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基于Sector/Sphere的气相色谱质谱联用多样本并行对齐算法
被引量：
3
1
作者
杨辉华
任洪军
+4 位作者
李灵巧
段礼新
郭拓
杜玲玲
漆小泉
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013年第1期215-218,共4页
针对气相色谱质谱联用(GC-MS)数据处理过程复杂且计算量大、处理时间过长而严重拖延实验进度的问题,以多样本保留时间对齐为例,设计了基于分布式平台Sector/Sphere的GC-MS数据处理并行框架,实现了多样本并行对齐算法。首先分布式计算所...
针对气相色谱质谱联用(GC-MS)数据处理过程复杂且计算量大、处理时间过长而严重拖延实验进度的问题,以多样本保留时间对齐为例,设计了基于分布式平台Sector/Sphere的GC-MS数据处理并行框架,实现了多样本并行对齐算法。首先分布式计算所有样本的相似度矩阵;然后依据层次聚类原理将原样本集划分为小样本集,分布式对齐各小样本集内部的样本;最后以各小样本集的平均样本作为对齐依据合并各样本集的对齐结果。实验结果表明:多样本并行对齐算法的错误率为2.9%,由4台PC组成的集群处理大量样本时,最高加速比达到3.29;能够在保证较高正确率的前提下提升计算速度,解决处理时间过长的问题。
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关键词
SECTOR
Sphere平台
分布式计算
并行框架
多
样本
对齐
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职称材料
题名
基于Sector/Sphere的气相色谱质谱联用多样本并行对齐算法
被引量：
3
1
作者
杨辉华
任洪军
李灵巧
段礼新
郭拓
杜玲玲
漆小泉
机构
桂林电子科技大学电子工程与自动化学院
中国科学院植物研究所植物分子生理学重点实验室
出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013年第1期215-218,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(30860381
31200227)
+3 种基金
广西自然科学基金资助项目(2012GXNSFAA053230)
国家863计划项目(2012AA10A304)
广西高等学校优秀人才资助计划项目(桂教人[2011]40号)
广西可信软件重点实验室开放基金资助项目(kx201121)
文摘
针对气相色谱质谱联用(GC-MS)数据处理过程复杂且计算量大、处理时间过长而严重拖延实验进度的问题,以多样本保留时间对齐为例,设计了基于分布式平台Sector/Sphere的GC-MS数据处理并行框架,实现了多样本并行对齐算法。首先分布式计算所有样本的相似度矩阵;然后依据层次聚类原理将原样本集划分为小样本集,分布式对齐各小样本集内部的样本;最后以各小样本集的平均样本作为对齐依据合并各样本集的对齐结果。实验结果表明:多样本并行对齐算法的错误率为2.9%,由4台PC组成的集群处理大量样本时,最高加速比达到3.29;能够在保证较高正确率的前提下提升计算速度,解决处理时间过长的问题。
关键词
SECTOR
Sphere平台
分布式计算
并行框架
多
样本
对齐
Keywords
Sector/Sphere platform
distributed computation
parallel framework
multiple samples alignment
分类号
TP399 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Sector/Sphere的气相色谱质谱联用多样本并行对齐算法
杨辉华
任洪军
李灵巧
段礼新
郭拓
杜玲玲
漆小泉
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2013
3
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