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题名一种基于同配性的重叠蛋白质复合体检测算法
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作者
王杰
梁吉业
赵兴旺
郑文萍
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机构
山西大学计算机与信息技术学院
山西大学计算智能与中文信息处理教育部重点实验室
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2019年第2期294-300,共7页
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基金
国家自然科学基金项目(61876103
61603230)
山西省重点研发计划项目(201603D111014)资助
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文摘
蛋白质复合体在生物过程中具有重要的作用,从蛋白质互作用网络中进行蛋白质复合体检测是后基因时代的一项具有挑战性的任务。种子扩展方法是一种从蛋白质互作用网络中进行重叠蛋白质复合体检测的有效技术。然而,现有方法面临两方面的问题:1)在选择种子结点时通常仅仅考虑了网络中结点的直接邻居之间的连接紧密度,难以充分体现结点在局部邻域子图内的重要性;2)在簇的扩展过程中假设候选结点之间是相互独立的,忽略了候选结点的添加顺序可能对聚类结果带来的影响。为了解决以上问题,文中基于生物网络同配性提出了一种重叠蛋白质复合体检测算法。该算法利用结点的二阶邻域信息来度量结点的重要性,进而选择种子结点,在簇扩展过程中利用同配性实现多个候选结点的批量添加。为了对重叠聚类结果进行评价,提出了一种重叠复合体评价指标F-overlap。与其他复合体检测算法在蛋白质互作用数据集上的对比实验结果表明,所提算法能够有效地进行重叠蛋白质复合体检测。
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关键词
蛋白质互作用网络
复合体检测
同配性
种子扩展方法
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Keywords
Protein-protein interaction network
Complexes detection
Assortativity
Seed expansion method
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分类号
TP181
[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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题名基于模块分解的生物网络分析算法及其应用
被引量：14
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作者
冯春来
顾於梅
秦悦
徐希明
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机构
江苏大学
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出处
《中成药》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期2227-2232,共6页
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基金
国家自然科学基金(81373897)
江苏省博士后科研基金(1402174C)
江苏大学高级专业人才科研启动基金(12JDG034)
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文摘
介绍生物网络分析中4种典型的分析算法—分子复合体检测算法,派系过滤算法,Girvan-Newman算法和马尔可夫聚类算法,并对它们的原理、特点进行了整理和对比。分子复合体检测算法和派系过滤算法可以识别大规模网络中的重叠模块,但后者对网络中节点密度要求较为苛刻。Girvan-Newman算法仅适用于中等规模网络,马尔可夫聚类算法应用于有权有向网络效果更好,且能发现星形结构模块。生物网络分析有助于在系统水平上理解疾病、中药和药物靶标之间关系。
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关键词
生物网络
分子复合体检测算法
派系过滤算法
Girvan-Newman算法
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分类号
R318
[医药卫生—生物医学工程]
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