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水稻基因组任意区间InDel标记开发方法 被引量:2
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作者 孙玥 杨秀荣 +14 位作者 郭彦丽 李军玲 李月娇 孙淑琴 路信 刘燕清 佟卉 孙林静 刘静妍 张融雪 王晓静 苏京平 王胜军 赵习朴 闫双勇 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第1期34-39,共6页
基于极端表型单株高通量测序的定位方法QTL-seq已成为植物QTL分析的一种主要方法。继QTL-seq分析后,对目标QTL定位区间进行分子标记开发时,由于目标区间大,所含变异位点多,特定区间的分子标记开发仍是一件较繁琐的事。为提高特定区间分... 基于极端表型单株高通量测序的定位方法QTL-seq已成为植物QTL分析的一种主要方法。继QTL-seq分析后,对目标QTL定位区间进行分子标记开发时,由于目标区间大,所含变异位点多,特定区间的分子标记开发仍是一件较繁琐的事。为提高特定区间分子标记开发的效率,本研究建立了基于高通量测序数据基础的特定脚本程序,可简单快速地完成水稻基因组任意区间的InDel标记开发。本研究开发了来自7个不同作图群体和染色体区间的有8 bp以上片段长度差异的InDel标记708个,平均每17.6 kb有1个InDel标记;对95个标记进行试验验证,总体多态频率为63%。本研究建立的方法在水稻及其他已测序的植物重要农艺性状控制QTL的分子标记辅助育种、精细定位和图位克隆中有重要应用价值。 展开更多
关键词 水稻 分子标记开发 高通量测序 QTL定位(QTL-seq) INDEL标记 多态频率
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9个DMD基因探针的多态频率检测 被引量:1
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作者 魏建军 郭亦寿 +2 位作者 陈丙玺 杨亚萍 蔡富强 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1992年第5期310-311,共2页
假性肥大型肌营养不良(DMD/BMD)是男性活婴中最常见的X连锁隐性遗传病。自Murray等首次用RC8进行该病的RFLPs分析以来,已有近70个DNA多态探针可用于DMD的多态连锁分析。多种探针的应用,为不同家庭类型和检测对象提供充分的DMD缺陷基因检... 假性肥大型肌营养不良(DMD/BMD)是男性活婴中最常见的X连锁隐性遗传病。自Murray等首次用RC8进行该病的RFLPs分析以来,已有近70个DNA多态探针可用于DMD的多态连锁分析。多种探针的应用,为不同家庭类型和检测对象提供充分的DMD缺陷基因检测,携带者检出和产前诊断。根据探针多态性和DMD基因的连锁程度,如何少用探针而又得到准确的RFLPs结果,是DMD/ 展开更多
关键词 肌营养不良 基因 探针 多态频率
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肝豆状核变性ATP7B基因启动子区域的分子特征 被引量:1
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作者 黄丽素 刘晓青 +1 位作者 张雅芬 李进 《实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第20期1530-1532,共3页
目的了解中国人肝豆状核变性(WD)ATP7B基因5′UTR及启动因子区域分子特征,探讨不同人种该区域基因多态与突变的分布。方法采用聚合酶链反应-单链构象特异性(PCR-SSCP)和DNA序列分析技术,对110例WD患者和90例健康对照儿童进行ATP7B基因5... 目的了解中国人肝豆状核变性(WD)ATP7B基因5′UTR及启动因子区域分子特征,探讨不同人种该区域基因多态与突变的分布。方法采用聚合酶链反应-单链构象特异性(PCR-SSCP)和DNA序列分析技术,对110例WD患者和90例健康对照儿童进行ATP7B基因5′UTR及启动因子区域分子特征研究。结果1.共发现5种基因改变:-1294T→G、-105C→G、-116C→T、-132delGCCGC和-75A→C,前三者未见报道,-132delGCCGC未见国内报道。2.-132delGCCGC和-75A→C位点等位基因均占70%以上,发生频率较高,且98%的患者呈完全连锁状态,二者相关性为96.9%。3.国内外ATP7B基因启动子和5′UTR区域至今仅发现约20种多态,包括本课题发现的5种类型。中国人ATP7B基因启动子的多态主要分布于EXON1侧翼序列,其多态的分布和种族密切相关。结论发现ATP7B基因多态5种,其中-1294T→G、-105C→G、-116C→T为首次报道;-132delGCCGC和-75A→C几乎呈连锁存在。中国人WD患者的ATP7B基因启动子和5′UTR结构改变大部分分布在EXON1侧翼序列。中国人启动子部分不存在突变热点。 展开更多
关键词 肝豆状核变性 ATP7B 启动子 5′UTR 多态频率 种族世系
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人染色体14q24.3区带一个新的STR顺序的分离及其多态频率检测
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作者 张民 余龙 +3 位作者 胡培蓉 郑其平 孙喜元 赵寿元 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1997年第21期2328-2331,共4页
人基因组中的短串联重复(Short tandem repeat,STR)顺序由数目不等的重复单位组成,可作为一类高度多态的遗传标记(Genetic marker)。STR顺序不仅可用于基因组遗传连锁图的构建以及基因的定位和克隆,也可用于遗传性疾病的连锁分析和基因... 人基因组中的短串联重复(Short tandem repeat,STR)顺序由数目不等的重复单位组成,可作为一类高度多态的遗传标记(Genetic marker)。STR顺序不仅可用于基因组遗传连锁图的构建以及基因的定位和克隆,也可用于遗传性疾病的连锁分析和基因诊断。目前分离并定位的STR虽然已有6000余个,但其在基因组中的分布很不均匀,许多区段中STR间的图距很大,例如在人染色体14q24.3区带长达12 800kb范围内仅确定了少数几个(CA)_n多态STR,这对于该区带的遗传学制图和基因定位研究来说是远远不够的,故仍需分离和定位更多的STR位标,迄今国内尚未见到这类工作的报道。 展开更多
关键词 多态频率检测 染色体 STR顺序 分离
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中国主栽水稻品种微卫星标记数据库的初步构建 被引量:96
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作者 庄杰云 施勇烽 +4 位作者 应杰政 鄂志国 曾瑞珍 陈洁 朱智伟 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期460-468,共9页
以前期筛选的微卫星标记为基础,并在4个染色体上增加新标记,进一步检测了63个主栽常规稻品种和杂交稻亲本,推荐了24个微卫星标记(每条染色体2个)作为水稻品种鉴别的标记;除了63个常规稻品种和杂交稻亲本外,这24个标记还应用于检测41个... 以前期筛选的微卫星标记为基础,并在4个染色体上增加新标记,进一步检测了63个主栽常规稻品种和杂交稻亲本,推荐了24个微卫星标记(每条染色体2个)作为水稻品种鉴别的标记;除了63个常规稻品种和杂交稻亲本外,这24个标记还应用于检测41个主栽杂交稻组合,并确定了各个标记在试验材料中检测到的等位基因类型。通过杂交稻组合与其亲本的标记匹配性检验,确认了杂交稻母本的高真实性,提高了恢复系数据的可靠性,剔除了1个假杂交稻,建立了103个水稻材料×24个标记的主栽水稻品种微卫星标记数据库,并分析了数据库中各个标记、各组材料的多态性表现。此外,还讨论了材料真实性和典型性对数据库构建的影响,提出了水稻品种间差异判别标准的建议及其应用风险和解决途径。 展开更多
关键词 微卫星标记 水稻 品种鉴定 多态频率 数据库
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分子标记在玉米育种中的应用 被引量:35
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作者 李向拓 毛建昌 吴权明 《玉米科学》 CAS CSCD 2004年第1期26-29,共4页
简述了AFLP、RAPD、RFLP和SSR分子标记在玉米育种中的应用,并提出了存在的问题及解决方法为了尽快将分子标记用于玉米育种,应提高分子标记的稳定性,降低所需费用,提高自动化操作程度,积极做好我国特有玉米种质资源的分子标记工作,以及... 简述了AFLP、RAPD、RFLP和SSR分子标记在玉米育种中的应用,并提出了存在的问题及解决方法为了尽快将分子标记用于玉米育种,应提高分子标记的稳定性,降低所需费用,提高自动化操作程度,积极做好我国特有玉米种质资源的分子标记工作,以及与高产优质高抗有关的新基因鉴定、利用及其相关的标记和定位。 展开更多
关键词 分子标记 玉米 遗传育种 AFLP RAPD RFLP SSR 种质资源 遗传图谱 多态频率
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甘肃省中西部小麦白粉菌生理小种RAPD分析 被引量:4
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作者 甘丽萍 王生荣 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第2期64-67,共4页
利用RAPD标记对采自甘肃省中西部20个小麦白粉菌菌株进行了研究。结果表明:在用9个扩增结果比较明显的随机引物扩增得到的81个RAPD位点中,有54个具多态性,多态性位点频率(单卫星方法统计)为66.7%。根据PopGene 32软件计算的Shannon多样... 利用RAPD标记对采自甘肃省中西部20个小麦白粉菌菌株进行了研究。结果表明:在用9个扩增结果比较明显的随机引物扩增得到的81个RAPD位点中,有54个具多态性,多态性位点频率(单卫星方法统计)为66.7%。根据PopGene 32软件计算的Shannon多样性指数与Nei基因指数分别为0.455 6和0.296 8,多态性频率为96.3%,说明白粉菌菌株间具有丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,多态性特征与菌株地理来源之间存在一定的相关性,与生理小种毒性关系不显著。 展开更多
关键词 小麦白粉菌 生理小种 随机扩增多态性DNA 多态频率
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河北地区3~12岁儿童哮喘流行情况及其易感基因多态性频率分布特征 被引量:1
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作者 朱冰 张贺 +1 位作者 周丹 和苏 《实用预防医学》 CAS 2024年第4期475-478,共4页
目的分析河北地区儿童哮喘流行情况及其相关的易感基因多态性频率分布特点,为儿童哮喘防治提供依据。方法2020年1月—2021年1月采用整群随机抽样的方法选取河北地区7048名儿童为调查对象,采用自制的哮喘儿童初筛调查问卷,调查儿童哮喘... 目的分析河北地区儿童哮喘流行情况及其相关的易感基因多态性频率分布特点,为儿童哮喘防治提供依据。方法2020年1月—2021年1月采用整群随机抽样的方法选取河北地区7048名儿童为调查对象,采用自制的哮喘儿童初筛调查问卷,调查儿童哮喘患病情况,并采用荧光定量PCR技术和DNA测序技术检测哮喘儿童IL-4 C590T、IL-13 A2044G、FcεRIβE237G、ADRB2 R16G这4种哮喘易感基因位点SNP分布情况。结果7048名儿童中检出哮喘患儿214例,患病率为3.04%(214/7048),其中男性患病率(3.45%)明显高于女性(2.58%)(χ^(2)=4.574,P<0.05);不同年龄组哮喘患病率随年龄增长呈下降趋势(χ^(2)=56.498,P<0.05);不同地区间儿童哮喘患病率差异无统计学意义(χ^(2)=1.079,P>0.05);214例患儿哮喘发作时主要集中在夜间44.39%(95/214)和清晨27.57%(59/214),主要症状为咳嗽78.97%(169/214),主要治疗方式是给予吸入激素治疗85.05%(182/214);214例患儿哮喘易感基因位点检测显示:IL-4 C590T位点的风险基因型(TT)比例最高,占63.55%,其基因型百分比依次为TT、CT、CC,IL-13 A2044G基因型百分比依次为AG、GG、AA,ADRB2 R16G基因型百分比依次为GG、AG、AA,FcεRIβE237G基因型百分比依次为GG、AG、AA。结论河北地区儿童哮喘患病率较高,多集中在3~5岁男性患儿,河北地区IL-4、IL-13、FcεRIβ、ADRB2基因多态性频率具有其自身一定的特点,IL-4 C590T位点的风险基因型(TT)比例最高。 展开更多
关键词 儿童哮喘 流行情况 易感基因 多态频率 分布特点
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SSR标记分析小麦品种Flinor和铭贤169的遗传差异 被引量:1
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作者 左丽玲 冯晶 +3 位作者 蔺瑞明 章振羽 曹远银 徐世昌 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2009年第10期59-62,共4页
采用微卫星(SSR)分子技术,对小麦品种Flinor与铭贤169染色体组进行SSR引物多态性频率分析。结果表明:在1243对SSR引物中共筛选到多态性引物383对,多态性频率为31.10℅;127对条带差异不清晰;无遗传多态性共有733对,占总筛选引物数的59.35... 采用微卫星(SSR)分子技术,对小麦品种Flinor与铭贤169染色体组进行SSR引物多态性频率分析。结果表明:在1243对SSR引物中共筛选到多态性引物383对,多态性频率为31.10℅;127对条带差异不清晰;无遗传多态性共有733对,占总筛选引物数的59.35%。其中BARC,GWM,CFA的多态性较高,多态性频率分别为34.98%,34.72%,36.49%;CWEM多态性较差,多态性频率仅为8.89%。多态性引物在不同染色体组间分布频率不同,A为41%,B为35%,D染色体组上多态性较少为24%。 展开更多
关键词 小麦 染色体组 微卫星分子标记 多态频率
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杂合型CTLA-4基因与重度先兆子痫
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作者 Samsami Dehaghani A Doroudchi M +1 位作者 Kalantari T 朱晓明 《世界核心医学期刊文摘(妇产科学分册)》 2005年第5期59-59,共1页
One of the major complications of pregnancy, preeclampsia makes pregnancy term ination inevitable in most cases. Similarities exist between the mechanisms that maintain normal pregnancy, allograft transplants, and, it... One of the major complications of pregnancy, preeclampsia makes pregnancy term ination inevitable in most cases. Similarities exist between the mechanisms that maintain normal pregnancy, allograft transplants, and, it is postulated, periph eral self-tolerance. In addition, the critical role of the cytotoxic T-lymphoc yte antigen-4 (CTLA-4) molecule in maintaining self-tolerance has been establ ished. Therefore, the frequency of CTLA-4 A49G polymorphism was investigated in severe preeclampsia. Genomic DNA extracted from mononuclear cells of the periph eral blood of 36 pregnant women with severe preeclampsia and 151 healthy women w as analyzed. A49G polymorphism in position 49 of exon-1 of the CTLA-4 gene was studied by the polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorph ism (PCR-SSCP) method. The frequency of the GG genotype was 2 (5.6%) in patien ts and 19 (12.6%) in controls, while the frequency of the AA genotype was 4 (11 .1%) and 60 (39.7%). Interestingly, the frequency of the AG genotype was signi ficantly higher in preeclamptic than in healthy women from the general populatio n (83.3%vs. 47.7%; P=0.0005). These data suggest that heterozygosity in the CT LA-4 A49G allele might be a predisposing factor for severe preeclampsia. Whethe r the observed association results from linkage imbalance with other loci on chr omosome 2 or other polymorphisms of the CTLA-4 gene or even from a preferential transfer and/or expression of one allele from a heterozygous mother to the fetu s will be the subject of future investigations. 展开更多
关键词 重度先兆子痫 CTLA-4 杂合型 妊娠并发症 妊娠组 自身耐受 正常妊娠 终止妊娠 多态频率 外周血单核细胞
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