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基于多粒度网络预测增强子-启动子相互作用
1
作者
刘志豪
王会青
+1 位作者
李浩琳
韩家乐
《华东理工大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期106-113,共8页
准确识别增强子-启动子相互作用(EPIs)对疾病来源追踪和发展基因疗法有重要意义。现有预测方法缺乏对序列不同粒度信息的关注,提取增强子、启动子序列包含的不同粒度特征有助于从多层级分析EPIs。因此,提出EPIs预测模型EPI-PBGA(Paralle...
准确识别增强子-启动子相互作用(EPIs)对疾病来源追踪和发展基因疗法有重要意义。现有预测方法缺乏对序列不同粒度信息的关注,提取增强子、启动子序列包含的不同粒度特征有助于从多层级分析EPIs。因此,提出EPIs预测模型EPI-PBGA(Parallel BiGRU Attention Network),分别通过卷积子网络和双层双向门循环单元(BiGRU)注意子网络提取序列的细粒度、粗糙粒度特征。基于EPIs普遍存在的细胞特异性,在不同细胞系进行粒度选择,选定最优粗糙粒度,同时通过双层BiGRU注意网络提取元件子序列中存在的多种关联特征。实验结果表明,EPI-PBGA在6个基准数据集表现出较好性能,有效预测EPIs。
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关键词
增强子
-
启动子
相互作用
多粒度
双向门循环单元
特征融合
注意力机制
下载PDF
职称材料
人类原钙粘蛋白基因簇调控元件的克隆及对其启动子活性的影响
被引量：
3
2
作者
吴海洋
郭亚
+1 位作者
李伟
吴强
《生命科学研究》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期95-99,150,共6页
人类原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含53个成串排列非常相似的基因,组成3个紧密相连的基因簇(α,β和γ)。原钙粘蛋白基因簇γ通过启动子选择性表达产生神经元细胞膜表面的分子多样性,但是,该多样性产生的分子机制还不清楚。...
人类原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含53个成串排列非常相似的基因,组成3个紧密相连的基因簇(α,β和γ)。原钙粘蛋白基因簇γ通过启动子选择性表达产生神经元细胞膜表面的分子多样性,但是,该多样性产生的分子机制还不清楚。调控元件HS7L和HS5-1aL作为候选的增强子可能具有调控Pcdhγ基因表达的作用。利用分子克隆的方法,将调控元件HS7L和HS5-1aL分别克隆至包含γa9、γa10、γb3、γb7和γc3启动子的荧光素酶报告基因的下游。通过荧光素酶报告基因试验检测其对该5种Pcdhγ启动子活性的影响,发现HS7L对5种启动子活性具有增强作用,HS5-1aL对γa10启动子活性具有增强作用。之后,通过基因沉默绝缘子CTCF,发现下调CTCF不仅降低γb1基因表达,而且能够显著降低γb1启动子报告基因活性。试验结果表明调控元件HS7L和HS5-1aL能够增强Pcdhγ启动子活性,推测可能通过CTCF介导的增强子-启动子相互作用调控Pcdhγ的细胞特异性基因表达。
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关键词
原钙粘蛋白基因簇
选择性表达
绝缘
子
CTCF
增强子
-
启动子
相互作用
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职称材料
基于多特征融合的增强子-启动子相互作用预测综述
被引量：
1
3
作者
胡宇佳
甘伟
朱敏
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2020年第5期64-71,共8页
研究增强子-启动子相互作用机理有助于人们理解基因调控关系,进而揭示与疾病相关的基因,为疾病诊疗提供新思路和新方法。传统的生物检测方法的实验成本高、耗时长,且受分辨率的限制,难以精确鉴定单个增强子-启动子的相互作用。通过计算...
研究增强子-启动子相互作用机理有助于人们理解基因调控关系,进而揭示与疾病相关的基因,为疾病诊疗提供新思路和新方法。传统的生物检测方法的实验成本高、耗时长,且受分辨率的限制,难以精确鉴定单个增强子-启动子的相互作用。通过计算方法来解决生物问题已成为近年来的研究热点,此类方法可以通过复杂的网络结构主动学习序列特征和空间结构,进而准确预测增强子-启动子的作用。首先介绍了传统生物实验检测方法的研究现状;然后从序列特征的角度出发,围绕多特征融合的基本思想,对统计学和深度学习方法在增强子-启动子相互作用预测上的应用进行归纳整理;最后对该领域的研究热点和挑战进行总结分析。
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关键词
增强子
-
启动子
相互作用
多特征融合
序列特征
应用综述
疾病诊疗
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职称材料
题名
基于多粒度网络预测增强子-启动子相互作用
1
作者
刘志豪
王会青
李浩琳
韩家乐
机构
太原理工大学信息与计算机学院
出处
《华东理工大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期106-113,共8页
基金
山西省自然科学基金基金(202203021211121)。
文摘
准确识别增强子-启动子相互作用(EPIs)对疾病来源追踪和发展基因疗法有重要意义。现有预测方法缺乏对序列不同粒度信息的关注,提取增强子、启动子序列包含的不同粒度特征有助于从多层级分析EPIs。因此,提出EPIs预测模型EPI-PBGA(Parallel BiGRU Attention Network),分别通过卷积子网络和双层双向门循环单元(BiGRU)注意子网络提取序列的细粒度、粗糙粒度特征。基于EPIs普遍存在的细胞特异性,在不同细胞系进行粒度选择,选定最优粗糙粒度,同时通过双层BiGRU注意网络提取元件子序列中存在的多种关联特征。实验结果表明,EPI-PBGA在6个基准数据集表现出较好性能,有效预测EPIs。
关键词
增强子
-
启动子
相互作用
多粒度
双向门循环单元
特征融合
注意力机制
Keywords
enhancer-promoter interaction
multi-grain
BiGRU
feature fusion
attention mechanism
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
人类原钙粘蛋白基因簇调控元件的克隆及对其启动子活性的影响
被引量：
3
2
作者
吴海洋
郭亚
李伟
吴强
机构
上海交通大学系统生物医学研究院
出处
《生命科学研究》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期95-99,150,共6页
基金
国家973课题资助项目(2009CB918701)
国家自然科学基金资助项目(31171015
8126112390)
文摘
人类原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含53个成串排列非常相似的基因,组成3个紧密相连的基因簇(α,β和γ)。原钙粘蛋白基因簇γ通过启动子选择性表达产生神经元细胞膜表面的分子多样性,但是,该多样性产生的分子机制还不清楚。调控元件HS7L和HS5-1aL作为候选的增强子可能具有调控Pcdhγ基因表达的作用。利用分子克隆的方法,将调控元件HS7L和HS5-1aL分别克隆至包含γa9、γa10、γb3、γb7和γc3启动子的荧光素酶报告基因的下游。通过荧光素酶报告基因试验检测其对该5种Pcdhγ启动子活性的影响,发现HS7L对5种启动子活性具有增强作用,HS5-1aL对γa10启动子活性具有增强作用。之后,通过基因沉默绝缘子CTCF,发现下调CTCF不仅降低γb1基因表达,而且能够显著降低γb1启动子报告基因活性。试验结果表明调控元件HS7L和HS5-1aL能够增强Pcdhγ启动子活性,推测可能通过CTCF介导的增强子-启动子相互作用调控Pcdhγ的细胞特异性基因表达。
关键词
原钙粘蛋白基因簇
选择性表达
绝缘
子
CTCF
增强子
-
启动子
相互作用
Keywords
protoeadherin gene cluster
promoter choice
insulator CTCF
enhancer-promoter DNA interaction
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于多特征融合的增强子-启动子相互作用预测综述
被引量：
1
3
作者
胡宇佳
甘伟
朱敏
机构
四川大学计算机学院
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2020年第5期64-71,共8页
基金
“十三五”国家科技重大专项(2018ZX10201002-002-004)。
文摘
研究增强子-启动子相互作用机理有助于人们理解基因调控关系,进而揭示与疾病相关的基因,为疾病诊疗提供新思路和新方法。传统的生物检测方法的实验成本高、耗时长,且受分辨率的限制,难以精确鉴定单个增强子-启动子的相互作用。通过计算方法来解决生物问题已成为近年来的研究热点,此类方法可以通过复杂的网络结构主动学习序列特征和空间结构,进而准确预测增强子-启动子的作用。首先介绍了传统生物实验检测方法的研究现状;然后从序列特征的角度出发,围绕多特征融合的基本思想,对统计学和深度学习方法在增强子-启动子相互作用预测上的应用进行归纳整理;最后对该领域的研究热点和挑战进行总结分析。
关键词
增强子
-
启动子
相互作用
多特征融合
序列特征
应用综述
疾病诊疗
Keywords
Enhancer-promoter interaction
Multi-feature fusion
Sequence feature
Application overview
Disease diagnosis and treatment
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于多粒度网络预测增强子-启动子相互作用
刘志豪
王会青
李浩琳
韩家乐
《华东理工大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
人类原钙粘蛋白基因簇调控元件的克隆及对其启动子活性的影响
吴海洋
郭亚
李伟
吴强
《生命科学研究》
CAS
CSCD
北大核心
2014
3
下载PDF
职称材料
3
基于多特征融合的增强子-启动子相互作用预测综述
胡宇佳
甘伟
朱敏
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2020
1
下载PDF
职称材料
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