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题名一种高效自动化的转录组差异性表达分析方法
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作者
赵芳
高静
刘振羽
王永军
邬学敏
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机构
内蒙古农业大学计算机与信息工程学院内蒙古自治区农牧业大数据研究与应用重点实验室
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出处
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2019年第1期39-45,共7页
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基金
国家自然科学基金资助项目(61462070)
内蒙古农业大学博士科研启动基金资助项目(BJ09-44)
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文摘
差异性表达分析是转录组研究的核心目标之一,对于揭示基因功能和调控规律具有重要意义。但该分析属于多步迭代且耗时较长的计算密集型过程,软件之间具有复杂的数据依赖关系,输入输出格式不尽相同。传统方式下,软件安装与使用复杂、繁琐的手动操作、分析环境的不易迁移以及无法按需集成都是有待解决的关键问题。针对上述问题,文中首次将云开源项目Docker容器技术应用于生物信息领域,提出一种高效自动化的转录组差异性表达分析方法。首先将最佳实践流程在Docker容器中内置与集成,其次多脚本联动与Web服务相结合,最后形成一个轻量级、易迁移、高效自动化的转录组差异性表达分析"黑匣子"。实验结果表明,与传统方式相比,该方法的分析时间缩短约72%,效率提升2倍多,为研究人员提供了更高效的技术支持。
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关键词
Docker容器
转录组
差异性表达分析
最佳实践流程
脚本
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Keywords
Docker container
transcriptome
the differential expression analysis
the best practice process
scripts
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分类号
Q-31
[生物学]
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