基于VF2算法的分子二维子结构检索 被引量：6

1

作者 李欣 宋婷婷 何险峰 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1551-1554,共4页

为了有效地获取分子结构数据库中的分子结构信息,就必须首先解决分子二维子结构检索问题。本文采用了一种通用图同构算法—VF2算法来对2个分子二维结构图进行匹配,程序采用标准C++语言开发,在运行效率和可移植性方面都可以满足要求。同... 为了有效地获取分子结构数据库中的分子结构信息,就必须首先解决分子二维子结构检索问题。本文采用了一种通用图同构算法—VF2算法来对2个分子二维结构图进行匹配,程序采用标准C++语言开发,在运行效率和可移植性方面都可以满足要求。同时,还使用了开源化学软件OpenBabel来解决在检索时遇到的芳香环的识别问题。经过与商业软件ISIS/Base对照实验,检索结果正确,检索时间可以满足要求。 展开更多

关键词 分子结构数据库 子结构检索 VF2算法

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工程化学数据库中分子结构信息的处理 被引量：4

2

作者 宋婷婷 何险峰 温浩 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1152-1158,共7页

工程化学数据库(ECDB)中,分子结构信息的存储、子结构检索和图形显示查询结果是实现结构数据库功能的基础。本文就研究这三问题,在数据存储方面设计了按MOL文件结构的特殊存储方法,压缩大量存储;在子结构检索方面,改进VF2算法的效率;开... 工程化学数据库(ECDB)中,分子结构信息的存储、子结构检索和图形显示查询结果是实现结构数据库功能的基础。本文就研究这三问题,在数据存储方面设计了按MOL文件结构的特殊存储方法,压缩大量存储;在子结构检索方面,改进VF2算法的效率;开发图形显示模块,设计子结构检索平台。 展开更多

关键词 分子结构数据库 MOL文件 子结构检索 结构显示 VF2算法

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红外谱图中特征峰与对应子结构相互关系的确定 被引量：1

3

作者 陈海峰 罗时玮 +5 位作者 姚建华 袁身刚 郑崇直 范波涛 A.PANAYE J.P.DOUCET 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 2000年第1期183-184,共2页

采用子结构检索、公共子结构寻找和相似指数计算的方法研究了红外特征峰与对应子结构的相互关系。说明对大量谱图信息进行统计分析确定基团的特征峰 ,是一种行之有效的方法。

关键词 子结构检索 特征峰 化学结构 红外谱图

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一种在无机晶体结构中检索特定子结构的计算机方法 被引量：2

4

作者 霍卫峰 李乙 +3 位作者 卢君然 于吉红 徐如人 李晶 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第3期536-540,共5页

提出了一种针对无机晶体化合物的子结构检索方法.该方法以VF2子图同构算法为基础,针对无机晶体化合物的结构特点,采用了两种策略以提高子结构检索的效率:(1)引入晶体的对称性信息避免了在等价原子间进行的大量重复性计算;(2)采用结构编... 提出了一种针对无机晶体化合物的子结构检索方法.该方法以VF2子图同构算法为基础,针对无机晶体化合物的结构特点,采用了两种策略以提高子结构检索的效率:(1)引入晶体的对称性信息避免了在等价原子间进行的大量重复性计算;(2)采用结构编码预筛选可以有效地减少目标结构的数量.我们以在无机微孔分子筛数据库中进行子结构检索为例测试该方法的有效性.测试结果表明,该方法可以快速且准确地在分子筛数据库中检索包含特定子结构的记录.两种检索策略的引入大大降低了子结构检索的复杂度,检索速度可提高3-5个数量级.该方法通过Perl语言实现,具有较好的可移植性. 展开更多

关键词 无机晶体材料 数据库 子结构检索 VF2算法 分子筛 构筑基元

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中药成分分子子结构检索的设计与实现 被引量：2

5

作者 刘进 邓家刚 覃洁萍 《广西师范学院学报（自然科学版）》 2009年第2期87-90,共4页

采用Visual Studio C#2005实现算法VF算法实现中药成分分子子结构检索,经测试,结果完全正确,已开始用于中药成分分子子结构检索系统.

关键词 VF算法 中药成分 子结构检索

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高选择性拓扑指数和网络上化学结构的检索系统 被引量：1

6

作者 李创业 章文军 许禄 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期947-951,共5页

描述以高选择性拓扑指数EAID为基础构建的结构检索系统。此系统以EAID指数来表征化合物的结构,即每一化合物,运用EAID计算方案得到一个数学的量,以此为基础,来进行化合物结构的检索。由于是一简单数据的比较,所以检索准确快捷,适合于网... 描述以高选择性拓扑指数EAID为基础构建的结构检索系统。此系统以EAID指数来表征化合物的结构,即每一化合物,运用EAID计算方案得到一个数学的量,以此为基础,来进行化合物结构的检索。由于是一简单数据的比较,所以检索准确快捷,适合于网络传输和交流。现已成功地应用于检索本实验室的结构数据库。另外,文中还介绍了EAID的算法和验证。 展开更多

关键词 高选择性拓扑指数 整体结构检索 子结构检索 网络

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维药资源库化合物结构检索系统的设计与实现

7

作者 冯红君 汪漪 +1 位作者 周俊林 阿吉艾克拜尔.艾萨 《计算机应用与软件》 CSCD 2010年第10期117-119,共3页

基于B/S模式,利用JSP Web开发技术,采用一种新的技术路线在维吾尔药资源化合物数据库上设计和实现了一个化合物结构检索系统。系统用C++编程实现了VF2算法,作为DLL提供给系统进行JNI调用,从而实现了化合物的结构检索。系统同时实现了匹... 基于B/S模式,利用JSP Web开发技术,采用一种新的技术路线在维吾尔药资源化合物数据库上设计和实现了一个化合物结构检索系统。系统用C++编程实现了VF2算法,作为DLL提供给系统进行JNI调用,从而实现了化合物的结构检索。系统同时实现了匹配结构的二维和三维动态显示。测试结果表明,该系统运行安全可靠,完全可以应用于实际工作中。 展开更多

关键词 JSP技术 子结构检索 VF2算法 Chem3D ActiveX/Plugin

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化学结构二维子结构检索的开发 被引量：6

8

作者 刘冰 周家驹 《过程工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期376-380,共5页

将图形通用匹配VF算法应用到化学结构子结构检索中,用面向对象的方法,实现了化学结构数据库中二维子结构检索功能,程序各模块之间相互独立、可移植性强、健壮性好,通过与3DFS比较,结果正确,适于处理大型化学结构数据库,现己应用于中药... 将图形通用匹配VF算法应用到化学结构子结构检索中,用面向对象的方法,实现了化学结构数据库中二维子结构检索功能,程序各模块之间相互独立、可移植性强、健壮性好,通过与3DFS比较,结果正确,适于处理大型化学结构数据库,现己应用于中药数据库系统药物先导化合物的发现。 展开更多

关键词 二维子结构检索 子结构匹配 VF算法 面向对象 化学结构 数据库 中药

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大规模化合物子结构检索的并行实现与优化 被引量：7

9

作者 井银玲 李晓霞 +1 位作者 袁小龙 郭力 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期728-734,共7页

化合物的子结构检索在计算机辅助药物设计、波普学、化学数据库等领域是不可或缺的工具。然而由于子结构检索是一个NP完备性的问题,获得用户可接受的平均检索时间一直是研究人员十分关注的问题,其方法主要有改进算法和提升硬件条件2个... 化合物的子结构检索在计算机辅助药物设计、波普学、化学数据库等领域是不可或缺的工具。然而由于子结构检索是一个NP完备性的问题,获得用户可接受的平均检索时间一直是研究人员十分关注的问题,其方法主要有改进算法和提升硬件条件2个方面。当化学结构数据库的规模达到百万乃至千万级别时,尽管改进算法的方式能够获得一定的检索效率提升,但其提升的空间有限,因而,集群并行方式是大规模化合物子结构检索应用的必然选择。本文以ChemDB Portal的化学子结构检索系统为基础,实现了基于集群并行的化学子结构检索系统,并进行了任务均分、多线程并行等优化。在包含800万个化合物结构的化学结构数据库中,利用5个节点的小型集群,选取10个较为典型的提问结构进行子结构检索测试。测试结果为基于集群的化学子结构检索的平均检索时间由初始单节点时的34.1 min降低为2.75 min,检索效率平均提高12.4倍,表明在大规模乃至超大规模的数据条件下,集群并行化方式能够显著地提高子结构检索系统的执行效率。 展开更多

关键词 化学子结构检索 大规模化学结构检索 集群并行 化学数据库 化学信息学

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开源软件在化学数据库分子结构检索中的应用 被引量：7

10

作者 袁小龙 李晓霞 +1 位作者 郭力 聂峰光 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1143-1146,共4页

分子结构检索是化学数据库必备的检索手段,利用开源化学软件是实现分子结构检索的有效途径。不同于商业软件的解决方案,开源本身就体现了经济性和可重复开发的特点。本文利用Java开源化学软件开发工具包如Chemistry Development Kit(CDK... 分子结构检索是化学数据库必备的检索手段,利用开源化学软件是实现分子结构检索的有效途径。不同于商业软件的解决方案,开源本身就体现了经济性和可重复开发的特点。本文利用Java开源化学软件开发工具包如Chemistry Development Kit(CDK)、JOELib的基本构件,基于JSP+Servlet+Bean+MySQL技术搭建了一个网络化学数据库结构检索平台。其中包括分子全结构和子结构检索,并实现了在线提交分子和化合物结构的三维显示等。对包含12万化合物结构信息的数据库的测试表明,该系统在经过预处理和一系列优化措施下,实现了较好的检索性能。 展开更多

关键词 分子结构检索 开源 CDK JOELib 化合物子结构检索 化学数据库 化学信息学

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表面活性剂及其剂型应用服务系统的研发

11

作者 杜威 何险峰 任天瑞 《世界农药》 CAS 2015年第1期29-34,共6页

研究设计并建立了一种表面活性剂及其剂型应用服务系统。该系统基于.NET技术平台,用Visual C#编写表面活性剂及其剂型应用服务系统的应用程序,建立了可供查询和数据输入的化合物理化性质检索模块、子结构检索模块、农药配方数据库检索... 研究设计并建立了一种表面活性剂及其剂型应用服务系统。该系统基于.NET技术平台,用Visual C#编写表面活性剂及其剂型应用服务系统的应用程序,建立了可供查询和数据输入的化合物理化性质检索模块、子结构检索模块、农药配方数据库检索模块、图谱数据库检索模块及预报功能模块等。在子结构检索模块中,该系统将画图工具JME Editor以JavaApplet形式内嵌到Winform程序中,运用GMA算法,实现二维子结构检索。在预报模块中,运用有效链段加和法(ECL,基团加和法)和定量构效关系(QSPR)方法预测亲水亲油平衡(HLB)值及临界胶束浓度(CMC)值。 展开更多

关键词 农药助剂化合物 NET技术 二维子结构检索 HLB CMC

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子结构检索中关系数据库插件的使用和效率

12

作者 王玉玲 吴昊 温浩 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1419-1423,共5页

采用关系数据库插件能够实现化合物描述符(FingerPrint)的生成、建立索引和化合物的子结构检索。本文以PubChem有机化合物Molfile为数据源,在Oracle关系数据库上分别安装插件OrChem(JAVA)和Bingo(C^(++))构建了化合物分子结构数据库。... 采用关系数据库插件能够实现化合物描述符(FingerPrint)的生成、建立索引和化合物的子结构检索。本文以PubChem有机化合物Molfile为数据源,在Oracle关系数据库上分别安装插件OrChem(JAVA)和Bingo(C^(++))构建了化合物分子结构数据库。本文从FingerPrint的构成和索引策略两方面讨论了OrChem和Bingo的主要差异,并选取10个特征化合物进行子结构检索测试。对存储40万种化合物的分子结构数据库的测试结果显示,OrChem可满足用户检索响应,Bingo则更为快捷。对于存储2600万种化合物的分子结构数据库,针对Bingo通过优化Oracle数据库内存管理、数据表结构、子结构预筛选参数,实现了满足用户的高效检索。 展开更多

关键词 分子结构数据库子结构检索 关系数据库插件 预筛选

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