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一个新的古菌类群--奇古菌门(Thaumarchaeota) 被引量：51
1
作者 张丽梅 贺纪正 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期411-421,共11页
基于16S rRNA基因的系统发育关系,古菌域(Archaea)被分为两个主要类群:广古菌门(Euryarchaeota)和泉古菌门(Crenarchaeota)。近20年来,微生物分子生态学技术的快速发展和应用显示,在中温环境中广泛存在着大量的未培养古菌,而且它们可能... 基于16S rRNA基因的系统发育关系,古菌域(Archaea)被分为两个主要类群:广古菌门(Euryarchaeota)和泉古菌门(Crenarchaeota)。近20年来,微生物分子生态学技术的快速发展和应用显示,在中温环境中广泛存在着大量的未培养古菌,而且它们可能在自然界重要元素(N、C)的生物地球化学循环中发挥着重要作用。最初,这些未培养古菌因在16S rRNA基因系统发育上与泉古菌关系较密切而被称作中温泉古菌(non-thermophilic Crenarchaeota)。而近年来,对更多新发现的中温古菌核糖体RNA基因序列和其它分子标记物进行的分析均不支持中温泉古菌由嗜热泉古菌进化而来的假设,而揭示其可能代表古菌域中一个独立的系统发育分支。基因组学、生理生态特征等分析也显示中温泉古菌与泉古菌具有明显不同的特征。因而专家建议将这些古菌(中温泉古菌)划分为一个新的门,成为古菌域的第三个主要类群—Thaumarchaeota(意译为奇古菌门)。这一新古菌门提出后得到其他研究证据的支持和认可。本文对目前已知的奇古菌门的分类地位演化、基因组学、多样性和生理代谢特征等作一简要综述。 展开更多
关键词 中温泉古菌 奇古菌 RRNA基因 氨氧化古菌
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青海湖钻孔沉积物中的羟基甘油二烷基甘油四醚类化合物及其环境意义 被引量：9
2
作者 王欢业 刘卫国 +3 位作者 张传伦 董海良 蒋宏忱 卢红选 《第四纪研究》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1151-1160,共10页
来源于古菌细胞膜脂的类异戊二烯甘油二烷基甘油四醚类化合物（isoGDGTs）是古环境重建的有力工具。最近的研究发现，自然环境中还存在着一类isoGDGTs烷基长链上含有羟基的OH—GDGTs，其相对含量与温度负相关，具有示踪古温度的潜力。... 来源于古菌细胞膜脂的类异戊二烯甘油二烷基甘油四醚类化合物（isoGDGTs）是古环境重建的有力工具。最近的研究发现，自然环境中还存在着一类isoGDGTs烷基长链上含有羟基的OH—GDGTs，其相对含量与温度负相关，具有示踪古温度的潜力。然而，目前湖相环境中关于OH—GDGTs的研究还很少。我们通过高效液相色谱-大气压化学电离-质谱分析，在青海湖8ka以来沉积物中检测到了OH—GDGTs的存在，其含量（相对含量％OH—GDGTs及浓度）与奇古菌特征标志物crenarchaeol相对含量和奇古菌amoA基因丰度一致，表明青海湖中的OH—GDGTs可能主要来源于奇古菌。进一步与湖泊水位指标对比显示，青海湖中％OH—GDGTs的变化可能主要反映了湖水深度变化导致的古菌群落的变化。因此，认为湖泊沉积物中的OH—GDGTs可指示古水文条件变化。 展开更多
关键词 青海湖 羟基甘油二烷基甘油四醚类化合物(OH-GDGTs) 奇古菌 古水文
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岩溶环境古菌的研究进展 被引量：2
3
作者 姬雪莉 林琪琪 陈颖 《广东化工》 CAS 2022年第4期89-92,108,共5页
岩溶环境是一类具有特殊水文和水质特征的环境,蕴含着丰富的水资源同时具有重要的生态功能。微生物对岩溶环境水质具有重要的影响,然而作为地球微生物群体重要组成的古菌,相关研究报道十分有限。本文综述了近20年有关岩溶环境古菌的研... 岩溶环境是一类具有特殊水文和水质特征的环境,蕴含着丰富的水资源同时具有重要的生态功能。微生物对岩溶环境水质具有重要的影响,然而作为地球微生物群体重要组成的古菌,相关研究报道十分有限。本文综述了近20年有关岩溶环境古菌的研究论文,总结了已报道的岩溶环境中古菌的群落组成和数量分布特征,探讨了当前岩溶环境古菌研究的现状和存在的问题,并对将来岩溶环境古菌的研究方向进行了展望。 展开更多
关键词 岩溶环境 古菌 广古菌 奇古菌 深古菌 乌斯古菌
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羟基甘油二烷基甘油四醚脂类化合物研究进展 被引量：5
4
作者 李婧婧 杨欢 +1 位作者 高超 赵成 《第四纪研究》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1462-1470,共9页
羟基甘油二烷基甘油四醚（Hydroxylated GDGTs，简称OH-GDGTs）脂类化合物广泛分布在全球不同海域以及湖泊环境，研究显示此类化合物的分布受控于温度，在高纬低温海域含量丰富，而在温度相对较高的低纬海域含量相对较低。前人研究表明... 羟基甘油二烷基甘油四醚（Hydroxylated GDGTs，简称OH-GDGTs）脂类化合物广泛分布在全球不同海域以及湖泊环境，研究显示此类化合物的分布受控于温度，在高纬低温海域含量丰富，而在温度相对较高的低纬海域含量相对较低。前人研究表明，海洋表层沉积物中OH-GDGTs的分布与海水表层温度（Sea Surface Temperature，简称SST）之间有着明显的相关性，因此当其他生物标志化合物使用受限时，基于OH-GDGTs构建的指标成为一类较好的温度替代指标。基于此，文章主要介绍此类化合物的结构、生物来源，并阐述此类化合物在不同类型沉积载体（包括海洋以及湖泊）中的研究进展，为进一步了解此类化合物所携带的生物和环境信息提供依据。 展开更多
关键词 羟基甘油二烷基甘油四醚 奇古菌 海洋沉积物 湖泊沉积物
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南海北部陆坡真光层海水中古菌的多样性 被引量：2
5
作者 谢丽飒 徐蕾 +3 位作者 何莹 张宇 王佳华 徐俊 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期21-27,共7页
选取中国南海北部陆坡真光层水柱中3个不同深度海水样本,采用荧光实时定量PCR技术、16S rRNA基因克隆文库方法以及系统发育分析,对近表层(SCS-S,水深30 m)、叶绿素最大层(SCS-M,水深65 m)、真光层和暮光层分界点(SCS-B,水深200 m)水层... 选取中国南海北部陆坡真光层水柱中3个不同深度海水样本,采用荧光实时定量PCR技术、16S rRNA基因克隆文库方法以及系统发育分析,对近表层(SCS-S,水深30 m)、叶绿素最大层(SCS-M,水深65 m)、真光层和暮光层分界点(SCS-B,水深200 m)水层中古菌的多样性组成进行调查.结果表明,3个水层中的古菌16S r RNA基因拷贝数的数量关系为SCS-M层>SCS-B层>SCS-S层,分别为(4.49±0.01)×10~5、(3.37±0.02)×10~4、(9.70±0.10)×10~3copies/L.3个水层中的古菌由广古菌门(Euryarchaeota)和奇古菌门(Thaumarchaeota)两个门构成.在30 m水层和65 m水层中,广古菌门的古菌占大多数;在200 m水层,奇古菌门约占85%.30 m和65 m水层中的广古菌门以Marine GroupⅡ为主,200 m水层中的奇古菌门以Marine GroupⅠ为主.南海北部陆坡真光层海水中不同深度古菌的丰度相差较大,群落组成略有差异,这种差异可能是由深度不同所引起的.其中比例较高的奇古菌门Marine GroupⅠ类群多为氨氧化古菌,可能参与南海中的氮循环.丰度较高的广古菌门Marine GroupⅡ则在系统发育树中表现出和Thermoplasmata有较近的亲缘关系.本研究以南海北部陆坡真光层水柱中16S rRNA基因的丰度及其系统发育关系确定其中古菌的多样性,可为进一步评估古菌参与该海区真光层中碳氮元素循环的作用提供基础数据. 展开更多
关键词 南海陆坡 真光层 16S RRNA基因 古菌多样性 奇古菌 氨氧化古菌
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皮肤上的活化石——古生菌的研究进展
6
作者 汪娇 宋金卓 +2 位作者 菅心茹 蔡萍萍 望鈺 《中文科技期刊数据库（全文版）医药卫生》 2022年第2期243-245,共3页
人体皮肤微生物群落是保护人体免受病原体和其他环境影响的重要屏障,而古生菌是人类皮肤微生物组的一个恒定但高度可变的组成部分。古生菌被誉为“生命的活化石”,与机体健康密切相关,但其种类和功能作用仍知之甚少。文章从人体皮肤古... 人体皮肤微生物群落是保护人体免受病原体和其他环境影响的重要屏障,而古生菌是人类皮肤微生物组的一个恒定但高度可变的组成部分。古生菌被誉为“生命的活化石”,与机体健康密切相关,但其种类和功能作用仍知之甚少。文章从人体皮肤古生菌的发现、分离鉴定、菌种多样性、生物医学价值研究进展等方面展开综述,呈现皮肤古生菌的研究近况,以此增进大众对此独特微生物资源的认识和价值理解。 展开更多
关键词 皮肤微生物 古生菌 古生菌研究方法 奇古菌 未来发展
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土壤氨氧化古菌及其可能代谢类型 被引量：3
7
作者 李景云 李秀玲 +1 位作者 葛鹏 刘灵芝 《土壤通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1428-1432,1434+1433,共7页
将氨氧化成亚硝态氮的氨氧化过程是土壤硝化作用的关键步骤,主要由氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)和氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)驱动。其中,AOA具有丰度高、硝化能力强及特殊生态环境偏好等特征,在土壤生... 将氨氧化成亚硝态氮的氨氧化过程是土壤硝化作用的关键步骤,主要由氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)和氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)驱动。其中,AOA具有丰度高、硝化能力强及特殊生态环境偏好等特征,在土壤生态系统的氮素转化过程中发挥重要作用。AOA基因组序列中氨单加氧酶基因(amo A)的发现、纯培养物的分离及其不同生境的赋存状况,为土壤古菌的氨氧化研究提供了新思路。近年研究表明,氨氧化微生物的代谢类型多为化能自养型,而复杂土壤环境中的AOA,其代谢类型呈多样化,除营化能自养生长外,还可能营化能异养和混合营养代谢。其不同代谢方式在氨氧化过程中的响应机制仍需进一步研究。本文概述了土壤中AOA的发现与分布,重点介绍了其可能的代谢途径,并探究其在环境中发挥重要作用的机理。 展开更多
关键词 氨氧化古菌(AOA) 氨氧化细菌(AOB) 奇古菌门 代谢类型 AMO A基因
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浑善达克沙地夏冬季浅色型生物土壤结皮中古菌的系统发育多样性 被引量：3
8
作者 杜颖 赵宇龙 +3 位作者 赵吉睿 张猛 陈彦璋 冯福应 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1976-1984,共9页
【目的】生物土壤结皮(Biological soil crusts,BSCs)对于遏制土壤荒漠化、恢复荒漠地区生态环境起着重要作用。BSCs形成和发展的关键角色是微生物。但关于BSCs中微生物组成的认识还不够全面和系统,特别是对其中的古菌鲜有研究报道。【... 【目的】生物土壤结皮(Biological soil crusts,BSCs)对于遏制土壤荒漠化、恢复荒漠地区生态环境起着重要作用。BSCs形成和发展的关键角色是微生物。但关于BSCs中微生物组成的认识还不够全面和系统,特别是对其中的古菌鲜有研究报道。【方法】通过构建和分析古菌16S rRNA基因克隆文库,揭示浑善达克沙地BSCs中古菌多样性和系统发育类型组成,并比较它们夏季和冬季的变化。【结果】BSCs样品颜色为褐色,厚度较薄,所含氮和磷营养养分不高;8月份和11月份的BSCs古菌16S rRNA基因文库覆盖度均达95%以上,代表性强;两个文库共得到可用的142条古菌16S rRNA基因序列,以0.03为Cutoff值、这些序列分入10个OTUs中,两个季节的最优势种群相同;8月份和11月份的古菌均属于奇古菌门,但群落结构存在很大的不同,即各自所独有的种群分别有1个和4个;BSCs中古菌多样性均不高,但11月份的明显高于8月份的。【结论】温带沙地浅色型BSCs中古菌的主要为奇古菌、多样性低,其群落结构随季节变换而有较大变化。本研究为系统认识BSCs古菌的多样性及其生态作用提供了基础。 展开更多
关键词 16S RRNA 操作分类单元 奇古菌门 群落结构
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海洋奇古菌门认知的拓展:从新类群到新功能 被引量：1
9
作者 刘吉文 刘姣 +2 位作者 黄付燕 任高杨 张晓华 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期4628-4645,共18页
奇古菌门是全球海洋中的重要微生物类群,在海洋原核浮游生物中的比例可达20%-40%。作为一类化能无机自养微生物,奇古菌门成员可通过氧化氨获得能量,实现不依赖光照的无机碳固定,在碳、氮等元素的地球化学循环中起关键作用。奇古菌门是... 奇古菌门是全球海洋中的重要微生物类群,在海洋原核浮游生物中的比例可达20%-40%。作为一类化能无机自养微生物,奇古菌门成员可通过氧化氨获得能量,实现不依赖光照的无机碳固定,在碳、氮等元素的地球化学循环中起关键作用。奇古菌门是海洋中氨氧化反应的主要执行者,其化能合成的有机质是海洋特别是深海环境中微生物的重要能量来源。随着研究的逐步深入,有关该类群生理代谢特性的认知不断被拓展,包括奇古菌门异养代谢的揭示、不具氨氧化能力类群在深海中的发现,以及最新报道的奇古菌门在厌氧条件下介导氧气、氧化亚氮和氮气的产生等。这些研究揭示了奇古菌门参与海洋生物地球化学循环和气候变化调节的新机制,为围绕该类群的深入探究和培养提供了新的思路和方向。本文从群落组成、环境适应、生态功能、进化历史和培养现状等方面综述了近年来有关海洋奇古菌门的新发现和新认识,以期增进对该类群的了解。 展开更多
关键词 海洋 奇古菌门 时空分布 环境适应 生态功能 培养
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奇古菌亚硝酸盐还原酶基因相似基因的多样性
10
作者 黄晓燕 罗剑飞 +1 位作者 赵丹丹 林炜铁 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期351-357,共7页
【目的】氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)是奇古菌门中的唯一类群,广泛分布于各个生态系统中,对氮素生物地球化学循环起着重要作用。亚硝酸还原酶是反硝化作用的关键酶,目前关于AOA反硝化作用的研究较少,对AOA亚硝酸盐还原... 【目的】氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)是奇古菌门中的唯一类群,广泛分布于各个生态系统中,对氮素生物地球化学循环起着重要作用。亚硝酸还原酶是反硝化作用的关键酶,目前关于AOA反硝化作用的研究较少,对AOA亚硝酸盐还原酶基因多样性的研究有利于揭示AOA在反硝化中的作用。【方法】本研究以水体、沉积物和土壤为研究对象,构建了奇古菌样的nirK基因克隆文库,研究了这些环境中nirK相似基因的多样性。【结果】对奇古菌样的nirK基因文库及其序列分析表明:湖水及其沉积物的nirK基因克隆文库得到10个OTUs,菜田土壤和水样则有8个OTUs;系统发育进化树表明这些nirK氨基酸序列和Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1,Nitrosopumilus maritimus SCM1最为相似,但相似度较低(53%-68%)。克隆文库多样性指数分析表明:所有样品都存在不同类型的nirK基因,水体样品nirK基因类型的多样性和均匀度高于土壤样品,菜田土壤的nirK基因类型多样性最高,分布最均匀。【结论】本研究表明土壤和淡水环境中奇古菌门nirK基因也具有较高的多样性,并且这些基因型与海洋样品差异非常大,这些基因编码的亚硝酸盐还原酶可能对这些环境中的反硝化作用有重要意义。 展开更多
关键词 氨氧化古菌 亚硝酸盐还原酶 多样性 奇古菌门
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