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题名DNA双链密码对使用的不对称性
被引量：1
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作者
王芳平
李宏
王志坚
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机构
天水师范学院物理与信息科学学院物理系
内蒙古大学物理科学与技术学院
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出处
《生物技术》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期14-18,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(30660044)资助
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文摘
目的:分析基因组组分极其偏向的厌氧性粘菌和立克次氏体基因中密码对的使用,研究DNA双链密码对使用的不对称性。方法:生物统计学。结果:发现脱卤厌氧粘菌和立克次氏体基因组中分别有17%和21%的密码对在DNA双链上的使用偏好性正好相对,这表明它们的前导链与滞后链上密码对的使用偏好存在差异。因此,影响密码对搭配的重要原因之一是基因所在链的特性。这些特性可能包括:基因方向性偏好、密码子使用偏好、密码子的前后文关系等。结论:造成上述两物种DNA双链间密码对使用不对称的原因可能是DNA链特异的突变偏好性和在复制、转录、翻译水平上的自然选择约束。
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关键词
密码对使用
不对称性
前导链
滞后链
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Keywords
codon-pair usage
asymmetry
leading strand
lagging strand.
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分类号
Q615
[生物学—生物物理学]
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题名基于密码对使用的基因组进化
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作者
王芳平
王志坚
李宏
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机构
天水师范学院物理与信息科学学院物理系
内蒙古大学物理科学与技术学院
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出处
《生物信息学》
2011年第1期88-92,共5页
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基金
国家自然科学基金(30660044)资助
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文摘
以密码对使用偏好性和密码对中二核苷酸频率分别构建了系统发育树。发现用40种模式生物编码序列中密码对的二核苷酸频率构建的系统发育树,明显将生物按进化分成细菌,古菌,真核生物;用密码对使用偏好性指标构建的系统发育树与基于密码对中二核苷酸频率的系统发育树基本一致。结果表明密码对中二核苷酸组分是密码对偏好的决定因素之一。
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关键词
密码对使用
基因组进化
系统发育树
二核苷酸
系统聚类
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Keywords
Codon-pair usage
Genome evolution
phylogenetic tree
Dinucleotide
Hierarchical cluster
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分类号
Q61
[生物学—生物物理学]
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题名7种昆虫质型多角体病毒基因组密码对的使用模式分析
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作者
石生林
孙影
姜义仁
杨瑞生
秦利
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机构
沈阳农业大学植物保护博士后流动站
沈阳农业大学生物科学技术学院
辽宁省昆虫资源工程技术研究中心
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出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期63-69,共7页
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基金
现代农业产业技术体系专项(No.CARS-22)
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文摘
质型多角体病毒(cypoviruses,CPV)是昆虫常见病原微生物。采用生物信息学方法对7种昆虫CPV基因组编码序列进行密码对使用模式分析,探究昆虫CPV基因组特征。分析结果表明:昆虫CPV基因组中密码对的使用是非随机的,密码对组合NNA→ANN、NNG→GNN、NNU→CNN、NNU→UNN中的多数密码对是CPV负偏好性密码对,密码对组合NNA→CNN、NNA→UNN、NNG→CNN、NNU→GNN中的多数密码对是CPV正偏好性密码对;残值最高的10个密码对与残值最低的10个密码对中有4个共用密码子(AAA、AAG、GAU、UAU),进一步说明密码对使用的偏好性;不同CPV间的基因组密码对使用偏好性程度相近,但极端偏好性密码对种类不同。同一电泳型CPV在聚类分析中的距离较近,说明同一电泳型CPV的基因组密码对使用模式相似,并且系统发育分析结果与基于密码对使用模式的聚类分析结果一致,说明CPV基因组密码对使用模式分析可用于研究其基因组进化。昆虫CPV基因组密码对使用具有偏好性,这种偏好性是其基因组特征的一种表现。
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关键词
质型多角体病毒
密码对使用模式
聚类分析
系统发育
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Keywords
Cypovirus
Codon-pair usage pattern
Cluser analysis
Phylogenetic analysis
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分类号
S476.1
[农业科学—农业昆虫与害虫防治]
S884
[农业科学—植物保护]
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