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基于转录组的瑶药半枫荷根和叶的差异分析
1
作者
周云
韦玉丹
黄日涛
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期236-245,共10页
【目的】瑶药半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)的根和叶均具有祛风通络等功效,但其黄酮类等活性成分存在差异。对半枫荷进行转录组测序,以期获得其根和叶的转录组信息和差异表达基因,对探究半枫荷根和叶的差异表达基因在活性成分合...
【目的】瑶药半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)的根和叶均具有祛风通络等功效,但其黄酮类等活性成分存在差异。对半枫荷进行转录组测序,以期获得其根和叶的转录组信息和差异表达基因,对探究半枫荷根和叶的差异表达基因在活性成分合成通路中的表达规律具有重要意义。【方法】利用Illumina对半枫荷根和叶进行转录组测序,并进行生物信息分析以挖掘两者萜类和黄酮类等关键次生代谢产物合成通路的基因表达差异。【结果】59378个差异表达基因归类到GO分类的3个大类中,主要与生物学过程有关(50.59%)。185个差异表达基因注释KOG数据库的24个分类中。81个差异表达基因参与苯丙烷类化合物的生物合成,30个差异表达基因参与黄酮类化合物的生物合成,86个差异表达基因参与萜类化合物的生物合成。【结论】参与黄酮类化合物合成途径的关键酶CHS等均为上调表达,导致根的黄酮类成分多于叶,而CMS、HMGS等关键酶都可能影响半枫荷不同组织中萜类化合物的积累模式。文章获得了半枫荷根和叶的转录组信息特征,为今后半枫荷基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制研究提供依据。
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关键词
半枫荷
转录组
差异
表达
基因
(
deg
)
代谢通路
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职称材料
抗菌肽LL-37抑制肝癌细胞恶性增殖的转录组分析
2
作者
吕继龙
李球棣
+2 位作者
佘东阳
陈宁
丁晓慧
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2022年第6期528-537,共10页
抗菌肽LL-37与肿瘤的发生发展密切相关,课题组前期研究发现LL-37能够抑制肝癌细胞恶性增殖。为了给其抑制肝癌发生发展的分子机制研究提供更多的生物学依据,本研究通过高通量RNA测序技术以及生物信息学方法对LL-37作用前后肝癌细胞中的...
抗菌肽LL-37与肿瘤的发生发展密切相关,课题组前期研究发现LL-37能够抑制肝癌细胞恶性增殖。为了给其抑制肝癌发生发展的分子机制研究提供更多的生物学依据,本研究通过高通量RNA测序技术以及生物信息学方法对LL-37作用前后肝癌细胞中的差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)进行了分析,共筛选出753个DEG,其中上调的DEG 374个,下调的DEG 379个;进一步对筛选出的DEG进行基因本体论(Gene Ontology,GO)及京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并构建DEG编码蛋白互作网络,筛选出10个可能参与LL-37抑制肝癌细胞恶性增殖的潜在关键基因。经分析这些基因均表达下调,且对机体炎症的激活、转运以及肿瘤细胞的增殖、迁移至关重要。以上结果为揭示LL-37在肝癌发生发展中的作用及机制提供了数据基础,为探索肝癌诊断和治疗手段提供了新的思路。
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关键词
LL-37
肝细胞癌(HCC)
转录组测序
差异
表达
基因
(
deg
)
生物信息学分析
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职称材料
系统性硬化症线粒体功能相关的差异表达基因的生物信息学分析
3
作者
巴燕娜
苏丽萍
+3 位作者
刘曼玲
袁晴
吴振彪
袁志栋
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期707-713,共7页
目的通过分析线粒体功能相关基因在系统性硬化症(SSc)患者皮肤活检组织中的表达情况来研究线粒体和SSc之间的关系。方法使用基因表达汇编(GEO)数据库中SSc皮肤活检组织基因芯片表达谱数据,采用t检验和倍数变化(FC)的差异基因分析方法筛...
目的通过分析线粒体功能相关基因在系统性硬化症(SSc)患者皮肤活检组织中的表达情况来研究线粒体和SSc之间的关系。方法使用基因表达汇编(GEO)数据库中SSc皮肤活检组织基因芯片表达谱数据,采用t检验和倍数变化(FC)的差异基因分析方法筛选出线粒体功能相关的差异表达基因(DEG),并对其进行功能注释、功能富集和蛋白质相互作用网络分析。结果在SSc组织中共识别出422个显著差异的DEG,其中23个DEG是线粒体功能相关基因。对这23个基因进行功能注释和富集分析,发现异常表达的线粒体功能相关基因主要影响线粒体能量供应、细胞代谢等生物学过程。结论SSc的发生发展伴随着线粒体功能相关基因的异常表达,提示线粒体功能异常与SSc发病相关。
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关键词
系统性硬化症(SSc)
线粒体
差异
表达
基因
(
deg
)
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职称材料
基于普通转录组和孟德尔随机分析探讨肾透明细胞癌中PANoptosis相关基因的诊断价值
4
作者
王智超
仇梦真
+2 位作者
高兴华
高相芹
张龙洋
《临床医学进展》
2024年第4期156-173,共18页
肾透明细胞癌(KIRC)是一种常见的泌尿生殖系统恶性肿瘤,但其早期发现和诊断相当困难。泛凋亡(PANoptosis)强调细胞焦亡、细胞凋亡和坏死之间的作用和协调。本研究的目的是通过孟德尔随机分析方法(MR),确定PANoptosis相关基因(PRG)在KIR...
肾透明细胞癌(KIRC)是一种常见的泌尿生殖系统恶性肿瘤,但其早期发现和诊断相当困难。泛凋亡(PANoptosis)强调细胞焦亡、细胞凋亡和坏死之间的作用和协调。本研究的目的是通过孟德尔随机分析方法(MR),确定PANoptosis相关基因(PRG)在KIRC中的作用,并揭示其因果关系。通过对3446个差异表达基因(DEGs)和347个PRGs进行交叉分析,我们发现66个差异表达的PANoptosis相关基因(DE-PRGs)存在表达量性状位点(eQTL)。分别进行双样本单变量和多变量MR分析后发现,PRF1 (P = 0.030,OR 95% 置信区间[CI] = 1.599 [1.047~2.441])、TNFRSF10B (P = 0. 008, OR 95% CI = 1.238 [1.058~1.447])、PDGFRB (P = 0.012, OR 95% CI = 0.546 [0.340~0.876])基因与KIRC疾病有关,以上3个标记基因同时存在时,PDGFRB基因是一个直接因素。此外,基于生物信息学分析,建立了具有良好诊断价值的KIRC模型。最后,通过数据分析和实时荧光定量PCR (RT-qPCR)验证标记基因的表达。
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关键词
肾脏透明细胞癌(KIRC)、泛凋亡相关
基因
(PRG)、
差异
表达
基因
(
deg
)、孟德尔随机化(MR)分析、诺模图
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职称材料
题名
基于转录组的瑶药半枫荷根和叶的差异分析
1
作者
周云
韦玉丹
黄日涛
机构
广西医科大学药学院
出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期236-245,共10页
基金
广西自然科学基金资助项目(2021JJB130122)
大学生创新创业项目(X202310598287,X202310598286)。
文摘
【目的】瑶药半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)的根和叶均具有祛风通络等功效,但其黄酮类等活性成分存在差异。对半枫荷进行转录组测序,以期获得其根和叶的转录组信息和差异表达基因,对探究半枫荷根和叶的差异表达基因在活性成分合成通路中的表达规律具有重要意义。【方法】利用Illumina对半枫荷根和叶进行转录组测序,并进行生物信息分析以挖掘两者萜类和黄酮类等关键次生代谢产物合成通路的基因表达差异。【结果】59378个差异表达基因归类到GO分类的3个大类中,主要与生物学过程有关(50.59%)。185个差异表达基因注释KOG数据库的24个分类中。81个差异表达基因参与苯丙烷类化合物的生物合成,30个差异表达基因参与黄酮类化合物的生物合成,86个差异表达基因参与萜类化合物的生物合成。【结论】参与黄酮类化合物合成途径的关键酶CHS等均为上调表达,导致根的黄酮类成分多于叶,而CMS、HMGS等关键酶都可能影响半枫荷不同组织中萜类化合物的积累模式。文章获得了半枫荷根和叶的转录组信息特征,为今后半枫荷基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制研究提供依据。
关键词
半枫荷
转录组
差异
表达
基因
(
deg
)
代谢通路
Keywords
Semiliquidambar cathayensis
transcriptome
differentially expressed genes(
deg
)
metabolic pathway
分类号
R282.12 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
抗菌肽LL-37抑制肝癌细胞恶性增殖的转录组分析
2
作者
吕继龙
李球棣
佘东阳
陈宁
丁晓慧
机构
徐州医科大学病原生物学与免疫学教研室/江苏省免疫与代谢重点实验室
徐州医科大学第二临床医学院
徐州医科大学基础医学国家级实验教学示范中心
徐州医科大学第一临床医学院
出处
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2022年第6期528-537,共10页
基金
江苏省高等学校大学生创新训练项目(202010313044Y)
徐州医科大学优秀人才科研启动经费项目(D2019017)
+1 种基金
江苏省“双创博士”项目
基础医学国家级实验教学示范中心(徐州医科大学)资助项目。
文摘
抗菌肽LL-37与肿瘤的发生发展密切相关,课题组前期研究发现LL-37能够抑制肝癌细胞恶性增殖。为了给其抑制肝癌发生发展的分子机制研究提供更多的生物学依据,本研究通过高通量RNA测序技术以及生物信息学方法对LL-37作用前后肝癌细胞中的差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)进行了分析,共筛选出753个DEG,其中上调的DEG 374个,下调的DEG 379个;进一步对筛选出的DEG进行基因本体论(Gene Ontology,GO)及京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并构建DEG编码蛋白互作网络,筛选出10个可能参与LL-37抑制肝癌细胞恶性增殖的潜在关键基因。经分析这些基因均表达下调,且对机体炎症的激活、转运以及肿瘤细胞的增殖、迁移至关重要。以上结果为揭示LL-37在肝癌发生发展中的作用及机制提供了数据基础,为探索肝癌诊断和治疗手段提供了新的思路。
关键词
LL-37
肝细胞癌(HCC)
转录组测序
差异
表达
基因
(
deg
)
生物信息学分析
Keywords
LL-37
hepatocellular carcinoma(HCC)
transcriptome sequencing
differentially expressed gene(
deg
)
bioinformatics analysis
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q811.4 [医药卫生—肿瘤]
R735.7 [医药卫生—临床医学]
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职称材料
题名
系统性硬化症线粒体功能相关的差异表达基因的生物信息学分析
3
作者
巴燕娜
苏丽萍
刘曼玲
袁晴
吴振彪
袁志栋
机构
空军军医大学西京医院临床免疫科
空军军医大学基础医学院生理与病理生理学教研室
空军军医大学生物医学工程学系
出处
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期707-713,共7页
基金
陕西省卫生和计划生育委员会资助项目(2018ZDXM-SF-061)
赣南医学院校级重点项目(ZD201820)
赣南医学院校级博士启动课题(QD201812)
文摘
目的通过分析线粒体功能相关基因在系统性硬化症(SSc)患者皮肤活检组织中的表达情况来研究线粒体和SSc之间的关系。方法使用基因表达汇编(GEO)数据库中SSc皮肤活检组织基因芯片表达谱数据,采用t检验和倍数变化(FC)的差异基因分析方法筛选出线粒体功能相关的差异表达基因(DEG),并对其进行功能注释、功能富集和蛋白质相互作用网络分析。结果在SSc组织中共识别出422个显著差异的DEG,其中23个DEG是线粒体功能相关基因。对这23个基因进行功能注释和富集分析,发现异常表达的线粒体功能相关基因主要影响线粒体能量供应、细胞代谢等生物学过程。结论SSc的发生发展伴随着线粒体功能相关基因的异常表达,提示线粒体功能异常与SSc发病相关。
关键词
系统性硬化症(SSc)
线粒体
差异
表达
基因
(
deg
)
Keywords
systemic sclerosis
mitochondria
differently expressed genes(
deg
s)
分类号
Q731 [生物学—分子生物学]
R744.51 [医药卫生—神经病学与精神病学]
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职称材料
题名
基于普通转录组和孟德尔随机分析探讨肾透明细胞癌中PANoptosis相关基因的诊断价值
4
作者
王智超
仇梦真
高兴华
高相芹
张龙洋
机构
山东大学附属济南市中心医院泌尿外科
山东第一医科大学附属中心医院泌尿外科
出处
《临床医学进展》
2024年第4期156-173,共18页
文摘
肾透明细胞癌(KIRC)是一种常见的泌尿生殖系统恶性肿瘤,但其早期发现和诊断相当困难。泛凋亡(PANoptosis)强调细胞焦亡、细胞凋亡和坏死之间的作用和协调。本研究的目的是通过孟德尔随机分析方法(MR),确定PANoptosis相关基因(PRG)在KIRC中的作用,并揭示其因果关系。通过对3446个差异表达基因(DEGs)和347个PRGs进行交叉分析,我们发现66个差异表达的PANoptosis相关基因(DE-PRGs)存在表达量性状位点(eQTL)。分别进行双样本单变量和多变量MR分析后发现,PRF1 (P = 0.030,OR 95% 置信区间[CI] = 1.599 [1.047~2.441])、TNFRSF10B (P = 0. 008, OR 95% CI = 1.238 [1.058~1.447])、PDGFRB (P = 0.012, OR 95% CI = 0.546 [0.340~0.876])基因与KIRC疾病有关,以上3个标记基因同时存在时,PDGFRB基因是一个直接因素。此外,基于生物信息学分析,建立了具有良好诊断价值的KIRC模型。最后,通过数据分析和实时荧光定量PCR (RT-qPCR)验证标记基因的表达。
关键词
肾脏透明细胞癌(KIRC)、泛凋亡相关
基因
(PRG)、
差异
表达
基因
(
deg
)、孟德尔随机化(MR)分析、诺模图
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组的瑶药半枫荷根和叶的差异分析
周云
韦玉丹
黄日涛
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
2
抗菌肽LL-37抑制肝癌细胞恶性增殖的转录组分析
吕继龙
李球棣
佘东阳
陈宁
丁晓慧
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2022
0
下载PDF
职称材料
3
系统性硬化症线粒体功能相关的差异表达基因的生物信息学分析
巴燕娜
苏丽萍
刘曼玲
袁晴
吴振彪
袁志栋
《细胞与分子免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
下载PDF
职称材料
4
基于普通转录组和孟德尔随机分析探讨肾透明细胞癌中PANoptosis相关基因的诊断价值
王智超
仇梦真
高兴华
高相芹
张龙洋
《临床医学进展》
2024
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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