目的了解内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株的串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)基因多态性和VNTR基因型构成,及不同VNTR位点在该地区结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法从内蒙古自治区结核病防治研究所收集临床分离...目的了解内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株的串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)基因多态性和VNTR基因型构成,及不同VNTR位点在该地区结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法从内蒙古自治区结核病防治研究所收集临床分离的结核分枝杆菌菌株及其病例背景资料,采用多位点串联重复序列分析(MLVA)对收集的菌株进行22个VNTR位点分析,计算Hunter-Gaston指数(HGDI),分析各个位点的分辨率,同时用BioNumerics软件对VNTR结果进行聚类分析。且统计学分析民族与主要基因型间的关系。结果 372株菌共分为308个基因型,47簇,261个独特基因型,成簇率为17.20%。22个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点VNTR3820(HGDI 0.838)的分型分辨能力最高,MIRU23(HGDI 0.068)和MIRU27(HGDI 0.083)分型分辨能力较差。随着VNTR位点的增加,分型的分辨能力也有所提高。Ⅰ群基因型菌株与民族易感性的分析表明,汉族与蒙古族间Ⅰ群基因型菌株分布差异无统计学意义(χ2=0.337,P=0.561>0.05)。结论内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,不同VNTR位点在内蒙古地区结核分枝杆菌中具有不同的分辨能力。且Ⅰ群基因型为该地区主要流行株,而Ⅰ群基因型菌株与民族易感性间无关联。展开更多
目的了解目前甘肃结核分枝杆菌流行株的基因型特征,并评价两种基因分型方法的应用价值。方法收集甘肃省结核分枝杆菌临床分离菌株,分别采用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA...目的了解目前甘肃结核分枝杆菌流行株的基因型特征,并评价两种基因分型方法的应用价值。方法收集甘肃省结核分枝杆菌临床分离菌株,分别采用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)和间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)技术进行基因分型,用BioNumerics软件进行聚类分析后,进行结果综合分析、比对。结果利用MLVA分型方法,228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个主要基因型;Spoligotyping可将228株结核分枝杆菌分为4个基因群,8个主要基因型,其中最大的基因型为北京家族基因型。两种方法在基因型分型方面经卡方检验差异无统计学意义(χ2=0.06,P>0.05)。结论两种方法对结核分枝杆菌的分型效果良好,重复性高,操作简便,可试用于大规模分子流行病学调查。北京家族是甘肃最主要的流行基因群。展开更多
目的建立针对食品来源的单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,Lm)分离株的多位点串联重复序列分型(Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis,MLVA)方法,为暴发确认和溯源检测提供实验室支持。方法对2005—201...目的建立针对食品来源的单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,Lm)分离株的多位点串联重复序列分型(Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis,MLVA)方法,为暴发确认和溯源检测提供实验室支持。方法对2005—2014年间分离自食品的91株Lm进行14个可变数目串联重复序列(Variable Number of Tandem Repeats,VNTR)位点的检测,评估最优检测位点组合并分析检测结果。结果通过采用软件分析,由LMV1、LMV2、LMV7、Lm10、Lm11、Lm23、LM-TR6、TR3和Lm15等9个VNTR位点组成的位点组合为最优MLVA检测位点,可以将91株Lm分离株分为70个型别,分型能力达到0.987 1。结论本研究建立的基于全自动毛细管电泳的由9个检测位点组成的Lm的MLVA分型方法,具有操作简便、快速、结果客观、操作标准化、易于在不同实验室间比较的优势,可作为一线检测方法用于李斯特菌病的暴发确认和溯源检测。展开更多
文摘目的掌握江苏省2018年人感染布鲁氏菌主要流行株的种型和基因型。方法运用普通PCR及AMOS多重PCR确认分离株的生物种型;采用多位点序列分型(Multilocus sequence analysis,MLSA)和多位点串联重复序列分析(Multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)鉴定基因型,并与国内外流行株进行聚类分析。结果2018年共分离到56株布鲁氏菌,MLSA分型显示一株菌为猪种布鲁氏菌ST(Sequence type)17型,其他均为羊种布鲁氏菌ST8型。MLVA将56株菌分为47个基因亚型(46个羊种,1个猪种),聚类显示羊种布鲁氏菌全部为“东地中海簇”。结论2018年江苏省人感染布病主要为“东地中海簇”的ST8型羊种布鲁氏菌,并首次发现一例人感染ST17型猪种布鲁氏菌。
文摘目的了解内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株的串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)基因多态性和VNTR基因型构成,及不同VNTR位点在该地区结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法从内蒙古自治区结核病防治研究所收集临床分离的结核分枝杆菌菌株及其病例背景资料,采用多位点串联重复序列分析(MLVA)对收集的菌株进行22个VNTR位点分析,计算Hunter-Gaston指数(HGDI),分析各个位点的分辨率,同时用BioNumerics软件对VNTR结果进行聚类分析。且统计学分析民族与主要基因型间的关系。结果 372株菌共分为308个基因型,47簇,261个独特基因型,成簇率为17.20%。22个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点VNTR3820(HGDI 0.838)的分型分辨能力最高,MIRU23(HGDI 0.068)和MIRU27(HGDI 0.083)分型分辨能力较差。随着VNTR位点的增加,分型的分辨能力也有所提高。Ⅰ群基因型菌株与民族易感性的分析表明,汉族与蒙古族间Ⅰ群基因型菌株分布差异无统计学意义(χ2=0.337,P=0.561>0.05)。结论内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,不同VNTR位点在内蒙古地区结核分枝杆菌中具有不同的分辨能力。且Ⅰ群基因型为该地区主要流行株,而Ⅰ群基因型菌株与民族易感性间无关联。
文摘目的了解目前甘肃结核分枝杆菌流行株的基因型特征,并评价两种基因分型方法的应用价值。方法收集甘肃省结核分枝杆菌临床分离菌株,分别采用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)和间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)技术进行基因分型,用BioNumerics软件进行聚类分析后,进行结果综合分析、比对。结果利用MLVA分型方法,228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个主要基因型;Spoligotyping可将228株结核分枝杆菌分为4个基因群,8个主要基因型,其中最大的基因型为北京家族基因型。两种方法在基因型分型方面经卡方检验差异无统计学意义(χ2=0.06,P>0.05)。结论两种方法对结核分枝杆菌的分型效果良好,重复性高,操作简便,可试用于大规模分子流行病学调查。北京家族是甘肃最主要的流行基因群。
文摘目的建立针对食品来源的单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,Lm)分离株的多位点串联重复序列分型(Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis,MLVA)方法,为暴发确认和溯源检测提供实验室支持。方法对2005—2014年间分离自食品的91株Lm进行14个可变数目串联重复序列(Variable Number of Tandem Repeats,VNTR)位点的检测,评估最优检测位点组合并分析检测结果。结果通过采用软件分析,由LMV1、LMV2、LMV7、Lm10、Lm11、Lm23、LM-TR6、TR3和Lm15等9个VNTR位点组成的位点组合为最优MLVA检测位点,可以将91株Lm分离株分为70个型别,分型能力达到0.987 1。结论本研究建立的基于全自动毛细管电泳的由9个检测位点组成的Lm的MLVA分型方法,具有操作简便、快速、结果客观、操作标准化、易于在不同实验室间比较的优势,可作为一线检测方法用于李斯特菌病的暴发确认和溯源检测。
