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北京地区宋内志贺菌分子流行病学特征分析 被引量:5
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作者 刘桂荣 曲梅 +6 位作者 张新 吴晓娜 李锡太 贾蕾 严寒秋 梁志超 王全意 《中国热带医学》 CAS 2013年第8期950-952,963,共4页
目的了解北京地区宋内志贺菌毒力基因分布及分子流行病学特征。方法采用实时荧光PCR方法检测毒力基因、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,多位点序列分型(MLST)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)等方法对北京地区2001~2009年50株志贺菌... 目的了解北京地区宋内志贺菌毒力基因分布及分子流行病学特征。方法采用实时荧光PCR方法检测毒力基因、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,多位点序列分型(MLST)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)等方法对北京地区2001~2009年50株志贺菌菌株进行分子流行病学特征分析。结果 50株菌中,ipaH、set1、sen三种毒力基因的携带率分别为98%,18%和78%。选取19株流行病学和遗传背景无关的菌株,进行MLST、MLVA与PFGE分型方法的比较,MLST为1个序列型ST152 complex:adk(11)、fumC(63)、gyrB(7)、icd(1)、mdh(14)、purA(7)、recA(7);MLVA被分成15个型别,D值为0.9708;PFGE分成12个型别,D值为0.9532。MLVA初筛得到的8个可变数目串联重复(VNTR)位点用于扩大菌株分析,发现50株志贺菌被分为21个MLVA的型别,TS002和TS001为主要型别。结论北京地区近年来流行的宋内志贺菌存在毒力基因的丢失,MLVA分子型别复杂,存在多克隆来源,提示需要进行连续系统的分子流行病学监测。 展开更多
关键词 宋内志贺菌 分子分型 多位序列分型 多位可变数目串联重复分析
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中国土拉弗朗西斯菌数目可变串联重复多态性位点特有重复数的研究 被引量:2
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作者 王艳华 彭遥 夏连续 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2015年第6期541-544,共4页
目的采用多位点可变数目串联重复分析(MLVA)方法研究中国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的遗传特征。方法根据以往文献,选取对B型土拉菌分辨力较高的12个数目可变串联重复多态性(VNTR),对10株中国土拉菌和29株已公布测序的参考菌株进行MLVA分... 目的采用多位点可变数目串联重复分析(MLVA)方法研究中国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的遗传特征。方法根据以往文献,选取对B型土拉菌分辨力较高的12个数目可变串联重复多态性(VNTR),对10株中国土拉菌和29株已公布测序的参考菌株进行MLVA分型研究。结果 MLVA分析显示,中国菌株在4个VNTR位点具有特有的重复数:Ft-M3重复数是5,Ft-M18重复数是1,Ft-M20重复数是2,Ft-M21重复数是2。12个VNTR位点组合分析,得出重复数比较接近的是:410108和日本FSC022;410112、410113和德国F92;410116、410117和美国OSU18、俄罗斯LVS。结论根据特有的重复数,通过检测Ft-M3、Ft-M18、Ft-M20和Ft-M21位点,可以把中国本土土拉菌和国外土拉菌区分开。另外,相对于欧美国家和日本,中国土拉菌具有更多的遗传多样性。 展开更多
关键词 土拉弗朗西斯菌holarctica亚种 土拉热 多位可变数目串联重复分析 数目串联重复多态性
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结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分型方法标准化操作程序的建立 被引量:28
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作者 吕冰 Christine Pourcel +6 位作者 刘敬华 董海燕 张媛媛 蒋毅 刘志广 赵秀芹 万康林 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期919-924,共6页
目的建立结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的标准化方法,评价该方法的分型能力、应用价值。方法选取15个位点,采用核酸提取、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术,结合BioNumerics(Version5.0)软件,对中国54株结核分... 目的建立结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的标准化方法,评价该方法的分型能力、应用价值。方法选取15个位点,采用核酸提取、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术,结合BioNumerics(Version5.0)软件,对中国54株结核分枝杆菌临床分离株进行分型。结果确定标准化的MLVA方法,包括细菌分离培养、核酸提取、PCR、琼脂糖凝胶电泳等实验步骤及标化参数的相关数据分析软件的使用。VNTR位点确定为ETRA、ETRB、ETRC、ETRD、ETRE、MIRU10、MIRU16、MIRU23、MIRU26、MIRU27、MIRU39、MIRU40、Mtub21、Mtub30和Mtub39。结论建立MLVA标准化技术方案,该方法操作简便,分型鉴定能力及实验室间结果可比性强,便于网络化,有利于结核病流行中追溯传染源,分析流行趋势。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 多位可变数目串联重复序列分析 标准化操作程序
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2010-2012年北京地区儿童肺炎支原体流行基因型监测 被引量:22
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作者 孙红妹 薛冠华 +5 位作者 闫超 冯燕玲 王丽琼 赵汉青 李少丽 曹玲 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期939-943,共5页
目的对肺炎支原体(Mp)的暴发流行进行监测。方法采用real—timePCR法对北京地区呼吸道感染患儿进行检测;阳性标本进行M—P基因分型[M:多位点可变数目串联重复序列分析(blLVA);P:P1-限制性片段长度多态性(P1.RFLP)]分析。结果... 目的对肺炎支原体(Mp)的暴发流行进行监测。方法采用real—timePCR法对北京地区呼吸道感染患儿进行检测;阳性标本进行M—P基因分型[M:多位点可变数目串联重复序列分析(blLVA);P:P1-限制性片段长度多态性(P1.RFLP)]分析。结果2010年1月—2012年5月446例呼吸道感染患儿中,69例经real-timePCR检测为阳性,2010、2011及2012年上半年的感染率分别为:11.69%、15.56%及20.00%;采用我们提出的新的M-P基因分型系统,69例标本可分为11个基因型,其中M43562P1和M53562P1为2010至2011年两个主要基因型;M33562P1和M63562P1在2012年有感染上升趋势。结论在本次国际Mp流行中,北京地区2011年肺炎支原体感染率也有所增加,主要基因型为b143562P1和M53562PI;其中M43562与欧洲流行基因型相同,M53562与以色列流行基因型相同。M-P基因分型系统,可以很好地监测世界不同地区肺炎支原体流行情况。 展开更多
关键词 肺炎支原体 基因分型 多位可变数目串联重复序列分析 P1-限制性片段长度多态性 M-P分型系统
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福建省2008-2017年人间布鲁氏菌病流行特征及分离株MLVA分型研究 被引量:21
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作者 韩腾伟 林代华 +4 位作者 刘菁 刘维俊 肖方震 陈志平 邓艳琴 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期382-388,共7页
目的探讨福建省人间布鲁氏菌病流行特征,并对其分离株进行分子分型,为制定预防控制策略提供依据。方法收集中国疾病预防控制信息系统中2008-2017年福建省布鲁氏菌病报告数据,进行流行特征分析;采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR... 目的探讨福建省人间布鲁氏菌病流行特征,并对其分离株进行分子分型,为制定预防控制策略提供依据。方法收集中国疾病预防控制信息系统中2008-2017年福建省布鲁氏菌病报告数据,进行流行特征分析;采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLVA-16进行布鲁氏菌分离株分子鉴定和分型,并进行聚类分析。结果福建省2008-2017年布鲁氏菌病发病呈逐年上升趋势,年均发病率0.11/10万;疫情波及福建省80%的县区,呈高度散发态势;发病高峰为4-8月;40~64岁发病数占62.7%,60~64岁组发病率最高(0.27/10万);男女比为2.50∶1,农牧民占50.7%。40株布鲁氏菌分离株分子检测结果与传统分型基本相符,为2个种(羊种和猪种)和2个生物型(羊3型和猪3型),其中羊种布鲁氏菌占绝大多数(87.5%);MLVA-16分型将其分为羊种和猪种2个种群,35株羊种菌分为28种基因型,5株猪种菌分为4种基因型,其中26种基因型为单分离株,6种基因型为共享基因型(共14株,35.0%)。同国内147株布鲁氏菌进行聚类分析显示,福建省菌株与广东和内蒙古地区存在4种共享基因型,均为羊种菌,其他部分菌株与外省菌株存在着较近的遗传距离,主要集中在panel 2B上,仅存在1~3个位点的差异。结论福建省布鲁氏菌病流行强度逐年增高,建议相关部门加强传染源的管控、对疫情高发地区的重点人群采取必要防控措施,控制其发生与流行。福建省布鲁氏菌MLVA-16分型显示高度基因多态性,提示MLVA-16可用于遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,可以提高布鲁氏菌病监测能力。 展开更多
关键词 布鲁氏菌病 流行特征 多位可变数目串联重复序列分析(MLVA-16) 福建省
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上海部分地区儿童艰难梭菌相关性腹泻的临床分析 被引量:16
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作者 冯云 王传清 +1 位作者 金嘉琳 张文宏 《微生物与感染》 2010年第3期151-155,共5页
本文旨在监测儿童腹泻中艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)的发病情况,并对其进行回顾性临床分析。对复旦大学附属儿科医院2007年2月~9月111例腹泻患儿的粪便标本进行艰难梭菌毒素A检测及粪便厌氧菌培养,对所有患儿进行回顾性病史采集及分析,... 本文旨在监测儿童腹泻中艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)的发病情况,并对其进行回顾性临床分析。对复旦大学附属儿科医院2007年2月~9月111例腹泻患儿的粪便标本进行艰难梭菌毒素A检测及粪便厌氧菌培养,对所有患儿进行回顾性病史采集及分析,并对粪便培养所得的4株艰难梭菌菌株用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)技术进行同源性分析。111例患者中,艰难梭菌毒素A检测及艰难梭菌培养均为阳性者无,艰难梭菌毒素A阳性而艰难梭菌培养阴性者16例,艰难梭菌毒素A阴性而艰难梭菌培养阳性者4例,艰难梭菌毒素A及艰难梭菌培养均阴性者91例。比较院内、院外组3种不同病程腹泻CDAD的发病率,无显著差异。MLVA分析发现粪便培养得到的4株艰难梭菌菌株有部分同源性。结果提示,目前上海部分地区儿童CDAD发病情况为散发,但彼此之间有部分同源性;院内、外获得性腹泻的CDAD发病率无显著差异;艰难梭菌毒素A阳性或艰难梭菌培养阳性的病例在临床表现上与艰难梭菌毒素A阴性且艰难梭菌培养阴性的腹泻病例无显著差异。 展开更多
关键词 艰难梭菌 毒素A 腹泻 多位可变数目串联重复序列分析 儿童
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多位点可变数目串联重复序列分型方法检测布鲁氏菌分型标准化操作方法的建立和应用 被引量:16
7
作者 杨杰 赵素莲 +3 位作者 崔步云 姜海 赵鸿雁 朴冬日 《疾病监测》 CAS 2012年第2期137-140,共4页
目的建立常用布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的标准化方法及应用研究。方法选取16个位点,通过核酸提取、聚合酶链反应(PCR)、琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳等技术,结合BioNumerics(Version 5.0)软件,对16株布鲁氏菌标准菌... 目的建立常用布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的标准化方法及应用研究。方法选取16个位点,通过核酸提取、聚合酶链反应(PCR)、琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳等技术,结合BioNumerics(Version 5.0)软件,对16株布鲁氏菌标准菌株和不同地区分离的32株菌株进行分型。结果利用所建立的MLVA方法可以区分16株布鲁氏菌标准菌株,并可以将32株地方株区分为牛种和羊种两大类。结论初步建立了MLVA标准化方法,可以在种的水平鉴定布鲁氏菌,还可以追溯传染源,确定流行趋势。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 多位可变数目串联重复序列分析 分型 标准化操作程序
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多位点可变数目串联重复序列分析方法在布鲁杆菌病监测中的应用 被引量:14
8
作者 赵鸿雁 杨杰 +5 位作者 张旭 朴东日 田国忠 李金平 崔步云 姜海 《中国地方病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期441-447,共7页
目的建立多位点可变数目串联重复序列分析方法(MLVA),并评价其在布鲁杆菌菌株鉴定及流行病溯源中的价值。方法使用MLVA方法,对16株羊种菌、22株牛种菌、21株猪种菌和10株犬种菌株进行分析,使用BioNumerics(Version5.0),对16个... 目的建立多位点可变数目串联重复序列分析方法(MLVA),并评价其在布鲁杆菌菌株鉴定及流行病溯源中的价值。方法使用MLVA方法,对16株羊种菌、22株牛种菌、21株猪种菌和10株犬种菌株进行分析,使用BioNumerics(Version5.0),对16个位点进行聚类分析,聚类方式用平均连锁聚类法(UPGMA)。计算每个位点的差异指数,菌株的基因型通过MLVA2010数据库确定。结果使用MLVA方法,通过Brace06、Bruce08、Bruce11、Bruce12、Bruce42、Bruce43、Bruce45、Bruce55共8个位点可以区分布鲁杆菌的种;通过Bruce04、Bruce07、Bruce09、Bruce16、Bruce30共5个位点可以对菌株进行溯源,确定菌株流行病学相关性。结论MLVA技术是一种分辨率高且易于在省级疾病防控系统监测实验室使用的标准化分型技术。可以加强布病监测能力。 展开更多
关键词 布鲁杆菌属 基因 多位可变数目串联重复序列分析
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医院检验人员感染布鲁氏菌病调查分析 被引量:12
9
作者 张军 鲍昌俊 +2 位作者 谈忠明 董玉颖 朱道建 《医学动物防制》 2014年第9期1018-1019,1022,共3页
目的探讨布鲁氏菌病是否可通过医院实验室检验过程感染检测工作人员。方法通过流行病学调查和实验室检测,分析检验人员感染布鲁氏菌病和被检测病例的关联性。结果 2例布鲁氏菌病病例有流行病学间接接触史,多位点可变数目串联重复序列分... 目的探讨布鲁氏菌病是否可通过医院实验室检验过程感染检测工作人员。方法通过流行病学调查和实验室检测,分析检验人员感染布鲁氏菌病和被检测病例的关联性。结果 2例布鲁氏菌病病例有流行病学间接接触史,多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)检测显示医院检验人员和就诊病例结果菌型一致。结论布鲁氏菌可通过检测病例血液过程中的气溶胶作用而感染医院检验人员,医院应加强院内感染控制和检测人员的规范操作。 展开更多
关键词 布鲁氏菌病 血培养 院内感染 多位可变数目串联重复序列分析(MLVA)
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2020年陕西省布鲁氏菌MLVA分型研究及流行病学分析 被引量:7
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作者 聂守民 罗波艳 +4 位作者 孙养信 范锁平 常文辉 孙杰 安翠红 《中华地方病学杂志》 CAS 北大核心 2022年第3期180-185,共6页
目的了解陕西省布鲁氏菌病发病情况及分离菌株或核酸的基因型,掌握其流行病学及分子遗传特征,为陕西省人间布鲁氏菌病的精准防控提供科学依据。方法登录中国疾病预防控制信息系统收集2020年陕西省人间布鲁氏菌病的发病数据,分析流行特征... 目的了解陕西省布鲁氏菌病发病情况及分离菌株或核酸的基因型,掌握其流行病学及分子遗传特征,为陕西省人间布鲁氏菌病的精准防控提供科学依据。方法登录中国疾病预防控制信息系统收集2020年陕西省人间布鲁氏菌病的发病数据,分析流行特征;应用细菌学及PCR方法对分离菌株或核酸进行鉴定,进一步采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法进行分子分型,利用BioNumerics(Version 7.6)软件对MLVA结果进行分析。结果2020年陕西省共报告人间布病1086例,发病率为2.80/10万,涉及86个县(区),流行高峰在3-9月(865例),男女性别比为2.68∶1.00(791∶295),30~69岁年龄段占79.74%(866例),农民占83.43%(906例)。36株分离菌株生物型鉴定结果显示,4株是羊种变异型,3株是羊种1型,29株是羊种3型。36株分离菌株及7份核酸经BCSP31-PCR均鉴定为布鲁氏菌属,经AMOS-PCR均鉴定为羊种布鲁氏菌。经MLVA-16分型,panel1结果显示有2种基因型:42型(1-5-3-13-2-2-3-2)、63型(1-5-3-13-2-3-3-2),panel2A结果显示均为4-41-8,panel2B结果显示具有高度的多变性;36株分离菌株及7份核酸分为33种基因型,其中27种基因型为单分离株,6种基因型为共享型。结论陕西省人间布鲁氏菌病防控形势严峻。MLVA-16是一种成熟的基因分型方法,确定了陕西省布鲁氏菌分离株或核酸存在多种基因型,可为人间布鲁氏菌病精准防控、暴发疫情分析及流行病学溯源提供科学依据。 展开更多
关键词 布鲁杆菌属 多位可变数目串联重复序列分析 流行病学分析
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云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源 被引量:7
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作者 石丽媛 丁奕博 +5 位作者 谭红丽 郭英 张海鹏 段存娟 李伟 王鹏 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期983-987,共5页
目的了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型,为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法采用差异片段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(cRJsPRs)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLvA)3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫... 目的了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型,为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法采用差异片段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(cRJsPRs)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLvA)3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型,并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析。结果鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型(Genomovar05型)及CRISPRs型(Ca7簇,22型),在MLVA聚类分析中,鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇,两者之间仅有2个位点(N2117,M23)的差异。结论2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性,鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果。 展开更多
关键词 鼠疫 鹤庆县 多位可变数目串联重复序列分析
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广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析 被引量:7
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作者 方艳梅 杨春晓 +2 位作者 张丽荣 李柏生 魏泉德 《疾病监测》 CAS 2018年第9期718-723,共6页
目的研究珠海市沙门菌1,4,[5],12:i:–和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据。方法用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方案与欧洲食源性疾... 目的研究珠海市沙门菌1,4,[5],12:i:–和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据。方法用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,[5],12:i:–进行PFGE和MLVA分型。结果药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S. 1,4,[5],12:i:–的多重耐药株分别为45株(45/51,88.24%)和51株(51/70,72.86%),2种菌多重耐药率差异有统计学意义(χ~2=4.256,P=0.039),两者的耐药率>50.00%的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素。121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型。MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化最多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87%的菌株在STTR10p位点无扩增产物。经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建最小生成树分析发现91.74%(111株)菌株分布在Ⅰ群。结论珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似。 展开更多
关键词 鼠伤寒沙门菌 沙门菌1 4 [5] 12:i:– 脉冲场凝胶电泳 多位可变数目串联重复序列分析 分子分型
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2018-2019年福建省人感染布鲁氏菌分离株种型鉴定及分子特征分析 被引量:6
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作者 韩腾伟 林代华 +4 位作者 陈志平 刘菁 刘维俊 肖方震 邓艳琴 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第9期1001-1007,共7页
目的探讨福建省人感染布鲁氏菌分离株主要流行株的种型和分子特征,为制定预防控制策略提供依据。方法将布鲁氏菌分离株转种培养并提取基因组DNA,采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLST及MLVA-16等方法进行布鲁氏菌分离株分子... 目的探讨福建省人感染布鲁氏菌分离株主要流行株的种型和分子特征,为制定预防控制策略提供依据。方法将布鲁氏菌分离株转种培养并提取基因组DNA,采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLST及MLVA-16等方法进行布鲁氏菌分离株分子鉴定和分型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果2018-2019年福建省人感染布鲁氏菌22株分离株分子检测结果与传统分型基本相符,为2个种(羊种和猪种)和2个生物型(羊3型和猪3型),其中羊种布鲁氏菌占多数(95.45%);20株布鲁氏菌分离株MLST基因型为ST8,1株为ST17型,1株为新的ST型:ST99的gap基因与已报道的等位基因型不同,被定义为一个新的等位基因型gap(32)。MLVA-16分型为羊种和猪种2个种群,21株羊种布鲁氏菌分为17种基因型,1株猪种布鲁氏菌分为1种基因型,其中15种基因型为单分离株,3种基因型为共享基因型(共7株,占31.82%)。聚类分析显示福建分离株与内蒙古、辽宁、山东和广东地区存在4种共享基因型,均为羊种布鲁氏菌,其他部分菌株与外省菌株遗传距离较近。结论福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型,且MLVA-16分型显示呈高度基因多样性。MLST/MLVA作为传统生物学鉴定补充技术方法,可用于布鲁氏菌遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,以提高布鲁氏菌病监测能力。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 多位序列分型(MLST) 多位可变数目串联重复序列分析(MLVA-16) 福建省
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贝叶斯判别分析在布氏杆菌常见种别鉴定中的应用 被引量:6
14
作者 肖培 崔步云 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2013年第6期802-804,共3页
目的建立布氏杆菌常见种别的Bayes判别模型,为布氏杆菌种别的鉴定提供依据。方法以多位点可变数目串联重复序列分析方法所选择的基因组上16个具有多态性串联重复序列位点为判别指标,应用逐步判别分析方法筛选关键序列位点并构建布氏杆... 目的建立布氏杆菌常见种别的Bayes判别模型,为布氏杆菌种别的鉴定提供依据。方法以多位点可变数目串联重复序列分析方法所选择的基因组上16个具有多态性串联重复序列位点为判别指标,应用逐步判别分析方法筛选关键序列位点并构建布氏杆菌常见种别的Bayes判别模型。结果待选的16个多态性串联重复序列位点全部进入判别函数,建立的模型自身验证的准确率为98.21%,交互验证的准确率为97.75%。结论建立的Bayes判别模型判断布氏杆菌的常见种别正确率很高,是布氏杆菌常见种别判断的有效方法。 展开更多
关键词 布氏杆菌 Bayes判别模型 多位可变数目串联重复序列分析
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中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析基因型多态性
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作者 张慧娟 张恩民 +2 位作者 贺金荣 李伟 魏建春 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期990-996,共7页
目的分析中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)基因型多态性,建立中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库。方法收集1947年以来中国不同来源的炭疽芽胞杆菌分离菌株,采用MLVA15分型策略进行基因型鉴定,对基因型进行统一编... 目的分析中国炭疽芽胞杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)基因型多态性,建立中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库。方法收集1947年以来中国不同来源的炭疽芽胞杆菌分离菌株,采用MLVA15分型策略进行基因型鉴定,对基因型进行统一编号和命名,分析不同来源菌株MLVA基因型的分布特征,同时通过Bionumerics软件绘制聚类图,分析不同基因型间的遗传关系。结果MLVA15分型可将533株中国炭疽芽胞杆菌分为4群91个基因型,其中54个基因型为中国独有的基因型。新命名的基因型MLVA15-CHN1~MLVA15-CHN6广泛分布于中国不同地区、不同年代和宿主,其余基因型具有地区和年代特征性。结论本研究建立了中国炭疽芽胞杆菌MLVA基因型数据库,掌握了MLVA基因型分布特征及其遗传多态性,为中国炭疽疫情防控及分子溯源技术提供了参考依据。 展开更多
关键词 炭疽芽胞杆菌 基因分型 多位可变数目串联重复序列分析 遗传多态性
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2019-2022年宁夏回族自治区人间布鲁氏菌分离株种型鉴定及分子特征分析
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作者 高磊 高建炜 +4 位作者 杨聪 陈倩 冼然 赵瑜 马江涛 《疾病监测》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期279-284,共6页
目的 对2019-2022年宁夏回族自治区(宁夏)人间布鲁氏菌分离株进行种型和分子分型研究,掌握其分子遗传特征,为宁夏人间布鲁氏菌病(布病)的精准防控提供科学依据。方法 采用AMOS聚合酶链式反应(AMOS-PCR)对布鲁氏菌分离株进行种的鉴定,运... 目的 对2019-2022年宁夏回族自治区(宁夏)人间布鲁氏菌分离株进行种型和分子分型研究,掌握其分子遗传特征,为宁夏人间布鲁氏菌病(布病)的精准防控提供科学依据。方法 采用AMOS聚合酶链式反应(AMOS-PCR)对布鲁氏菌分离株进行种的鉴定,运用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)对分离菌株进行分子分型,利用BioNumerics 7.6软件对MLVA结果进行聚类分析。结果 72株布鲁氏菌分离株经AMOS-PCR鉴定显示均为羊种布鲁氏菌。经MLVA分型,Panel1显示具有42、45、63共3个MLVA-8型。Panel2A显示均为41型(4-20-8),Panel2B显示具有高度多变性;72株菌被分为51个MLVA-16基因型,12个为共享基因型,其余39个为单一基因型。宁夏原州区的布鲁氏菌型别较为丰富,包含3种MLVA-8型别。本研究中的72株布鲁氏菌与多个省份的菌株存在18种完全相同的MLVA-16基因型,表明菌株不仅在宁夏广泛传播,在全国范围内也呈跨地区传播的特点。结论 宁夏人间布病疫情极为严重,通过MLVA-16确定了宁夏布鲁氏菌分离株存在多种基因型,可为后续人间布病精准防控及流行病学溯源提供科学依据。 展开更多
关键词 布鲁氏菌病 AMOS聚合酶链式反应 多位可变数目串联重复序列分析 羊种布鲁氏菌
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大肠埃希菌O157:H7分离株MLVA分子分型 被引量:6
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作者 王涛 綦廷娜 +4 位作者 刘凯 赵爱兰 白雪梅 叶长芸 熊衍文 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期972-974,共3页
目的了解国内大肠埃希菌O157:H7菌株的分子流行特征。方法采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法对1999-2002年江苏、河南、安徽、山东、云南等地的大肠埃希菌O157:H7分离株135株进行分子分型,选取7个可变数目串联重复序列(VNTR... 目的了解国内大肠埃希菌O157:H7菌株的分子流行特征。方法采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法对1999-2002年江苏、河南、安徽、山东、云南等地的大肠埃希菌O157:H7分离株135株进行分子分型,选取7个可变数目串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR技术及毛细管电泳方法,检测分离株DNA多态性,使用BioNumerics软件进行聚类分析。结果 135株大肠埃希菌O157:H7可分为3个群(A群、B群、C群)38个MLVA型别,其中A群占20.7%(28/135)、B群占23.7%(32/135)、C群占55.6%(75/135);MLVA型别存在一定地域性,同一暴发来源的菌株具有相同MLVA型别。结论大肠埃希菌O157:H7国内分离株存在丰富的基因多态性;MLVA方法具有较高分子分型能力,可以在溯源和流行病学调查中发挥重要作用。 展开更多
关键词 大肠埃希菌O157:H7 多位可变数目串联重复序列分析(MLVA) 分子分型
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布鲁菌病的实验诊断方法及布鲁菌的分子生物学分型方法研究进展 被引量:5
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作者 于美美 管程程 +1 位作者 张田 李倩 《山东医药》 CAS 2019年第3期91-94,共4页
布鲁菌可引起人兽共患病布鲁菌病(简称布病),布病的临床实验室诊断和布鲁菌分型在布病的诊疗和防控中非常重要。布病的实验诊断方法包括细菌培养、免疫学诊断、分子生物学方法等,其中免疫学诊断方法包括试管凝集试验、虎红平板凝集试验... 布鲁菌可引起人兽共患病布鲁菌病(简称布病),布病的临床实验室诊断和布鲁菌分型在布病的诊疗和防控中非常重要。布病的实验诊断方法包括细菌培养、免疫学诊断、分子生物学方法等,其中免疫学诊断方法包括试管凝集试验、虎红平板凝集试验、抗人球蛋白试验、酶联免疫吸附试验、免疫捕获凝集技术、补体结合试验、免疫胶体金技术、荧光偏振试验等,分子生物学方法包括聚合酶链式反应、环介导等温扩增技术、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱等。布鲁菌的分子生物学分型方法包括聚合酶链式反应、脉冲场凝胶电泳技术、多位点序列分型、多位点可变数目串联重复序列分析、高变量八聚物寡核苷酸指纹分析等。 展开更多
关键词 布鲁菌 布鲁菌病 细菌培养 免疫学诊断方法 分子生物学方法 聚合酶链式反应 脉冲场凝胶电泳技术 多位序列分型 多位可变数目串联重复序列分析 量八聚物寡核苷酸指纹分析
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副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分型方法的研究 被引量:5
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作者 张金金 李迎慧 +6 位作者 石晓路 邱亚群 林一曼 陈琼城 姜伊翔 扈庆华 李连青 《实用检验医师杂志》 2012年第4期211-215,共5页
目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(multiple locus variable number tandem repeat assay,MLVA)方法对副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus,VP)的分型能力,初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列(variable... 目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(multiple locus variable number tandem repeat assay,MLVA)方法对副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus,VP)的分型能力,初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列(variablen umber tandemrepeat,VNTR)的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型,评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别,分辨系数为99.86%;将主流血清型03:K6共46株菌分为44个型别,分辨系数为99.71%。MLvA8个位点的多态性都较好(DI均〉0.60),各位点多态性指数由高到低,依次为TR7,TR4,TR10,TR2,TR1,TR8,TR5,TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 脉冲场凝胶电泳 多位可变数目串联重复序列分析 可变数目串联重复序列 基因型
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昆明市东川区突发皮肤炭疽的实验室检测分析 被引量:5
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作者 李桂满 张烜榕 +3 位作者 王慧雯 颜军 李文龙 侯敏 《中国卫生检验杂志》 CAS 2016年第19期2786-2788,共3页
目的通过对2015年昆明市东川区突发皮肤炭疽疫情的处理和实验室检测,提供处置此类事件的一种科学准确的方法和依据,以提供借鉴。方法用WS 283—2008炭疽诊断标准进行病原菌分离培养,用real-time PCR方法进行炭疽芽胞杆菌染色体编码的rp... 目的通过对2015年昆明市东川区突发皮肤炭疽疫情的处理和实验室检测,提供处置此类事件的一种科学准确的方法和依据,以提供借鉴。方法用WS 283—2008炭疽诊断标准进行病原菌分离培养,用real-time PCR方法进行炭疽芽胞杆菌染色体编码的rpo B基因及质粒pXO1上pag A基因、pXO2上cap基因的检测及单核苷酸多态性(SNP)测定,用毛细管电泳进行多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)。结果从4例疑似皮肤炭疽患者的疱疹液中分离得到2株炭疽芽胞杆菌,且此2株菌的rpo B基因、pagA基因和cap基因均为阳性,对照分类表为A.Br.001/002亚群。结论此次皮肤炭疽疫情是由当地村民宰杀携带炭疽芽胞杆菌强毒株的病牛引起,与云南地区曾经存在的炭疽芽胞杆菌类型一致。 展开更多
关键词 皮肤炭疽 分离培养 实时荧光定量PCR 毒力基因 单核苷酸多态性 多位可变数目串联重复序列分析
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