、SwissProt、GO、COG、KOG、eggNOG4.5、KEGG数据库中获得32253个注释;低氧胁迫时,分别有3589个和3177个差异表达基因(DEGs)上调,4075个和5473个下调;GO功能富集分析发现,DEGs与细胞结合、催化活性和代谢进程密切相关,KEGG通路富集分析发现,DEGs富集在一些与代谢和细胞生长增殖、分化、凋亡相关的信号通路中。研究结果为深入开展唇䱻和杂交䱻溶解氧胁迫的调控机制和养殖育种提供了参考。 展开更多

关键词 唇䱻 杂交䱻 低氧胁迫 转录组分析 差异表达基因分析

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系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征的共同基因表达特征和分子机制

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作者 凌华云 吴玲玲 +6 位作者 周颖 邱丽娟 王红 薛昱 陈慧娟 王廷睿 王斌 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期715-722,共8页

目的初步探究系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)和原发性干燥综合征(primary Sj9gren’s syndrome,pSS)的共同基因表达特征和分子机制。方法利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取SLE和pSS基因表达... 目的初步探究系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)和原发性干燥综合征(primary Sj9gren’s syndrome,pSS)的共同基因表达特征和分子机制。方法利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取SLE和pSS基因表达数据集,进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和差异表达基因分析(differentially expressed genes,DEGs),初步确认SLE和pSS的共同关键基因和基因表达特征。结果WGCNA和DEGs分析结果都显示SLE和pSS的共同基因主要富集在I型干扰素(interferon,IFN)和病毒免疫相关的通路上(均有P<0.05);分析得到9个关键基因,分别是ISG15、IFIT3、OASL、OAS2、SERPING1、GBP1、DDX60、XAF1和DDX58,其中大部分是I型IFN相关基因。结论研究结果提示SLE和pSS的共同基因表达特征主要与I型IFN和病毒免疫相关基因以及通路有关,这为未来的机制研究提供了一定的参考。 展开更多

关键词 系统性红斑狼疮 原发性干燥综合征 Ⅰ型干扰素 加权基因共表达网络分析 差异表达基因分析

原文传递

申克抱子丝菌酵母相形成过程中转录组表达谱变化及差异表达基因功能分析

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作者 韩昌旭 侯彬彬 +1 位作者 晋亮 张振颖 《中华皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期176-181,共6页

目的比较并分析申克抱子丝菌菌丝相及早期酵母相转录组学的差异.明确酵母相形成过程中转录组表达谱的变化:方法对25℃沙氏培养基培养96h获得的菌丝相申克抱子丝菌及37 ℃脑心浸液培养基培养36 h获得的早期酵母相申克抱子丝菌的转录组进... 目的比较并分析申克抱子丝菌菌丝相及早期酵母相转录组学的差异.明确酵母相形成过程中转录组表达谱的变化:方法对25℃沙氏培养基培养96h获得的菌丝相申克抱子丝菌及37 ℃脑心浸液培养基培养36 h获得的早期酵母相申克抱子丝菌的转录组进行测序分析,对筛选后的单基因簇进行功能注释,包括与多个数据库(NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO、Pfam)的比对、编码区序列预测及基因在每个样品中的表达量分析=最后,对差异表达基因进行模式聚类、功能注释以及富集性分析。结果共获得14.76Gb有效数据,组装获得43863条单基因簇,28094条获得注释结果与菌丝相比较.酵母相上调表达的基因10969条,下调表达的基因199条:差异表达基因参与蛋白磷酸化、细胞内蛋白转运、细胞蛋白修饰、小三磷酸鸟甘酶介导的信号转导、囊泡介导转运、翻译、细胞内信号转导、微管形成、三磷酸腺苷合成偶联质子转运等过程参与真菌形态形成的两个重要信号转导通路丝裂原活化蛋白激酶和双组分信号通路中的16条基因及参与几丁质合成代谢的16条基因均被证实在早期酵母相上调表达:结论与菌丝相相比.申克抱子丝菌酵母相基因表达谱发生显著变化,差异表达的基因涉及众多功能.提示抱子丝菌相变受多基因网络系统的调控. 展开更多

关键词 抱子丝菌属 菌丝 转录组 基因表达谱 差异表达基因分析 酵母相

原文传递

聚合酶链反应为基础的差异表达基因分析技术及其在肾脏疾病研究中的应用

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作者 张宏 《中华肾脏病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期408-409,共2页

关键词 肾疾病 聚合酶链反应 差异表达基因分析 SSH

原文传递

Claudin18和annexinA8：应用差异基因表达分析鉴定的新的胰腺癌标记物 被引量：17

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作者 Karanjawala Z Illei P B +1 位作者 Ashfaq R 黄文斌(摘译) 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期385-385,共1页

关键词 基因表达分析 胰腺癌 癌标记物 差异表达基因分析 鉴定 十二指肠黏膜 免疫组化检测 人类基因组

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投稿须知

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《现代中西医结合杂志》 CAS 2009年第27期3359-3359,共1页

关键词 差异表达基因分析 冠心病心阳虚证 投稿 中西医结合 期刊文献 参考文献 著作文献 内科学

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胆固醇损伤内皮细胞差异表达基因的生物信息学分析 被引量：3

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作者 彭瑾瑜 朱勋 +6 位作者 唐蔚青 王抒 黎健 王仁 郭芳 刘俊文 杨向东 《中国动脉硬化杂志》 CAS CSCD 2005年第3期259-262,共4页

目的利用差异表达基因克隆方法(抑制消减杂交)获得大量的动脉粥样硬化相关候选基因和表达序列标签后,探讨如何进行后续基因表达及功能的研究。方法利用Internet网络上的数据库及生物学分析软件对胆固醇损伤内皮细胞后获得的差异表达基... 目的利用差异表达基因克隆方法(抑制消减杂交)获得大量的动脉粥样硬化相关候选基因和表达序列标签后,探讨如何进行后续基因表达及功能的研究。方法利用Internet网络上的数据库及生物学分析软件对胆固醇损伤内皮细胞后获得的差异表达基因进行核酸序列和蛋白质序列分析,探索差异表达基因克隆后的研究方法和思路。结果通过电子延伸得到一个684bp的全长cDNA序列;通过核酸序列分析,该序列定位在线粒体基因组的7587位～8270位,含有一个完整的开放阅读框,编码与氧化磷酸化相关的9个亚基。对其中一个亚基细胞色素氧化酶Ⅱ(COX2)分析得知,细胞色素氧化酶Ⅱ基因编码一段25.6kDa的弱酸性的信号锚蛋白,细胞色素氧化酶Ⅱ蛋白的三维结构是一个典型的椅式结构,它含有一段疏水区域,一个跨膜结构域和一个胞质结构域。运用蛋白的进化分析,得知细胞色素氧化酶Ⅱ蛋白胞质结构域的氨基酸序列在进化过程中高度保守。结论生物信息学技术是一种高效的获取疾病相关基因信息的方法,利用生物信息学方法对细胞色素氧化酶Ⅱ基因进行分析,获得了基因及其编码蛋白的相关信息,该蛋白参与电子传递,可能与细胞的氧化应激有关。 展开更多

关键词 病理学与病理生理学 胆固醇损伤内皮细胞差异表达基因的分析 生物信息学分析 动脉粥样硬化 内皮细胞 胆固醇 细胞色素氧化酶亚基Ⅱ

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