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基于生物信息学的HERV研究现状与发展趋势 被引量:1
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作者 韩九强 吕红强 +1 位作者 刘俊 张善新 《生物信息学》 2014年第2期117-122,共6页
近年来研究证实,人内源性逆转录病毒(HERV)中长末端重复序列(LTR)和囊膜蛋白基因(env)与基因异常表达关系密切。本文阐述了HERV国内外研究现状与发展动态。从生物信息学角度对LTR中启动子、多聚腺苷化(PolyA)信号和增强子等顺式作用元... 近年来研究证实,人内源性逆转录病毒(HERV)中长末端重复序列(LTR)和囊膜蛋白基因(env)与基因异常表达关系密切。本文阐述了HERV国内外研究现状与发展动态。从生物信息学角度对LTR中启动子、多聚腺苷化(PolyA)信号和增强子等顺式作用元件以及env中的免疫抑制区(ISD)进行了重点分析。指出上述元件和潜在功能区在基因的异常表达和囊膜蛋白的免疫抑制中起关键作用,必将成为HERV与基因异常表达关系研究的热点与趋势。通过此类研究,以期为癌症疾病的早期诊断和治疗靶位点的选择奠定理论基础。 展开更多
关键词 人内源性逆转录病毒 长末端重复序列 启动子 多聚腺苷信号 免疫抑制区
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选择性多聚腺苷酸化的生物学效应及其调控机制研究进展 被引量:3
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作者 徐海冬 宁博林 +2 位作者 牟芳 李辉 王宁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期4-15,共12页
真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(al... 真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(alternative cleavage and polyadenylation, APA)是指具有多个PAS的基因,在其mRNA3'端成熟过程中,由于选择不同的PAS,导致产生出多个3'UTR长度和序列组成不同的转录异构体。3'UTR长度和序列的不同会影响mRNA的稳定性、翻译效率、运输和细胞定位等,因此APA是真核生物的一个重要转录后调控方式。近年来,对大量动物、植物及酵母的基因组测序分析发现,APA在真核生物广泛存在,针对APA的生物学效应和调控机制开展了一系列研究。目前已鉴定出许多APA调控的顺式调控元件和反式作用因子。本文重点介绍了APA生物学效应和调控机制的最新研究进展,并探讨了未来APA调控的研究方向。 展开更多
关键词 基因表达调控 选择性多聚腺苷 多聚腺苷信号 顺式调控元件 反式作用因子
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利用多聚腺苷酸信号缺陷逆转录病毒转化人胃上皮细胞GES-1
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作者 蓝海 张青云 +1 位作者 徐建军 王雅明 《中华肿瘤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期337-341,共5页
目的通过人工改变多聚腺苷酸化信号的重组逆转录病毒感染人胃上皮细胞GES-1, 检测病毒转录能否产生病毒-宿主融合转录产物及其是否具有转化胃上皮细胞GES-1的能力。方法使用人工定点突变多聚腺苷酸化信号的小鼠逆转录病毒载体,应用PA31... 目的通过人工改变多聚腺苷酸化信号的重组逆转录病毒感染人胃上皮细胞GES-1, 检测病毒转录能否产生病毒-宿主融合转录产物及其是否具有转化胃上皮细胞GES-1的能力。方法使用人工定点突变多聚腺苷酸化信号的小鼠逆转录病毒载体,应用PA317病毒包装细胞获得多聚腺苷酸信号缺陷的重组逆转录病毒;用该病毒感染人胃上皮细胞GES-1,并用G418筛选抗性细胞。通过Northern blot方法检查通读RNA的表达;通过细胞形态、软琼脂集落形成实验检测细胞的转化。结果多聚腺苷酸化信号缺陷病毒可以在PA317病毒包装细胞形成病毒颗粒;用该病毒感染人胃上皮细胞GES-1,可捕获下游宿主细胞序列;多聚腺苷酸化信号缺陷病毒感染的GES-1混合细胞中的部分细胞集聚能力增强,个别克隆细胞形态发生改变,在软琼脂中集落形成率高于pLRD感染GES-1细胞和正常GES-1细胞。结论多聚腺苷酸信号缺陷病毒感染GES-1细胞后可通过表达病毒-宿主通读 RNA,激活下游宿主序列使细胞发生转化,为进一步应用多聚腺苷酸信号缺陷逆转录病毒发现胃癌相关基因奠定了基础。 展开更多
关键词 多聚腺苷信号 逆转录病毒 胃上皮细胞 致癌机制
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多聚腺苷酸信号缺陷病毒捕获宿主序列导致细胞转化
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作者 张青云 李振甫 +2 位作者 王利民 王雅明 徐建军 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期472-475,共4页
目的 :通过人工改变逆转录病毒多聚腺苷酸化信号 ,检测病毒转录能否产生病毒 宿主融合转录产物及其是否具有转化细胞的能力 ,探讨病毒致癌的机制。方法 :用分子生物学技术人工定点突变鼠逆转录病毒多聚腺苷酸化信号 ,使之产生多聚腺苷... 目的 :通过人工改变逆转录病毒多聚腺苷酸化信号 ,检测病毒转录能否产生病毒 宿主融合转录产物及其是否具有转化细胞的能力 ,探讨病毒致癌的机制。方法 :用分子生物学技术人工定点突变鼠逆转录病毒多聚腺苷酸化信号 ,使之产生多聚腺苷酸缺陷性病毒 ;用该病毒转染大鼠REF 1细胞 ,并用G418筛选抗性细胞。通过Northernblot方法检查通读RNA的表达 ;通过细胞形态和软琼脂集落形成实验检测细胞的转化。结果 :多聚腺苷酸化信号缺陷病毒PS可在CRIP包装细胞形成病毒 ;用该病毒感染大鼠REF 1细胞 ,可捕获下游宿主细胞序列 ;多聚腺苷酸化信号缺陷病毒感染的REF 1混合细胞中的部分细胞可使REF 1细胞集聚能力增强 ,在软琼脂中以集落式生长。结论 :多聚腺苷酸信号缺陷病毒感染REF 1细胞后可通过表达病毒 宿主通读RNA激活下游宿主序列使细胞发生转化 。 展开更多
关键词 逆转录病毒 多聚腺苷信号 细胞转 病毒 宿主细胞序列
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可变多聚腺苷酸化与肿瘤
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作者 田路松 赵晓航 《生命科学》 CSCD 北大核心 2019年第3期232-240,共9页
可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)是真核细胞mRNA成熟过程中针对前体mRNA 3′端的一种加工修饰方式,是重要的转录后调控机制。APA通过调控3′非翻译区(3′UTR)长度而影响mRNA稳定性、翻译效率和定位。内含子多聚腺... 可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)是真核细胞mRNA成熟过程中针对前体mRNA 3′端的一种加工修饰方式,是重要的转录后调控机制。APA通过调控3′非翻译区(3′UTR)长度而影响mRNA稳定性、翻译效率和定位。内含子多聚腺苷酸化(intronic polyadenylation, IPA)通过形成丢失重要结构域的截短型蛋白实现对靶基因的调控,参与形成肿瘤新抗原。APA具有肿瘤特异性,有可能用于肿瘤分子分型和靶向治疗。现对APA的形成过程和分类、高通量发现APA的测序和分析技术进展,以及APA对肿瘤发生发展的影响进行综述。 展开更多
关键词 可变多聚腺苷 3′非翻译区 肿瘤新抗原 多聚腺苷信号位点测序
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